| Definition | Shewanella amazonensis SB2B chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008700 |
| Length | 4,306,142 |
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The map label for this gene is ybbP [H]
Identifier: 119774624
GI number: 119774624
Start: 1799927
End: 1802383
Strand: Direct
Name: ybbP [H]
Synonym: Sama_1487
Alternate gene names: 119774624
Gene position: 1799927-1802383 (Clockwise)
Preceding gene: 119774623
Following gene: 119774627
Centisome position: 41.8
GC content: 59.75
Gene sequence:
>2457_bases ATGCTGAAGTCTCTGGCATTGCGACTCTTCTGGCGCGAGCTCAGACAGGGGCAGTTGTTGCTTATCCTGTTTGCCATTTC CCTGGCCGTACTCGCTGTTACAGGCCTTGCCCGGGTGAGTGAAAGGCTGCAGGTGGCCATCAGCGGGGAAGCGGCCAAAT TTACCGCCGCCGACAGGGTGGTGGACTCCCCCCAACCACTCAGCACTGAGCTGCTGGCCAGGATAGACGCCATTGGCCTT GCGCGTGCCGACAGCATGTTATTCAACTCCATGGCCTGGTCGGGAGATGCCTTTCAATTGGTCACAGTGCGCGCGGTGGG CAACAGCTACCCGCTTAAAGGCGAAATTGAGCTGGCGGATGGCCCGACGGGGTTGCTGCCCGAGGCAGGCACCCTCTGGT ACGAAGGGCGGCTGGCGGGCCTGATTGGCCAGTCAGAGTCGCTGGAACTGGGTGACAGGCAGTTTAATCTGACCAAAGAA ATCAAACGCTTACCCGATGCGGGCTTTAATCCCTTTGCTTCGTCACCTGTGGTATTGATGGGCTTGGATGATGTGGCCTC CACCGGTATTGTCGGTCCCGGCAGCCGGGTCACTTACCTGTATCAGTTCAGCGGTGACAGCGCGCAATTGGCCGAGTTGG ATGAGTTGCTCAAGGCCGAGCTCACCAGCTCTCAGCGCCTTCGGGATGTAAAGTCCGGTGATTCCCCCATCGCCAGCGCC GTTGCCCGCGCCGAGCGCTTCCTGTTATTGGCAAGTTTGCTGGGCATAGCGCTTGCCTGCGCCGCCATAGGTATCGCCGC GCAGCGATACTGCCAGCGTCACTACGACGTGGTGGCCATGTTCAAAACCTTTGGCGCTTCAGCGAAGGAAATCCGCACCC TGTTTGCGCTGCATCTGTCTTTGGTGACCGCGTTTGGCGTATTGGTGGGCATTCTTGGGGGGCTTGGGCTGGATGCGGTG ATAGCCCGGTTCCTGCCGCCAGAGCTTACGGCCTATGAGGCGCCGCTGCTCAGACCTGTGCTGCTTGGCGTACTGACAGG CAGCATCAGTGCGCTGATGTTCTCGGCCTATCCGCTGCTGCGTCTCCTCGCTATTCCGCCGCTTCGGGTGCTCCAGCGTG AACTCACCGGGCGAAGTGCCGGCGTCTGGCTGCATGCGGCGCTGAGCCTCAGTGCCATGGCGCTGCTGGGATATGCCTAT TCCCGCTCATGGCAGCTGACCGGCGCTGTGGTGCTTGGCGCTTTGCTGCTGGGATTGATCCTGTTTGCCCTTGGCTTTGT GATGATCCGCCTTGGCCATGGCGCCGGGCTTAAAACCACCAATCCGCTGCAGTTGGCGTTGGCGGGGCTCAGGCGCCGTG CGGCACAAAACTCGGTGCAGCTGGTGGGCTTTTCTACCGCGCTGGTGCTGCTGCTGACCATATTTGCATTGCGTCAGGAC TTGTTGGATGACTGGCAGAAGCAACTCCCGGAGGGGGCGCCCAACTTCTTTTTGGTGAACATCAGTCCGGAGGATGAAGC GCCCATGGCCGAGTTCCTGGCCGAAAATCACATCGAACGCACCGATATTTATCCGGTTATCCGTGGCAGGCTTTCTGCCA TCAACGGTGAGGCGCTCATCAGTGAACGCCAGTCCGAAGAAGGAGCCACCGGGCGGGTGGGGATTGGCCGCGAGCTGAAC ATGACCTGGCGAGATAGCCTGCCACCCAATAACCGCCTGATTGCGGGCGAGTTTGATAATGTCGCGGACGGGGTTTCGGT GGAGACCAAGGTTGCCGAGCGTCTGGGGTTGAAGCTTGGGGACAGTCTCAGTTTCGTTATCGATAACCAGACTCTGGATG TGCGGGTGACCAGCTTGCGGGAAGTACGCTGGGAGACCATGCAGCCCAATTTCTTTATGATTTTTTCAAAAGAAGCCCTG GCACCCTTTGCCTACACATCGATGCTGAGTTTTCACCTCGATGAGGCCAAACGGCCCCTGGTCGTGTCGCTGATTAAGCA ATTCCCTACCGTGTCCGTGATAGACGTAGGCGCCATGGTGGCCCAGCTCAGAAGCATAGTATCCCAGGTGTCGCTGGCAC TTGGGGTCGTGCTGGCACTGGTGATTGCATCCAGCAGTCTGGTGCTGTGGGCGCAGACCGAAGCGGGCATGTCGGTAAGA CGACGTGAGCTTGCTGTGCTGCGCACCTTTGGCGCCGGTGGGCGCTTATTGCGGCTGGCAACCACGCTGGAATTTGCAGT GCTGGGCGCCGTGGCGGGGATTGTGGCCGTGGTTGTCACAGAAGCCGTGCTCTATCTGCTTAAAACCTGGGTGTTTGAAC TTGGCGTGAACTGGCATCTGCAGTGGTGGCTGCAGGCCCCACTGCTGGGGGCCGCACTGGTTGCCGTGCTCGGTTACTGG CGCTGCCGGGAGCTGTTGTCCCAAAGCTGCCTGTCGCTGCTTCGCACCGAGACTTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TCACCATGACCGAAGGTGAGCTTGCCGAGACAACCGCGGCGCAGGAAGCGCCTCGACAGGATGCACAGGCAGAGGTCGAA ACCAACATCAAGGAGGCCGC
Downstream 100 bases:
>100_bases GTGTTAAAGCAGATCTTCCAGCGCCTGACGCAAATAGGGAAAGCGAAAGCCGAACCCAGCCTCCATTGCCCTCTGCGGGT GCACGTACTGACCGGTAAGC
Product: ABC transporter permease
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 818; Mature: 818
Protein sequence:
>818_residues MLKSLALRLFWRELRQGQLLLILFAISLAVLAVTGLARVSERLQVAISGEAAKFTAADRVVDSPQPLSTELLARIDAIGL ARADSMLFNSMAWSGDAFQLVTVRAVGNSYPLKGEIELADGPTGLLPEAGTLWYEGRLAGLIGQSESLELGDRQFNLTKE IKRLPDAGFNPFASSPVVLMGLDDVASTGIVGPGSRVTYLYQFSGDSAQLAELDELLKAELTSSQRLRDVKSGDSPIASA VARAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMFKTFGASAKEIRTLFALHLSLVTAFGVLVGILGGLGLDAV IARFLPPELTAYEAPLLRPVLLGVLTGSISALMFSAYPLLRLLAIPPLRVLQRELTGRSAGVWLHAALSLSAMALLGYAY SRSWQLTGAVVLGALLLGLILFALGFVMIRLGHGAGLKTTNPLQLALAGLRRRAAQNSVQLVGFSTALVLLLTIFALRQD LLDDWQKQLPEGAPNFFLVNISPEDEAPMAEFLAENHIERTDIYPVIRGRLSAINGEALISERQSEEGATGRVGIGRELN MTWRDSLPPNNRLIAGEFDNVADGVSVETKVAERLGLKLGDSLSFVIDNQTLDVRVTSLREVRWETMQPNFFMIFSKEAL APFAYTSMLSFHLDEAKRPLVVSLIKQFPTVSVIDVGAMVAQLRSIVSQVSLALGVVLALVIASSSLVLWAQTEAGMSVR RRELAVLRTFGAGGRLLRLATTLEFAVLGAVAGIVAVVVTEAVLYLLKTWVFELGVNWHLQWWLQAPLLGAALVAVLGYW RCRELLSQSCLSLLRTET
Sequences:
>Translated_818_residues MLKSLALRLFWRELRQGQLLLILFAISLAVLAVTGLARVSERLQVAISGEAAKFTAADRVVDSPQPLSTELLARIDAIGL ARADSMLFNSMAWSGDAFQLVTVRAVGNSYPLKGEIELADGPTGLLPEAGTLWYEGRLAGLIGQSESLELGDRQFNLTKE IKRLPDAGFNPFASSPVVLMGLDDVASTGIVGPGSRVTYLYQFSGDSAQLAELDELLKAELTSSQRLRDVKSGDSPIASA VARAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMFKTFGASAKEIRTLFALHLSLVTAFGVLVGILGGLGLDAV IARFLPPELTAYEAPLLRPVLLGVLTGSISALMFSAYPLLRLLAIPPLRVLQRELTGRSAGVWLHAALSLSAMALLGYAY SRSWQLTGAVVLGALLLGLILFALGFVMIRLGHGAGLKTTNPLQLALAGLRRRAAQNSVQLVGFSTALVLLLTIFALRQD LLDDWQKQLPEGAPNFFLVNISPEDEAPMAEFLAENHIERTDIYPVIRGRLSAINGEALISERQSEEGATGRVGIGRELN MTWRDSLPPNNRLIAGEFDNVADGVSVETKVAERLGLKLGDSLSFVIDNQTLDVRVTSLREVRWETMQPNFFMIFSKEAL APFAYTSMLSFHLDEAKRPLVVSLIKQFPTVSVIDVGAMVAQLRSIVSQVSLALGVVLALVIASSSLVLWAQTEAGMSVR RRELAVLRTFGAGGRLLRLATTLEFAVLGAVAGIVAVVVTEAVLYLLKTWVFELGVNWHLQWWLQAPLLGAALVAVLGYW RCRELLSQSCLSLLRTET >Mature_818_residues MLKSLALRLFWRELRQGQLLLILFAISLAVLAVTGLARVSERLQVAISGEAAKFTAADRVVDSPQPLSTELLARIDAIGL ARADSMLFNSMAWSGDAFQLVTVRAVGNSYPLKGEIELADGPTGLLPEAGTLWYEGRLAGLIGQSESLELGDRQFNLTKE IKRLPDAGFNPFASSPVVLMGLDDVASTGIVGPGSRVTYLYQFSGDSAQLAELDELLKAELTSSQRLRDVKSGDSPIASA VARAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMFKTFGASAKEIRTLFALHLSLVTAFGVLVGILGGLGLDAV IARFLPPELTAYEAPLLRPVLLGVLTGSISALMFSAYPLLRLLAIPPLRVLQRELTGRSAGVWLHAALSLSAMALLGYAY SRSWQLTGAVVLGALLLGLILFALGFVMIRLGHGAGLKTTNPLQLALAGLRRRAAQNSVQLVGFSTALVLLLTIFALRQD LLDDWQKQLPEGAPNFFLVNISPEDEAPMAEFLAENHIERTDIYPVIRGRLSAINGEALISERQSEEGATGRVGIGRELN MTWRDSLPPNNRLIAGEFDNVADGVSVETKVAERLGLKLGDSLSFVIDNQTLDVRVTSLREVRWETMQPNFFMIFSKEAL APFAYTSMLSFHLDEAKRPLVVSLIKQFPTVSVIDVGAMVAQLRSIVSQVSLALGVVLALVIASSSLVLWAQTEAGMSVR RRELAVLRTFGAGGRLLRLATTLEFAVLGAVAGIVAVVVTEAVLYLLKTWVFELGVNWHLQWWLQAPLLGAALVAVLGYW RCRELLSQSCLSLLRTET
Specific function: Unknown
COG id: COG3127
COG function: function code Q; Predicted ABC-type transport system involved in lysophospholipase L1 biosynthesis, permease component
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the ABC-4 integral membrane protein family [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1786704, Length=801, Percent_Identity=36.5792759051186, Blast_Score=442, Evalue=1e-125,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR003838 [H]
Pfam domain/function: PF02687 FtsX [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 88478; Mature: 88478
Theoretical pI: Translated: 7.19; Mature: 7.19
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.5 %Cys (Translated Protein) 1.8 %Met (Translated Protein) 2.3 %Cys+Met (Translated Protein) 0.5 %Cys (Mature Protein) 1.8 %Met (Mature Protein) 2.3 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MLKSLALRLFWRELRQGQLLLILFAISLAVLAVTGLARVSERLQVAISGEAAKFTAADRV CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCHHEEHHHHH VDSPQPLSTELLARIDAIGLARADSMLFNSMAWSGDAFQLVTVRAVGNSYPLKGEIELAD CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEECC GPTGLLPEAGTLWYEGRLAGLIGQSESLELGDRQFNLTKEIKRLPDAGFNPFASSPVVLM CCCCCCCCCCCEEECCEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEE GLDDVASTGIVGPGSRVTYLYQFSGDSAQLAELDELLKAELTSSQRLRDVKSGDSPIASA ECHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH VARAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMFKTFGASAKEIRTLFALHLS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH LVTAFGVLVGILGGLGLDAVIARFLPPELTAYEAPLLRPVLLGVLTGSISALMFSAYPLL HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH RLLAIPPLRVLQRELTGRSAGVWLHAALSLSAMALLGYAYSRSWQLTGAVVLGALLLGLI HHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LFALGFVMIRLGHGAGLKTTNPLQLALAGLRRRAAQNSVQLVGFSTALVLLLTIFALRQD HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHH LLDDWQKQLPEGAPNFFLVNISPEDEAPMAEFLAENHIERTDIYPVIRGRLSAINGEALI HHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH SERQSEEGATGRVGIGRELNMTWRDSLPPNNRLIAGEFDNVADGVSVETKVAERLGLKLG HHHCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCC DSLSFVIDNQTLDVRVTSLREVRWETMQPNFFMIFSKEALAPFAYTSMLSFHLDEAKRPL CCEEEEEECCEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCHH VVSLIKQFPTVSVIDVGAMVAQLRSIVSQVSLALGVVLALVIASSSLVLWAQTEAGMSVR HHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHH RRELAVLRTFGAGGRLLRLATTLEFAVLGAVAGIVAVVVTEAVLYLLKTWVFELGVNWHL HHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEE QWWLQAPLLGAALVAVLGYWRCRELLSQSCLSLLRTET EHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure MLKSLALRLFWRELRQGQLLLILFAISLAVLAVTGLARVSERLQVAISGEAAKFTAADRV CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCCHHEEHHHHH VDSPQPLSTELLARIDAIGLARADSMLFNSMAWSGDAFQLVTVRAVGNSYPLKGEIELAD CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEECC GPTGLLPEAGTLWYEGRLAGLIGQSESLELGDRQFNLTKEIKRLPDAGFNPFASSPVVLM CCCCCCCCCCCEEECCEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEE GLDDVASTGIVGPGSRVTYLYQFSGDSAQLAELDELLKAELTSSQRLRDVKSGDSPIASA ECHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH VARAERFLLLASLLGIALACAAIGIAAQRYCQRHYDVVAMFKTFGASAKEIRTLFALHLS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH LVTAFGVLVGILGGLGLDAVIARFLPPELTAYEAPLLRPVLLGVLTGSISALMFSAYPLL HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH RLLAIPPLRVLQRELTGRSAGVWLHAALSLSAMALLGYAYSRSWQLTGAVVLGALLLGLI HHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH LFALGFVMIRLGHGAGLKTTNPLQLALAGLRRRAAQNSVQLVGFSTALVLLLTIFALRQD HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHH LLDDWQKQLPEGAPNFFLVNISPEDEAPMAEFLAENHIERTDIYPVIRGRLSAINGEALI HHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH SERQSEEGATGRVGIGRELNMTWRDSLPPNNRLIAGEFDNVADGVSVETKVAERLGLKLG HHHCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCC DSLSFVIDNQTLDVRVTSLREVRWETMQPNFFMIFSKEALAPFAYTSMLSFHLDEAKRPL CCEEEEEECCEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCHH VVSLIKQFPTVSVIDVGAMVAQLRSIVSQVSLALGVVLALVIASSSLVLWAQTEAGMSVR HHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHH RRELAVLRTFGAGGRLLRLATTLEFAVLGAVAGIVAVVVTEAVLYLLKTWVFELGVNWHL HHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEE QWWLQAPLLGAALVAVLGYWRCRELLSQSCLSLLRTET EHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 9278503 [H]