| Definition | Vibrio splendidus LGP32 chromosome 1, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_011753 |
| Length | 3,299,303 |
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The map label for this gene is 218709358
Identifier: 218709358
GI number: 218709358
Start: 1475653
End: 1477425
Strand: Direct
Name: 218709358
Synonym: VS_1367
Alternate gene names: NA
Gene position: 1475653-1477425 (Clockwise)
Preceding gene: 218709356
Following gene: 218709359
Centisome position: 44.73
GC content: 42.92
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
>100_bases ACCAGTGTTATAGGTAAATAGCACAATAATTTTATTGCGGAACCCTATGTTGTAAATGTAGAATTCCGCGCGTTTAAACT CACATCTATAGAAAATCCCT
Downstream 100 bases:
>100_bases CGATGGAAAAGTTGTTTGGTTCTCAAAAGCCCAATGAAGGAAGTGGTGAACATTGGATGTCTGTGTCCGACCTTATGGCT GGACTCATGATGGTTTTCCT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 590; Mature: 589
Protein sequence:
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Sequences:
>Translated_590_residues MTDQIASFIASFSANAISDAFILIIAALMIVSIVLSAIGKAPRLTGSTANLLTSLGILGTFAGIVVGLMDFDPKNIDGSI ESLLSGLKTAFLTSLVGMAGSIVYKAILGVLPKRVESMEKAVGPDEIYAVMSQQLESSNKQLESSSELLSAIRGDSDSSL TSQIKNLRTDVTDGNRQLNSHLENFLQSNEKFRSELWVKMDEFGELLSKSATEQVINALKEVIVEFNDKLTEQFGENFKR LDESVKKLVDWQENYKLQLEDMANKYQLGVDAISSTEKSVASINERAESIPQTMEKLHHVMEIGHGQVTELEHRLEAFKD LRDKAVEAMPQIREQMDSTMAVIGNSVKAASTHYESMLVESQKIIDNFSTTANQSVETMRTNLEEGAVKVSSELETRAVE IGGRLAEASNDITDNVTSASGALQNSASYLTDNSDRIKEQLEDAITELNSQLRVLVADIKDDAKETGNVLKSANQELLSS TRDIQTETTQAITKLHDRLETTLEDVFQIQAQAVKRTFDSLEDQIVDSVGKTGNAVEKQVEVLDIQMQQEINRTMNEMGE ALATITQQFTRDYQKLVREMSNVVNAGATV >Mature_589_residues TDQIASFIASFSANAISDAFILIIAALMIVSIVLSAIGKAPRLTGSTANLLTSLGILGTFAGIVVGLMDFDPKNIDGSIE SLLSGLKTAFLTSLVGMAGSIVYKAILGVLPKRVESMEKAVGPDEIYAVMSQQLESSNKQLESSSELLSAIRGDSDSSLT SQIKNLRTDVTDGNRQLNSHLENFLQSNEKFRSELWVKMDEFGELLSKSATEQVINALKEVIVEFNDKLTEQFGENFKRL DESVKKLVDWQENYKLQLEDMANKYQLGVDAISSTEKSVASINERAESIPQTMEKLHHVMEIGHGQVTELEHRLEAFKDL RDKAVEAMPQIREQMDSTMAVIGNSVKAASTHYESMLVESQKIIDNFSTTANQSVETMRTNLEEGAVKVSSELETRAVEI GGRLAEASNDITDNVTSASGALQNSASYLTDNSDRIKEQLEDAITELNSQLRVLVADIKDDAKETGNVLKSANQELLSST RDIQTETTQAITKLHDRLETTLEDVFQIQAQAVKRTFDSLEDQIVDSVGKTGNAVEKQVEVLDIQMQQEINRTMNEMGEA LATITQQFTRDYQKLVREMSNVVNAGATV
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
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Paralogues:
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Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 64900; Mature: 64769
Theoretical pI: Translated: 4.39; Mature: 4.39
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
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Transmembrane regions:
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Cys/Met content:
0.0 %Cys (Translated Protein) 3.2 %Met (Translated Protein) 3.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.0 %Cys (Mature Protein) 3.1 %Met (Mature Protein) 3.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MTDQIASFIASFSANAISDAFILIIAALMIVSIVLSAIGKAPRLTGSTANLLTSLGILGT CCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH FAGIVVGLMDFDPKNIDGSIESLLSGLKTAFLTSLVGMAGSIVYKAILGVLPKRVESMEK HHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AVGPDEIYAVMSQQLESSNKQLESSSELLSAIRGDSDSSLTSQIKNLRTDVTDGNRQLNS CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHH HLENFLQSNEKFRSELWVKMDEFGELLSKSATEQVINALKEVIVEFNDKLTEQFGENFKR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LDESVKKLVDWQENYKLQLEDMANKYQLGVDAISSTEKSVASINERAESIPQTMEKLHHV HHHHHHHHHCHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MEIGHGQVTELEHRLEAFKDLRDKAVEAMPQIREQMDSTMAVIGNSVKAASTHYESMLVE HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH SQKIIDNFSTTANQSVETMRTNLEEGAVKVSSELETRAVEIGGRLAEASNDITDNVTSAS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCHHHHHHHHH GALQNSASYLTDNSDRIKEQLEDAITELNSQLRVLVADIKDDAKETGNVLKSANQELLSS HHHHHCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH TRDIQTETTQAITKLHDRLETTLEDVFQIQAQAVKRTFDSLEDQIVDSVGKTGNAVEKQV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH EVLDIQMQQEINRTMNEMGEALATITQQFTRDYQKLVREMSNVVNAGATV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC >Mature Secondary Structure TDQIASFIASFSANAISDAFILIIAALMIVSIVLSAIGKAPRLTGSTANLLTSLGILGT CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH FAGIVVGLMDFDPKNIDGSIESLLSGLKTAFLTSLVGMAGSIVYKAILGVLPKRVESMEK HHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH AVGPDEIYAVMSQQLESSNKQLESSSELLSAIRGDSDSSLTSQIKNLRTDVTDGNRQLNS CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHH HLENFLQSNEKFRSELWVKMDEFGELLSKSATEQVINALKEVIVEFNDKLTEQFGENFKR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LDESVKKLVDWQENYKLQLEDMANKYQLGVDAISSTEKSVASINERAESIPQTMEKLHHV HHHHHHHHHCHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MEIGHGQVTELEHRLEAFKDLRDKAVEAMPQIREQMDSTMAVIGNSVKAASTHYESMLVE HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH SQKIIDNFSTTANQSVETMRTNLEEGAVKVSSELETRAVEIGGRLAEASNDITDNVTSAS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCHHHHHHHHH GALQNSASYLTDNSDRIKEQLEDAITELNSQLRVLVADIKDDAKETGNVLKSANQELLSS HHHHHCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH TRDIQTETTQAITKLHDRLETTLEDVFQIQAQAVKRTFDSLEDQIVDSVGKTGNAVEKQV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH EVLDIQMQQEINRTMNEMGEALATITQQFTRDYQKLVREMSNVVNAGATV HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
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Specific activity: NA
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References: NA