Definition | Prochlorococcus marinus str. AS9601, complete genome. |
---|---|
Accession | NC_008816 |
Length | 1,669,886 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is 123968937
Identifier: 123968937
GI number: 123968937
Start: 1174329
End: 1175612
Strand: Reverse
Name: 123968937
Synonym: A9601_14041
Alternate gene names: NA
Gene position: 1175612-1174329 (Counterclockwise)
Preceding gene: 123968938
Following gene: 123968936
Centisome position: 70.4
GC content: 22.43
Gene sequence:
>1284_bases TTGAAAATATCAAAATCTTATATTTTATGTTTATCTCTTTTTCTACCTTTTAGATCATATATAATACTTTTTCCATTAAT AGTTTTTAGTTTATTTAATAAAATAACTATTCCTAGAAAAGTTTTAAGAGATTTTTTGGTTTGTATATTTGCTTTAAGTA TTGCTTTAATATTTGGGAACTCAATAAATTTTGAATTTAATTCAAGTTCAAATCTTTTAAGAATTTTTAGAGAGTATTTT TCAACTGTACGATATTTTTTTCTTATAGTTATCTTTTGTAATGCTGTTAAGAATATTCACCGTTATCATAAATTAATTAA TAAATTAGAAAAATTTTTTACTGGATTTTTAGTATTAAATTCTTTAGTTATTTTACTATGTTTATTTTTTCCTCAATTAA ATGATTTTTTGAAATATTTATATAACTTTGGTAATGTAGTTGATACTTTGCCAGTTAAATATAGAGCTATGGGTTTAGTT GGAGCATATGAATATTCGTCTCTAGCATGTATCAGTTTATCAATTTTGGGACTAGTTAATAAGAGTCAAACTATGTTTTA TTTAGGTATTTTTTCTTCTGCTGCTACAGGAAGATTTGGCGTATTAGCTTCATTCTTATTAATATTTTTTCAATTTGCAA GTTTGATATTTGTGACATTAAAGAAATTAATTTTTAATTTAAAAATTTCAAAAAATATCTCAGTAAAAATTTTAATTTCA GTTGTTTCACTTTCAGGATTTTTATTAACAATATATTTGCTTTTGGTTAATATTCTTGGTCAAAATTTATCAATAAGTCA ATTGGTACAAATTTTTGGAGATGCCTCTTATTTTTCAAATACAACATCTAGTAATATTGGGGTTTTTGATAAACTAGGTT ATGCTAATTATGATATTTTTGCTGATTATTTTAAATCAAGGATGGGATTTACAGAATTAATGATAGGTTCTGGTGATTCC TCAATTGATTTAATTGAGATTGATTCAGGATGGTATAGATTATTGAATAAAGGGGGTATTCTTTTTTTAATATTTACACT ATCTACTTTTTTCTATTTTCTTAAAAAATCATTTGAGCGTGCAGAAAAGATTATTGAAAATAAAGATTTATATAAAAAAC TTAAATTCTACATTTCAACTTATTCAATATTTATGCTTTTACTTAATACAAAAAGTATGGCATTATTATCATCTTTTACT TTAGATATTTTCTTAATTACTATTTTGATTATTGTAAATTGTGGTTATAAATACCGAGAAGATTACATTTTTGAAGAAAA TTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases ATACTTTAAAAAAAATTTTCAAAATTGTGATTTTTTTATTTTATTAATTTCAAATATCAATAAATACTTTAAAATTGAGC TTAATGCTGAAATAAAAAAT
Downstream 100 bases:
>100_bases ATTATAACTGTTTATGCTATTTGTATTCCGAAATTTAAATATATAATGTAGATAGTTTCAAGGGGAAATAGGATTTATAT GAATTATAAATTCCTTATAG
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 427; Mature: 427
Protein sequence:
>427_residues MKISKSYILCLSLFLPFRSYIILFPLIVFSLFNKITIPRKVLRDFLVCIFALSIALIFGNSINFEFNSSSNLLRIFREYF STVRYFFLIVIFCNAVKNIHRYHKLINKLEKFFTGFLVLNSLVILLCLFFPQLNDFLKYLYNFGNVVDTLPVKYRAMGLV GAYEYSSLACISLSILGLVNKSQTMFYLGIFSSAATGRFGVLASFLLIFFQFASLIFVTLKKLIFNLKISKNISVKILIS VVSLSGFLLTIYLLLVNILGQNLSISQLVQIFGDASYFSNTTSSNIGVFDKLGYANYDIFADYFKSRMGFTELMIGSGDS SIDLIEIDSGWYRLLNKGGILFLIFTLSTFFYFLKKSFERAEKIIENKDLYKKLKFYISTYSIFMLLLNTKSMALLSSFT LDIFLITILIIVNCGYKYREDYIFEEN
Sequences:
>Translated_427_residues MKISKSYILCLSLFLPFRSYIILFPLIVFSLFNKITIPRKVLRDFLVCIFALSIALIFGNSINFEFNSSSNLLRIFREYF STVRYFFLIVIFCNAVKNIHRYHKLINKLEKFFTGFLVLNSLVILLCLFFPQLNDFLKYLYNFGNVVDTLPVKYRAMGLV GAYEYSSLACISLSILGLVNKSQTMFYLGIFSSAATGRFGVLASFLLIFFQFASLIFVTLKKLIFNLKISKNISVKILIS VVSLSGFLLTIYLLLVNILGQNLSISQLVQIFGDASYFSNTTSSNIGVFDKLGYANYDIFADYFKSRMGFTELMIGSGDS SIDLIEIDSGWYRLLNKGGILFLIFTLSTFFYFLKKSFERAEKIIENKDLYKKLKFYISTYSIFMLLLNTKSMALLSSFT LDIFLITILIIVNCGYKYREDYIFEEN >Mature_427_residues MKISKSYILCLSLFLPFRSYIILFPLIVFSLFNKITIPRKVLRDFLVCIFALSIALIFGNSINFEFNSSSNLLRIFREYF STVRYFFLIVIFCNAVKNIHRYHKLINKLEKFFTGFLVLNSLVILLCLFFPQLNDFLKYLYNFGNVVDTLPVKYRAMGLV GAYEYSSLACISLSILGLVNKSQTMFYLGIFSSAATGRFGVLASFLLIFFQFASLIFVTLKKLIFNLKISKNISVKILIS VVSLSGFLLTIYLLLVNILGQNLSISQLVQIFGDASYFSNTTSSNIGVFDKLGYANYDIFADYFKSRMGFTELMIGSGDS SIDLIEIDSGWYRLLNKGGILFLIFTLSTFFYFLKKSFERAEKIIENKDLYKKLKFYISTYSIFMLLLNTKSMALLSSFT LDIFLITILIIVNCGYKYREDYIFEEN
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 49151; Mature: 49151
Theoretical pI: Translated: 9.73; Mature: 9.73
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.4 %Cys (Translated Protein) 1.6 %Met (Translated Protein) 3.0 %Cys+Met (Translated Protein) 1.4 %Cys (Mature Protein) 1.6 %Met (Mature Protein) 3.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKISKSYILCLSLFLPFRSYIILFPLIVFSLFNKITIPRKVLRDFLVCIFALSIALIFGN CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC SINFEFNSSSNLLRIFREYFSTVRYFFLIVIFCNAVKNIHRYHKLINKLEKFFTGFLVLN CCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SLVILLCLFFPQLNDFLKYLYNFGNVVDTLPVKYRAMGLVGAYEYSSLACISLSILGLVN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC KSQTMFYLGIFSSAATGRFGVLASFLLIFFQFASLIFVTLKKLIFNLKISKNISVKILIS CCCEEEEEEEHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH VVSLSGFLLTIYLLLVNILGQNLSISQLVQIFGDASYFSNTTSSNIGVFDKLGYANYDIF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHH ADYFKSRMGFTELMIGSGDSSIDLIEIDSGWYRLLNKGGILFLIFTLSTFFYFLKKSFER HHHHHHHCCHHHEEECCCCCCEEEEEECCHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHH AEKIIENKDLYKKLKFYISTYSIFMLLLNTKSMALLSSFTLDIFLITILIIVNCGYKYRE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCC DYIFEEN CCCCCCC >Mature Secondary Structure MKISKSYILCLSLFLPFRSYIILFPLIVFSLFNKITIPRKVLRDFLVCIFALSIALIFGN CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC SINFEFNSSSNLLRIFREYFSTVRYFFLIVIFCNAVKNIHRYHKLINKLEKFFTGFLVLN CCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SLVILLCLFFPQLNDFLKYLYNFGNVVDTLPVKYRAMGLVGAYEYSSLACISLSILGLVN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC KSQTMFYLGIFSSAATGRFGVLASFLLIFFQFASLIFVTLKKLIFNLKISKNISVKILIS CCCEEEEEEEHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH VVSLSGFLLTIYLLLVNILGQNLSISQLVQIFGDASYFSNTTSSNIGVFDKLGYANYDIF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHH ADYFKSRMGFTELMIGSGDSSIDLIEIDSGWYRLLNKGGILFLIFTLSTFFYFLKKSFER HHHHHHHCCHHHEEECCCCCCEEEEEECCHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHH AEKIIENKDLYKKLKFYISTYSIFMLLLNTKSMALLSSFTLDIFLITILIIVNCGYKYRE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCC DYIFEEN CCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA