Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is sbcC [H]

Identifier: 15595175

GI number: 15595175

Start: 876429

End: 879281

Strand: Direct

Name: sbcC [H]

Synonym: BB0830

Alternate gene names: 15595175

Gene position: 876429-879281 (Clockwise)

Preceding gene: 15595174

Following gene: 15595176

Centisome position: 96.23

GC content: 26.01

Gene sequence:

>2853_bases
GTGAATATGAGGATAAATAAGCTCATATTTAAAAATATTGCTTCTTATAAAGGCGAACATGAGTTGAATTTCGATACACT
TCTTTTAAGACAATCGGGCATTTTTTTAATTTCTGGTAATACTGGATCAGGCAAAAGCACCATTTTAGATTGCATAACTT
TGGCACTATATGCTCGTGTTTACAGACTTGGAAAAAAAATTGTAGATATTATATCAAAAGGCGAGACTAGCGCTTATGTT
AAATTAACGTTTACTATTTCTGGGAAGATTTATGAATCTTTTGTTGAGCTTAATGTAAAAAATATAGAGACTCCTAAGAG
CATGTTGCTTAATTGTTTTTTTGATAATAGGATTATAGAGGGTCGAACCGATGTTTTAGAGCATATTAAAAGTCTTTGTC
GATTAGACTTTAACCAATTTTGTCAAACTGTAATTTTACCACAAGGCAATTTTCAAGAATTTTTAACGTCAACTCCCAAA
GAGAAAGCTGCAATAATTGATAATATTTTTAATTTGAAAAAATATGATAATTTGGAATTTTATTTAAAAAGTGATTTTGA
GCGCACAAAGTTTAATATAGATAAATTGTTGAATTCTGAATCTTATGAAAAATCAATTCTTGATTATGATGAGAGTGAGT
GTAAATCCCTTAAAGGTTATTTGGATTTGGTTGATATTGATCGATTAGAAATTGATCTTGAAAATATTAGAAGAGCTATT
TCTTTATGTAATCAGGCAATAGCGTCTAATGAGAGATATTTGGGCTTGGAAATTGAAATGTCTTCTCTAAACGATCAATT
ATCTTCTCAGATTAAATATTTAAATTCTTTAGAGAAGGATCATTCCCTTCAAAAGAAATTAAAAGAAAATTTGGATTTGG
ATCGAAAAGTTTATTTATGTTCAGATTTTTGGAGTTTGAAAAATTTAGTTGCTGTACAAGGCGAATTGTTTAATGATATT
GGATTGCTTGATTTAGAACTTTCAAAAGTGATGAATAATTTAGAAGAAATTAAAGATTTGTATAGCAATGATTTTAATTT
TAATTATGTTAAGGAGCTTTATAATAAAAATTGCAATCTTTTTAATTTAAAACTTGTTGAGAATGATTATCAAAGCTTGC
TTTTAAGGAAAAATAGTCTTGAGGATGAAAAAAAAGAATTATTAAGATCTCAGAGCAAAAAAAATGATGAGATTAAAAGC
ATTTCTTCTGAGAAATCTAATTTTGATTTTGACAAATATGTTTACTATGAAGCATTAAAATTGTTCCAAACTTTTAATGA
TGAGTTGATTTCAAAATATAGAGATAGGCTAGAATTTTTATTAAAATCTACTGGCAAAGAAGATTTTAATAAAAATAAGG
AAAAAAATATTATTAAGATTGACTTGTATAAAGAGTTGTTAAAATATCTTGATGATAAAAATTTTTCTATTGAGAGTGAT
AAAGAGAAGCTAAAATATATTGAGGCTGAATATAAAAATTATCAGCATAAAGATAAATTATCGCTTTGCAGTTTGAAAGA
GCTTTACGCTTTAAATTCAAAGCTTCATTTGATACAAAATCAAATTGATGAGCTTAAATATCAGCTATCTTGTAGACAAG
AAGAAATCTCTAAACAAGAGGTTAATGCTTTGGAGTTTGAAAAGAATAATGCTGAAATTTTAAGATTGATTGGAAAAAAT
TTATTTGACAAATACATAAATTATTTTGACAGAGAAAAAATTTTAGCATTTGAAAATAAATTAGAAAAGCTTGAACAATT
TAAGGCTAAGAAAAAAGATTTAAAAATTGAAATTTCTTTGAAAAATAAAAATTTTGATCAAAATCTTTTAAAGATTAAGG
ATTTATTGTTAAAACTTAATTTAAATTTAAGTTTTAATGATTATTCTTCTTTGGAAAGGGAATTTAATGTTGTTTTGGCT
AAGCAGAAAAGTGTGGAAAATGAATGGAATATGCTTGTTTTAAATCTTAAAAATTTAGAAGATTTAAAAATTAAAACCGA
AACACAAATTAAATTTACAAAGGAATCTATATTGACTTTAAAAGCGAGATTAAATGAAGAGCAAAATAATTTTATTAATC
TAATTTCAAATTTAAAAAATGTTTTTTTTAGTTCATTTTCTTTTGAATCAACAACTGACTTAGAGCAAATTAATAAGAAT
AGTCTGTCTTTTTTGCAAAAATTGAGTTTATCAATTAGTTCTAAGCTTGAATTTTTATCCAGAGATATTGAAAAGTATAA
AATCAAGCTTTTAAATTTTCAAACTCTTCAAAAAAAGATTAATCAACAAAAAATTAATTTAGACTCGCTAAGGGGTGAAT
TAAATCTTGCTAAAGAAAGGAAAGATAAGCTAGATGTATTAAGGAAGGTCGTTATTAGATCTTCTGGATTGAAATATTAT
GTTCAAACTTTTTTAATTAATGATATTTTAAGACTGGCAAATGAAAAGTATTTAAGGTGGATTTTTCCTGATTTTGAGCT
CAAAACGAACAAAGAGAGCAAAGAGTTTGATTTTTTAATTGAAGACAAAAAAGATGTTAATAAAATAAGAACGGTAAAAA
CTTTGTCTGGGGGTGAGAAATTTCTTGTGTCTTTAGCTTTGTCCTTAGCTTTATCTGATAAAATAAGGGATAGTGAGTTA
AAAATAGAGGCTTTTTTTCTAGATGAAGGTTTTGGCAATCTTGATGAAGATACTTTGGCTCAAGTTATGCCTAAGCTTTC
TAAGTTTCAAATGATGACTGGGCGACAAATTGGCATAATTTCCCATGTTTCTTATTTGAAGGAGATGATTAAAGCGCAAA
TAGTTATAAACAAGATTTCTAAAATTTCTTATATTGCTATAGAAAATTTATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TTGAGATGGGATTTTGAGAACGGTGTTATTAGGGATATCAAATTTAAGGAAGAAGAGCTTATTTCTCTTTTTAACGAGGT
TTTAGCTAACGGATATTTGG

Downstream 100 bases:

>100_bases
TCATTTATGTACAATTAGGCCTTGAGGATAAATATGAAACATTATTTAGCGATTGATATTGGCGGGACTAGTACCAAATA
TTCGCTTTCAGATTCAAGCG

Product: exonuclease SbcC

Products: 5'-phosphomonoesters [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 950; Mature: 950

Protein sequence:

>950_residues
MNMRINKLIFKNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYV
KLTFTISGKIYESFVELNVKNIETPKSMLLNCFFDNRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPK
EKAAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFERTKFNIDKLLNSESYEKSILDYDESECKSLKGYLDLVDIDRLEIDLENIRRAI
SLCNQAIASNERYLGLEIEMSSLNDQLSSQIKYLNSLEKDHSLQKKLKENLDLDRKVYLCSDFWSLKNLVAVQGELFNDI
GLLDLELSKVMNNLEEIKDLYSNDFNFNYVKELYNKNCNLFNLKLVENDYQSLLLRKNSLEDEKKELLRSQSKKNDEIKS
ISSEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLEFLLKSTGKEDFNKNKEKNIIKIDLYKELLKYLDDKNFSIESD
KEKLKYIEAEYKNYQHKDKLSLCSLKELYALNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEVNALEFEKNNAEILRLIGKN
LFDKYINYFDREKILAFENKLEKLEQFKAKKKDLKIEISLKNKNFDQNLLKIKDLLLKLNLNLSFNDYSSLEREFNVVLA
KQKSVENEWNMLVLNLKNLEDLKIKTETQIKFTKESILTLKARLNEEQNNFINLISNLKNVFFSSFSFESTTDLEQINKN
SLSFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFQTLQKKINQQKINLDSLRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYY
VQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSEL
KIEAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIAIENL

Sequences:

>Translated_950_residues
MNMRINKLIFKNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYV
KLTFTISGKIYESFVELNVKNIETPKSMLLNCFFDNRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPK
EKAAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFERTKFNIDKLLNSESYEKSILDYDESECKSLKGYLDLVDIDRLEIDLENIRRAI
SLCNQAIASNERYLGLEIEMSSLNDQLSSQIKYLNSLEKDHSLQKKLKENLDLDRKVYLCSDFWSLKNLVAVQGELFNDI
GLLDLELSKVMNNLEEIKDLYSNDFNFNYVKELYNKNCNLFNLKLVENDYQSLLLRKNSLEDEKKELLRSQSKKNDEIKS
ISSEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLEFLLKSTGKEDFNKNKEKNIIKIDLYKELLKYLDDKNFSIESD
KEKLKYIEAEYKNYQHKDKLSLCSLKELYALNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEVNALEFEKNNAEILRLIGKN
LFDKYINYFDREKILAFENKLEKLEQFKAKKKDLKIEISLKNKNFDQNLLKIKDLLLKLNLNLSFNDYSSLEREFNVVLA
KQKSVENEWNMLVLNLKNLEDLKIKTETQIKFTKESILTLKARLNEEQNNFINLISNLKNVFFSSFSFESTTDLEQINKN
SLSFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFQTLQKKINQQKINLDSLRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYY
VQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSEL
KIEAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIAIENL
>Mature_950_residues
MNMRINKLIFKNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYV
KLTFTISGKIYESFVELNVKNIETPKSMLLNCFFDNRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPK
EKAAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFERTKFNIDKLLNSESYEKSILDYDESECKSLKGYLDLVDIDRLEIDLENIRRAI
SLCNQAIASNERYLGLEIEMSSLNDQLSSQIKYLNSLEKDHSLQKKLKENLDLDRKVYLCSDFWSLKNLVAVQGELFNDI
GLLDLELSKVMNNLEEIKDLYSNDFNFNYVKELYNKNCNLFNLKLVENDYQSLLLRKNSLEDEKKELLRSQSKKNDEIKS
ISSEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLEFLLKSTGKEDFNKNKEKNIIKIDLYKELLKYLDDKNFSIESD
KEKLKYIEAEYKNYQHKDKLSLCSLKELYALNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEVNALEFEKNNAEILRLIGKN
LFDKYINYFDREKILAFENKLEKLEQFKAKKKDLKIEISLKNKNFDQNLLKIKDLLLKLNLNLSFNDYSSLEREFNVVLA
KQKSVENEWNMLVLNLKNLEDLKIKTETQIKFTKESILTLKARLNEEQNNFINLISNLKNVFFSSFSFESTTDLEQINKN
SLSFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFQTLQKKINQQKINLDSLRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYY
VQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSEL
KIEAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIAIENL

Specific function: SbcCD cleaves DNA hairpin structures. These structures can inhibit DNA replication and are intermediates in certain DNA recombination reactions. The complex acts as a 3'->5' double strand exonuclease that can open hairpins. It also has a 5' single-strand

COG id: COG0419

COG function: function code L; ATPase involved in DNA repair

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the SMC family. SbcC subfamily [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786597, Length=204, Percent_Identity=29.4117647058824, Blast_Score=103, Evalue=5e-23,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR004592 [H]

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 111478; Mature: 111478

Theoretical pI: Translated: 8.41; Mature: 8.41

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.1 %Cys     (Translated Protein)
1.1 %Met     (Translated Protein)
2.1 %Cys+Met (Translated Protein)
1.1 %Cys     (Mature Protein)
1.1 %Met     (Mature Protein)
2.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MNMRINKLIFKNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARV
CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEEECCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
YRLGKKIVDIISKGETSAYVKLTFTISGKIYESFVELNVKNIETPKSMLLNCFFDNRIIE
HHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEC
GRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEKAAIIDNIFNLKKYDNLEF
CHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEE
YLKSDFERTKFNIDKLLNSESYEKSILDYDESECKSLKGYLDLVDIDRLEIDLENIRRAI
EEECCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHEECHHHEECHHHHHHHH
SLCNQAIASNERYLGLEIEMSSLNDQLSSQIKYLNSLEKDHSLQKKLKENLDLDRKVYLC
HHHHHHHHCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEE
SDFWSLKNLVAVQGELFNDIGLLDLELSKVMNNLEEIKDLYSNDFNFNYVKELYNKNCNL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCE
FNLKLVENDYQSLLLRKNSLEDEKKELLRSQSKKNDEIKSISSEKSNFDFDKYVYYEALK
EEEEEECCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH
LFQTFNDELISKYRDRLEFLLKSTGKEDFNKNKEKNIIKIDLYKELLKYLDDKNFSIESD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHCCCCCCCCCH
KEKLKYIEAEYKNYQHKDKLSLCSLKELYALNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQE
HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VNALEFEKNNAEILRLIGKNLFDKYINYFDREKILAFENKLEKLEQFKAKKKDLKIEISL
CCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEE
KNKNFDQNLLKIKDLLLKLNLNLSFNDYSSLEREFNVVLAKQKSVENEWNMLVLNLKNLE
CCCCCCHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHHHEEHHHCCCCCCCEEEEEECCCC
DLKIKTETQIKFTKESILTLKARLNEEQNNFINLISNLKNVFFSSFSFESTTDLEQINKN
CCEEEECCEEEEHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCHH
SLSFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFQTLQKKINQQKINLDSLRGELNLAKER
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCHHHHHHHH
KDKLDVLRKVVIRSSGLKYYVQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLI
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCEECCCCCCCCCCEEE
EDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKIEAFFLDEGFGNLDEDTLA
CCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCHHHHH
QVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIAIENL
HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECC
>Mature Secondary Structure
MNMRINKLIFKNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARV
CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEEECCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
YRLGKKIVDIISKGETSAYVKLTFTISGKIYESFVELNVKNIETPKSMLLNCFFDNRIIE
HHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEC
GRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEKAAIIDNIFNLKKYDNLEF
CHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEE
YLKSDFERTKFNIDKLLNSESYEKSILDYDESECKSLKGYLDLVDIDRLEIDLENIRRAI
EEECCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHEECHHHEECHHHHHHHH
SLCNQAIASNERYLGLEIEMSSLNDQLSSQIKYLNSLEKDHSLQKKLKENLDLDRKVYLC
HHHHHHHHCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEE
SDFWSLKNLVAVQGELFNDIGLLDLELSKVMNNLEEIKDLYSNDFNFNYVKELYNKNCNL
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCE
FNLKLVENDYQSLLLRKNSLEDEKKELLRSQSKKNDEIKSISSEKSNFDFDKYVYYEALK
EEEEEECCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH
LFQTFNDELISKYRDRLEFLLKSTGKEDFNKNKEKNIIKIDLYKELLKYLDDKNFSIESD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHCCCCCCCCCH
KEKLKYIEAEYKNYQHKDKLSLCSLKELYALNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQE
HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VNALEFEKNNAEILRLIGKNLFDKYINYFDREKILAFENKLEKLEQFKAKKKDLKIEISL
CCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEE
KNKNFDQNLLKIKDLLLKLNLNLSFNDYSSLEREFNVVLAKQKSVENEWNMLVLNLKNLE
CCCCCCHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHHHEEHHHCCCCCCCEEEEEECCCC
DLKIKTETQIKFTKESILTLKARLNEEQNNFINLISNLKNVFFSSFSFESTTDLEQINKN
CCEEEECCEEEEHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCHH
SLSFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFQTLQKKINQQKINLDSLRGELNLAKER
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCHHHHHHHH
KDKLDVLRKVVIRSSGLKYYVQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLI
HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCEECCCCCCCCCCEEE
EDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKIEAFFLDEGFGNLDEDTLA
CCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCHHHHH
QVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIAIENL
HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: ribo- or deoxyribonucleic acids [C]

Specific reaction: ribo- or deoxyribonucleic acids = 5'-phosphomonoesters [C]

General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 2530497; 9278503; 1744033; 1490631; 10886369; 9653124; 9927737 [H]