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The map label for this gene is uvrB

Identifier: 170762298

GI number: 170762298

Start: 157441

End: 159441

Strand: Direct

Name: uvrB

Synonym: UPA3_0126

Alternate gene names: 170762298

Gene position: 157441-159441 (Clockwise)

Preceding gene: 170762384

Following gene: 170762219

Centisome position: 20.95

GC content: 28.39

Gene sequence:

>2001_bases
ATGGATGATTTTAAAAAATTTGAATTAATAAGCGATTATAAACCAGCTGGTGACCAACAAAAGGCAATTGATGAAATGGT
TAATAATATTAATCAAGGTATTCAACGACAAGTATTATTAGGGGCAACAGGAACAGGAAAAACATTTAGTGTGGCTAATG
TAATTGCAAAAACCCAATTAAAGACTTTAGTTCTTGCTCATAATAAAACATTAGCTGCACAATTATTTGCTGAACTTAAA
GAAATGTTTCCTCATAATAAAGTTGAATATTTTGTTTCATATTTTGATTATTATCAACCAGAAGCTTATAAACCTATAAC
TGATACTTATATTGAAAAAGATTCAGTAACAAATGCAGAAATTGAGATGATGCGTTTATCAACTATTAATTCATTGGCTA
CAAGAAATGATGTCATTGTTGTTGCTTCTGTTGCATGTATTTATGCATCTGTTTCTCCTATAGAATTTACTAAAAAGAAT
TTATATTTACATGTTGGTGAATTAATCGAATTTGAACAAATTAAATATAAATTAGTTCAATTAGGTTATGAACGAAAAGA
TTATGATTTAGTGCCAGGAACATTTAGGATTCGTGGTGATTTAATTGAAATTATGTCTGGATATAGTGATAAATTTAAAA
TAAGAATATCAATGTTTGGAAATGAAGTTGAATCAATTGATCTTTGCGATCCAATTACTAATAATATTATTTCTAAAGAA
CAAAGGTTTATTTTACGAAGTGCAAGTGAATATATTTTTGATGATTCGCGTTTAGCAATAGCGATTGAAAATATTAAAAA
TGAACTAGATGAACGAGTTAAATTTTTTCTAAAAAACAATCAATTAATTGAGGCGCAACGGATTGAGCAACGAACTAAAC
AAGATCTTGAAAGTATTGTAGAGTTTGGTTTTTGTAGTGGAGTTGAAAATTATTATCGTCATCTTGAACATCGTGAACCT
TTTCAAACACCATGGACAATTTTTGATTTTTTTTCATATAACAATCAAGATTGATTATTAATTGTAGATGAATCACATAT
TTCATTACCACAAGTGAAAGGGATGCATAATACAGACCGTAGTCGTAAACAAACATTAGTTGAATACGGATTTCGTTTAC
CTAGCGCTTTAGATAATCGGCCTTTAAATTATGATGAATTTAATAAAAAACTTTCCAAAACGATTTATGTTTCTGCCACA
CCAAACGATGAAGAAATTGCGTTATCAGATAATCATATAGTTAGTCAAATTGTTCGTCCTACAGGATTATTAGATCCAAT
TATTGAAATTAGAAAAACAGAACACCAAATTGATGATTTAATTAATGAATTGATGCTTTTAAAAAACAAGAATCAACGAG
CATTTATTACTGTTATGACAATTAGAATGGCTGAGGATTTAACAAATTATTTAAATAATACAAAAATTAAAGCTGCTTAT
TTACATAATGAATTAAAAACACTAGAGCGTAGTGTTATTATCAATAAATTAAGAAAAGGAATTTATGATTGTGTTGTTGG
AATTAATCTTTTAAGAGAAGGATTAGATGTTCCAGAAGTTGCAGGTGTTTTTATTTTTGATGCTGATAAACCTGGTTTTT
TTAGAAGTGATAAATCTTTAATTCAAATTATTGGACGTGCAGCACGTAATGCTGATGGTAAAGTAATTATGTATGCTGAT
GTAATAACACAAGCCATGCAAACCGCAATCAATGAAACAAAACGACGACGTGAAATTCAATTAGCTTTTAATTTAAAACA
TAATATTATCCCTAAAACAATTATTAAACCAATTCACGAAGATTTAAGTGGCCATGATTATAAACAAAATGCGGAATTAT
ATGCTGCAAAAGCTTCAAAAAACGAGTACAATCAAAAAATCAAAGAATTAAAGAAAAAAATGGAAGAAGCTGCAAAAAAA
CGTGAATATGAAGTTGCTGCTCAATATCGCGATATGATTGTTGAATTAGAAGCCATTAAGCAAAGTGTAAAAAGCAAATA
A

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTGAAAATTTCAACGAATCAATACCAACTGATCAAACAATTCAAGAATCATTTGATGATAATCAATCAGATAATGAAGAT
GATAAAAATAATAATTAACA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TAAATATATAATTATGTTTATTTTAATATTAGTTTTTTAATTAAAATTTATACTAATAAAGATTTAAAAAGGTTACTTTA
CGTATGGATAAAATAAAAGC

Product: excinuclease ABC subunit B

Products: NA

Alternate protein names: Protein uvrB; Excinuclease ABC subunit B [H]

Number of amino acids: Translated: 666; Mature: 666

Protein sequence:

>666_residues
MDDFKKFELISDYKPAGDQQKAIDEMVNNINQGIQRQVLLGATGTGKTFSVANVIAKTQLKTLVLAHNKTLAAQLFAELK
EMFPHNKVEYFVSYFDYYQPEAYKPITDTYIEKDSVTNAEIEMMRLSTINSLATRNDVIVVASVACIYASVSPIEFTKKN
LYLHVGELIEFEQIKYKLVQLGYERKDYDLVPGTFRIRGDLIEIMSGYSDKFKIRISMFGNEVESIDLCDPITNNIISKE
QRFILRSASEYIFDDSRLAIAIENIKNELDERVKFFLKNNQLIEAQRIEQRTKQDLESIVEFGFCSGVENYYRHLEHREP
FQTPWTIFDFFSYNNQDWLLIVDESHISLPQVKGMHNTDRSRKQTLVEYGFRLPSALDNRPLNYDEFNKKLSKTIYVSAT
PNDEEIALSDNHIVSQIVRPTGLLDPIIEIRKTEHQIDDLINELMLLKNKNQRAFITVMTIRMAEDLTNYLNNTKIKAAY
LHNELKTLERSVIINKLRKGIYDCVVGINLLREGLDVPEVAGVFIFDADKPGFFRSDKSLIQIIGRAARNADGKVIMYAD
VITQAMQTAINETKRRREIQLAFNLKHNIIPKTIIKPIHEDLSGHDYKQNAELYAAKASKNEYNQKIKELKKKMEEAAKK
REYEVAAQYRDMIVELEAIKQSVKSK

Sequences:

>Translated_666_residues
MDDFKKFELISDYKPAGDQQKAIDEMVNNINQGIQRQVLLGATGTGKTFSVANVIAKTQLKTLVLAHNKTLAAQLFAELK
EMFPHNKVEYFVSYFDYYQPEAYKPITDTYIEKDSVTNAEIEMMRLSTINSLATRNDVIVVASVACIYASVSPIEFTKKN
LYLHVGELIEFEQIKYKLVQLGYERKDYDLVPGTFRIRGDLIEIMSGYSDKFKIRISMFGNEVESIDLCDPITNNIISKE
QRFILRSASEYIFDDSRLAIAIENIKNELDERVKFFLKNNQLIEAQRIEQRTKQDLESIVEFGFCSGVENYYRHLEHREP
FQTPWTIFDFFSYNNQD*LLIVDESHISLPQVKGMHNTDRSRKQTLVEYGFRLPSALDNRPLNYDEFNKKLSKTIYVSAT
PNDEEIALSDNHIVSQIVRPTGLLDPIIEIRKTEHQIDDLINELMLLKNKNQRAFITVMTIRMAEDLTNYLNNTKIKAAY
LHNELKTLERSVIINKLRKGIYDCVVGINLLREGLDVPEVAGVFIFDADKPGFFRSDKSLIQIIGRAARNADGKVIMYAD
VITQAMQTAINETKRRREIQLAFNLKHNIIPKTIIKPIHEDLSGHDYKQNAELYAAKASKNEYNQKIKELKKKMEEAAKK
REYEVAAQYRDMIVELEAIKQSVKSK
>Mature_666_residues
MDDFKKFELISDYKPAGDQQKAIDEMVNNINQGIQRQVLLGATGTGKTFSVANVIAKTQLKTLVLAHNKTLAAQLFAELK
EMFPHNKVEYFVSYFDYYQPEAYKPITDTYIEKDSVTNAEIEMMRLSTINSLATRNDVIVVASVACIYASVSPIEFTKKN
LYLHVGELIEFEQIKYKLVQLGYERKDYDLVPGTFRIRGDLIEIMSGYSDKFKIRISMFGNEVESIDLCDPITNNIISKE
QRFILRSASEYIFDDSRLAIAIENIKNELDERVKFFLKNNQLIEAQRIEQRTKQDLESIVEFGFCSGVENYYRHLEHREP
FQTPWTIFDFFSYNNQD*LLIVDESHISLPQVKGMHNTDRSRKQTLVEYGFRLPSALDNRPLNYDEFNKKLSKTIYVSAT
PNDEEIALSDNHIVSQIVRPTGLLDPIIEIRKTEHQIDDLINELMLLKNKNQRAFITVMTIRMAEDLTNYLNNTKIKAAY
LHNELKTLERSVIINKLRKGIYDCVVGINLLREGLDVPEVAGVFIFDADKPGFFRSDKSLIQIIGRAARNADGKVIMYAD
VITQAMQTAINETKRRREIQLAFNLKHNIIPKTIIKPIHEDLSGHDYKQNAELYAAKASKNEYNQKIKELKKKMEEAAKK
REYEVAAQYRDMIVELEAIKQSVKSK

Specific function: The UvrABC repair system catalyzes the recognition and processing of DNA lesions. A damage recognition complex composed of 2 uvrA and 2 uvrB subunits scans DNA for abnormalities. Upon binding of the uvrA(2)B(2) complex to a putative damaged site, the DNA

COG id: COG0556

COG function: function code L; Helicase subunit of the DNA excision repair complex

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 UVR domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786996, Length=668, Percent_Identity=49.1017964071856, Blast_Score=619, Evalue=1e-178,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR014001
- InterPro:   IPR001650
- InterPro:   IPR014021
- InterPro:   IPR006935
- InterPro:   IPR001943
- InterPro:   IPR004807
- InterPro:   IPR009055 [H]

Pfam domain/function: PF00271 Helicase_C; PF04851 ResIII; PF02151 UVR [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 76752; Mature: 76752

Theoretical pI: Translated: 6.85; Mature: 6.85

Prosite motif: PS50151 UVR

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.6 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
2.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.6 %Cys     (Mature Protein)
2.3 %Met     (Mature Protein)
2.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MDDFKKFELISDYKPAGDQQKAIDEMVNNINQGIQRQVLLGATGTGKTFSVANVIAKTQL
CCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHH
KTLVLAHNKTLAAQLFAELKEMFPHNKVEYFVSYFDYYQPEAYKPITDTYIEKDSVTNAE
HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCH
IEMMRLSTINSLATRNDVIVVASVACIYASVSPIEFTKKNLYLHVGELIEFEQIKYKLVQ
HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHHHCCCCHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
LGYERKDYDLVPGTFRIRGDLIEIMSGYSDKFKIRISMFGNEVESIDLCDPITNNIISKE
HCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHH
QRFILRSASEYIFDDSRLAIAIENIKNELDERVKFFLKNNQLIEAQRIEQRTKQDLESIV
HHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHH
EFGFCSGVENYYRHLEHREPFQTPWTIFDFFSYNNQDLLIVDESHISLPQVKGMHNTDRS
HHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHH
RKQTLVEYGFRLPSALDNRPLNYDEFNKKLSKTIYVSATPNDEEIALSDNHIVSQIVRPT
HHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEECCCHHHHHHHCCC
GLLDPIIEIRKTEHQIDDLINELMLLKNKNQRAFITVMTIRMAEDLTNYLNNTKIKAAYL
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHH
HNELKTLERSVIINKLRKGIYDCVVGINLLREGLDVPEVAGVFIFDADKPGFFRSDKSLI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCEEEEEECCCCCCCCCCHHHH
QIIGRAARNADGKVIMYADVITQAMQTAINETKRRREIQLAFNLKHNIIPKTIIKPIHED
HHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHH
LSGHDYKQNAELYAAKASKNEYNQKIKELKKKMEEAAKKREYEVAAQYRDMIVELEAIKQ
CCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SVKSK
HHCCC
>Mature Secondary Structure
MDDFKKFELISDYKPAGDQQKAIDEMVNNINQGIQRQVLLGATGTGKTFSVANVIAKTQL
CCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHH
KTLVLAHNKTLAAQLFAELKEMFPHNKVEYFVSYFDYYQPEAYKPITDTYIEKDSVTNAE
HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCH
IEMMRLSTINSLATRNDVIVVASVACIYASVSPIEFTKKNLYLHVGELIEFEQIKYKLVQ
HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHHHCCCCHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHH
LGYERKDYDLVPGTFRIRGDLIEIMSGYSDKFKIRISMFGNEVESIDLCDPITNNIISKE
HCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHH
QRFILRSASEYIFDDSRLAIAIENIKNELDERVKFFLKNNQLIEAQRIEQRTKQDLESIV
HHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHH
EFGFCSGVENYYRHLEHREPFQTPWTIFDFFSYNNQDLLIVDESHISLPQVKGMHNTDRS
HHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHH
RKQTLVEYGFRLPSALDNRPLNYDEFNKKLSKTIYVSATPNDEEIALSDNHIVSQIVRPT
HHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCEEEECCCHHHHHHHCCC
GLLDPIIEIRKTEHQIDDLINELMLLKNKNQRAFITVMTIRMAEDLTNYLNNTKIKAAYL
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHH
HNELKTLERSVIINKLRKGIYDCVVGINLLREGLDVPEVAGVFIFDADKPGFFRSDKSLI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHCEEEEEECCCCCCCCCCHHHH
QIIGRAARNADGKVIMYADVITQAMQTAINETKRRREIQLAFNLKHNIIPKTIIKPIHED
HHHHHHHCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHH
LSGHDYKQNAELYAAKASKNEYNQKIKELKKKMEEAAKKREYEVAAQYRDMIVELEAIKQ
CCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SVKSK
HHCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: DNA [C]

Specific reaction: Protein + DNA = Protein-DNA [C]

General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA