Definition Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome.
Accession NC_011312
Length 3,325,165

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The map label for this gene is 209694286

Identifier: 209694286

GI number: 209694286

Start: 783603

End: 785834

Strand: Reverse

Name: 209694286

Synonym: VSAL_I0697

Alternate gene names: NA

Gene position: 785834-783603 (Counterclockwise)

Preceding gene: 209694287

Following gene: 209694285

Centisome position: 23.63

GC content: 36.16

Gene sequence:

>2232_bases
ATGATTTACATGCCTTTGCGTCAATGCTTTCTTGTTATTTTGATTTTATTCCCGCTTTCTGCTTGGGCTAAATTTTTCTC
TGCGCCAATTCTAAATGATGCTTATCAATTATTAGAAACAAACCCAGAGCAATCCCTCTCTATTGCTAATCAATATCTAG
AACAACGCCAGATATCACCAAGCCAAGATCCTAATCGAATTCAAATCAACAATGATTCTGAGCGTACTATTCGTACGCCA
ATCAGTACTGTTGAGGCATTTCAAATAAAAGCACTCGCCAATAAACGATTAAGTCGAAATCGTGAATCCATAGAATCAAT
TAAACAAGCAATCTCTTTGGCTGATGATTTCAGTTTAAAATCAAGCTACCTTGAATCAAAACTAATTTATGCCAGTTTAT
GGTGGGATTTAACGAAAGACATTGATGAAACGAATACTATTTTAGACGAAATCCAACAAAGTTTATCTCAATTAAATACC
AAGACAGATATCCATCAAAAAATATATTTTAGATTAGCATTAATTCATGCTCAAGTCGAGTCAGAGCAAGGAAACAACAA
TAAAGCCCAACGCTACTTTAGCGAAGCCATGAGCTACGGTAATTCACTGAACGATCCAAGTAGCATGATTTATTATCATA
TCTCTTACGGTCGACATTTCTTGAAGAACAAGCAATTTGACCAAGCCTTAACGGAACTATTAAGTGCTTATTGGCAATCT
ATTGAGGCTGATAATAGTGGCCAATTAGCAAGTACTAACTATTTATTAGGTCAGCTTTTCTTCCAACGAAAAGTACTTGA
TAAAGCCCTTGAGCATGCTTCTCAATCTGCCGAGTTTTATGGTCGCTATAATAAAAGTGAACAGCTTTCTAATGTGCTTG
TGTTAATCGCGAAGATCCACCTTGAGCAAGGCCGATTCAACTTAGCGCTTGTTCAATATTTTAATGCCCTCGATCAAGAG
AAAGAAAAGAATAACGTAAATAAACTGATCTCACTTCGTTTAGACATCGCGAATACGTATTTCTTACTTTATAACTACGC
CCTTAGTGAGCATTACTTAAAACAAGCAAACAACCTAAACGAATACGTTGATTTACCAAAAGAGCAAGCCTTTGCCAACT
TACTTCAGGCAAAACTAAACCTAGTGCACAACAAACCGAAACTGGCTGTTAGCGACATTCAAAAAGCAATTAAATACAGT
AATCAAGATAATAATATTTCATTAAAATTACAGTCTCAGAAACTTCTTTCTGAGACCTATGAAAAAATGGGATTATTTAA
AAAAGCACTGGTTGCACAACGTGAATACGAAACATTAAATTCATCGCTTCAAGCTGCTCAAAACCAGATCAATGAAGAAG
TTTTCCGCCAACAAAAAAGTATTATTGAACAATCTTTACATTACCAAGGTTTAGAAGAGCAATTAAAAGAAAACCACATT
CAAACGCTTAAAATACAAAAGATTGCCGGCTTCTTAGTCGTATTACTGACTGTATTGGCTATTTATTCTTTTAGAAAACA
ACAGGTAAATCGATTCTTAAAAAAACGCTTACATTTATTACTCAATAAATACTATACCCATCCAAGAAGTGGATTACGTA
ACTTACGATTGCTAACAGAGCGTTTACCTTCGTCTTTACAACAAAGCAGTTCCAACTTAGAGCAATGGCATTTAGGTGAA
CTAATCAATGAACCATTAAGTGACCGCTTACGCTTTACCCTTTTTAATGTACCTATGCTACAAGATTTATATATGACTCA
AGGGTATCAAGAAGGGTTAGCAATAGAGAAAGAATTTGGCGATCATTTATCGGCTGTAGTGAGATCCCCTAGCCGTATTT
ATCATTTTTCAGATGCGAGCTTTCTTTACATAGAGCATAAATCAGACACAACAAGTTGCGCACAAGAAATGGCAGAAACC
GTTCAACAATGGATAAACAACTTCACATCCGATGTTATGACAGATAAAACCGTTAATATAGGAATGGTTGAATACCCATT
TTTACCCCGAGCATATACTGCGATTAATGATCGGGAGCTGATTGATATTTTATTGATGGCAACGAACACGGCAAGAGATA
TCCACGCCCAAGAATCAGGCAGTCAATGGGTGCATTATCGAGCAATAGATAACGCACCAGCGGCAAGTTTTGCCACGAAT
AATATACGTTCAGCGTGTGAACAAGCCATCAATCAAGGCTTAATCAAAGTGTACTCGTCAAGAAATACATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAAAAGCACATATTTATCGTCTAATTTGTCTACTTTGAACCGTTTTCTTAGTAGACAAATTTCATGACAACGATAGTATG
TAATAGTTGTTTTTTAGTGG

Downstream 100 bases:

>100_bases
TCATTTTAAAAAACAACTCACAAATTTAATAAAATTTAGCTACAAATGATTATCAACTATACAAACACCGTTATTTTTTT
TAGTCTGTTAATTATAAATT

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: TPR Repeat-Containing Protein

Number of amino acids: Translated: 743; Mature: 743

Protein sequence:

>743_residues
MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP
ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT
KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS
IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE
KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS
NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI
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LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET
VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN
NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT

Sequences:

>Translated_743_residues
MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP
ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT
KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS
IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE
KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS
NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI
QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTERLPSSLQQSSSNLEQWHLGE
LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET
VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN
NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT
>Mature_743_residues
MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISPSQDPNRIQINNDSERTIRTP
ISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLKSSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNT
KTDIHQKIYFRLALIHAQVESEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS
IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIHLEQGRFNLALVQYFNALDQE
KEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLNEYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYS
NQDNNISLKLQSQKLLSETYEKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI
QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTERLPSSLQQSSSNLEQWHLGE
LINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFGDHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAET
VQQWINNFTSDVMTDKTVNIGMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN
NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT

Specific function: Unknown

COG id: COG0457

COG function: function code R; FOG: TPR repeat

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 85786; Mature: 85786

Theoretical pI: Translated: 7.55; Mature: 7.55

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
1.5 %Met     (Translated Protein)
1.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
1.5 %Met     (Mature Protein)
1.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISP
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SQDPNRIQINNDSERTIRTPISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLK
CCCCCEEEECCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNTKTDIHQKIYFRLALIHAQVE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIH
HCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
LEQGRFNLALVQYFNALDQEKEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLN
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH
EYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYSNQDNNISLKLQSQKLLSETY
HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHH
EKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCH
QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH
RLPSSLQQSSSNLEQWHLGELINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFG
HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHH
DHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAETVQQWINNFTSDVMTDKTVNI
HHHHHHHCCCHHEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
GMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN
CEEECCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHH
NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
>Mature Secondary Structure
MIYMPLRQCFLVILILFPLSAWAKFFSAPILNDAYQLLETNPEQSLSIANQYLEQRQISP
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SQDPNRIQINNDSERTIRTPISTVEAFQIKALANKRLSRNRESIESIKQAISLADDFSLK
CCCCCEEEECCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SSYLESKLIYASLWWDLTKDIDETNTILDEIQQSLSQLNTKTDIHQKIYFRLALIHAQVE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SEQGNNNKAQRYFSEAMSYGNSLNDPSSMIYYHISYGRHFLKNKQFDQALTELLSAYWQS
CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
IEADNSGQLASTNYLLGQLFFQRKVLDKALEHASQSAEFYGRYNKSEQLSNVLVLIAKIH
HCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
LEQGRFNLALVQYFNALDQEKEKNNVNKLISLRLDIANTYFLLYNYALSEHYLKQANNLN
HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH
EYVDLPKEQAFANLLQAKLNLVHNKPKLAVSDIQKAIKYSNQDNNISLKLQSQKLLSETY
HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHH
EKMGLFKKALVAQREYETLNSSLQAAQNQINEEVFRQQKSIIEQSLHYQGLEEQLKENHI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCH
QTLKIQKIAGFLVVLLTVLAIYSFRKQQVNRFLKKRLHLLLNKYYTHPRSGLRNLRLLTE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH
RLPSSLQQSSSNLEQWHLGELINEPLSDRLRFTLFNVPMLQDLYMTQGYQEGLAIEKEFG
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DHLSAVVRSPSRIYHFSDASFLYIEHKSDTTSCAQEMAETVQQWINNFTSDVMTDKTVNI
HHHHHHHCCCHHEEEECCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
GMVEYPFLPRAYTAINDRELIDILLMATNTARDIHAQESGSQWVHYRAIDNAPAASFATN
CEEECCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHH
NIRSACEQAINQGLIKVYSSRNT
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA