| Definition | Clostridium botulinum A2 str. Kyoto chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_012563 |
| Length | 4,155,278 |
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The map label for this gene is yhgE [H]
Identifier: 226948267
GI number: 226948267
Start: 1186560
End: 1188719
Strand: Direct
Name: yhgE [H]
Synonym: CLM_1147
Alternate gene names: 226948267
Gene position: 1186560-1188719 (Clockwise)
Preceding gene: 226948266
Following gene: 226948269
Centisome position: 28.56
GC content: 27.36
Gene sequence:
>2160_bases ATGAAAAAGGTATTTAGAATATTTTCAAGAGATTTAAAAAATATAGTTAAACATCCTGCAGCCATTATAGTAGTATTAGG ATTATGCTTTATCCCTTCTTTGTATGCATGGATTAATATAGAGGCTTGTTGGGATCCCTATGCTAATACGGGAAATTTGC CTATAGCCATAGTTAATAAGGATGAAGGTATGATGGTTAGGGGAAAATATACAAATGTAGGAAATGGCATTATTGAAAGT TTAAAGGGAAATAAAAAAATGGGCTGGGTTTTTGTAGATGAGTGGCAAGCAAATTATGGACTTAATGAAGGTAAATATTA TGCTCTTATAGAAATACCTTCTAATTTTACTAGTGGACTAGCAAGTTTAAAAACTACAGATCCCCAAAAACCTAATATTA TATATAGAGTTAATGAAAAATCAAATGCCATAGCAACTAAAATAACCAATGCGGCAAAAGGAAGTTTGGCTAAAGAAATT CAAACCAATTTTGTTTATACAGTAAACAAAGAAGCTTTTAAGTTATTAAATAATACAGGTGGTCAATTAGAAAAGAATAA ATCTAAGATACTTGGCATAAAATCTACTTTAGAGCTCGGAAATAAAAGTATTGGAGAAGTAAAAAATATAATAGATGATG CTAGTAAAGATTCAGAAAGCTTAAAACAGTATTTTAACGATACAAAGGACAAGTTACCACTTATAACAGATCAAATAAAT AATCTACAGAAAGCAACAGAAGCTAGCAAAAATCTAGTAAATGAAACGGAACGAGATTTAAATGGCATAGCAAAAAATAT TAATAATGATATGATATATAGAGAAAGCACAAATAGTAAAATTAATAGCATATTAACAAATTTAAAAGAGTATAACAATG TTAGTAATAATTCAGAAATGATTAAACTTGTAGATGAAGCATCAAAATTATGTGATTCTATAAATAGTAATATAGATGGG ACTATAAAATCATTAGAAATAGTAAATATTTTAAAACCTAATAAAATAATTGAGGAATTAATAAATAGTTTAAAAAATTT ACAAGAAAAAGTTAATGGTGAAAAAAATAAATTAACTGAACTAAAGAATAAGATTTCTACTTCAAATAATAATAAACAAA ATATAAATCAGGTTGTAGAATCTATATTGCTATTAAATGATGAGATAAATAAAAATATGAGAAATACATCTAATATTTTT TATAATCAAACAACTATGATAATAGAAAATACTGCTAAAGGATTAAACAATAGATTAGATACAGCTAATGACATATTAGA TACTACCAAATTAGTAATACCTCAACTAAAGGCTTTGGGGGATTTTGGAGTAGGAACTAGTGATGCAGCTTTAAAAGATG GAAAAAAAATAAATAATAAATTAGCAGAATTTAAAAAAACAATAAATAAACTAGAGGAAAAAACATCTTCTTTAACTGAA GATAATTTAGATAAAATAATAAATTTAACTCAGAAAAATCCAGAACAAATGGCTTCATTTATATCTTCTCCAATAAATAT TAAAGAAGAGGAGATATATAATACAGGCATATTTGGAGTAGGATTAACTCCATTTTATACAGTTTTAGCTATATGGGTAG GAGTTCTATTAATGAGTTCATTGATATCTGTAGAAGCAGAAGAATTTGAGGGAGAGAAAAAGCTTACTCATCTTCAAGTA TATTTTGGAAAATTGCTTTTATTTTTATCAATAGCCATAATACAAGGTGTTATTGTAACCTTAGGAGATGTATTTATTTT AGGAATAAAACCAGCAAGTATGGGATTGTTGATGGTATTTACTATAGTAACAGCTATAACTTTCACTTTTATAATATATA CCCTAGTATCTATTTTCGGAAACCTTGGAAAGGCTATTGCAGTAGTTATAATGGTATTTCAAATAGCTGGTGCAGGGGGA ATATATCCAATACAAACTAATCCTAAAATATTTGGAGTATTGCAGCCTTTGTGGCCTTTTACTTATGCCATAGCAGGATT TAGAGAAGCTATAGCAGGGCCTGTACGAGCCGCTGTAATTAAAAATTTAGGAGCTTTATTTATATTTTCTATAGGCTCAT TATTATTAGTTGTTCTTAAAAAGCCTTTACATAAGGTTACTGAATATATGAACGATAAATTTATAGAAACAGGATTATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TTCTTAAAATCTCCGTTACATCATAAAATTAGTAAGTTTGACGAAGACTTTAAGGCTTCAGGAATATCAGAATAAATAGA GAAAATAAAGAGGTGAGCAT
Downstream 100 bases:
>100_bases GGAAATTATAACTTAACAGTCTTTAAAGGTTGAAAATTAAAACAAGAAATACTTTTAGTCAATAGATAGCTATAAAAATA AAGAATACTAATATTTGTGC
Product: putative phage infection protein
Products: NA
Alternate protein names: ORFB [H]
Number of amino acids: Translated: 719; Mature: 719
Protein sequence:
>719_residues MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNKDEGMMVRGKYTNVGNGIIES LKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGLASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEI QTNFVYTVNKEAFKLLNNTGGQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQIN NLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEMIKLVDEASKLCDSINSNIDG TIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTELKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIF YNQTTMIIENTAKGLNNRLDTANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTE DNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSSLISVEAEEFEGEKKLTHLQV YFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVFTIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGG IYPIQTNPKIFGVLQPLWPFTYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL
Sequences:
>Translated_719_residues MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNKDEGMMVRGKYTNVGNGIIES LKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGLASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEI QTNFVYTVNKEAFKLLNNTGGQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQIN NLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEMIKLVDEASKLCDSINSNIDG TIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTELKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIF YNQTTMIIENTAKGLNNRLDTANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTE DNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSSLISVEAEEFEGEKKLTHLQV YFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVFTIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGG IYPIQTNPKIFGVLQPLWPFTYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL >Mature_719_residues MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNKDEGMMVRGKYTNVGNGIIES LKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGLASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEI QTNFVYTVNKEAFKLLNNTGGQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQIN NLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEMIKLVDEASKLCDSINSNIDG TIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTELKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIF YNQTTMIIENTAKGLNNRLDTANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTE DNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSSLISVEAEEFEGEKKLTHLQV YFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVFTIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGG IYPIQTNPKIFGVLQPLWPFTYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL
Specific function: Unknown
COG id: COG1511
COG function: function code S; Predicted membrane protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: To L.lactis phage infection protein (PIP) [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR013525 - InterPro: IPR022703 - InterPro: IPR017501 - InterPro: IPR017500 [H]
Pfam domain/function: PF01061 ABC2_membrane; PF12051 DUF3533 [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 79681; Mature: 79681
Theoretical pI: Translated: 9.37; Mature: 9.37
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 2.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.9 %Met (Mature Protein) 2.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNK CHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEC DEGMMVRGKYTNVGNGIIESLKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGL CCCEEEEECCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHH ASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEIQTNFVYTVNKEAFKLLNNTG HHCCCCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECHHHHHHHHCCC GQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQIN CCCCCCCHHHCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHHCCCHHHHHHH NLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHH IKLVDEASKLCDSINSNIDGTIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTE HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH LKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIFYNQTTMIIENTAKGLNNRLD HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCEEECCEEEEEEHHHHHHHHCCC TANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH DNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSS HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LISVEAEEFEGEKKLTHLQVYFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVF HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCHHHHHHHHHH TIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGGIYPIQTNPKIFGVLQPLWPF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHH TYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCC >Mature Secondary Structure MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNK CHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEC DEGMMVRGKYTNVGNGIIESLKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGL CCCEEEEECCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHH ASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEIQTNFVYTVNKEAFKLLNNTG HHCCCCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECHHHHHHHHCCC GQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQIN CCCCCCCHHHCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHHCCCHHHHHHH NLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHH IKLVDEASKLCDSINSNIDGTIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTE HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH LKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIFYNQTTMIIENTAKGLNNRLD HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCEEECCEEEEEEHHHHHHHHCCC TANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCH DNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSS HHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LISVEAEEFEGEKKLTHLQVYFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVF HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCHHHHHHHHHH TIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGGIYPIQTNPKIFGVLQPLWPF HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHH TYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9579061; 9384377; 1459957 [H]