| Definition | Clostridium botulinum A str. ATCC 19397, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009697 |
| Length | 3,863,450 |
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The map label for this gene is yomI [H]
Identifier: 153933375
GI number: 153933375
Start: 2564800
End: 2570112
Strand: Reverse
Name: yomI [H]
Synonym: CLB_2438
Alternate gene names: 153933375
Gene position: 2570112-2564800 (Counterclockwise)
Preceding gene: 153934091
Following gene: 153932347
Centisome position: 66.52
GC content: 33.58
Gene sequence:
>5313_bases ATGGCAGAGGATGTAGGCAGTTTAGTAGTACGAGTGGCTATGGATAAGTCTAACTTTGAAGAAGGCATACAAAACCTTAA TAGATCTATGAGATTAGTACAGAGTGAATTTAAAAATGCAACTGCAGGGTTAAAGGATCATGGACAAGGATTGGACGGTC TTAAATCTAAGCAAGAAATGTTATCAAAAAGTATTGAATTACAAGCTGAAAAAGTAGCAAAATATAAAGCTAAAATAACA GAAAGTGAAAAAACATTAGAAGACAATAGTAAAGCACATGAGAAATTAAAAGAAAAGGTGGATAATGCGAAAAAAGCCTG GGAAGATTCTGAGAAGAGCTTAGGTAAAAATGCAGAAGAAACAAAAAAACTTAAAGCAGAATATGAAAAACTTGATAAAC AGTATGCTGACAGTGAAGAGAAAATAAGAAACAACGTACGAGCCATAGACAACTGGAATGTTAAGGCTAATAATGCTGAA GCTAAATTAAAGAACCTCAAGAATGAGCTATCTAATACCAGTAAAGAAATAGATAAACAAGAAAATTCATGGAATAAAAT TTCAAAGAAACTCGATTCTGCAGGAAATAAGTTTAAAACTGCAGGAAAGAAAATGGAATCCATAGGGAAAAATATAACTA CAAAAGTATCGGCACCTTTAGCTGGACTAGGAGCAATAGCAGTAAAGACGACAGCTGACTATGACGATAGCATGAGTCAA TTAAAAGCTATAACAAACTCTAGTACAGAAGATATGAAAAAGATGAGTGACCAAGCTAAGGATTTGGGTGTAAAAACTAG ATATAGTGCTAAAGAAGCAGCAGATAGTATGGTAATGCTAGGGCAAGCCGGCTATAGAACAACAGAAATCATGAATACTA TGCCTGCAGTTCTTAATTTAGCGCAAGCAGGAGCTATAGATCTAACACAAAGTACAGATGTATTAGTATCATCCATGAGC 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Upstream 100 bases:
>100_bases AGAAAAAAAAGAAAATGATGTTTATATAGACCAATGTAGCTGGTTATAAGAGCTTAGGAGACTAGGCTCTTTTTATTTTA CATAGAAAGGAGGTATGTAT
Downstream 100 bases:
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Product: TP901 family phage tail tape measure protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1770; Mature: 1769
Protein sequence:
>1770_residues MAEDVGSLVVRVAMDKSNFEEGIQNLNRSMRLVQSEFKNATAGLKDHGQGLDGLKSKQEMLSKSIELQAEKVAKYKAKIT ESEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEETKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIDNWNVKANNAE AKLKNLKNELSNTSKEIDKQENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESIGKNITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQ LKAITNSSTEDMKKMSDQAKDLGVKTRYSAKEAADSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNLAQAGAIDLTQSTDVLVSSMS QFGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSMANTAGWSLEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLV KPSEASAEKMEALGIKVFDNNGKMKALGEVIDEVKKGTSKLTEEQKMNALVTIFGQEAIAGINALMTEGGDSVRKYADEL KKADGSAAKAAETMEDNIGGAFRSLKSAMEGAAISIGSALAPTIRDIADKITELARRFAALSPETQNMIAKFSMFAVVTG PAIVGIGKLATGFGSILSLGSKVAGVMGKVTLATKGAEAATTTASVATGLAGKGITAMGLAAKAGTLLLNPWVLGIGAAT VAGVALYKHLQKDAVPSVDLFADKVKTSSSEMMNYHVASKGVETANVKISKSTKQAVGAYMELDKKASGTLVNLVGNSDK FTKQAKDKVLKNFTDMSKKSSKISNEQKNTMTSNFKKLVSDTGTLTKKNKDEIIKQYSAMVNGTKGLTKKQKEQTIKDFA DTLNKSTSITKQQSDNLQKIYKDMGDKIKSGLDKKKTEELKSQQEFFSRSNVLTTTEEAKILQTTATSWENKKKTVDSLQ NQINSIIQHAVNHNRQITTEEAQTIDGLQKQMKENAVKTLSASEVEQKVIMERLKNYNGRITAEQASEVIKNAEKQRKST VDKANQQYDGAVRNIIKLRDESKLITKDQADKMLKEAERQRKESIDKAENQKKEVVKKITSMNKDIGESVDTTSGNMLTT WDKLKSWWDGWHPDAKQFNYTLRGIGTKGATKKEGGEAYATGTTNAKRGWNLVGEEGPELLWFDGGETVLNNRNTMALFD KLDNKIGYATSREWGVNLSQGLADGINNSRNLVHDSILETANGINFKTRKALGINSPSRVMQELGKFSSEGLALGILENK DKVESAANLAAQVIKDVTENKLDDIQIKINTNDKEIKDRVARQLNWGVYNRDEYQKYLNFVNKLNKEEVEKSKEFLKEDY ENRVKSVEDRLRILKNENSIELQTEKARVDQEIAYYQNLQRNTKDKNAKKNYANQIATLRQYQKQVLNTTKANQKAQVDS LERSKKALKEYYDDGIKLLDKREKEVKKSLKMEENIFKDLMITYDTAIKSLKVKTGDLIKDLENQEAIVVVQSKKVEDLR KRYEDLAYTLGIAAEETVKAREEFENARVELENMANAVKDAAKNLSDYIDKFKEDIANALKAKYEDELKLQEESINAQIQ NLEKWKDESIKRINDVYDAKIKAIEEQLEEEEKADKDAEEIKKINNLKSAIDFEHNEFNKAEMQQELNNLLKEREKRLHR EQLEEQKKKLEKEKEEKLQNINSVYESNKQSLEKQLEDYRSFCEKRTQDAVLQAEAEKLIMDNNQKQIVELLHSYSKEYE YAGQTLGQKLVDGFSPKIQEIKDMIASITAEINGARQNALDLSRGVSSVTTNNNSVTNNRNNTFNVYASGNNGGSRSIES ELRSLAFSMA
Sequences:
>Translated_1770_residues MAEDVGSLVVRVAMDKSNFEEGIQNLNRSMRLVQSEFKNATAGLKDHGQGLDGLKSKQEMLSKSIELQAEKVAKYKAKIT ESEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEETKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIDNWNVKANNAE AKLKNLKNELSNTSKEIDKQENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESIGKNITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQ LKAITNSSTEDMKKMSDQAKDLGVKTRYSAKEAADSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNLAQAGAIDLTQSTDVLVSSMS QFGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSMANTAGWSLEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLV KPSEASAEKMEALGIKVFDNNGKMKALGEVIDEVKKGTSKLTEEQKMNALVTIFGQEAIAGINALMTEGGDSVRKYADEL KKADGSAAKAAETMEDNIGGAFRSLKSAMEGAAISIGSALAPTIRDIADKITELARRFAALSPETQNMIAKFSMFAVVTG PAIVGIGKLATGFGSILSLGSKVAGVMGKVTLATKGAEAATTTASVATGLAGKGITAMGLAAKAGTLLLNPWVLGIGAAT VAGVALYKHLQKDAVPSVDLFADKVKTSSSEMMNYHVASKGVETANVKISKSTKQAVGAYMELDKKASGTLVNLVGNSDK FTKQAKDKVLKNFTDMSKKSSKISNEQKNTMTSNFKKLVSDTGTLTKKNKDEIIKQYSAMVNGTKGLTKKQKEQTIKDFA DTLNKSTSITKQQSDNLQKIYKDMGDKIKSGLDKKKTEELKSQQEFFSRSNVLTTTEEAKILQTTATSWENKKKTVDSLQ NQINSIIQHAVNHNRQITTEEAQTIDGLQKQMKENAVKTLSASEVEQKVIMERLKNYNGRITAEQASEVIKNAEKQRKST VDKANQQYDGAVRNIIKLRDESKLITKDQADKMLKEAERQRKESIDKAENQKKEVVKKITSMNKDIGESVDTTSGNMLTT WDKLKSWWDGWHPDAKQFNYTLRGIGTKGATKKEGGEAYATGTTNAKRGWNLVGEEGPELLWFDGGETVLNNRNTMALFD KLDNKIGYATSREWGVNLSQGLADGINNSRNLVHDSILETANGINFKTRKALGINSPSRVMQELGKFSSEGLALGILENK DKVESAANLAAQVIKDVTENKLDDIQIKINTNDKEIKDRVARQLNWGVYNRDEYQKYLNFVNKLNKEEVEKSKEFLKEDY ENRVKSVEDRLRILKNENSIELQTEKARVDQEIAYYQNLQRNTKDKNAKKNYANQIATLRQYQKQVLNTTKANQKAQVDS LERSKKALKEYYDDGIKLLDKREKEVKKSLKMEENIFKDLMITYDTAIKSLKVKTGDLIKDLENQEAIVVVQSKKVEDLR KRYEDLAYTLGIAAEETVKAREEFENARVELENMANAVKDAAKNLSDYIDKFKEDIANALKAKYEDELKLQEESINAQIQ NLEKWKDESIKRINDVYDAKIKAIEEQLEEEEKADKDAEEIKKINNLKSAIDFEHNEFNKAEMQQELNNLLKEREKRLHR EQLEEQKKKLEKEKEEKLQNINSVYESNKQSLEKQLEDYRSFCEKRTQDAVLQAEAEKLIMDNNQKQIVELLHSYSKEYE YAGQTLGQKLVDGFSPKIQEIKDMIASITAEINGARQNALDLSRGVSSVTTNNNSVTNNRNNTFNVYASGNNGGSRSIES ELRSLAFSMA >Mature_1769_residues AEDVGSLVVRVAMDKSNFEEGIQNLNRSMRLVQSEFKNATAGLKDHGQGLDGLKSKQEMLSKSIELQAEKVAKYKAKITE SEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEETKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIDNWNVKANNAEA KLKNLKNELSNTSKEIDKQENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESIGKNITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQL KAITNSSTEDMKKMSDQAKDLGVKTRYSAKEAADSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNLAQAGAIDLTQSTDVLVSSMSQ FGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSMANTAGWSLEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLVK PSEASAEKMEALGIKVFDNNGKMKALGEVIDEVKKGTSKLTEEQKMNALVTIFGQEAIAGINALMTEGGDSVRKYADELK KADGSAAKAAETMEDNIGGAFRSLKSAMEGAAISIGSALAPTIRDIADKITELARRFAALSPETQNMIAKFSMFAVVTGP AIVGIGKLATGFGSILSLGSKVAGVMGKVTLATKGAEAATTTASVATGLAGKGITAMGLAAKAGTLLLNPWVLGIGAATV AGVALYKHLQKDAVPSVDLFADKVKTSSSEMMNYHVASKGVETANVKISKSTKQAVGAYMELDKKASGTLVNLVGNSDKF TKQAKDKVLKNFTDMSKKSSKISNEQKNTMTSNFKKLVSDTGTLTKKNKDEIIKQYSAMVNGTKGLTKKQKEQTIKDFAD TLNKSTSITKQQSDNLQKIYKDMGDKIKSGLDKKKTEELKSQQEFFSRSNVLTTTEEAKILQTTATSWENKKKTVDSLQN QINSIIQHAVNHNRQITTEEAQTIDGLQKQMKENAVKTLSASEVEQKVIMERLKNYNGRITAEQASEVIKNAEKQRKSTV DKANQQYDGAVRNIIKLRDESKLITKDQADKMLKEAERQRKESIDKAENQKKEVVKKITSMNKDIGESVDTTSGNMLTTW DKLKSWWDGWHPDAKQFNYTLRGIGTKGATKKEGGEAYATGTTNAKRGWNLVGEEGPELLWFDGGETVLNNRNTMALFDK LDNKIGYATSREWGVNLSQGLADGINNSRNLVHDSILETANGINFKTRKALGINSPSRVMQELGKFSSEGLALGILENKD KVESAANLAAQVIKDVTENKLDDIQIKINTNDKEIKDRVARQLNWGVYNRDEYQKYLNFVNKLNKEEVEKSKEFLKEDYE NRVKSVEDRLRILKNENSIELQTEKARVDQEIAYYQNLQRNTKDKNAKKNYANQIATLRQYQKQVLNTTKANQKAQVDSL ERSKKALKEYYDDGIKLLDKREKEVKKSLKMEENIFKDLMITYDTAIKSLKVKTGDLIKDLENQEAIVVVQSKKVEDLRK RYEDLAYTLGIAAEETVKAREEFENARVELENMANAVKDAAKNLSDYIDKFKEDIANALKAKYEDELKLQEESINAQIQN LEKWKDESIKRINDVYDAKIKAIEEQLEEEEKADKDAEEIKKINNLKSAIDFEHNEFNKAEMQQELNNLLKEREKRLHRE QLEEQKKKLEKEKEEKLQNINSVYESNKQSLEKQLEDYRSFCEKRTQDAVLQAEAEKLIMDNNQKQIVELLHSYSKEYEY AGQTLGQKLVDGFSPKIQEIKDMIASITAEINGARQNALDLSRGVSSVTTNNNSVTNNRNNTFNVYASGNNGGSRSIESE LRSLAFSMA
Specific function: Unknown
COG id: COG5283
COG function: function code S; Phage-related tail protein
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 10 TPR repeats [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011055 - InterPro: IPR008258 - InterPro: IPR016047 - InterPro: IPR010090 - InterPro: IPR000189 [H]
Pfam domain/function: PF01551 Peptidase_M23; PF10145 PhageMin_Tail; PF01464 SLT [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 196490; Mature: 196359
Theoretical pI: Translated: 9.48; Mature: 9.48
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.1 %Cys (Translated Protein) 2.7 %Met (Translated Protein) 2.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.1 %Cys (Mature Protein) 2.6 %Met (Mature Protein) 2.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAEDVGSLVVRVAMDKSNFEEGIQNLNRSMRLVQSEFKNATAGLKDHGQGLDGLKSKQEM CCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCCCCHHHHHHHH LSKSIELQAEKVAKYKAKITESEKTLEDNSKAHEKLKEKVDNAKKAWEDSEKSLGKNAEE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH TKKLKAEYEKLDKQYADSEEKIRNNVRAIDNWNVKANNAEAKLKNLKNELSNTSKEIDKQ HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ENSWNKISKKLDSAGNKFKTAGKKMESIGKNITTKVSAPLAGLGAIAVKTTADYDDSMSQ HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCHHCCCCEEEEECCCCHHHHHH LKAITNSSTEDMKKMSDQAKDLGVKTRYSAKEAADSMVMLGQAGYRTTEIMNTMPAVLNL HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH AQAGAIDLTQSTDVLVSSMSQFGIETKNASHVADVLSLGANKANLGVNDMAEALKYAGSM HHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC ANTAGWSLEETASAIGLMSNYGIKGSQAGTALRGAISRLVKPSEASAEKMEALGIKVFDN CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCEEEECC NGKMKALGEVIDEVKKGTSKLTEEQKMNALVTIFGQEAIAGINALMTEGGDSVRKYADEL 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