| Definition | Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010981 |
| Length | 1,482,455 |
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The map label for this gene is rpoBC [H]
Identifier: 190570968
GI number: 190570968
Start: 594197
End: 602716
Strand: Reverse
Name: rpoBC [H]
Synonym: WPa_0554
Alternate gene names: 190570968
Gene position: 602716-594197 (Counterclockwise)
Preceding gene: 190570969
Following gene: 190570965
Centisome position: 40.66
GC content: 34.65
Gene sequence:
>8520_bases ATGGTTGATTCTTCTTATATGTGTGCTTCTAGTGCTTTTGTTCCTAGAGTTTCTTATTCCAGGTCGATTGATTTAAAAGA TTCTTTGTTGGATTTGGTTAAAGTCCAAAAGGGGTCATATAATTCCTTTACTCCTAATAATGAGAGTAATGAAAGACTTG AAGCTATCTTTCATACAATTTTTCCAATATCTGATCCTTTGCATAGGGCTACTATCGAATTTTTGAATTGTAGGGTAGAT GATCTTAAGTATAGTGAATCTGAATGTATAAAACGTGGTATAACTTTTTCTGCTCAGGTTATTGCTTCTATACGTCTTGT TATTATGCAGGATGGTGTTTCTCTTGAAAAATATCAAGAGATTAAAGAAGATGATGATCATTCTAAGCTTGCAACTGTTA TAAAATCTGCTGAAGAGCAGGAGGTTCGCTTTTGTGAACTGCCTATGATGACTGATAAAGGTACTTTCATCATCAATGGC GTAGAGAAAGTTATCGTTTCACAAATGCATAGATCTCCTGGAGTGTTTTTTGATAGTGATAGGGGAAAAACTTACAATTC TGGCAAATTGATCTATTCTGCTAGAGTTATTCCTTATAGAGGTTCTTGGCTTGATATTGAGTTTGATGTTAAAGATCATT TGTATTTTCATATTGATAGAAAGAGAAAGTTGCCAATATCAGTTTTATTAAAGGCTTTGGGCTTATCAAATAATGACATA CTTAATAAATTTTATGAAAAAATAGAGTATATAAAACATAAAAGTGGCTGGAGAGTACCTTTTTCCCCTGATAAATTCAA GGGAGTGAGGCTTCCTTTTGATTTAAAGAATGTTGAAGGCAATGTGTTACTTAAAGCCAATGTTCGTATTACTTCAAAAT TAGCTAAAAATCTATATGATAACGGATTGAAAGAGTATCTAATTCCTTATGATTCTATATGTGGTTTATTTCTTGCAGAA 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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases ATATATCTAATGAGGTAGTATGTTTAATCTGTTTTTAACTAAAAAAATCGATTATATTTTCTTTCACCTCTGTGCTGTCT ATTATGTTATTTACTCTTAC
Product: DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'
Products: NA
Alternate protein names: DNA-directed RNA polymerase subunit beta; RNA polymerase subunit beta; Transcriptase subunit beta; DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; RNA polymerase beta'; Transcriptase subunit beta' [H]
Number of amino acids: Translated: 2839; Mature: 2839
Protein sequence:
>2839_residues MVDSSYMCASSAFVPRVSYSRSIDLKDSLLDLVKVQKGSYNSFTPNNESNERLEAIFHTIFPISDPLHRATIEFLNCRVD DLKYSESECIKRGITFSAQVIASIRLVIMQDGVSLEKYQEIKEDDDHSKLATVIKSAEEQEVRFCELPMMTDKGTFIING VEKVIVSQMHRSPGVFFDSDRGKTYNSGKLIYSARVIPYRGSWLDIEFDVKDHLYFHIDRKRKLPISVLLKALGLSNNDI LNKFYEKIEYIKHKSGWRVPFSPDKFKGVRLPFDLKNVEGNVLLKANVRITSKLAKNLYDNGLKEYLIPYDSICGLFLAE DLIDSASSTKVLSAGESIKLEDIKKLELLSIDKISVLNIDNVSVGPYILNTLFLDENMSYENALYEIYKVLRPGEVPILK IVEEFFRNLFFSSEYYDLSNIGRLKLNSCLGLNYEENLTTLTHEDIIEIIRKIVLLRDGQGSVDDIDHLANRRVRSVGEF IENQFRTGLLKLGRAVVDSMSTSSLDKVSPSDFINPKVLTNVLRDFFNSSQLSQFMDQTNPLSEITHKRRLSALGPGGLT RERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINSLAIYARINKYGFIESPYRKVVNKVVTDQIEYLSAIDEGLYYIADT SAKLDENNCFVDDMLYCRYAGTFVMVNSNQVSYIDLSPKQVISVAASLIPFLENDDANRALMGSNMQRQAVPLLKPTAPL VATGMESFVASGSGAVVLAKRGGIVDSSDSNSIVIRAFDKGGINYLDVDIYHLRKFQRSNHNTCINQKPLVHVGDCVKEG DVIADGPAINNGELALGQNLLVAFMSWQGYNFEDSIIISSEVVKKDLFTSIHIEEFECVVHDTPLGSEKITRAIPGVNEE NLYHLDDSGIVKVGTRVGPGYILVGKVTPKHSLSLPPETKLLMTIFGEKSFDCVDSSLYTSPDIEGIVIDVQVFTRRGEE ENERAFLIKQKEANDFEKERDHIINVINQYFYDELRKILINSGSQDRESINFIEREGWWDIGLKNQSISKQVESLKKDFD EKVSHAIANFKRKVEKLHEGYDLPQGVSMSVKVFIAVKHSLQPGDKMAGRHGNKGVISRVVPVEDMPYLEDGTPIDIILN PLGVPSRMNVGQILETHVGWACKKLGEKVGNILDEINKIKRAFCEAIRSLSDDDFEKFAALYLDNKKFEDINDDEITASI LDTPNKDELNNELTTLVENYFNSCKDAHSSLRHFLIEVYSCGSNLSICNNIRDINDNHLIEFAYKLRDGIPVTAPVFEGP KDEQIVKLFELAGLDNSGQVVLYDGCSGEKFDRKVTVGYMYMLKLHHLVDGKIHARSVGPYSLVTQQPLGGKSHFGGQRF GEMECWALQAYGAAYTLQEMLTVKSDDINGRVKIYESVIKGDSNFECGIPESFNVMIKELRSLCFNVDLKQNDIVIEDIS HTNIAQSFNEVSISIASPESIKRMSYGEITDVSTANYRTFKVEKGGLFCPKIFGPVNDDECLCGKYKKRRHRGRICEKCG VEVTSSKVRRERMGHIELASPVAHIWFLKSLPSRIGALLDMSLRDIESILYSDNYVVIDPLVSSFEKGEIISEKAYNEAK DSYGVDSFIAMQGVEAIRELLIRLDLHEIRKNLRQELESVASEMRRKKIIKRLRIVENFIKSGNRPEWMILTAIPILPPD LRPLVSLESGRPAVSDLNHHYRTIINRNNRLRKLLSLNPPEIMIRNEKRMLQEAVDSLFDNSRRNALVNKAGATGYKKSI SDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPTLKLNQCGLPKRMALELFKPFVYSRLKIYGMAPTIKFASKLIRAEKPE VWDMLEEVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHVPISLEAQLEARVLMMSI NNVLSPSNGRPIIVPSKDIVLGIYYLTLQQLKKDDLPLFCAFCEVEHSLNNGTLHIHSHIKYKMEHINSDGNIQYKTICT TPGRLILWQIFPKHENLSFDLINQVLTVKEITSIVDLVYRSCGQSATVVFSDKLMTLGFEYATFSGTSFSRCDMVIPETK ATHVDYTRGEIKKFSAQYQDGLITKSERYNKVIDEWSKCTDIIANDMLKAISLYDENSKYNSIYMMVSSGARGSTSQMKQ LAGMRGLMTKPSGEIIETPIISNFREGLNVFEYFNSTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVSQNCIVTKHDCKTKNG LIVRAIVEGSTIVASLESVVLGRTAANDIYNPVTKELLLKAGQLIDEGKVKQINIAGLDVIKIRSPLTCEISPGVCSLCY GRDLATGKIVSIGEAVGVIAAQSVGEPGTQLTMRTFHIGGVMTRGVESSNIIASINARIKLNNSNIIIDKNGNKIVISRS CEVVLIDSLGSEKLKHSVPYGAKLYVNEGELVKIGDKVAEWDPYTLPIITEKSGTISYQDLKDGISITEVMDESTGISNR VVKDWKLYSGVANLRPRIALLDDNEKVITLSSGVEACYFIPVGAVLNVQDGQKVHAGDVITRTPRESVRTRDITGGLPKV IELFEARRPKEHAIVSEIDGYVMFSEKDRRGKRSIVIKPVDKQASPVEYLVSRSKHVIVNEGDFVRKGDLLMDGDPDLHD ILRVLGLEALAHYMISEIQQVYRLQGVRIDNKHLEVILKQMLQKVEITDPGDTMYLIGENIDRLEIDRENDAMNNSGKRP AHYLPILQGITRASLETNSFISAASFQETTKVLTEAAFCGKSDPLSGLKENVIVGRLIPAGTGLIMNKVKTLSLCENIDK YEKYFDIETYDEKLLSDNSYQLHSDEEESVVASHYDQSN
Sequences:
>Translated_2839_residues MVDSSYMCASSAFVPRVSYSRSIDLKDSLLDLVKVQKGSYNSFTPNNESNERLEAIFHTIFPISDPLHRATIEFLNCRVD DLKYSESECIKRGITFSAQVIASIRLVIMQDGVSLEKYQEIKEDDDHSKLATVIKSAEEQEVRFCELPMMTDKGTFIING VEKVIVSQMHRSPGVFFDSDRGKTYNSGKLIYSARVIPYRGSWLDIEFDVKDHLYFHIDRKRKLPISVLLKALGLSNNDI LNKFYEKIEYIKHKSGWRVPFSPDKFKGVRLPFDLKNVEGNVLLKANVRITSKLAKNLYDNGLKEYLIPYDSICGLFLAE DLIDSASSTKVLSAGESIKLEDIKKLELLSIDKISVLNIDNVSVGPYILNTLFLDENMSYENALYEIYKVLRPGEVPILK IVEEFFRNLFFSSEYYDLSNIGRLKLNSCLGLNYEENLTTLTHEDIIEIIRKIVLLRDGQGSVDDIDHLANRRVRSVGEF IENQFRTGLLKLGRAVVDSMSTSSLDKVSPSDFINPKVLTNVLRDFFNSSQLSQFMDQTNPLSEITHKRRLSALGPGGLT RERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINSLAIYARINKYGFIESPYRKVVNKVVTDQIEYLSAIDEGLYYIADT SAKLDENNCFVDDMLYCRYAGTFVMVNSNQVSYIDLSPKQVISVAASLIPFLENDDANRALMGSNMQRQAVPLLKPTAPL VATGMESFVASGSGAVVLAKRGGIVDSSDSNSIVIRAFDKGGINYLDVDIYHLRKFQRSNHNTCINQKPLVHVGDCVKEG DVIADGPAINNGELALGQNLLVAFMSWQGYNFEDSIIISSEVVKKDLFTSIHIEEFECVVHDTPLGSEKITRAIPGVNEE NLYHLDDSGIVKVGTRVGPGYILVGKVTPKHSLSLPPETKLLMTIFGEKSFDCVDSSLYTSPDIEGIVIDVQVFTRRGEE 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Specific function: DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates [H]
COG id: COG0086
COG function: function code K; DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit/160 kD subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: In the C-terminal section; belongs to the RNA polymerase beta' chain family [H]
Homologues:
Organism=Homo sapiens, GI4505939, Length=906, Percent_Identity=26.158940397351, Blast_Score=183, Evalue=3e-45, Organism=Homo sapiens, GI39725938, Length=314, Percent_Identity=31.8471337579618, Blast_Score=138, Evalue=8e-32, Organism=Homo sapiens, GI103471997, Length=240, Percent_Identity=29.5833333333333, Blast_Score=96, Evalue=4e-19, Organism=Homo sapiens, GI4505941, Length=104, Percent_Identity=41.3461538461538, Blast_Score=81, Evalue=1e-14, Organism=Homo sapiens, GI212286172, Length=56, Percent_Identity=53.5714285714286, Blast_Score=74, Evalue=2e-12, Organism=Homo sapiens, GI33469941, Length=56, Percent_Identity=53.5714285714286, Blast_Score=74, Evalue=3e-12, Organism=Homo sapiens, GI238908503, Length=111, Percent_Identity=36.9369369369369, Blast_Score=74, Evalue=3e-12, Organism=Homo sapiens, GI238908505, Length=111, Percent_Identity=36.9369369369369, Blast_Score=74, Evalue=3e-12, Organism=Escherichia coli, GI2367335, Length=1354, Percent_Identity=53.6927621861152, Blast_Score=1451, Evalue=0.0, Organism=Escherichia coli, GI1790419, Length=1146, Percent_Identity=48.7783595113438, Blast_Score=1109, Evalue=0.0, Organism=Caenorhabditis elegans, GI71987878, Length=902, Percent_Identity=23.8359201773836, Blast_Score=161, Evalue=4e-39, Organism=Caenorhabditis elegans, GI25145495, Length=488, Percent_Identity=26.844262295082, Blast_Score=145, Evalue=3e-34, Organism=Caenorhabditis elegans, GI25144348, Length=158, Percent_Identity=33.5443037974684, Blast_Score=77, Evalue=1e-13, Organism=Caenorhabditis elegans, GI17552304, Length=104, Percent_Identity=37.5, Blast_Score=74, Evalue=1e-12, Organism=Caenorhabditis elegans, GI17506623, Length=100, Percent_Identity=35, Blast_Score=72, Evalue=5e-12, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6320061, Length=658, Percent_Identity=27.2036474164134, Blast_Score=157, Evalue=2e-38, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324690, Length=324, Percent_Identity=30.8641975308642, Blast_Score=134, Evalue=3e-31, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324725, Length=173, Percent_Identity=35.2601156069364, Blast_Score=89, Evalue=9e-18, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324781, Length=168, Percent_Identity=33.9285714285714, Blast_Score=86, Evalue=8e-17, Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6325267, Length=104, Percent_Identity=38.4615384615385, Blast_Score=75, Evalue=2e-13, Organism=Drosophila melanogaster, GI281360912, Length=665, Percent_Identity=25.8646616541353, Blast_Score=159, Evalue=3e-38, Organism=Drosophila melanogaster, GI17530899, Length=555, Percent_Identity=25.4054054054054, Blast_Score=151, Evalue=6e-36, Organism=Drosophila melanogaster, GI17647877, Length=111, Percent_Identity=38.7387387387387, Blast_Score=81, Evalue=9e-15, Organism=Drosophila melanogaster, GI17136444, Length=157, Percent_Identity=30.5732484076433, Blast_Score=78, Evalue=8e-14, Organism=Drosophila melanogaster, GI17136446, Length=175, Percent_Identity=30.8571428571429, Blast_Score=73, Evalue=3e-12,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
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Pfam domain/function: PF04997 RNA_pol_Rpb1_1; PF00623 RNA_pol_Rpb1_2; PF04983 RNA_pol_Rpb1_3; PF05000 RNA_pol_Rpb1_4; PF04998 RNA_pol_Rpb1_5; PF04563 RNA_pol_Rpb2_1; PF04561 RNA_pol_Rpb2_2; PF04565 RNA_pol_Rpb2_3; PF10385 RNA_pol_Rpb2_45; PF00562 RNA_pol_Rpb2_6; PF04560 RNA_po
EC number: =2.7.7.6 [H]
Molecular weight: Translated: 318521; Mature: 318521
Theoretical pI: Translated: 6.56; Mature: 6.56
Prosite motif: PS01166 RNA_POL_BETA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.5 %Cys (Translated Protein) 2.1 %Met (Translated Protein) 3.6 %Cys+Met (Translated Protein) 1.5 %Cys (Mature Protein) 2.1 %Met (Mature Protein) 3.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MVDSSYMCASSAFVPRVSYSRSIDLKDSLLDLVKVQKGSYNSFTPNNESNERLEAIFHTI CCCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH FPISDPLHRATIEFLNCRVDDLKYSESECIKRGITFSAQVIASIRLVIMQDGVSLEKYQE HCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHEEEEEEECCCCHHHHHH IKEDDDHSKLATVIKSAEEQEVRFCELPMMTDKGTFIINGVEKVIVSQMHRSPGVFFDSD HHCCCCHHHHHHHHHCCCHHCCEEEECCEEECCCCEEECCHHHHHHHHHHCCCCCEEECC RGKTYNSGKLIYSARVIPYRGSWLDIEFDVKDHLYFHIDRKRKLPISVLLKALGLSNNDI CCCEECCCEEEEEEEEEEECCCEEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHCCCCCHH LNKFYEKIEYIKHKSGWRVPFSPDKFKGVRLPFDLKNVEGNVLLKANVRITSKLAKNLYD HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEECCEEECCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHH NGLKEYLIPYDSICGLFLAEDLIDSASSTKVLSAGESIKLEDIKKLELLSIDKISVLNID CCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHEEEECCEEEEECC NVSVGPYILNTLFLDENMSYENALYEIYKVLRPGEVPILKIVEEFFRNLFFSSEYYDLSN CCCCCHHHHHHEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC IGRLKLNSCLGLNYEENLTTLTHEDIIEIIRKIVLLRDGQGSVDDIDHLANRRVRSVGEF 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IENQFRTGLLKLGRAVVDSMSTSSLDKVSPSDFINPKVLTNVLRDFFNSSQLSQFMDQTN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCC PLSEITHKRRLSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINSLAIYA CHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHEEEEE RINKYGFIESPYRKVVNKVVTDQIEYLSAIDEGLYYIADTSAKLDENNCFVDDMLYCRYA ECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHEEEC GTFVMVNSNQVSYIDLSPKQVISVAASLIPFLENDDANRALMGSNMQRQAVPLLKPTAPL CEEEEEECCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCCHHHCCCCCCCCCHH VATGMESFVASGSGAVVLAKRGGIVDSSDSNSIVIRAFDKGGINYLDVDIYHLRKFQRSN HHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCEECCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEHHHHHHHHHHCC HNTCINQKPLVHVGDCVKEGDVIADGPAINNGELALGQNLLVAFMSWQGYNFEDSIIISS CCCCCCCCCCEEHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCEEECCHHHHHEEECCCCCCCCCEEEHH EVVKKDLFTSIHIEEFECVVHDTPLGSEKITRAIPGVNEENLYHLDDSGIVKVGTRVGPG HHHHHHHHHHEEHEEEEEEEECCCCCHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCCCCCC YILVGKVTPKHSLSLPPETKLLMTIFGEKSFDCVDSSLYTSPDIEGIVIDVQVFTRRGEE EEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCC ENERAFLIKQKEANDFEKERDHIINVINQYFYDELRKILINSGSQDRESINFIEREGWWD CCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCCCEE IGLKNQSISKQVESLKKDFDEKVSHAIANFKRKVEKLHEGYDLPQGVSMSVKVFIAVKHS ECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECC LQPGDKMAGRHGNKGVISRVVPVEDMPYLEDGTPIDIILNPLGVPSRMNVGQILETHVGW CCCCHHHCCCCCCCCHHEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH ACKKLGEKVGNILDEINKIKRAFCEAIRSLSDDDFEKFAALYLDNKKFEDINDDEITASI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEHC LDTPNKDELNNELTTLVENYFNSCKDAHSSLRHFLIEVYSCGSNLSICNNIRDINDNHLI CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCCCCCCHHH EFAYKLRDGIPVTAPVFEGPKDEQIVKLFELAGLDNSGQVVLYDGCSGEKFDRKVTVGYM HHHHHHHCCCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEHHHH YMLKLHHLVDGKIHARSVGPYSLVTQQPLGGKSHFGGQRFGEMECWALQAYGAAYTLQEM HHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEHHCHHHHHHHH LTVKSDDINGRVKIYESVIKGDSNFECGIPESFNVMIKELRSLCFNVDLKQNDIVIEDIS HHHCCCCCCCHHEEHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCEEEEECC 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