| Definition | Helicobacter pylori Shi470, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010698 |
| Length | 1,608,548 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 188527541
GI number: 188527541
Start: 734861
End: 744430
Strand: Reverse
Name: vacA [H]
Synonym: HPSH_03815
Alternate gene names: 188527541
Gene position: 744430-734861 (Counterclockwise)
Preceding gene: 188527542
Following gene: 188527536
Centisome position: 46.28
GC content: 39.3
Gene sequence:
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Product: putative vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 3189; Mature: 3189
Protein sequence:
>3189_residues MKRFKMIDKNDKTDLKNKRFKNRSFKGVKNKIAKKHKAKNPSLIAHAFKTHSNSSLSLNKKIFLGLGFVSALSAQSEDYN SSVYWLNSVNENHNNKSYYVSPLRTWAGGSRSFTQNYNNSKLYIGTKNASSTPNNSSVWFGEKGYIGFITGVFKARDIFI TGAVGSGNELKTGGGAILVFESSNELSANGAYFQNNRAGMQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNVMGRKITYNG GIVNGGNFGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNNSALGSMPNTNTIG NAYILNASNITFNNLTFNGGWFVFDRSNANVHFQGTTTINNPTSPFVNMSAKVTINPNAVFNIQNYTPTIGSAYTLFSMK NGSIAYNDVSNLWNIIRLKNTQATKDNSKNATSNNNTHTYYVTYNLGGTLYNFRQIFSPNSIVLQSVYYGANNIYYTNSV NIHDNVFNLKNINDDRADTIFYLNGLNTWNYTQARFTQTYGGKNSALVFNATTPWANGAIPKSNSTVRFGGYEGVNWGKT GYITGTFTADRVYITGNMMSGNGAQTGGGATLNFVGATEINIAGADFKNLKTTSQNSYMTFMALGDSSGSGKINVSQSDF YDWTGGGYDFTGNSAFDSVNFNKAYYKFQGAENSYHFKNTNFLAGNFKFQGKTTIEKSVLDDASYTFNGVNNAFNENKFN GGSFSFNHAEQTDAFNNNSFNGGSFSFNAKQVDFSGNSFNGGVFDFNNTPKVSFTDDTFNANNQFKINGTQTTFTFNKGV VFNMQGLLNSLSVGTTYQLLNAKSVDYKNNNALYQMLRWTSGENPSGRLVDENQSVPSSAKIYNVQFIDNGLTYYIKENF NNGITLTRLCTLGYTHCVSINNDVFHLKNINNNASNTVFYLNGMTTWKIAGTGVFTQDYSGANSVLVFNQTTPFLAGANP ASNSVVSFGKTSGAEWGLVGYIQGVFKANQIDITGTIRSGNGAQTGGGATLVFNAQERLNIANASLNNDKAGLQDSWMNF IVNNGNLNVTNANFSNQTPHGGFNLKANNITWDKGSVNGGGDFGVDNASANGNAVIKNVNFSDNGTLIYKGGENSAGNSL TLENNTFNSYNINAKAQNLIFNNNSFSGGSYSFNDTKNTTFKGTNTLINSDPFSRLQGSIAIDNNSIFNIERDLTDKTTY TLLSGNNIKYNNEILADNVFSKNLWNLIHYGGEQGTLLRADNNTFFVQFTQSNGQKFVFEETFNPGSITYKYLTLNSSPF HTDADSKDIWSQVRKQFDFIPGKTPVCVGVCYIAPYKNQDLIGSSAFAWSLNFGATVVGTLLLGSAQEKANNNGGSIWFG KNNLLYLHGNFNATNIFLTNNFNVGNPNAGGGATINFNADETLNADGLNYTNFQTVAMGLQTSASQHSWANFNSRLSMDI KNSNFRDFTWGGFNFNSGRITFENTTFSGWTNINGATESGSSYVNMVANTDLIFTNSILGGGIRYDLKANNIIFNNSQMV IDVSKNVNQSSLNGNVTFNNSRLSVKPNAAINIGDSQTQTTLENASSLSFYNNSVANFNGTTAFNGVSYLNLNPNAQLSF NQANFNNANVTFYGIPLFGKTPDFGNSVRLINFKGNTNFNQATLNLRAKNIHINFQGASTFENNSTMNLAESSQASFNAL SVEGETDFNLNGSSLLNFNGDSVFNAPVSFYANNSQISFTKLATFNADASFDLGNNSTLNFQSVLLNGTLNLLGNGANAL SINASGNFSFGTQGVLNLSNVNLFDAENKPLVYNILQAQNIQGLMGNNGYEKIRFYGIQIEKADYSFNNGVYSWSFTNPL NTTETITETLHNNRLKVQISQNGASNNTAFNLAPSLYDYQKNPYNESANSYNYTSDKAGTYYLNSNIKGFNQNNEIPGTY NAQNQPLQALHIYNQAITKQDLSIIASLGKEFLPKIANLLSSGALDNLNFNSPNSFETILGIFEKYGITLNQENWKSLLK IINGFSNTANYHFSQGNLVVGAIKEGQTNTKSVVWFGGDGYKEPCAVGDNTCQMFRQTNLGQLLNSTSPYLGYVNANFRA KNIYITGTIGSGNAWGSGGSANVSFESGTNLVLNQANIDAQGTDKIFSYLGQGGIEKLFGEKGLGNILSNIIYEESLNDN AIPKDLASMIPKDFGSKTLSSLLNPTEVNNLLGVSAFKNAIMEILNSKTVGDVFGENGLLNALDPIKRKEIDQMLLEQIQ AHSSGFEKFIVKTLGIENVENFINNWYGKQSLSSFANNFVPGGLNQALDKIGSNANSKDLQNFLDKTTFGDILNQMINQA PLINKLISWLGPQDLSVLVNIALNSITNPSEELTSTISSIGEKALNDLLGEGVVNKIMSNQVLGQMINKIIADKGFGGVY NQGLGSILPKSLQDELNKLGMGSLLKPKGLHNLWQKGNFNFLAKDYVFVNNSSFSNATGGGLNFVAGKSIIFNGKNTINF TQYQGKLSFISQDFSNISLDTLNATNGLTLNASKNDISVQKGQICVNVLNCMSEKKTNSLSAPTDETLEVNANNFAFLGT IKANGLVDFSKVLQNTTIGTLDLGSNATFKANNLIVNNAFNNNSNYRADISGNLNVIKGATFSTNENGLDVGGDFKSEGP LIFNLNNPTHQTIINVTRTSTIMSYNNQALINFNTQLKQGAYTLMDAKRMVYGYDNQMILGGSLSDYLKLYTLIDFNGKR MRLNGDSLSYDNQPVNIKDGGLVVSFKDNQGQMVYSSILYDKVQVTVSDKPINIQAPSLEYYIKYIQGRTGLDAIKSANH NAVNWLNALFVAKGGNPLFAPYYLQDTPTEHIVTLMKDITGALGMLAKPNLKNNSTDVLQLNTYTQQMGRLAKLSNFASF DSTDFSERLSSLKNQRFADAIPNAMDVILKYSQRDKLKNNLWATGVGGVSFVENGTGTLYGVNVGYDRFVKSVIVGGYAA YGYSGFYERITSSKSDNVDVGLYARAFIKKSELTFSVNETWGANKTQISSNDALLSMINQSYQYNTWTTNARVNYGYDFM FKNKSIILKPQIGLRYYYIGMTGLEGVMNNALYNQFKANADPSKKSVLMIDFAFENRHYFNKNSYFYAIGGIGRDLLVRS MGDKLVRFIGDNTLSYRKGELYNTFASITTGGEVRLFKSFYANAGVGARFGLDYKMINITGNIGMRLAF
Sequences:
>Translated_3189_residues MKRFKMIDKNDKTDLKNKRFKNRSFKGVKNKIAKKHKAKNPSLIAHAFKTHSNSSLSLNKKIFLGLGFVSALSAQSEDYN SSVYWLNSVNENHNNKSYYVSPLRTWAGGSRSFTQNYNNSKLYIGTKNASSTPNNSSVWFGEKGYIGFITGVFKARDIFI TGAVGSGNELKTGGGAILVFESSNELSANGAYFQNNRAGMQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNVMGRKITYNG GIVNGGNFGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNNSALGSMPNTNTIG NAYILNASNITFNNLTFNGGWFVFDRSNANVHFQGTTTINNPTSPFVNMSAKVTINPNAVFNIQNYTPTIGSAYTLFSMK NGSIAYNDVSNLWNIIRLKNTQATKDNSKNATSNNNTHTYYVTYNLGGTLYNFRQIFSPNSIVLQSVYYGANNIYYTNSV NIHDNVFNLKNINDDRADTIFYLNGLNTWNYTQARFTQTYGGKNSALVFNATTPWANGAIPKSNSTVRFGGYEGVNWGKT GYITGTFTADRVYITGNMMSGNGAQTGGGATLNFVGATEINIAGADFKNLKTTSQNSYMTFMALGDSSGSGKINVSQSDF YDWTGGGYDFTGNSAFDSVNFNKAYYKFQGAENSYHFKNTNFLAGNFKFQGKTTIEKSVLDDASYTFNGVNNAFNENKFN GGSFSFNHAEQTDAFNNNSFNGGSFSFNAKQVDFSGNSFNGGVFDFNNTPKVSFTDDTFNANNQFKINGTQTTFTFNKGV VFNMQGLLNSLSVGTTYQLLNAKSVDYKNNNALYQMLRWTSGENPSGRLVDENQSVPSSAKIYNVQFIDNGLTYYIKENF NNGITLTRLCTLGYTHCVSINNDVFHLKNINNNASNTVFYLNGMTTWKIAGTGVFTQDYSGANSVLVFNQTTPFLAGANP 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Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 348634; Mature: 348634
Theoretical pI: Translated: 9.15; Mature: 9.15
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.5 %Met (Translated Protein) 1.8 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 1.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKRFKMIDKNDKTDLKNKRFKNRSFKGVKNKIAKKHKAKNPSLIAHAFKTHSNSSLSLNK CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEECC KIFLGLGFVSALSAQSEDYNSSVYWLNSVNENHNNKSYYVSPLRTWAGGSRSFTQNYNNS EEEEEECHHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEHHHCCCCCCCHHCCCCCC KLYIGTKNASSTPNNSSVWFGEKGYIGFITGVFKARDIFITGAVGSGNELKTGGGAILVF EEEEEECCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCEEECCCCEEEEE ESSNELSANGAYFQNNRAGMQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNVMGRKITYNG ECCCCCCCCCCEEECCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECC GIVNGGNFGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGNGIGGSITFTNSNINHYKLNLNA CEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEC NSVTFNNSALGSMPNTNTIGNAYILNASNITFNNLTFNGGWFVFDRSNANVHFQGTTTIN CEEEECCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCEEEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEEECC NPTSPFVNMSAKVTINPNAVFNIQNYTPTIGSAYTLFSMKNGSIAYNDVSNLWNIIRLKN CCCCCCEEEEEEEEECCCEEEEECCCCCCCCCEEEEEEECCCCEEECCHHHHEEEEEECC TQATKDNSKNATSNNNTHTYYVTYNLGGTLYNFRQIFSPNSIVLQSVYYGANNIYYTNSV 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