| Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_002162 |
| Length | 751,719 |
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The map label for this gene is dnaE
Identifier: 13357977
GI number: 13357977
Start: 477991
End: 480900
Strand: Reverse
Name: dnaE
Synonym: UU415
Alternate gene names: 13357977
Gene position: 480900-477991 (Counterclockwise)
Preceding gene: 13357978
Following gene: 13357976
Centisome position: 63.97
GC content: 24.33
Gene sequence:
>2910_bases ATGTTTATTAATTTAAATGTGCATTCACATTATTCTTTACTTAATAGTACTTTAAGTATTGATGATTTAATTAAATACGC ATTAGATAACAAACAACCATACGTTTGCTTAACTGATTTAAATAATATGTATGGCTGTATCGAATTTTATGATAAAGCAA AAGCACATAATTTAACTCCTATTATCGGATTAGAATTTGAATATCAAAATGCTACTTTAGTAGCTTATGCTAAAAATTAT AATGGCTATTTAAAATTAATCAAATGATCATCTTGAATTATGACAAGTAAAGAATTTGAAATTCAAGATGATTTTGATGA CTTAATTATTGTTTGTAAAAAAGGAACTATAGTTTTTAAGAGTCCTAATTTTTATCAAACGCATGATCAAAATGCTCCTA ATGCGATTGCATTACAAAGTGTTTTCTATGCTAACAAAAATGATAAAATTGTTTTTTTAGCAATGTTAGCAATCAAAAAT GATTTAAAGTTAGAAGATTTTAAAAATTGTTGCGATTTTGATAATAATCATTTTCTAAATGATAATCTAGCACAATCATT TTTTTCACCAATTGCTTTAAATAATTTAAATAAAGTTTTAAATGAATTAAAAGTACAAATTCATGATTTACCAATTAATA TTCCGGTTTATGATAAACAAAATTCAATTATTTCAAGTGAAATTTTAAAACAATTATGTATTAGCGGATTAAAAAAACGC TTAAATGCTAACGATGGCCAAGTTAATAAAATTTATGTTCAAAGATTAAAATATGAATTAGATGTTATTAATGAAAAACA ATTTGATGATTATTTTTTAATTGTTTATGATTTTATTAATTTTGCTAAAAGTAATGGTATCATTGTAGGGCCAGGACGTG GGAGTGCTGCTGGTTCGTTAGTAGCTTATTGTTTACATATTACAGATATTGATCCTATTAAACATAATTTAATTTTTGAA CGTTTTTTAAATCCTACCAGAAAAAGTATGCCAGATATTGATACTGATATTATGGATGAAAAACGCGATCTAGTTATTGA ATATTTATTTGAAAAATATGGCAATGATCATGTTGCTTACATTTTAACGTTTCAACGTTTAAAAGCGAAGATGGCTATTC GAGATGTAGGGCGGATTTTGGGAATTGATTTAAAAGTAATTGATAAAATTTGTAAAAATATTAAACCTGAATATGATGAA GATCTTGATTTAGCAATTAAAAAAAATACGATTTTAAAAGAAATGTATCTTTTGCATAAAGAGTTGTTTGAAATTTCTAA AAAATTAATTAATGCTCCTCGCCAAATAGGCACACACGCTGCAGGGATAATTTTAAGTGATAGTTTAATTTCAAATATTA TTCCAATTCAACTAGGTATTAATGACCGTCCTTTATCACAATATTCAATGGAATATTTAGAGCGTTTTGGTTTAATTAAA ATGGATTTATTAGGTTTGAAAAATTTAACAATTATTGATAATGTTTTAAAAATGATTTATGAAAATCAAAATAAAAAAAT TGATCTCTTTAACATTAACTATAATGATAAATTTGTCTTTGAAGATTTAGCTAAAGCAAGGACAAACGGAATATTTCAAC TAGAATCGCCCGGAATGAAAAAAGTACTATTAAAGGTCAAACCTCAGAATATTGAAGATATTTCTATTGTTTCAGCTCTT TTTCGTCCTGGTCCACAACAAAATATTAAAACATTTGTTGAACGTCGTTTTAAACGTGAAGAGTTTAGTTATTGAAACGA AGCCACAAGGAAAATTTTAGAACCAACTTATGGAATTATTGTTTATCAAGAGCAAGTGATTGAATTAGTTAAAACTATTG CAAATTTTGATATTGCTACTTCCGATAATTTTCGCCGTGCAATATCAAAAAAAGATGAAAAAATTTTAATCCAATTAAAA GATGATTTTATCAATGGTGCTTTGAATAATAATTATAAACAACCATTGGTTAATCAAATTTTTGAATATATTTTTTCGTT TGCACATTATGGTTTTAACCATTCACATTCACTAGCATATTCATATATTAGTTATTGATTAGCGTATTTAAAACATTATT ATACATTAGAATTTTTAAGTGTATTATTATCACATACTAGTGCATCAAAAGATAAATTATTATCATACTTAAATGAAGCA AAAGAATTTAATATTAGTATCAAGGGCCCTGATATTCAATATTTTAGTAATGATTTTGTTATTGATACTCAAAAACAAAT AATTCGTTTTGGTTTCAAAACAATTAAGGGTTTTGGTGATGAATTACTTAAAAAAATCAAATCTGCTCTGCAAAAATCAA CTTTAAGCGATTATATTTCATACATTGATGCTTTAAAAAAAGGCAATGTTAGTTTAAAAAACATTGAAATTTTGATACGA GTCGGCACTTTTGATAGTTTTGGAATTAATCGTTTATTTTTATTAAATAATTTGAATGAAATTTTTGAAAAAACAGGATT GAATGGTCATTTTTTTGATTTAAATTTAGTGGGTTTAGATTATGCAAAAGATATGAGTGTTAATGATCGTTATTTAGATG ATGAAATTCAGTATTTAGGAATTGATTTGAATAGTTTAAATTACGCAAATTATAAAACTGAAATTGATTATAATAAACTA AAATATACAATTAAAGACTTTTATGAAATAAACACAAATTATGAAACAAACATTCTTGCACAAGTTTTAAACATTAAGCA ATCAAAAACTAAAAACGGGAATGATATCTTTTATTTAGAAACACTAATTGATAATAAAAAACAAACACTAACAATTTTTC AAAATAGTAAATATTTAATTGATGAAATTAGTATTGGAGGTATTTATGTTTTTGGAGTTAAATTATTAAATCATTTTAAT TTTATTGTAAATATTAAGCAAAGGATTTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases CGATTGAAGAATTATCATATATCTTAGAATATGAAAAAATTGATAAGAAAACACGTGAAAAGATCAAAAAAATTATTAAA GAGAAACAACAAAATTTATA
Downstream 100 bases:
>100_bases ATTATGAAAAAAGCAATTGTTATTGATGGAAATTCATTGATTTATCGAGCCTTTCACGCTACTTATAAACAAGCTGAATG AGCAGTTGAAAAACAATTAA
Product: DNA polymerase III DnaE
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 969; Mature: 969
Protein sequence:
>969_residues MFINLNVHSHYSLLNSTLSIDDLIKYALDNKQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLTPIIGLEFEYQNATLVAYAKNY NGYLKLIKWSSWIMTSKEFEIQDDFDDLIIVCKKGTIVFKSPNFYQTHDQNAPNAIALQSVFYANKNDKIVFLAMLAIKN DLKLEDFKNCCDFDNNHFLNDNLAQSFFSPIALNNLNKVLNELKVQIHDLPINIPVYDKQNSIISSEILKQLCISGLKKR LNANDGQVNKIYVQRLKYELDVINEKQFDDYFLIVYDFINFAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLHITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDLVIEYLFEKYGNDHVAYILTFQRLKAKMAIRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKPEYDE DLDLAIKKNTILKEMYLLHKELFEISKKLINAPRQIGTHAAGIILSDSLISNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYENQNKKIDLFNINYNDKFVFEDLAKARTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYWNEATRKILEPTYGIIVYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILIQLK DDFINGALNNNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYWLAYLKHYYTLEFLSVLLSHTSASKDKLLSYLNEA KEFNISIKGPDIQYFSNDFVIDTQKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKSALQKSTLSDYISYIDALKKGNVSLKNIEILIR VGTFDSFGINRLFLLNNLNEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAKDMSVNDRYLDDEIQYLGIDLNSLNYANYKTEIDYNKL KYTIKDFYEINTNYETNILAQVLNIKQSKTKNGNDIFYLETLIDNKKQTLTIFQNSKYLIDEISIGGIYVFGVKLLNHFN FIVNIKQRI
Sequences:
>Translated_969_residues MFINLNVHSHYSLLNSTLSIDDLIKYALDNKQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLTPIIGLEFEYQNATLVAYAKNY NGYLKLIK*SS*IMTSKEFEIQDDFDDLIIVCKKGTIVFKSPNFYQTHDQNAPNAIALQSVFYANKNDKIVFLAMLAIKN DLKLEDFKNCCDFDNNHFLNDNLAQSFFSPIALNNLNKVLNELKVQIHDLPINIPVYDKQNSIISSEILKQLCISGLKKR LNANDGQVNKIYVQRLKYELDVINEKQFDDYFLIVYDFINFAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLHITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDLVIEYLFEKYGNDHVAYILTFQRLKAKMAIRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKPEYDE DLDLAIKKNTILKEMYLLHKELFEISKKLINAPRQIGTHAAGIILSDSLISNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYENQNKKIDLFNINYNDKFVFEDLAKARTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSY*NEATRKILEPTYGIIVYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILIQLK DDFINGALNNNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISY*LAYLKHYYTLEFLSVLLSHTSASKDKLLSYLNEA KEFNISIKGPDIQYFSNDFVIDTQKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKSALQKSTLSDYISYIDALKKGNVSLKNIEILIR VGTFDSFGINRLFLLNNLNEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAKDMSVNDRYLDDEIQYLGIDLNSLNYANYKTEIDYNKL KYTIKDFYEINTNYETNILAQVLNIKQSKTKNGNDIFYLETLIDNKKQTLTIFQNSKYLIDEISIGGIYVFGVKLLNHFN FIVNIKQRI >Mature_969_residues MFINLNVHSHYSLLNSTLSIDDLIKYALDNKQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLTPIIGLEFEYQNATLVAYAKNY NGYLKLIK*SS*IMTSKEFEIQDDFDDLIIVCKKGTIVFKSPNFYQTHDQNAPNAIALQSVFYANKNDKIVFLAMLAIKN DLKLEDFKNCCDFDNNHFLNDNLAQSFFSPIALNNLNKVLNELKVQIHDLPINIPVYDKQNSIISSEILKQLCISGLKKR LNANDGQVNKIYVQRLKYELDVINEKQFDDYFLIVYDFINFAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVAYCLHITDIDPIKHNLIFE RFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDLVIEYLFEKYGNDHVAYILTFQRLKAKMAIRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKPEYDE DLDLAIKKNTILKEMYLLHKELFEISKKLINAPRQIGTHAAGIILSDSLISNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIK MDLLGLKNLTIIDNVLKMIYENQNKKIDLFNINYNDKFVFEDLAKARTNGIFQLESPGMKKVLLKVKPQNIEDISIVSAL FRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSY*NEATRKILEPTYGIIVYQEQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILIQLK DDFINGALNNNYKQPLVNQIFEYIFSFAHYGFNHSHSLAYSYISY*LAYLKHYYTLEFLSVLLSHTSASKDKLLSYLNEA KEFNISIKGPDIQYFSNDFVIDTQKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKSALQKSTLSDYISYIDALKKGNVSLKNIEILIR VGTFDSFGINRLFLLNNLNEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAKDMSVNDRYLDDEIQYLGIDLNSLNYANYKTEIDYNKL KYTIKDFYEINTNYETNILAQVLNIKQSKTKNGNDIFYLETLIDNKKQTLTIFQNSKYLIDEISIGGIYVFGVKLLNHFN FIVNIKQRI
Specific function: DNA polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative synthesis in bacteria. This DNA polymerase also exhibits 3' to 5' exonuclease activity. The alpha chain is the DNA polymerase [H]
COG id: COG0587
COG function: function code L; DNA polymerase III, alpha subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the DNA polymerase type-C family. DnaE subfamily [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786381, Length=1017, Percent_Identity=29.7935103244838, Blast_Score=437, Evalue=1e-123,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011708 - InterPro: IPR004013 - InterPro: IPR003141 - InterPro: IPR016195 - InterPro: IPR004805 [H]
Pfam domain/function: PF07733 DNA_pol3_alpha; PF02811 PHP [H]
EC number: =2.7.7.7 [H]
Molecular weight: Translated: 111529; Mature: 111529
Theoretical pI: Translated: 7.45; Mature: 7.45
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.8 %Cys (Translated Protein) 1.3 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.8 %Cys (Mature Protein) 1.3 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MFINLNVHSHYSLLNSTLSIDDLIKYALDNKQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLTP CEEEEEEHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCE IIGLEFEYQNATLVAYAKNYNGYLKLIKSSIMTSKEFEIQDDFDDLIIVCKKGTIVFKSP EEEEEEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEECCCCCCEEEEEECCEEEEECC NFYQTHDQNAPNAIALQSVFYANKNDKIVFLAMLAIKNDLKLEDFKNCCDFDNNHFLNDN CCCCCCCCCCCCCEEEHHHHEECCCCCEEEEEEEHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCH LAQSFFSPIALNNLNKVLNELKVQIHDLPINIPVYDKQNSIISSEILKQLCISGLKKRLN HHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEEECCEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC ANDGQVNKIYVQRLKYELDVINEKQFDDYFLIVYDFINFAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVA CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHHHH YCLHITDIDPIKHNLIFERFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDLVIEYLFEKYGNDHVAYIL HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE TFQRLKAKMAIRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKPEYDEDLDLAIKKNTILKEMYLLHKEL EHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHH FEISKKLINAPRQIGTHAAGIILSDSLISNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIKMD HHHHHHHHCCCHHHCCCHHHHEEEHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEH LLGLKNLTIIDNVLKMIYENQNKKIDLFNINYNDKFVFEDLAKARTNGIFQLESPGMKKV HHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCEEE LLKVKPQNIEDISIVSALFRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYNEATRKILEPTYGIIVYQ EEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCEEEEEH EQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILIQLKDDFINGALNNNYKQPLVNQIFEY HHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHCCCCCEEEEEEECHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH IFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYLAYLKHYYTLEFLSVLLSHTSASKDKLLSYLNEAKEFN HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEE ISIKGPDIQYFSNDFVIDTQKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKSALQKSTLSDYISYIDA EEEECCCEEEECCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKKGNVSLKNIEILIRVGTFDSFGINRLFLLNNLNEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAKD HHCCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCC MSVNDRYLDDEIQYLGIDLNSLNYANYKTEIDYNKLKYTIKDFYEINTNYETNILAQVLN CCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCEEEECCHHHHHHEEHHHEEECCCCCHHHHHHHHH IKQSKTKNGNDIFYLETLIDNKKQTLTIFQNSKYLIDEISIGGIYVFGVKLLNHFNFIVN HHHHCCCCCCEEEEEEHHHCCCCEEEEEEECCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHEEE IKQRI EHHCC >Mature Secondary Structure MFINLNVHSHYSLLNSTLSIDDLIKYALDNKQPYVCLTDLNNMYGCIEFYDKAKAHNLTP CEEEEEEHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCE IIGLEFEYQNATLVAYAKNYNGYLKLIKSSIMTSKEFEIQDDFDDLIIVCKKGTIVFKSP EEEEEEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEECCCCCCEEEEEECCEEEEECC NFYQTHDQNAPNAIALQSVFYANKNDKIVFLAMLAIKNDLKLEDFKNCCDFDNNHFLNDN CCCCCCCCCCCCCEEEHHHHEECCCCCEEEEEEEHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCH LAQSFFSPIALNNLNKVLNELKVQIHDLPINIPVYDKQNSIISSEILKQLCISGLKKRLN HHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECEEECCEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC ANDGQVNKIYVQRLKYELDVINEKQFDDYFLIVYDFINFAKSNGIIVGPGRGSAAGSLVA CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCHHHHHH YCLHITDIDPIKHNLIFERFLNPTRKSMPDIDTDIMDEKRDLVIEYLFEKYGNDHVAYIL HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE TFQRLKAKMAIRDVGRILGIDLKVIDKICKNIKPEYDEDLDLAIKKNTILKEMYLLHKEL EHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHH FEISKKLINAPRQIGTHAAGIILSDSLISNIIPIQLGINDRPLSQYSMEYLERFGLIKMD HHHHHHHHCCCHHHCCCHHHHEEEHHHHHCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEH LLGLKNLTIIDNVLKMIYENQNKKIDLFNINYNDKFVFEDLAKARTNGIFQLESPGMKKV HHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCEEE LLKVKPQNIEDISIVSALFRPGPQQNIKTFVERRFKREEFSYNEATRKILEPTYGIIVYQ EEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCEEEEEH EQVIELVKTIANFDIATSDNFRRAISKKDEKILIQLKDDFINGALNNNYKQPLVNQIFEY HHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHCCCCCEEEEEEECHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH IFSFAHYGFNHSHSLAYSYISYLAYLKHYYTLEFLSVLLSHTSASKDKLLSYLNEAKEFN HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHEE ISIKGPDIQYFSNDFVIDTQKQIIRFGFKTIKGFGDELLKKIKSALQKSTLSDYISYIDA EEEECCCEEEECCCEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKKGNVSLKNIEILIRVGTFDSFGINRLFLLNNLNEIFEKTGLNGHFFDLNLVGLDYAKD HHCCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCC MSVNDRYLDDEIQYLGIDLNSLNYANYKTEIDYNKLKYTIKDFYEINTNYETNILAQVLN CCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCEEEECCHHHHHHEEHHHEEECCCCCHHHHHHHHH IKQSKTKNGNDIFYLETLIDNKKQTLTIFQNSKYLIDEISIGGIYVFGVKLLNHFNFIVN HHHHCCCCCCEEEEEEHHHCCCCEEEEEEECCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHEEE IKQRI EHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 11048724 [H]