| Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010503 |
| Length | 751,679 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is uvrA
Identifier: 170762395
GI number: 170762395
Start: 127734
End: 130565
Strand: Direct
Name: uvrA
Synonym: UPA3_0105
Alternate gene names: 170762395
Gene position: 127734-130565 (Clockwise)
Preceding gene: 170761898
Following gene: 170762072
Centisome position: 16.99
GC content: 29.63
Gene sequence:
>2832_bases ATGGACAAAATTATCATTAAAGGCGCTAGAGAAAATAATTTAAAAAATATTGATCTAGAAATTCCTAAAAATAAACTAGT TGTTATTACAGGTGTTTCAGGATCAGGTAAATCATCGCTTGCTTTTGATACGATTTTTGCTGAAGGAAAACGTCGTTATT TTGAATCACTTTCAAGTTATGCCCGCCAGTTTTTAGGTGGAAATGATAAAGCTGATGTTGAAAGTATTGAAGGTTTATCA CCAACCATTGCTGTTGATCAAAAATCAACAAATCAAAATCCAAGATCAATTGTTGGGACAATTACAGAAATCTATGATTA TTTACGAGTTTTATTTGCTCGTGTTGGAACACCTTTTTGTCCAAATGGGCATGGTCAAATTAAATCACAAACTCCAAAAC AAATTGCTGATTTCTTATTTAGCTTATCACCTAAAAGTAAAATACAAATTCTTGCACCAATTGAAATTAAAAAAGGTTAT AAAATTAATGATGTTTTAAATAATTTAAGAAATCAAGGTTATTTAAGAGTTTTAGTTAATAATGAAGTTTATCAATTAGA TGAAAATTTGCCTCAATTTTTAGATAACAAAAAAACAGATGTTGCAATCATTGTTGATCGTTTAATTTTAAATATTGATC ACCAAACAAAAACACGAGCACTAGATGCTATTGAATTTGCTTTAAATTATAGTGGGGGAGAAATTGCATTTAAGGTTAAT GATGATATTCATTACTTTACACAAAACGATGTTTGTCAAGTTTGTGGTTTTAAAATTAAAGAAATTGAACCAACATTATT TTCATTTAATTCACCAATTGGTGCTTGTGAACAGTGTAAAGGGCTAGGATATAATTATGTTCCTGATGAGCGTAAAATGA TCCCTAATCCAAATTTATCAATTAACGAAGGCGGTTTAGATTATTTTAAAAACACTGTTAATACAACTAATCTTGATTGA CAACGTTTTAATTCAATTATTAAACACTATAAAATTGATAAAACTAAACCTTTAAAAGAATTAGATCGTAAAGAAATAGA TTTATTACTATATGGATCAGATGAAGCAATTGAGATTGATATAACTTCTGCAAATAATAAAAAGTATTCATCAATAGATT ATGTTGAGGGGGTTTTAGAATTAGTTAATCGTCGTTATCAAGAGACATCAAGTGAATTAGCCCGTGAACATTACAATAAA TACATGAGTGAAAAAGTTTGTAAATCATGTAAAGGCAAAAAACTATCTTCACAAGCTTTATCGGTTTTAATTAATAAAAT TAACATTATTGATTTTATTGAAAAAAACATTGATGAGGCGATTGATTTTTTATTACACTTAGATTTGAATGAAGCACAAA CAAAAATTGCCAATCCAATTTTAAAAGAAGTTTTAGATCGTTTAGGATTTTTAAAAAATGTTGGTTTAGAATATTTAACT TTAGCTCGTCCTGCATCAAGTTTATCAGGGGGCGAAGCACAACGGATTCGTTTAGCCACTCAAATCGGCTCTAAACTAAC AGGTATTTTATATGTACTTGATGAACCATCAATTGGTTTGCATCAACGCGATAACGATAAATTAATTAATACATTAAAAG AAATGCGTGATTTAGGTAATACAGTTATAGTTGTTGAACATGATGAAGAAACAATGCTAGCAGCTGATTATTTAATAGAT ATTGGTCCTCAAGCTGGAGTTAATGGTGGTTATGTAATAGCAGCTGGAACACCACAAGAAGTAATGCAAAATCCTAATTC ACTAACAGGACAATATTTATCAAAACAAAAAGATATTTTAGTTCCTAAAACACGAAGAAGTGGTAATGGTCATAAAGTTA TTTTAAAAGGTGCAAAACATAATAATTTAAAAAATGTTGATTTAACAATTCCTTTAGGTAAATTCATTTGTGTTACTGGA GTTTCAGGATCTGGTAAATCATCACTAATTTTAGAAACATTAGTTAAAGCTATTGAATACACTAATTTTAATCCTTTTGT AATTCCAGGCGAGTATAAAGATTTAATTGGCGCATCGAATGTTGATAAAATCGTTGTCGTTAATCAAGATGCAATTGGTA GAACTACGAGATCAAATCCAGCTACTTATGTTGGGGTATTTGATGATATTAGAACAGTATTTGAAAATACAATTGAAGCT AAAGCACGTGGCTATAGTAAAAGTCGTTTTTCTTTTAATATTAAAGGAGGCCGTTGTGAACGTTGTTGGGGGGATGGTAC GATTCGCATTGAGATGCACTTTTTACCAGATGTTTATATAAGTTGTGAAGAATGTCATGGAAAACGTTATAACGATGAAA CACTTCAAGTTAAATTTAAAGGTAAATCAATTTATGATGTACTAAAAATGCCAATCGATGAAGCTTTAGTATTTTTTGAA AATTATCCTGGTATTCATCGTAAACTACAATTATTAGTTGATGTTGGTTTAGGATATTTAGAGTTAGGAGCCTCTTCAAC TTCATTATCAGGGGGCGAAGCACAACGTATTAAGTTAGCTAAGTTTTTACAACGTAAGCCAACAGGAAAAACATTATTTG TTTTAGATGAACCAACAACAGGACTGCATATTGATGATGTAGCTAAATTAATTAAAATTTTAGATAAAATTGTTGATGGA GGAGACACTGTTTTAGTTATAGAACACAATCTTGATTTAATTAAGGTTGCAGATTATATTATTGATATTGGCCCTGAAGG TGGTAATAAAGGTGGTAAAATTATAGCTACTGGTACTCCAGAGCAATTACTAAGTAAAAAGGACATATCTTATACTGCTC AATATTTAGAAAAGTATTTAAAAAAGAACTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases ATATATGTTTTTTATATTATATATTAAATTGTTATCATTTAAAATGATATAAATAAAATACAATTTTTATTATTAAAAAC AATAACTATTAGGTATAAAT
Downstream 100 bases:
>100_bases ATTTATGAAACATAAGACAAAAAAAATAACGCTTTTAATAGCAGGAATTACTTTAACTTCATTATGTACAATTTTTGCTA TTACAGCTTGTAGTAAGCAA
Product: excinuclease ABC subunit A
Products: NA
Alternate protein names: UvrA protein; Excinuclease ABC subunit A [H]
Number of amino acids: Translated: 943; Mature: 943
Protein sequence:
>943_residues MDKIIIKGARENNLKNIDLEIPKNKLVVITGVSGSGKSSLAFDTIFAEGKRRYFESLSSYARQFLGGNDKADVESIEGLS PTIAVDQKSTNQNPRSIVGTITEIYDYLRVLFARVGTPFCPNGHGQIKSQTPKQIADFLFSLSPKSKIQILAPIEIKKGY KINDVLNNLRNQGYLRVLVNNEVYQLDENLPQFLDNKKTDVAIIVDRLILNIDHQTKTRALDAIEFALNYSGGEIAFKVN DDIHYFTQNDVCQVCGFKIKEIEPTLFSFNSPIGACEQCKGLGYNYVPDERKMIPNPNLSINEGGLDYFKNTVNTTNLDW QRFNSIIKHYKIDKTKPLKELDRKEIDLLLYGSDEAIEIDITSANNKKYSSIDYVEGVLELVNRRYQETSSELAREHYNK YMSEKVCKSCKGKKLSSQALSVLINKINIIDFIEKNIDEAIDFLLHLDLNEAQTKIANPILKEVLDRLGFLKNVGLEYLT LARPASSLSGGEAQRIRLATQIGSKLTGILYVLDEPSIGLHQRDNDKLINTLKEMRDLGNTVIVVEHDEETMLAADYLID IGPQAGVNGGYVIAAGTPQEVMQNPNSLTGQYLSKQKDILVPKTRRSGNGHKVILKGAKHNNLKNVDLTIPLGKFICVTG VSGSGKSSLILETLVKAIEYTNFNPFVIPGEYKDLIGASNVDKIVVVNQDAIGRTTRSNPATYVGVFDDIRTVFENTIEA KARGYSKSRFSFNIKGGRCERCWGDGTIRIEMHFLPDVYISCEECHGKRYNDETLQVKFKGKSIYDVLKMPIDEALVFFE NYPGIHRKLQLLVDVGLGYLELGASSTSLSGGEAQRIKLAKFLQRKPTGKTLFVLDEPTTGLHIDDVAKLIKILDKIVDG GDTVLVIEHNLDLIKVADYIIDIGPEGGNKGGKIIATGTPEQLLSKKDISYTAQYLEKYLKKN
Sequences:
>Translated_943_residues MDKIIIKGARENNLKNIDLEIPKNKLVVITGVSGSGKSSLAFDTIFAEGKRRYFESLSSYARQFLGGNDKADVESIEGLS PTIAVDQKSTNQNPRSIVGTITEIYDYLRVLFARVGTPFCPNGHGQIKSQTPKQIADFLFSLSPKSKIQILAPIEIKKGY KINDVLNNLRNQGYLRVLVNNEVYQLDENLPQFLDNKKTDVAIIVDRLILNIDHQTKTRALDAIEFALNYSGGEIAFKVN DDIHYFTQNDVCQVCGFKIKEIEPTLFSFNSPIGACEQCKGLGYNYVPDERKMIPNPNLSINEGGLDYFKNTVNTTNLD* QRFNSIIKHYKIDKTKPLKELDRKEIDLLLYGSDEAIEIDITSANNKKYSSIDYVEGVLELVNRRYQETSSELAREHYNK YMSEKVCKSCKGKKLSSQALSVLINKINIIDFIEKNIDEAIDFLLHLDLNEAQTKIANPILKEVLDRLGFLKNVGLEYLT LARPASSLSGGEAQRIRLATQIGSKLTGILYVLDEPSIGLHQRDNDKLINTLKEMRDLGNTVIVVEHDEETMLAADYLID IGPQAGVNGGYVIAAGTPQEVMQNPNSLTGQYLSKQKDILVPKTRRSGNGHKVILKGAKHNNLKNVDLTIPLGKFICVTG VSGSGKSSLILETLVKAIEYTNFNPFVIPGEYKDLIGASNVDKIVVVNQDAIGRTTRSNPATYVGVFDDIRTVFENTIEA KARGYSKSRFSFNIKGGRCERCWGDGTIRIEMHFLPDVYISCEECHGKRYNDETLQVKFKGKSIYDVLKMPIDEALVFFE NYPGIHRKLQLLVDVGLGYLELGASSTSLSGGEAQRIKLAKFLQRKPTGKTLFVLDEPTTGLHIDDVAKLIKILDKIVDG GDTVLVIEHNLDLIKVADYIIDIGPEGGNKGGKIIATGTPEQLLSKKDISYTAQYLEKYLKKN >Mature_943_residues MDKIIIKGARENNLKNIDLEIPKNKLVVITGVSGSGKSSLAFDTIFAEGKRRYFESLSSYARQFLGGNDKADVESIEGLS PTIAVDQKSTNQNPRSIVGTITEIYDYLRVLFARVGTPFCPNGHGQIKSQTPKQIADFLFSLSPKSKIQILAPIEIKKGY KINDVLNNLRNQGYLRVLVNNEVYQLDENLPQFLDNKKTDVAIIVDRLILNIDHQTKTRALDAIEFALNYSGGEIAFKVN DDIHYFTQNDVCQVCGFKIKEIEPTLFSFNSPIGACEQCKGLGYNYVPDERKMIPNPNLSINEGGLDYFKNTVNTTNLD* QRFNSIIKHYKIDKTKPLKELDRKEIDLLLYGSDEAIEIDITSANNKKYSSIDYVEGVLELVNRRYQETSSELAREHYNK YMSEKVCKSCKGKKLSSQALSVLINKINIIDFIEKNIDEAIDFLLHLDLNEAQTKIANPILKEVLDRLGFLKNVGLEYLT LARPASSLSGGEAQRIRLATQIGSKLTGILYVLDEPSIGLHQRDNDKLINTLKEMRDLGNTVIVVEHDEETMLAADYLID IGPQAGVNGGYVIAAGTPQEVMQNPNSLTGQYLSKQKDILVPKTRRSGNGHKVILKGAKHNNLKNVDLTIPLGKFICVTG VSGSGKSSLILETLVKAIEYTNFNPFVIPGEYKDLIGASNVDKIVVVNQDAIGRTTRSNPATYVGVFDDIRTVFENTIEA KARGYSKSRFSFNIKGGRCERCWGDGTIRIEMHFLPDVYISCEECHGKRYNDETLQVKFKGKSIYDVLKMPIDEALVFFE NYPGIHRKLQLLVDVGLGYLELGASSTSLSGGEAQRIKLAKFLQRKPTGKTLFVLDEPTTGLHIDDVAKLIKILDKIVDG GDTVLVIEHNLDLIKVADYIIDIGPEGGNKGGKIIATGTPEQLLSKKDISYTAQYLEKYLKKN
Specific function: The UvrABC repair system catalyzes the recognition and processing of DNA lesions. UvrA is an ATPase and a DNA-binding protein. A damage recognition complex composed of 2 UvrA and 2 UvrB subunits scans DNA for abnormalities. When the presence of a lesion h
COG id: COG0178
COG function: function code L; Excinuclease ATPase subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 2 ABC transporter domains [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI2367343, Length=947, Percent_Identity=50.1583949313622, Blast_Score=912, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003439 - InterPro: IPR017871 - InterPro: IPR013815 - InterPro: IPR004602 [H]
Pfam domain/function: PF00005 ABC_tran [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 105023; Mature: 105023
Theoretical pI: Translated: 7.52; Mature: 7.52
Prosite motif: PS00211 ABC_TRANSPORTER_1 ; PS50893 ABC_TRANSPORTER_2
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.3 %Cys (Translated Protein) 0.8 %Met (Translated Protein) 2.1 %Cys+Met (Translated Protein) 1.3 %Cys (Mature Protein) 0.8 %Met (Mature Protein) 2.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MDKIIIKGARENNLKNIDLEIPKNKLVVITGVSGSGKSSLAFDTIFAEGKRRYFESLSSY CCCEEEECCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ARQFLGGNDKADVESIEGLSPTIAVDQKSTNQNPRSIVGTITEIYDYLRVLFARVGTPFC HHHHHCCCCCCCHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC PNGHGQIKSQTPKQIADFLFSLSPKSKIQILAPIEIKKGYKINDVLNNLRNQGYLRVLVN CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCEEEEEEC NEVYQLDENLPQFLDNKKTDVAIIVDRLILNIDHQTKTRALDAIEFALNYSGGEIAFKVN CCEEEHHHHHHHHHCCCCCCHHHEEHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHEEEECCCCEEEEEEC DDIHYFTQNDVCQVCGFKIKEIEPTLFSFNSPIGACEQCKGLGYNYVPDERKMIPNPNLS CCEEEECCCCHHHHCCCEEEECCCHHEECCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCE INEGGLDYFKNTVNTTNLDQRFNSIIKHYKIDKTKPLKELDRKEIDLLLYGSDEAIEIDI ECCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCCEEEEEECCCCEEEEEE TSANNKKYSSIDYVEGVLELVNRRYQETSSELAREHYNKYMSEKVCKSCKGKKLSSQALS ECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH VLINKINIIDFIEKNIDEAIDFLLHLDLNEAQTKIANPILKEVLDRLGFLKNVGLEYLTL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEE ARPASSLSGGEAQRIRLATQIGSKLTGILYVLDEPSIGLHQRDNDKLINTLKEMRDLGNT ECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCE VIVVEHDEETMLAADYLIDIGPQAGVNGGYVIAAGTPQEVMQNPNSLTGQYLSKQKDILV EEEEECCCCCEEEEHHHEECCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCEEC PKTRRSGNGHKVILKGAKHNNLKNVDLTIPLGKFICVTGVSGSGKSSLILETLVKAIEYT CCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC NFNPFVIPGEYKDLIGASNVDKIVVVNQDAIGRTTRSNPATYVGVFDDIRTVFENTIEAK CCCCEEECCCHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHH ARGYSKSRFSFNIKGGRCERCWGDGTIRIEMHFLPDVYISCEECHGKRYNDETLQVKFKG HCCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCCEEEEEEEECCCEEEEHHHHCCCCCCCCEEEEEECC KSIYDVLKMPIDEALVFFENYPGIHRKLQLLVDVGLGYLELGASSTSLSGGEAQRIKLAK CHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHH FLQRKPTGKTLFVLDEPTTGLHIDDVAKLIKILDKIVDGGDTVLVIEHNLDLIKVADYII HHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCEEEEHHHE DIGPEGGNKGGKIIATGTPEQLLSKKDISYTAQYLEKYLKKN EECCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MDKIIIKGARENNLKNIDLEIPKNKLVVITGVSGSGKSSLAFDTIFAEGKRRYFESLSSY CCCEEEECCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ARQFLGGNDKADVESIEGLSPTIAVDQKSTNQNPRSIVGTITEIYDYLRVLFARVGTPFC HHHHHCCCCCCCHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC PNGHGQIKSQTPKQIADFLFSLSPKSKIQILAPIEIKKGYKINDVLNNLRNQGYLRVLVN CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCEEEEEEC NEVYQLDENLPQFLDNKKTDVAIIVDRLILNIDHQTKTRALDAIEFALNYSGGEIAFKVN CCEEEHHHHHHHHHCCCCCCHHHEEHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHEEEECCCCEEEEEEC DDIHYFTQNDVCQVCGFKIKEIEPTLFSFNSPIGACEQCKGLGYNYVPDERKMIPNPNLS CCEEEECCCCHHHHCCCEEEECCCHHEECCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCE INEGGLDYFKNTVNTTNLDQRFNSIIKHYKIDKTKPLKELDRKEIDLLLYGSDEAIEIDI ECCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCCEEEEEECCCCEEEEEE TSANNKKYSSIDYVEGVLELVNRRYQETSSELAREHYNKYMSEKVCKSCKGKKLSSQALS ECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH VLINKINIIDFIEKNIDEAIDFLLHLDLNEAQTKIANPILKEVLDRLGFLKNVGLEYLTL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEE ARPASSLSGGEAQRIRLATQIGSKLTGILYVLDEPSIGLHQRDNDKLINTLKEMRDLGNT ECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCE VIVVEHDEETMLAADYLIDIGPQAGVNGGYVIAAGTPQEVMQNPNSLTGQYLSKQKDILV EEEEECCCCCEEEEHHHEECCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCEEC PKTRRSGNGHKVILKGAKHNNLKNVDLTIPLGKFICVTGVSGSGKSSLILETLVKAIEYT CCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC NFNPFVIPGEYKDLIGASNVDKIVVVNQDAIGRTTRSNPATYVGVFDDIRTVFENTIEAK CCCCEEECCCHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHH ARGYSKSRFSFNIKGGRCERCWGDGTIRIEMHFLPDVYISCEECHGKRYNDETLQVKFKG HCCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCCEEEEEEEECCCEEEEHHHHCCCCCCCCEEEEEECC KSIYDVLKMPIDEALVFFENYPGIHRKLQLLVDVGLGYLELGASSTSLSGGEAQRIKLAK CHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHH FLQRKPTGKTLFVLDEPTTGLHIDDVAKLIKILDKIVDGGDTVLVIEHNLDLIKVADYII HHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCEEEEHHHE DIGPEGGNKGGKIIATGTPEQLLSKKDISYTAQYLEKYLKKN EECCCCCCCCCEEEECCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: DNA [C]
Specific reaction: Protein + DNA = Protein-DNA [C]
General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 11048724 [H]