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The map label for this gene is yomI

Identifier: 255767473

GI number: 255767473

Start: 2249154

End: 2256011

Strand: Direct

Name: yomI

Synonym: BSU21350

Alternate gene names: 255767473

Gene position: 2249154-2256011 (Clockwise)

Preceding gene: 16079193

Following gene: 16079195

Centisome position: 53.35

GC content: 37.37

Gene sequence:

>6858_bases
TTGAGTCAAAACCTCAAAATTATACTAACCCCGCAAGCTGATACCTCATCCAAAACTGTCGAACAGTTAAATCAGCAAAT
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AATGCTGACGGATCAGTTGAAAAGCTCACCCAGCAGTATAAGAAAAATGGTGAGATACTTCAACGTGAAACAAAAATAAT
CAACAATCGTAATACAGCATTAAAGCAAGAAACTCAAGAGGTTAACAAGCTAACACAGGCCACTGAGAAACTAGGACAGG
TTCAAAAAAAGACTGTGCAGAGAAATCTGCAAGGACAGCCAACAAAGGTAGTGCAGAAAAACCGCCACGGGTTCGATGAT
ATTGTTTATACAACTGATCCTAAAACTAATTCGACCTCCTCAAAAACTACAACTAATTATGACCAACAAAGGAGAGCAAT
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GTTGCGAAGAACAATGAATTAAAGAAAACCATTGAATTATATCAGCGACAGGCACAAGTAAATGTTCAAAACCTAAATAC
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TTTATTCTACGGAGCTATCTCTGGACTTAAAGAAATGGTATCCCAGGCAATAGAAATTGATACTCTCATGACAAATATTC
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GATCTGGCCAATTCTATCCGTAAAGCTGGTTCAACTGCTTCTACATTCGGGGTAGAGCTAAATGATCTTATTGGTTATAC
AACTGCAATTGCTAGTACAACACGTGAATCAGGGAATATCGTCGGGAACTCCTTAAAGACAATTTTCGCGCGGATTGGGA
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TATTTATCAATTATCCCGTTTTAATGCAATGATGAACAACTTCTCTATTGCTCAGAATGCGGCTAAAACTGCGGCTAACT
CAACAGGAAGTGCTTGGAGTGAGCAGCAAAAGTATGCAGATAGTCTACAAGCTAGGGTAAATAAGCTTCAAAATAACTTC
ACTGAATTTGCTATTGCAGCTTCTGATGCTTTTATTAGCGACGGATTAATTGAATTTACTCAAGCCGCAGGTTCTTTGCT
TAACGCTTCTACAGGAGTAATCAAATCAGTTGGGTTCCTACCTCCCCTTTTAGCTGCAGTAAGCACTGCAACCCTTTTGC
TCAGTAAGAATACCCGCACATTAGCCAGCAGCCTAATTTTGGGCACACGTGCAATGGGGCAAGAAACTTTAGCGACTGCT
GGGCTAGAAGCTGGTATGACTCGTGCAGCAGTCGCCTCAAGAGTTCTAAAAACTGCTCTTCGAGGGTTGCTTGTTTCAAC
TTTAGTTGGCGGTGCATTTGCTGCTTTGGGATGGGCGCTAGAATCATTAATTTCTTCTTTTGCAGAAGCTAAAAAAGCTA
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ATGAAGTTATCAAACAAAGAAAAGTTAAACTTGATGCTTATAACGACATGGTTACCTACAGCAATAAATTGATGAAAACA
GAAGTTAACAACGCTATCAAAACTTTAAACGCTGATACCTTACGGATTGACAGCCTGAAAAAGCTACGAAAAGAACGAAA
GCTTGATATGTCTGAGGCCGAACTGTCAGACCTAGAAGTTAAGTCAATTAATAATGTTGCAGATGCAAAAAAAGAACTTA
AAAAGCTTGAAGAGAAAATGCTTCAACCTGGTGGATACTCCAATAGTCAAATTGAAGCAATGCAAAGCGTTAAATCAGCT
TTAGAATCTTATATTTCTGCATCTGAAGAAGCCACCAGTACACAAGAAATGAATAAACAGGCACTTGTTGAAGCTGGAAC
ATCATTGGAGAATTGGACAGATCAACAAGAAAAAGCCAATGAAGAAACCAAGACTTCCATGTATGTTGTTGATAAATACA
AGGAAGCATTAGAAAAAGTTAATGCTGAGATTGACAAGTACAACAAGCAGGTCAATGATTATCCTAAATACTCTCAGAAA
TATCGAGATGCAATCAAGAAAGAAATTAAAGCACTTCAGCAAAAGAAAAAGCTTATGCAGGAACAAGCTAAGCTGCTTAA
AGATCAAATTAAATCCGGTAACATTACTCAATACGGTATTGTAACCTCTACAACTTCTTCTGGTGGAACCCCCTCCTCAA
CTGGTGGATCATATTCAGGCAAGTATTCAAGCTACATAAATTCAGCAGCTAGTAAATACAATGTTGACCCTGCCCTTATT
GCAGCTGTAATTCAGCAAGAATCAGGGTTTAATGCTAAAGCACGATCTGGTGTAGGTGCCATGGGATTAATGCAACTGAT
GCCAGCAACAGCAAAAAGCTTAGGAGTAAATAACGCTTACGATCCTTATCAAAATGTTATGGGTGGAACAAAGTACCTCG
CCCAACAACTTGAAAAGTTTGGCGGTAATGTTGAAAAAGCATTGGCTGCATATAATGCTGGGCCTGGTAACGTAATTAAA
TATGGTGGTATCCCTCCTTTTAAAGAAACACAGAATTACGTCAAGAAGATCATGGCCAACTATAGCAAATCGCTCTCATC
TGCCACTTCTTCAATCGCCAGCTATTATACAAATAATAGCGCTTTTAGGGTAAGCTCCAAATATGGACAACAGGAATCTG
GTCTCCGCTCCTCCCCACACAAAGGAACTGATTTTGCTGCAAAAGCAGGTACAGCAATTAAATCTCTTCAAAGTGGTAAA
GTCCAAATTGCTGGCTACAGTAAAACTGCAGGTAACTGGGTTGTTATTAAACAGGATGATGGAACAGTTGCCAAGTACAT
GCACATGCTTAACACTCCTTCTGTAAAAGCAGGTCAATCAGTTAAAGCCGGTCAAACTATTGGTAAAGTTGGTAGTACAG
GGAACTCGACTGGGAACCACCTTCATTTACAGATCGAACAAAATGGAAAAACAATCGATCCTGAAAAGTACATGCAAGGT
ATTGGAACTTCTATTTCAGATGCGTCACAAGCTGAGGCAGAACGACAACAAGGGATAGCTCAGGCTAAATCTGATCTTCT
CTCCCTCCAAGGAGATATCAGTTCAGTCAATGATCAGATTCAAGAACTTCAGTATGAACTAGTTCAATCTAAACTCGATG
AGTTTGATAAAAGAATTGGAGATTTTGATGTTCGGATAGCAAAAGATGAGTCAATGGCTAACAGATACACTTCTGACAGC
AAGGAATTCCGAAAATACACCTCTGATCAGAAAAAAGCTGTGGCAGAGCAAGCTAAAATCCAACAACAAAAAGTTAATTG
GATTCAAAAAGAAATTAAAACAAATAAAGCATTGAACTCCGCTCAACGTGCACAGCTTCAAGAAGAGCTTAAACAGGCCA
AGCTAGATTTAATTTCTGTTCAAGACCAGGTTCGTGAGCTACAGAAACAACTTGTTCAATCTAAAGTTGATGAGACACTT
AAGTCAATTGAAAAGTCATCTTCTAAAACCCAAGGGAAAATTAAAGATGTCGATAACAAAATTTCAATGACTGAAGAAGA
TGAAGACAAGGTTAAATACTATAGCAAGCAAATAAAGCTCATTCAACAACAACAAAAGGAAGCGAAGAAATACATTAAGC
AGCTTGAAGAACAAAAGAAAGCTGCGAAAGGTTTCCCTGACATCCAGGAACAGATCACTGAAGAAATCGAAAACTGGAAA
GATAAACAGAAAGATTTTAACCTTGAGCTTTATAACACCAAGAAGTCGATCAAGGATATCTATAAATCATTGGCTGATGA
AGTTGTATCCATCTACAAAGAGATGTACGAAAAAATGCGTGATATTGAGTTAGAAGCGCATCAGAAAGCGACTCAAGACT
TGATCGATGAGATAGACAAGACTGATGACGAGGCTAAATTTCAAAAAGAATTAAAAGAAAGACAAGACAGTATTCAAAAG
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ACACGACAGGTAAAAAAGTATCCTCTTTCGCTTCTGGAGGGTACACTGGAACAGGATTAGGTGCTGGTAAACTTGCATTC
CTACATGACAAAGAACTGATCTTAAATAAAACTGACACAGCCAACATCCTTGATACGGTAAAAGCTGTTCGTGAAACCGC
TGTGGACGATTCCCCAAAATGGGGCCAAGGAGTAAAATTAGCAGACCTTATTAAAAAAGGAATTACTTCTATTCCTTCAT
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ATTGCTTCTTCTGGAGATAAAACAATTAATTTAACGAATACTTTCCACATTGATAAGCTAATAGGAGGAGAATCGGGAGC
GAGATCGATGTTTGAAAGCATTAAAAACGAAGTTGTAAAACTAAATGGTAGCATGTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTGTTATGGATGTAATTATTAAGAAAGCAAACAAAGTCGCTCAATAACTGAGTGGCTTTTTTCTTTGTCCTCTCCCCTAC
TGAAAGGAAGTGATTCTTAC

Downstream 100 bases:

>100_bases
GAGTCTGCAAAAGCAGACTCTTTATTTAACTTAACTTGAGGTGGAAACTCATGATTAGAGAAAGTCAATACTTTATGTTC
AATAATATCCCTTCTTATGA

Product: SPbeta phage protein; lytic transglycosylase

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 2285; Mature: 2284

Protein sequence:

>2285_residues
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Sequences:

>Translated_2285_residues
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ASSGDKTINLTNTFHIDKLIGGESGARSMFESIKNEVVKLNGSM

Specific function: Could Be Involved In Cell Wall Degradation Or Formation. [C]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 10 TPR repeats

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI87081989, Length=156, Percent_Identity=35.8974358974359, Blast_Score=88, Evalue=8e-18,
Organism=Escherichia coli, GI87082441, Length=121, Percent_Identity=38.8429752066116, Blast_Score=75, Evalue=6e-14,
Organism=Escherichia coli, GI1789099, Length=120, Percent_Identity=36.6666666666667, Blast_Score=65, Evalue=4e-11,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): YOMI_BACSU (O31976)

Other databases:

- EMBL:   AL009126
- RefSeq:   NP_390018.2
- HSSP:   O33599
- MEROPS:   M23.005
- EnsemblBacteria:   EBBACT00000002997
- GeneID:   939138
- GenomeReviews:   AL009126_GR
- KEGG:   bsu:BSU21350
- NMPDR:   fig|224308.1.peg.2141
- GenoList:   BSU21350
- GeneTree:   EBGT00050000000244
- ProtClustDB:   CLSK254592
- BioCyc:   BSUB:BSU21350-MONOMER
- InterPro:   IPR011055
- InterPro:   IPR008258
- InterPro:   IPR016047
- InterPro:   IPR010090
- InterPro:   IPR000189
- TIGRFAMs:   TIGR01760

Pfam domain/function: PF01551 Peptidase_M23; PF10145 PhageMin_Tail; PF01464 SLT; SSF51261 Dup_hybrid_motif

EC number: 3.4.24.- [C]

Molecular weight: Translated: 252297; Mature: 252166

Theoretical pI: Translated: 8.29; Mature: 8.29

Prosite motif: PS50005 TPR; PS50293 TPR_REGION; PS00922 TRANSGLYCOSYLASE

Important sites: ACT_SITE 1447-1447

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.0 %Cys     (Translated Protein)
2.0 %Met     (Translated Protein)
2.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.0 %Cys     (Mature Protein)
2.0 %Met     (Mature Protein)
2.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSQNLKIILTPQADTSSKTVEQLNQQIKSLEKKLNSLKLNTNIDSTTLKALQEFSSAIDT
CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
YQKNLKSYNQTVKETSTVIKNADGSVEKLTQQYKKNGEILQRETKIINNRNTALKQETQE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH
VNKLTQATEKLGQVQKKTVQRNLQGQPTKVVQKNRHGFDDIVYTTDPKTNSTSSKTTTNY
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LNGSM
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>Mature Secondary Structure 
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LNGSM
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Resolution: NA

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Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

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General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377