Definition | Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome. |
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Accession | NC_011312 |
Length | 3,325,165 |
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The map label for this gene is 209694286
Identifier: 209694286
GI number: 209694286
Start: 783603
End: 785834
Strand: Reverse
Name: 209694286
Synonym: VSAL_I0697
Alternate gene names: NA
Gene position: 785834-783603 (Counterclockwise)
Preceding gene: 209694287
Following gene: 209694285
Centisome position: 23.63
GC content: 36.16
Gene sequence:
>2232_bases ATGATTTACATGCCTTTGCGTCAATGCTTTCTTGTTATTTTGATTTTATTCCCGCTTTCTGCTTGGGCTAAATTTTTCTC TGCGCCAATTCTAAATGATGCTTATCAATTATTAGAAACAAACCCAGAGCAATCCCTCTCTATTGCTAATCAATATCTAG AACAACGCCAGATATCACCAAGCCAAGATCCTAATCGAATTCAAATCAACAATGATTCTGAGCGTACTATTCGTACGCCA ATCAGTACTGTTGAGGCATTTCAAATAAAAGCACTCGCCAATAAACGATTAAGTCGAAATCGTGAATCCATAGAATCAAT TAAACAAGCAATCTCTTTGGCTGATGATTTCAGTTTAAAATCAAGCTACCTTGAATCAAAACTAATTTATGCCAGTTTAT GGTGGGATTTAACGAAAGACATTGATGAAACGAATACTATTTTAGACGAAATCCAACAAAGTTTATCTCAATTAAATACC AAGACAGATATCCATCAAAAAATATATTTTAGATTAGCATTAATTCATGCTCAAGTCGAGTCAGAGCAAGGAAACAACAA TAAAGCCCAACGCTACTTTAGCGAAGCCATGAGCTACGGTAATTCACTGAACGATCCAAGTAGCATGATTTATTATCATA TCTCTTACGGTCGACATTTCTTGAAGAACAAGCAATTTGACCAAGCCTTAACGGAACTATTAAGTGCTTATTGGCAATCT ATTGAGGCTGATAATAGTGGCCAATTAGCAAGTACTAACTATTTATTAGGTCAGCTTTTCTTCCAACGAAAAGTACTTGA TAAAGCCCTTGAGCATGCTTCTCAATCTGCCGAGTTTTATGGTCGCTATAATAAAAGTGAACAGCTTTCTAATGTGCTTG TGTTAATCGCGAAGATCCACCTTGAGCAAGGCCGATTCAACTTAGCGCTTGTTCAATATTTTAATGCCCTCGATCAAGAG AAAGAAAAGAATAACGTAAATAAACTGATCTCACTTCGTTTAGACATCGCGAATACGTATTTCTTACTTTATAACTACGC CCTTAGTGAGCATTACTTAAAACAAGCAAACAACCTAAACGAATACGTTGATTTACCAAAAGAGCAAGCCTTTGCCAACT TACTTCAGGCAAAACTAAACCTAGTGCACAACAAACCGAAACTGGCTGTTAGCGACATTCAAAAAGCAATTAAATACAGT AATCAAGATAATAATATTTCATTAAAATTACAGTCTCAGAAACTTCTTTCTGAGACCTATGAAAAAATGGGATTATTTAA AAAAGCACTGGTTGCACAACGTGAATACGAAACATTAAATTCATCGCTTCAAGCTGCTCAAAACCAGATCAATGAAGAAG TTTTCCGCCAACAAAAAAGTATTATTGAACAATCTTTACATTACCAAGGTTTAGAAGAGCAATTAAAAGAAAACCACATT CAAACGCTTAAAATACAAAAGATTGCCGGCTTCTTAGTCGTATTACTGACTGTATTGGCTATTTATTCTTTTAGAAAACA ACAGGTAAATCGATTCTTAAAAAAACGCTTACATTTATTACTCAATAAATACTATACCCATCCAAGAAGTGGATTACGTA ACTTACGATTGCTAACAGAGCGTTTACCTTCGTCTTTACAACAAAGCAGTTCCAACTTAGAGCAATGGCATTTAGGTGAA CTAATCAATGAACCATTAAGTGACCGCTTACGCTTTACCCTTTTTAATGTACCTATGCTACAAGATTTATATATGACTCA AGGGTATCAAGAAGGGTTAGCAATAGAGAAAGAATTTGGCGATCATTTATCGGCTGTAGTGAGATCCCCTAGCCGTATTT ATCATTTTTCAGATGCGAGCTTTCTTTACATAGAGCATAAATCAGACACAACAAGTTGCGCACAAGAAATGGCAGAAACC GTTCAACAATGGATAAACAACTTCACATCCGATGTTATGACAGATAAAACCGTTAATATAGGAATGGTTGAATACCCATT TTTACCCCGAGCATATACTGCGATTAATGATCGGGAGCTGATTGATATTTTATTGATGGCAACGAACACGGCAAGAGATA TCCACGCCCAAGAATCAGGCAGTCAATGGGTGCATTATCGAGCAATAGATAACGCACCAGCGGCAAGTTTTGCCACGAAT AATATACGTTCAGCGTGTGAACAAGCCATCAATCAAGGCTTAATCAAAGTGTACTCGTCAAGAAATACATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases GAAAAGCACATATTTATCGTCTAATTTGTCTACTTTGAACCGTTTTCTTAGTAGACAAATTTCATGACAACGATAGTATG TAATAGTTGTTTTTTAGTGG
Downstream 100 bases:
>100_bases TCATTTTAAAAAACAACTCACAAATTTAATAAAATTTAGCTACAAATGATTATCAACTATACAAACACCGTTATTTTTTT TAGTCTGTTAATTATAAATT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: TPR Repeat-Containing Protein
Number of amino acids: Translated: 743; Mature: 743
Protein sequence:
>743_residues MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTERLPSSLQQSSSNLEQWHLGE LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT
Sequences:
>Translated_743_residues MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTERLPSSLQQSSSNLEQWHLGE LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT >Mature_743_residues MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTERLPSSLQQSSSNLEQWHLGE LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT
Specific function: Unknown
COG id: COG0457
COG function: function code R; FOG: TPR repeat
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 85786; Mature: 85786
Theoretical pI: Translated: 7.55; Mature: 7.55
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.5 %Met (Translated Protein) 1.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 1.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISP CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC SQDPNRIQINNDSERTIRTPISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLK CCCCCEEEECCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNTKTDIHQKIYFRLALIHAQVE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIH HCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LEQGRFNLALVQYFNALDQEKEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLN HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH EYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYSNQDNNISLKLQSQKLLSETY HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHH EKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCH QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH RLPSSLQQSSSNLEQWHLGELINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFG HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHH DHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAETVQQWINNFTSDVMTDKTVNI HHHHHHHCCCHHEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC GMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN CEEECCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHH NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC >Mature Secondary Structure MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISP CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC SQDPNRIQINNDSERTIRTPISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLK CCCCCEEEECCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNTKTDIHQKIYFRLALIHAQVE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIH HCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LEQGRFNLALVQYFNALDQEKEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLN HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH EYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYSNQDNNISLKLQSQKLLSETY HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHH EKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCH QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH RLPSSLQQSSSNLEQWHLGELINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFG HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHH DHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAETVQQWINNFTSDVMTDKTVNI HHHHHHHCCCHHEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC GMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN CEEECCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHH NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA