Definition Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815 chromosome, complete genome.
Accession NC_010503
Length 751,679

Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is ydcI [H]

Identifier: 170762282

GI number: 170762282

Start: 29794

End: 31914

Strand: Reverse

Name: ydcI [H]

Synonym: UPA3_0029

Alternate gene names: 170762282

Gene position: 31914-29794 (Counterclockwise)

Preceding gene: 170762309

Following gene: 170762061

Centisome position: 4.25

GC content: 24.61

Gene sequence:

>2121_bases
ATGATTGATTTAATTATTAAAACACTAGTTCAAAAATTAAAAATTGAGGCAAAATATATAACAAATGTTTTGAATTTATT
AGCTGATAATAATACTATTGCATTCATTGCTAGATATCGTAAACATTTGACTAACAATATGGATGAATTTCAAATTCAAG
CAATTGCACATGAATATGAATATCTTACAAAATTAAATAAACGTAAAGAAGTAATTATTAAAAATTTAGAACAAAAAGGT
TTATTAACTAATGACTTATTAGAATTAATTAATAATTGTCAACGGCTTGTTGATCTTGAAAATCTTTATGAACCTTATGC
CTCAAATAAAAAAACAAAAGCATCAATCGCCATTGAAAAAGGGTTAGAACCATTAGCATTATTAATATTAAAAAATAATC
CTAATTCTAATATTAAAGAAGTTGCAAAACAATATTTAAATGAACAAGTTTTAAGTGTTGATGAAGCTATTGCTGGAGCT
TGTGATATTATTGCCCAAAAAGTTGCTAACGATACAACTTTAAGAGAAATGCTTTATGAAACAATTAACAAACATGCTAA
ATTAATCACAAGAATTAATAAAATAACAAATGACCCAACTAAAAACTTTGCTTTATATTATGAGTTTAGTTGCCCAATTA
AATATTTAAAAGCATATCAATTAATGGCTATTGATCGAGCTAATGAATTAAAAATCATTGCATTTAAACTTGATTTTAAA
AAAGAATTTCTTATTGATTTTGCTGTCAATAAATATACTAGAAAAATCAAAAGTAACAGCTATGACTACATTAAATCAGC
TGTTAATGATGGTTTTGATCGTTTATTAATTCCTTCAGTTTCAAATGCTGTTTACAAAGAAAAATTAGAGGAAGCTCACC
AACAATCAGCACAAATTTTTAGTAATAATTTACAACAATTATTATTACAAAAACCTTTAAAAAGCCATGTTGTTTTAGGA
TTTGATCCAGGATATGTGCATGGTTGCAAATTAGCAATTGTTAATAAAAACAATCAATTATTACATACTGATATTATTTA
CCCTCACAAACCACAGATATTAATTACACAAGCTAAAAATACGTTAATATCCTTAATTAATAAATACGAAGTTAATACAA
TAGCAATTGGCAATGGAACAGCATCAAATGAAAGTGTAATTTTTATTAGTGATTTAATTAAGGAATTCAAATTAAATCTT
AATTATTGTGTAATTAGTGAAGATGGTGCTTCAATTTATTCAGCATCATCAATTGCAAGTGAAGAATTTCCTAACTTAAG
TGTTGAAAAACGTTCGGCAATTAGTATTGCACGAAGAATCATTGATCCTTTAAGTGAATTAATAAAAATCGATCCAAAAA
GTATTGGTGTAGGTCAATATCAACACGATATTAATAAAAACATTCTTCAACAAAAAGTTGATTTTTGTATTGATTATTGT
GTTAATCAAGTTGGTGTTGATGTTAATACTGCTTCAATTCCTTTGTTGTCTAAAGTATCAGGTTTAAATAAGCGAAGTGC
AAAAAAAATTTTTGAATATGTTAAAAAACATCAATTTATTGAAAATCGTGAACAATTAAAAACCATTCCTTACATTACCG
ATAAAGTTTTTGAGCAAGCCGCTGGTTTTTTACGAATTAATAATGCTAATAATTTTTTAGATAGAACAAGTATTCATCCA
GAAGCATATCTAGTTGTTAATGAATTATGTAAATATTTACAATTACCAATTAATAAATTAATAAATAATTATCAAGTTTT
AAATCAATTAAATCCTAATGAATTAACTACTATTCTAAAAACAGATATTTATACTATTGAAAACATTATTAATAACTTAA
AAAATCCTTTACAAGATGTTCGTGATGATTATGATATTCCTATTTTACGTTCACAAATGGTTGATATTAATAACTTGAAA
ATAGGGATGTTAGTACAAGGAACAATTCGTAACCAAACAGAGTTTGGTAGTTTTATTGATATTGGTTTAAAAAATGATGC
ATTGTTACATATTTCAAACTATTGTGAAGAAGATAATTTGCATGTTAATAAAAATATTAATGTTTATATTGATAAAATAG
ATACAATTACTCAAAAAATTTCATTAAAGTTAAAATTATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
CCAATTATCTTTTACTTAGTAATTATAAAGCATTTAAATTAACATAACTAATTTTGACTATCAAAAGTTTATAATTTATT
AATTCTAAAAGGGGTGCAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AAATTATGAAAATAAAATTAAAAAAAATAATCATGTCTTTTTTGGGATTGCCAATTTTGGCAATTCCCCTTATCGTTAGC
GCTTGTTCGCAATTTAAAAT

Product: S1 RNA-binding domain-containing protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 706; Mature: 706

Protein sequence:

>706_residues
MIDLIIKTLVQKLKIEAKYITNVLNLLADNNTIAFIARYRKHLTNNMDEFQIQAIAHEYEYLTKLNKRKEVIIKNLEQKG
LLTNDLLELINNCQRLVDLENLYEPYASNKKTKASIAIEKGLEPLALLILKNNPNSNIKEVAKQYLNEQVLSVDEAIAGA
CDIIAQKVANDTTLREMLYETINKHAKLITRINKITNDPTKNFALYYEFSCPIKYLKAYQLMAIDRANELKIIAFKLDFK
KEFLIDFAVNKYTRKIKSNSYDYIKSAVNDGFDRLLIPSVSNAVYKEKLEEAHQQSAQIFSNNLQQLLLQKPLKSHVVLG
FDPGYVHGCKLAIVNKNNQLLHTDIIYPHKPQILITQAKNTLISLINKYEVNTIAIGNGTASNESVIFISDLIKEFKLNL
NYCVISEDGASIYSASSIASEEFPNLSVEKRSAISIARRIIDPLSELIKIDPKSIGVGQYQHDINKNILQQKVDFCIDYC
VNQVGVDVNTASIPLLSKVSGLNKRSAKKIFEYVKKHQFIENREQLKTIPYITDKVFEQAAGFLRINNANNFLDRTSIHP
EAYLVVNELCKYLQLPINKLINNYQVLNQLNPNELTTILKTDIYTIENIINNLKNPLQDVRDDYDIPILRSQMVDINNLK
IGMLVQGTIRNQTEFGSFIDIGLKNDALLHISNYCEEDNLHVNKNINVYIDKIDTITQKISLKLKL

Sequences:

>Translated_706_residues
MIDLIIKTLVQKLKIEAKYITNVLNLLADNNTIAFIARYRKHLTNNMDEFQIQAIAHEYEYLTKLNKRKEVIIKNLEQKG
LLTNDLLELINNCQRLVDLENLYEPYASNKKTKASIAIEKGLEPLALLILKNNPNSNIKEVAKQYLNEQVLSVDEAIAGA
CDIIAQKVANDTTLREMLYETINKHAKLITRINKITNDPTKNFALYYEFSCPIKYLKAYQLMAIDRANELKIIAFKLDFK
KEFLIDFAVNKYTRKIKSNSYDYIKSAVNDGFDRLLIPSVSNAVYKEKLEEAHQQSAQIFSNNLQQLLLQKPLKSHVVLG
FDPGYVHGCKLAIVNKNNQLLHTDIIYPHKPQILITQAKNTLISLINKYEVNTIAIGNGTASNESVIFISDLIKEFKLNL
NYCVISEDGASIYSASSIASEEFPNLSVEKRSAISIARRIIDPLSELIKIDPKSIGVGQYQHDINKNILQQKVDFCIDYC
VNQVGVDVNTASIPLLSKVSGLNKRSAKKIFEYVKKHQFIENREQLKTIPYITDKVFEQAAGFLRINNANNFLDRTSIHP
EAYLVVNELCKYLQLPINKLINNYQVLNQLNPNELTTILKTDIYTIENIINNLKNPLQDVRDDYDIPILRSQMVDINNLK
IGMLVQGTIRNQTEFGSFIDIGLKNDALLHISNYCEEDNLHVNKNINVYIDKIDTITQKISLKLKL
>Mature_706_residues
MIDLIIKTLVQKLKIEAKYITNVLNLLADNNTIAFIARYRKHLTNNMDEFQIQAIAHEYEYLTKLNKRKEVIIKNLEQKG
LLTNDLLELINNCQRLVDLENLYEPYASNKKTKASIAIEKGLEPLALLILKNNPNSNIKEVAKQYLNEQVLSVDEAIAGA
CDIIAQKVANDTTLREMLYETINKHAKLITRINKITNDPTKNFALYYEFSCPIKYLKAYQLMAIDRANELKIIAFKLDFK
KEFLIDFAVNKYTRKIKSNSYDYIKSAVNDGFDRLLIPSVSNAVYKEKLEEAHQQSAQIFSNNLQQLLLQKPLKSHVVLG
FDPGYVHGCKLAIVNKNNQLLHTDIIYPHKPQILITQAKNTLISLINKYEVNTIAIGNGTASNESVIFISDLIKEFKLNL
NYCVISEDGASIYSASSIASEEFPNLSVEKRSAISIARRIIDPLSELIKIDPKSIGVGQYQHDINKNILQQKVDFCIDYC
VNQVGVDVNTASIPLLSKVSGLNKRSAKKIFEYVKKHQFIENREQLKTIPYITDKVFEQAAGFLRINNANNFLDRTSIHP
EAYLVVNELCKYLQLPINKLINNYQVLNQLNPNELTTILKTDIYTIENIINNLKNPLQDVRDDYDIPILRSQMVDINNLK
IGMLVQGTIRNQTEFGSFIDIGLKNDALLHISNYCEEDNLHVNKNINVYIDKIDTITQKISLKLKL

Specific function: Unknown

COG id: COG2183

COG function: function code K; Transcriptional accessory protein

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 S1 motif domain [H]

Homologues:

Organism=Homo sapiens, GI221136781, Length=787, Percent_Identity=31.2579415501906, Blast_Score=374, Evalue=1e-103,
Organism=Homo sapiens, GI27597090, Length=348, Percent_Identity=25.2873563218391, Blast_Score=73, Evalue=1e-12,
Organism=Escherichia coli, GI87082262, Length=725, Percent_Identity=33.5172413793103, Blast_Score=437, Evalue=1e-123,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI17511129, Length=726, Percent_Identity=26.5840220385675, Blast_Score=204, Evalue=2e-52,
Organism=Drosophila melanogaster, GI62484314, Length=747, Percent_Identity=29.718875502008, Blast_Score=341, Evalue=9e-94,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR012340
- InterPro:   IPR016027
- InterPro:   IPR003029
- InterPro:   IPR005227
- InterPro:   IPR006641
- InterPro:   IPR022967
- InterPro:   IPR018974
- InterPro:   IPR023097 [H]

Pfam domain/function: PF00575 S1; PF09371 Tex_N [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 80661; Mature: 80661

Theoretical pI: Translated: 8.62; Mature: 8.62

Prosite motif: PS50126 S1

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.3 %Cys     (Translated Protein)
0.8 %Met     (Translated Protein)
2.1 %Cys+Met (Translated Protein)
1.3 %Cys     (Mature Protein)
0.8 %Met     (Mature Protein)
2.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIDLIIKTLVQKLKIEAKYITNVLNLLADNNTIAFIARYRKHLTNNMDEFQIQAIAHEYE
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH
YLTKLNKRKEVIIKNLEQKGLLTNDLLELINNCQRLVDLENLYEPYASNKKTKASIAIEK
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHC
GLEPLALLILKNNPNSNIKEVAKQYLNEQVLSVDEAIAGACDIIAQKVANDTTLREMLYE
CCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
TINKHAKLITRINKITNDPTKNFALYYEFSCPIKYLKAYQLMAIDRANELKIIAFKLDFK
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHEECCCCCEEEEEEEECCC
KEFLIDFAVNKYTRKIKSNSYDYIKSAVNDGFDRLLIPSVSNAVYKEKLEEAHQQSAQIF
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SNNLQQLLLQKPLKSHVVLGFDPGYVHGCKLAIVNKNNQLLHTDIIYPHKPQILITQAKN
HHHHHHHHHHCCHHHCEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCEEEEHHHH
TLISLINKYEVNTIAIGNGTASNESVIFISDLIKEFKLNLNYCVISEDGASIYSASSIAS
HHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHH
EEFPNLSVEKRSAISIARRIIDPLSELIKIDPKSIGVGQYQHDINKNILQQKVDFCIDYC
HCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VNQVGVDVNTASIPLLSKVSGLNKRSAKKIFEYVKKHQFIENREQLKTIPYITDKVFEQA
HHHHCCCCCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHC
AGFLRINNANNFLDRTSIHPEAYLVVNELCKYLQLPINKLINNYQVLNQLNPNELTTILK
CCEEEECCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH
TDIYTIENIINNLKNPLQDVRDDYDIPILRSQMVDINNLKIGMLVQGTIRNQTEFGSFID
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEE
IGLKNDALLHISNYCEEDNLHVNKNINVYIDKIDTITQKISLKLKL
ECCCCCEEEEEHHCCCCCCEEECCCCEEEEECHHHHHHHHEEEEEC
>Mature Secondary Structure
MIDLIIKTLVQKLKIEAKYITNVLNLLADNNTIAFIARYRKHLTNNMDEFQIQAIAHEYE
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH
YLTKLNKRKEVIIKNLEQKGLLTNDLLELINNCQRLVDLENLYEPYASNKKTKASIAIEK
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHC
GLEPLALLILKNNPNSNIKEVAKQYLNEQVLSVDEAIAGACDIIAQKVANDTTLREMLYE
CCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH
TINKHAKLITRINKITNDPTKNFALYYEFSCPIKYLKAYQLMAIDRANELKIIAFKLDFK
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHEECCCCCEEEEEEEECCC
KEFLIDFAVNKYTRKIKSNSYDYIKSAVNDGFDRLLIPSVSNAVYKEKLEEAHQQSAQIF
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SNNLQQLLLQKPLKSHVVLGFDPGYVHGCKLAIVNKNNQLLHTDIIYPHKPQILITQAKN
HHHHHHHHHHCCHHHCEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCEEEEHHHH
TLISLINKYEVNTIAIGNGTASNESVIFISDLIKEFKLNLNYCVISEDGASIYSASSIAS
HHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHH
EEFPNLSVEKRSAISIARRIIDPLSELIKIDPKSIGVGQYQHDINKNILQQKVDFCIDYC
HCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VNQVGVDVNTASIPLLSKVSGLNKRSAKKIFEYVKKHQFIENREQLKTIPYITDKVFEQA
HHHHCCCCCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHC
AGFLRINNANNFLDRTSIHPEAYLVVNELCKYLQLPINKLINNYQVLNQLNPNELTTILK
CCEEEECCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH
TDIYTIENIINNLKNPLQDVRDDYDIPILRSQMVDINNLKIGMLVQGTIRNQTEFGSFID
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEE
IGLKNDALLHISNYCEEDNLHVNKNINVYIDKIDTITQKISLKLKL
ECCCCCEEEEEHHCCCCCCEEECCCCEEEEECHHHHHHHHEEEEEC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]