| Definition | Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008086 |
| Length | 1,596,366 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 108562716
GI number: 108562716
Start: 295524
End: 304220
Strand: Direct
Name: vacA [H]
Synonym: HPAG1_0291
Alternate gene names: 108562716
Gene position: 295524-304220 (Clockwise)
Preceding gene: 108562715
Following gene: 108562717
Centisome position: 18.51
GC content: 41.16
Gene sequence:
>8697_bases ATGAAAAAGTTTAAAAAGAAACCAAAAAAGATAACACGCAAGCAAAAAACAATCTTAAAGCGTCCTTTATGGCTTGCACC TTTACTGATCAGTGGGTTTGCTAGTGGGGTGTATGCTGATGGAACAGATATTTTGGGGCTTAGTTGGGGGGAAAAAAGCC AAAAGGTATGCGTGCATCGTCCATGGTATGCTCTATGGAGTTGCGATAAATGGGAGGAGAAAACACAACAATTTACAGGA AACCAACTCATCACAAAAACTTGGGCAGGGGGTAATGCGGCTAACTACTACCACTCTCAAAACAATCAAGACATCACAGC CAATTTAAAAAATGATAACGGCACTTATTTTTTAAGCGGTCTGTATAACTACACCGGAGGGGAAAATAATGGGGGGAATT TAAATATTGAATTAGGCAGTAACGCTACTTTTGATTTGGGCGCTCATAGTGGGAATAGTTTCACTTCTTGGTATCCTAAT GGGCATACTAATGTTACTTTTAGCGCTGGGACTATCAATGTGAACAACAGCGTAGAAGTGGGCAATCGTGTGGGATCTGG AGCTGGCACGCACACCGGCACAGCCACTTTAAACTTGAACGCTAATAAGGTCAATATCAATTCCAATATCAGCGCGTTTA AAACTTCGCAAGTGAATGTAGGCAACGCTAACAGCACTATTACCATCGGTTCGGTTTTTTTAAGTGGGAATACTTGCAGT TCTTTAGCTAGTGTGGGCGTAGGGGCTAATTGCTCCACTTCTGGGCCTAGCTATTCTTTTAAAGGGACGACTAACGCTAC GAATACGGCGTTTAGTAATGCAAACGGCAGTTTCACTTTTGAAGAGAACGCCACTTTTAGCGGAGCGAAATGGAATGGGG GGACTTATACTTTTAATAAAGAATTTAGTGCTACCAATAACACCGCCTTTAATAGCGGTAGTTTTAATTTTAAAGGCGCA 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TTACAATACCAAGACATTAATATAACTGGGAATGTGGGCATGCGAGTGGCGTTTTAG
Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCAAATTTTATAGTTAGGTTTTTCTATGTTTAATTATGAAGAGCTGTTTCAAACTCAC AAAACCCCTTTTTACCTCTA
Product: putative vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 2898; Mature: 2898
Protein sequence:
>2898_residues MKKFKKKPKKITRKQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYADGTDILGLSWGEKSQKVCVHRPWYALWSCDKWEEKTQQFTG NQLITKTWAGGNAANYYHSQNNQDITANLKNDNGTYFLSGLYNYTGGENNGGNLNIELGSNATFDLGAHSGNSFTSWYPN GHTNVTFSAGTINVNNSVEVGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNVGNANSTITIGSVFLSGNTCS SLASVGVGANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNANGSFTFEENATFSGAKWNGGTYTFNKEFSATNNTAFNSGSFNFKGA SSFNGASFSNASYTFNNQATFQNSSFSGGTFTFNNQNNQSAQHPQIQNSSFSGSAITLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNA SFNNANFNNTGKITIEKDASFNDTTFNTSINTNNMAITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSKITLTQGTTFNLTSLGDKNS VTILNSSGGITYNSLLNHALNSLTNALKTNESSSKPQSFAQGLWEMITYNGVTGQLLNENAATSKNTDSSPSKSSSNSTQ VYQVGYKIGDTIYKLQETFGPNSIIIQALESGTYTPPPVISGSKFDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYL PSVQIWGSYTNSFKQTFSTNGSNLVIGYNATWTGNSVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSAYHVYI TANLRSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSSQHLNGLNSNGKLLVYGTTFTNQAKD GKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEISTKNASFNNANFNNSASFNFNNSDATTSFVGDFTNA HSNLQIAGNAVFGNSANGSQNTANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFN AHSVINIAEAITNGNPITLVSSSKEIEYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSVGNGVYDVVYSFNNQTYNFQEVFSQ NSISIRRLGVGMVFDYMDMEKSDHLYYKDVVGFMTYMPNSYNNNLGNSNNTIYYYDNSIDFYASGKTLFTKAEFSQTFTG QNSAIVFGAKNIWTSVSDAPQSNTIIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISSGGGAS LNFNGLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFVSNSANIQAQNSYFIDDTAQNGGNPNFSFNALNLDFSNSSFRGYVGQTQS VFKFNATNAISFTNSTNLSSGLYQISAQSVLFDNSNLSVSVGTSSIKANAISLSQNASINASNHSTLDLQGGLNVNDTSS LNLNQSTINVSNNATINDHASLIASNNAHINFNGTTNFNSANTTTSLSNSSIVFKGASFLGGQFNLSNNSSLDFQGSSAI TSNTAFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLDLKNSQLVFSDQGSLNIANIDLLSDLNDNKNRVYN IIQAGMNSNWYERISFFGIRINDGIYDAKNQTYSFTNPLNNALKITESFKNNQLSVTLSQIPGIKNTLYNIGSEIFNYQK VYNNANGVYSYSDDAEGVFYLTSNVKGYYNPNQSYQANGSNNTTKNNNLTSDSSIISQTYNAQGNPISALHIYNKGYSFN NIKALGQMALKLYPEIKKVLGNDFSLSSLSGLNSNALNQLIKLITPNDWKNINELIDNANNSVVQNFNNGALIVGATKIG QTDTNSAVVFGGLGYQTPCDYTDIVCQKFRGTYLGQLLESSSADLGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFN SQTSLILNQANIVSSQTDGIFSMLGQEGINKIFNQAGLANILGEVAVQSINKAGGLGNLIVNTLGSGSVIGGYLTPEQKN QTLSQLLGQNNFDNLMNDSGLNTAIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNQITGFI SANDIGQVISVMLQDIVKPSNALKNDVVALGKQMIGEFLGQDTLNSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDL IPNLGKKGLFAPYGLSQVWQKGDFNFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHISFTNHAGLLQLLSNQVS NINITTLDASNGLKINAANNNVSASQGNLFVNASCAQQSDPTAANATNPCTTAQNNASSNNASNNAPIALNNNDESLMVT ANDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANVKNLYLYNNAQFQANNLTISNQAVLEKNASFTANNLNIQGAFNNNATQKIEVLQ NLVIASNASLSTGTYGLGVGGALNNFGAIHFNLENSQTPVNPLIQAEGIINLNTAQTPFINVNNVMANNTTYTLLKSSRY IDYNINPNSLQSYLKLYTLININGDHIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNASQNNILSLSVLYNQIKMSYG DKAMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNAIKWLSTLMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVTKDLLNTASLISN PNFRNNATNLLELASYTQQTSRLTKLSDFRSREGESDFSERLLELKNKRFSDPNPGEVFVKYSQLSKHQNNLWVQGIGGA SFISGGNGTLYGLNAGYDRLVKNVILGGYVAYGYSDFNGNIMRSLANNVDVGMYARAFLKRNEFTLSANETYGGNANNIN SSNPLLSVLNQRYNYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKPQVGLSYHFIGLSGMKGNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLN MGLESRKYFGQNSYYFVTARLGRDLLIKSKGDNVVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLMYVNAGVGLKMG LQYQDINITGNVGMRVAF
Sequences:
>Translated_2898_residues MKKFKKKPKKITRKQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYADGTDILGLSWGEKSQKVCVHRPWYALWSCDKWEEKTQQFTG NQLITKTWAGGNAANYYHSQNNQDITANLKNDNGTYFLSGLYNYTGGENNGGNLNIELGSNATFDLGAHSGNSFTSWYPN GHTNVTFSAGTINVNNSVEVGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNVGNANSTITIGSVFLSGNTCS SLASVGVGANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNANGSFTFEENATFSGAKWNGGTYTFNKEFSATNNTAFNSGSFNFKGA SSFNGASFSNASYTFNNQATFQNSSFSGGTFTFNNQNNQSAQHPQIQNSSFSGSAITLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNA SFNNANFNNTGKITIEKDASFNDTTFNTSINTNNMAITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSKITLTQGTTFNLTSLGDKNS VTILNSSGGITYNSLLNHALNSLTNALKTNESSSKPQSFAQGLWEMITYNGVTGQLLNENAATSKNTDSSPSKSSSNSTQ VYQVGYKIGDTIYKLQETFGPNSIIIQALESGTYTPPPVISGSKFDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYL PSVQIWGSYTNSFKQTFSTNGSNLVIGYNATWTGNSVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSAYHVYI TANLRSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSSQHLNGLNSNGKLLVYGTTFTNQAKD GKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEISTKNASFNNANFNNSASFNFNNSDATTSFVGDFTNA HSNLQIAGNAVFGNSANGSQNTANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFN 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>Mature_2898_residues MKKFKKKPKKITRKQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYADGTDILGLSWGEKSQKVCVHRPWYALWSCDKWEEKTQQFTG NQLITKTWAGGNAANYYHSQNNQDITANLKNDNGTYFLSGLYNYTGGENNGGNLNIELGSNATFDLGAHSGNSFTSWYPN GHTNVTFSAGTINVNNSVEVGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNVGNANSTITIGSVFLSGNTCS SLASVGVGANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNANGSFTFEENATFSGAKWNGGTYTFNKEFSATNNTAFNSGSFNFKGA SSFNGASFSNASYTFNNQATFQNSSFSGGTFTFNNQNNQSAQHPQIQNSSFSGSAITLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNA SFNNANFNNTGKITIEKDASFNDTTFNTSINTNNMAITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSKITLTQGTTFNLTSLGDKNS VTILNSSGGITYNSLLNHALNSLTNALKTNESSSKPQSFAQGLWEMITYNGVTGQLLNENAATSKNTDSSPSKSSSNSTQ VYQVGYKIGDTIYKLQETFGPNSIIIQALESGTYTPPPVISGSKFDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYL PSVQIWGSYTNSFKQTFSTNGSNLVIGYNATWTGNSVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSAYHVYI TANLRSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSSQHLNGLNSNGKLLVYGTTFTNQAKD GKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEISTKNASFNNANFNNSASFNFNNSDATTSFVGDFTNA HSNLQIAGNAVFGNSANGSQNTANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFN 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QTLSQLLGQNNFDNLMNDSGLNTAIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNQITGFI SANDIGQVISVMLQDIVKPSNALKNDVVALGKQMIGEFLGQDTLNSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDL IPNLGKKGLFAPYGLSQVWQKGDFNFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHISFTNHAGLLQLLSNQVS NINITTLDASNGLKINAANNNVSASQGNLFVNASCAQQSDPTAANATNPCTTAQNNASSNNASNNAPIALNNNDESLMVT ANDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANVKNLYLYNNAQFQANNLTISNQAVLEKNASFTANNLNIQGAFNNNATQKIEVLQ NLVIASNASLSTGTYGLGVGGALNNFGAIHFNLENSQTPVNPLIQAEGIINLNTAQTPFINVNNVMANNTTYTLLKSSRY IDYNINPNSLQSYLKLYTLININGDHIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNASQNNILSLSVLYNQIKMSYG DKAMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNAIKWLSTLMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVTKDLLNTASLISN PNFRNNATNLLELASYTQQTSRLTKLSDFRSREGESDFSERLLELKNKRFSDPNPGEVFVKYSQLSKHQNNLWVQGIGGA SFISGGNGTLYGLNAGYDRLVKNVILGGYVAYGYSDFNGNIMRSLANNVDVGMYARAFLKRNEFTLSANETYGGNANNIN SSNPLLSVLNQRYNYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKPQVGLSYHFIGLSGMKGNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLN MGLESRKYFGQNSYYFVTARLGRDLLIKSKGDNVVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLMYVNAGVGLKMG LQYQDINITGNVGMRVAF
Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: COG5651
COG function: function code N; PPE-repeat proteins
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 312351; Mature: 312351
Theoretical pI: Translated: 7.56; Mature: 7.56
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.2 %Met (Translated Protein) 1.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.2 %Met (Mature Protein) 1.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKFKKKPKKITRKQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYADGTDILGLSWGEKSQKVCVHR CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCEECCCCEEEEECCCCCCCCEEEEC PWYALWSCDKWEEKTQQFTGNQLITKTWAGGNAANYYHSQNNQDITANLKNDNGTYFLSG CCCEEECCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCCCEEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEE LYNYTGGENNGGNLNIELGSNATFDLGAHSGNSFTSWYPNGHTNVTFSAGTINVNNSVEV EEECCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCEEECCCCCCEEEEEEEEEECCCCEEC GNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNVGNANSTITIGSVFLSGNTCS CCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCEEEECCCCCEEEECEEECCCCCCEEEEEEEEECCCCHH SLASVGVGANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNANGSFTFEENATFSGAKWNGGTYTFNK HHHHCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCEECCCCCCEEEECCCEECCCCCCCCEEEECC EFSATNNTAFNSGSFNFKGASSFNGASFSNASYTFNNQATFQNSSFSGGTFTFNNQNNQS CCCCCCCCEECCCCCEECCCCCCCCCCCCCCEEEECCCEEECCCCCCCCEEEECCCCCCC AQHPQIQNSSFSGSAITLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNASFNNANFNNTGKITIEKDAS CCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEECCCC FNDTTFNTSINTNNMAITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSKITLTQGTTFNLTSLGDKNS CCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCEEECCCCEEEEECCCEEEEEECCCCCC VTILNSSGGITYNSLLNHALNSLTNALKTNESSSKPQSFAQGLWEMITYNGVTGQLLNEN EEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCC AATSKNTDSSPSKSSSNSTQVYQVGYKIGDTIYKLQETFGPNSIIIQALESGTYTPPPVI CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCC SGSKFDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYLPSVQIWGSYTNSFKQTFSTN CCCEEEECCCCEECCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCEEECCEEEECCHHHHHHHHHCCC GSNLVIGYNATWTGNSVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSAYHVYI CCEEEEEEECEECCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCEEEEEEEE TANLRSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSSQHLNG EEEECCCCEECCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEEEECCCCEEECCEEEEECCCCCHHHCCC LNSNGKLLVYGTTFTNQAKDGKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSG CCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCEEEECCCEEEECCCCCCCEEEECCCEECCCCCCCCCCC SFEISTKNASFNNANFNNSASFNFNNSDATTSFVGDFTNAHSNLQIAGNAVFGNSANGSQ EEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCC NTANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFN 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GALNNFGAIHFNLENSQTPVNPLIQAEGIINLNTAQTPFINVNNVMANNTTYTLLKSSRY CCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEECCEEEECCCCCCEEEECCEEECCCEEEEEECCEE IDYNINPNSLQSYLKLYTLININGDHIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNA EEECCCHHHHHHHHEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCEEEEECCCEEEEEECCCCCCC SQNNILSLSVLYNQIKMSYGDKAMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNAIKWLST CCCCEEEEEEHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHEEECCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHH LMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVTKDLLNTASLISNPNFRNNATNLLELASYTQQT HHHHCCCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH SRLTKLSDFRSREGESDFSERLLELKNKRFSDPNPGEVFVKYSQLSKHQNNLWVQGIGGA HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEHHHHCCCCCEEEEECCCC SFISGGNGTLYGLNAGYDRLVKNVILGGYVAYGYSDFNGNIMRSLANNVDVGMYARAFLK CEEECCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHC RNEFTLSANETYGGNANNINSSNPLLSVLNQRYNYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLK CCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCEEEEEECCCEEEE PQVGLSYHFIGLSGMKGNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLNMGLESRKYFGQNSYYFVTAR CCCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHCCCCCEEEEEEE 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