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The map label for this gene is virB6

Identifier: 88607323

GI number: 88607323

Start: 367707

End: 370247

Strand: Direct

Name: virB6

Synonym: APH_0374

Alternate gene names: NA

Gene position: 367707-370247 (Clockwise)

Preceding gene: 88607176

Following gene: 88607745

Centisome position: 24.99

GC content: 43.96

Gene sequence:

>2541_bases
ATGCATAGGGTAGCAAGGGCATTGGTATTTTTGATGTTTCTTGTTGTTACAGTTCCTTTAACGTCATACGCGGCGGGCGA
TGCTACTGCTAGTACACCAACAGAGGAAGAAAACAACTTGGTGCATTATAGACACGCGGAGGCTACTAATCCGCGTTGTG
GTGCTGTGGAAGAGCTTGCAAAGATAGGTAGCATTGGAATAACTGCAGCGCTCGGTGGTGGTGTTGTAGGGGTGGGTTTT
CTATATGTTCCGATTGTTGGATTTAGGCCTCTCGGTTTTGCAATGATAGCTGCTTCGATTGCAACAATCTCAGCTGGTAT
TGCTGCGTCAGCACCGTATTTTGCATGTAATTGGAGTTTTGTCCGTCATCCCGTGTTGCGCTTTGAAAGCGCTGATGATG
TTTCGCGCGCAGCTGGCGGTGAAGTGCCTACGGAGGGTGATTATAAGGAGTGTGCTGAACCAGTAGCTGCGTCAGAAATT
TTAGGAAAATACGGAGGGGATTGTAGCAAAGAATTTGCTTACATGGCTGATTATTATGCCTGTTTAGCAGAAAGCAAGAG
TTTAGAGGATGCTCGGAAGGCAGAGCCTACATGTCCAAGTAAGAAGTTTAAGAAGGCGAGTAATTATGCATGGCCTAAGA
ATCGGGTATCTAGTTCACGTTATATAGAAGTTTGTTATCGTCATCCTTTGGGCACGGTGTATATGTCGCCTTATGTTGCG
GCGCGTCTAGGATTTGCAGGTAGAGATCCTAAAGAAGTTTTAAAGGAGAGTAAGTACCCGCGGGAAGCTACATTTGGTGA
TAATCATATGCACAATACAAAGCTTGCTGTGTCGGGAGCTTGGACTGAGTTTGAGTATACGATTCAGTGTAAAGTTCTAA
AAGCTGGTCAGGAGGCTAAACTGCATGATGCGACTTTTAGAGCTGTAGAACGGGGTGCGAAGCTTTGTGTTGACGCTGTT
AAACTAAGTGGTGTGCCATTTATGGCTAAGCCAGAGATCGGGTGTCAGATGCGTCCTAATTCACCTCCGGCGCCTATGTG
TGCTAAGTCTGTGCAAAGGGAGACTAAGGCCGCTGATGGAAGTAAGATTATTAGCTATGACAATAGTGGATGTTATAGCT
GTTATGTTGCCGAGACTTGTAAAGGTGTAGCAAATTTAAATTCCAGGTCTATTTTCCCTATAACGTCGGTGGTTGTGGGA
TGCATAGTTGATTCTCTGAAAAATCTGCTAGATCCTCCTGCAGATTGTACGGGGCGCGCAAGGGCAATGAATTCAGTAAA
TCCTGGATTTTTGAAGGTTGCTCAGGAGAAGCTTAAGAAGACAGTGATGGCTGCTTTGATACTTGCATTGGTGTTGTTTT
CAATTAAGGCAGTTTTGGGTGGGGTACAAAGTGCAGGGGAGCTTTATATGACCGTTATAAAGTTTGCTCTGGTGATTTAT
TTCACCCAAGGTGACGCCATGTCCCTTGCTTACGAATATTTGACTAAGCTTTCTATAGGGCTTTCAGACATTGTGCTGCG
TGCAGCTGGAGGTGATACTGGAATTTGTGACTTTCAAGCATCGGATTATAGTCCGCAGTACTTATATCTCATGCCATGGG
ATAGGCTGGACTGTCGCATGATGTTTTACCTAGGTAGTCAATTAACAGGGGGTACAGGAACAGGTATTCTGCTTACTGTA
TTGTTAACAGCGGGGCTATTAATACCAGCTATATTAATTAATGCGAAGGTCATAATATGCTTAGTGGCGTTTTTCGCCGT
CATTATGCTGGTACTTACGATTATATGGACGGTATATGTTTTCTTGTTGTCGCTGATAGCATTGACTGTGCTAACGATAA
TCTCTCCACTTATGATCCCAATGTCTTTATTTCAGGCTACAAAGGGGTTTTTTGATGGGTGGACTAGGCAGTTAATGACC
TATTCTCTCTATCCTGTGATATTGTTTGCGTTTCTTTCTTTGATGTTTGCTGTTTTTGATAATCTATATTTTGGTGAATT
AAAATTTCATCGTGGGGGAAGTGACGGCACGGTAGCTGGTGCTCCCAAAGCAGGGCAGAAAATATGGTTTGAGCTTGTAG
ACAAGAAGGCATGTGAGAAGCGTGAAAATGAAACAAATCTAGCGTGCATATTTGACACAATGCAGTTTTTTAGTAGGCCG
TTGGTGTTTGGTATTTCTGTTAATGCGCCGGAATTTAAAATGGCTACTACTGCTCAGATATGGACTAAATTGGGAGTATT
CGTACTAATTGGATTTTTGTTTTATCACTTTTTAGGTTCTATATCGTACATTGCTGGGGAGCTTGCTGGGGATCCGAGAG
CTGGTGTTATAGGTAGTGGTGGTATGAACCCGCGTAGTATTGCTCATAAAGCAGCGGGTATGGCTTCTGCAGTTAGGGGA
GCTGCTTCGGGTAAACTTTCAGATTTGGGCTCCAAGGCTCGTGATGCCATAAAAGGTATTGGTTCCTCTGATAGTGGAGG
TACAGATAAGGTTTCTGGGGGAAGCAGTGGAGGAGATTCTGGAAAAGGTGGTCAGAGTTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
TCAGGTAGGGCCGAGACCGTTGCCATACTTCGTGAAATTATGGAAGAAGTAGGGGATGATCCAAATGTGTGGTTGCCTAT
TTTTTATCAAAGGGTGAAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGTGAATGTTGAGCTGGGTATCTGGATAATAGAGTGGGAGTCAGTTGGTAGTTAATGGGGGCTTCGTAGTTTTGTCTGCG
AGTACATTTCTAGCCGTAAG

Product: type IV secretion system protein VirB6

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 846; Mature: 846

Protein sequence:

>846_residues
MHRVARALVFLMFLVVTVPLTSYAAGDATASTPTEEENNLVHYRHAEATNPRCGAVEELAKIGSIGITAALGGGVVGVGF
LYVPIVGFRPLGFAMIAASIATISAGIAASAPYFACNWSFVRHPVLRFESADDVSRAAGGEVPTEGDYKECAEPVAASEI
LGKYGGDCSKEFAYMADYYACLAESKSLEDARKAEPTCPSKKFKKASNYAWPKNRVSSSRYIEVCYRHPLGTVYMSPYVA
ARLGFAGRDPKEVLKESKYPREATFGDNHMHNTKLAVSGAWTEFEYTIQCKVLKAGQEAKLHDATFRAVERGAKLCVDAV
KLSGVPFMAKPEIGCQMRPNSPPAPMCAKSVQRETKAADGSKIISYDNSGCYSCYVAETCKGVANLNSRSIFPITSVVVG
CIVDSLKNLLDPPADCTGRARAMNSVNPGFLKVAQEKLKKTVMAALILALVLFSIKAVLGGVQSAGELYMTVIKFALVIY
FTQGDAMSLAYEYLTKLSIGLSDIVLRAAGGDTGICDFQASDYSPQYLYLMPWDRLDCRMMFYLGSQLTGGTGTGILLTV
LLTAGLLIPAILINAKVIICLVAFFAVIMLVLTIIWTVYVFLLSLIALTVLTIISPLMIPMSLFQATKGFFDGWTRQLMT
YSLYPVILFAFLSLMFAVFDNLYFGELKFHRGGSDGTVAGAPKAGQKIWFELVDKKACEKRENETNLACIFDTMQFFSRP
LVFGISVNAPEFKMATTAQIWTKLGVFVLIGFLFYHFLGSISYIAGELAGDPRAGVIGSGGMNPRSIAHKAAGMASAVRG
AASGKLSDLGSKARDAIKGIGSSDSGGTDKVSGGSSGGDSGKGGQS

Sequences:

>Translated_846_residues
MHRVARALVFLMFLVVTVPLTSYAAGDATASTPTEEENNLVHYRHAEATNPRCGAVEELAKIGSIGITAALGGGVVGVGF
LYVPIVGFRPLGFAMIAASIATISAGIAASAPYFACNWSFVRHPVLRFESADDVSRAAGGEVPTEGDYKECAEPVAASEI
LGKYGGDCSKEFAYMADYYACLAESKSLEDARKAEPTCPSKKFKKASNYAWPKNRVSSSRYIEVCYRHPLGTVYMSPYVA
ARLGFAGRDPKEVLKESKYPREATFGDNHMHNTKLAVSGAWTEFEYTIQCKVLKAGQEAKLHDATFRAVERGAKLCVDAV
KLSGVPFMAKPEIGCQMRPNSPPAPMCAKSVQRETKAADGSKIISYDNSGCYSCYVAETCKGVANLNSRSIFPITSVVVG
CIVDSLKNLLDPPADCTGRARAMNSVNPGFLKVAQEKLKKTVMAALILALVLFSIKAVLGGVQSAGELYMTVIKFALVIY
FTQGDAMSLAYEYLTKLSIGLSDIVLRAAGGDTGICDFQASDYSPQYLYLMPWDRLDCRMMFYLGSQLTGGTGTGILLTV
LLTAGLLIPAILINAKVIICLVAFFAVIMLVLTIIWTVYVFLLSLIALTVLTIISPLMIPMSLFQATKGFFDGWTRQLMT
YSLYPVILFAFLSLMFAVFDNLYFGELKFHRGGSDGTVAGAPKAGQKIWFELVDKKACEKRENETNLACIFDTMQFFSRP
LVFGISVNAPEFKMATTAQIWTKLGVFVLIGFLFYHFLGSISYIAGELAGDPRAGVIGSGGMNPRSIAHKAAGMASAVRG
AASGKLSDLGSKARDAIKGIGSSDSGGTDKVSGGSSGGDSGKGGQS
>Mature_846_residues
MHRVARALVFLMFLVVTVPLTSYAAGDATASTPTEEENNLVHYRHAEATNPRCGAVEELAKIGSIGITAALGGGVVGVGF
LYVPIVGFRPLGFAMIAASIATISAGIAASAPYFACNWSFVRHPVLRFESADDVSRAAGGEVPTEGDYKECAEPVAASEI
LGKYGGDCSKEFAYMADYYACLAESKSLEDARKAEPTCPSKKFKKASNYAWPKNRVSSSRYIEVCYRHPLGTVYMSPYVA
ARLGFAGRDPKEVLKESKYPREATFGDNHMHNTKLAVSGAWTEFEYTIQCKVLKAGQEAKLHDATFRAVERGAKLCVDAV
KLSGVPFMAKPEIGCQMRPNSPPAPMCAKSVQRETKAADGSKIISYDNSGCYSCYVAETCKGVANLNSRSIFPITSVVVG
CIVDSLKNLLDPPADCTGRARAMNSVNPGFLKVAQEKLKKTVMAALILALVLFSIKAVLGGVQSAGELYMTVIKFALVIY
FTQGDAMSLAYEYLTKLSIGLSDIVLRAAGGDTGICDFQASDYSPQYLYLMPWDRLDCRMMFYLGSQLTGGTGTGILLTV
LLTAGLLIPAILINAKVIICLVAFFAVIMLVLTIIWTVYVFLLSLIALTVLTIISPLMIPMSLFQATKGFFDGWTRQLMT
YSLYPVILFAFLSLMFAVFDNLYFGELKFHRGGSDGTVAGAPKAGQKIWFELVDKKACEKRENETNLACIFDTMQFFSRP
LVFGISVNAPEFKMATTAQIWTKLGVFVLIGFLFYHFLGSISYIAGELAGDPRAGVIGSGGMNPRSIAHKAAGMASAVRG
AASGKLSDLGSKARDAIKGIGSSDSGGTDKVSGGSSGGDSGKGGQS

Specific function: Unknown

COG id: COG3704

COG function: function code U; Type IV secretory pathway, VirB6 components

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the trbL/virB6 family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR007688 [H]

Pfam domain/function: PF04610 TrbL [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 90743; Mature: 90743

Theoretical pI: Translated: 8.44; Mature: 8.44

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

2.5 %Cys     (Translated Protein)
3.0 %Met     (Translated Protein)
5.4 %Cys+Met (Translated Protein)
2.5 %Cys     (Mature Protein)
3.0 %Met     (Mature Protein)
5.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MHRVARALVFLMFLVVTVPLTSYAAGDATASTPTEEENNLVHYRHAEATNPRCGAVEELA
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHH
KIGSIGITAALGGGVVGVGFLYVPIVGFRPLGFAMIAASIATISAGIAASAPYFACNWSF
HHCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHCCCCEEEECHHH
VRHPVLRFESADDVSRAAGGEVPTEGDYKECAEPVAASEILGKYGGDCSKEFAYMADYYA
HHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH
CLAESKSLEDARKAEPTCPSKKFKKASNYAWPKNRVSSSRYIEVCYRHPLGTVYMSPYVA
HHHCCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHCHHHH
ARLGFAGRDPKEVLKESKYPREATFGDNHMHNTKLAVSGAWTEFEYTIQCKVLKAGQEAK
HHHCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECEEEEEEEEEEEEEECCCCCH
LHDATFRAVERGAKLCVDAVKLSGVPFMAKPEIGCQMRPNSPPAPMCAKSVQRETKAADG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC
SKIISYDNSGCYSCYVAETCKGVANLNSRSIFPITSVVVGCIVDSLKNLLDPPADCTGRA
CEEEEECCCCCEEEEHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHH
RAMNSVNPGFLKVAQEKLKKTVMAALILALVLFSIKAVLGGVQSAGELYMTVIKFALVIY
HHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHE
FTQGDAMSLAYEYLTKLSIGLSDIVLRAAGGDTGICDFQASDYSPQYLYLMPWDRLDCRM
ECCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHEEECCCCCCEEECCCCCCCCCEEEEECCCCCCHHH
MFYLGSQLTGGTGTGILLTVLLTAGLLIPAILINAKVIICLVAFFAVIMLVLTIIWTVYV
HHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FLLSLIALTVLTIISPLMIPMSLFQATKGFFDGWTRQLMTYSLYPVILFAFLSLMFAVFD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
NLYFGELKFHRGGSDGTVAGAPKAGQKIWFELVDKKACEKRENETNLACIFDTMQFFSRP
CCEECEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEHHHHHHHHHCCC
LVFGISVNAPEFKMATTAQIWTKLGVFVLIGFLFYHFLGSISYIAGELAGDPRAGVIGSG
EEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEECCC
GMNPRSIAHKAAGMASAVRGAASGKLSDLGSKARDAIKGIGSSDSGGTDKVSGGSSGGDS
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
GKGGQS
CCCCCC
>Mature Secondary Structure
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CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
GKGGQS
CCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA