| Definition | Clostridium botulinum B str. Eklund 17B, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010674 |
| Length | 3,800,327 |
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The map label for this gene is pip [H]
Identifier: 187935391
GI number: 187935391
Start: 2754044
End: 2756320
Strand: Reverse
Name: pip [H]
Synonym: CLL_A2641
Alternate gene names: 187935391
Gene position: 2756320-2754044 (Counterclockwise)
Preceding gene: 187933543
Following gene: 187934660
Centisome position: 72.53
GC content: 28.59
Gene sequence:
>2277_bases ATGAAAAATATAATGAAAATTTTTAAACGGGATATTAAAAACATATTTACAAATTGGGTAGCAGTAGTGGTAGTATTAGC ACTTATGGTTATTCCATCACTATACTCATTAATTAATATAAAAGCATCGTGGGATCCATATTCAAGTACTAGTGGAATTT TGATTGCAGTTGTTAATGAAGATAATGGGACAACTTTTAGAGATGAGGATATAAACTTAGGAAATGAATTAGTTGAAAAA TTAGAAGACAATGATAAAATGGGTTGGACTTTTGTTGATAAAGAAACCGCAAAAGATGGTCTTGTAAATGAAAAATATTA TGCAACTATTGAAATACCAGAAAGCTTTTCGGAAGATGCTACTACATTAGTAGAAAAAAAGGTTAAAAGACCAAAACTTA TTTATACAGTAAATGAAAAGAAAAATGCGATAGCTCCTAAAATGACAGATGCTGGAGTTAAAAGTGTAAAAAGTCAGCTT GATGATAACATAGTAAAAACAGTTACAGGAGTTATATTTAGGGCTTGTGATGAAATTGGAATAGAGGTAGACGAGCATAG ATCAGAATATAGAGAAGTAATAGATGAAATATATGAACTGGATGAAAATATGCCAGAACTTGAAAATTTACTAGATAGTG CTATAGAAGGAACTGTAGATCTTTCAGCTTTAATTGTAAAAGTAAATGAAATACTACCTAATATATCTAATACTGTTGAT ATAACAGATGACTTTTTACAAGATGTTCAAGGTTTTTTTGATAAAACAGAAGGGGGATTATCTGATATATCTCCAGTTAT AAAGGACGATTTATTGCTTGCTGAAAATGCACTTGATACTACAAGTGTAGAACTTCAAAATATTCAAGAAAATATAATAC CAGAAGTTGCAAAGAAAACATTGATATCTGCTTCTGATACTATAAATTCAGCAAATGTGTTAGTTGAGGGAATAGAATCA CAACTTAAAAATGTAAAGAAATTTTTAGATAAGTTTAGCAAAATAGATCTTTCAAAATTTGCAATTAATAGTACAGATGA AAATTATCTAAATGAATTGGAAAAAAGAGCACAATCAATAGATGATATAAAAGGAAATTTAAAAGATATTAGCAGAAAAA TATCAAAAGCTATAGATAAATTAGATTTGTTAAGTGATAGATTAGAGACGGTAAAAGGTAGGGTTGATGAAGAAATAGAT GATTTAAATAATGGAAAAGAATTAGATACCCAAGTTATTACTGATATGAAAAATATAATTGATGATATTCATAAGCAAGT TACAGAAATTACTGATAGTTATGATTCGGAAATTGTACCTGCAATTGAAGATGGCTTCAGCTCTATGAAAGTAATATTAG ATAATACATCTAGTGTTTTACAAGAGGGAAGAAACACATTGCCACAAATTGAAGATATTTTAAGTGTATCATCAGAATTA TCAGACTTATCAAATGAAGAATTACTAAATTTAAAAGATAAATTTCCAGAAATGAAGGATAAAGTTCATGAATTGGCTGA TAAACTTAGAGAATTTGATGAAGAAGATAAATTTAATGAAATTTTTGATATGATAACTAATGATTGGCAAGTTCAAAGTG ACTTTTTAGCAAGTCCAGTTGAAATTGAAGATAATAGATTATTTTCATGGCCAAACTACGGTTCAGCATCTACTCCATTT TATACTGTTTTGTGTTTATGGATAGGTGGATATATGTTATCTATCTTACTTGGAACAGATGCACATTCCTTAGAAGATGG AAATGAGCTAAAGTCTTATGAAGTATATTTTGGGAAATTACTATTATTTTTATTCATTGGCGTAGGACAAGCAACTATTG CTAGTACTGGGGCACTATTTATTTTAGGGTCTTACTGTTTGCATCCTCTAATGTTTGTACTATATACGGTTTTTGTTAGT ATTGTATTTATGGTTATAATATATACTGCTGTAAGTGTCTTTGGAAATGCTGGAATAATATTTGGTGTTGTTTTATTAGT AATTCAAGTTGCAGGGGCAAGTGGGAATTTCCCAATAGAAGTTAATCCAGAGATGTTCCAAAAAATGTTTGGACTTTTAC CATTTACATATGCAATAAGTGGTATGAGACAAATAATGGCAGGAATAGTATATTCAATATTATTTAGAGATATGATTATA TTAACTATATTTATGGTTGTATCCATTATTATAGGATTAACACTTAGAAAAACAATGAATAAAAAGAATGAAAAGTTTGT TGAAAAATTAAAAGAAAGCACAATAATGAACGGTTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases GGAATTTATTATTTATATAATAATGATAGGAGGATTTAGTTGGTATTTATAATGTAATAAATAATAGTATTATATTATAA ATACTAATAATAAATTAATT
Downstream 100 bases:
>100_bases GGTAATTAAATATGAAAAATATATTTAGAATTTACAAAAGAGATATAGTTACAATAGCAACTAATTGGGCAGCGTTAATC ATGATTATAGTGCTTATAAT
Product: phage infection protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 758; Mature: 758
Protein sequence:
>758_residues MKNIMKIFKRDIKNIFTNWVAVVVVLALMVIPSLYSLINIKASWDPYSSTSGILIAVVNEDNGTTFRDEDINLGNELVEK LEDNDKMGWTFVDKETAKDGLVNEKYYATIEIPESFSEDATTLVEKKVKRPKLIYTVNEKKNAIAPKMTDAGVKSVKSQL DDNIVKTVTGVIFRACDEIGIEVDEHRSEYREVIDEIYELDENMPELENLLDSAIEGTVDLSALIVKVNEILPNISNTVD ITDDFLQDVQGFFDKTEGGLSDISPVIKDDLLLAENALDTTSVELQNIQENIIPEVAKKTLISASDTINSANVLVEGIES QLKNVKKFLDKFSKIDLSKFAINSTDENYLNELEKRAQSIDDIKGNLKDISRKISKAIDKLDLLSDRLETVKGRVDEEID DLNNGKELDTQVITDMKNIIDDIHKQVTEITDSYDSEIVPAIEDGFSSMKVILDNTSSVLQEGRNTLPQIEDILSVSSEL SDLSNEELLNLKDKFPEMKDKVHELADKLREFDEEDKFNEIFDMITNDWQVQSDFLASPVEIEDNRLFSWPNYGSASTPF YTVLCLWIGGYMLSILLGTDAHSLEDGNELKSYEVYFGKLLLFLFIGVGQATIASTGALFILGSYCLHPLMFVLYTVFVS IVFMVIIYTAVSVFGNAGIIFGVVLLVIQVAGASGNFPIEVNPEMFQKMFGLLPFTYAISGMRQIMAGIVYSILFRDMII LTIFMVVSIIIGLTLRKTMNKKNEKFVEKLKESTIMNG
Sequences:
>Translated_758_residues MKNIMKIFKRDIKNIFTNWVAVVVVLALMVIPSLYSLINIKASWDPYSSTSGILIAVVNEDNGTTFRDEDINLGNELVEK LEDNDKMGWTFVDKETAKDGLVNEKYYATIEIPESFSEDATTLVEKKVKRPKLIYTVNEKKNAIAPKMTDAGVKSVKSQL DDNIVKTVTGVIFRACDEIGIEVDEHRSEYREVIDEIYELDENMPELENLLDSAIEGTVDLSALIVKVNEILPNISNTVD ITDDFLQDVQGFFDKTEGGLSDISPVIKDDLLLAENALDTTSVELQNIQENIIPEVAKKTLISASDTINSANVLVEGIES QLKNVKKFLDKFSKIDLSKFAINSTDENYLNELEKRAQSIDDIKGNLKDISRKISKAIDKLDLLSDRLETVKGRVDEEID DLNNGKELDTQVITDMKNIIDDIHKQVTEITDSYDSEIVPAIEDGFSSMKVILDNTSSVLQEGRNTLPQIEDILSVSSEL SDLSNEELLNLKDKFPEMKDKVHELADKLREFDEEDKFNEIFDMITNDWQVQSDFLASPVEIEDNRLFSWPNYGSASTPF YTVLCLWIGGYMLSILLGTDAHSLEDGNELKSYEVYFGKLLLFLFIGVGQATIASTGALFILGSYCLHPLMFVLYTVFVS IVFMVIIYTAVSVFGNAGIIFGVVLLVIQVAGASGNFPIEVNPEMFQKMFGLLPFTYAISGMRQIMAGIVYSILFRDMII LTIFMVVSIIIGLTLRKTMNKKNEKFVEKLKESTIMNG >Mature_758_residues MKNIMKIFKRDIKNIFTNWVAVVVVLALMVIPSLYSLINIKASWDPYSSTSGILIAVVNEDNGTTFRDEDINLGNELVEK LEDNDKMGWTFVDKETAKDGLVNEKYYATIEIPESFSEDATTLVEKKVKRPKLIYTVNEKKNAIAPKMTDAGVKSVKSQL DDNIVKTVTGVIFRACDEIGIEVDEHRSEYREVIDEIYELDENMPELENLLDSAIEGTVDLSALIVKVNEILPNISNTVD ITDDFLQDVQGFFDKTEGGLSDISPVIKDDLLLAENALDTTSVELQNIQENIIPEVAKKTLISASDTINSANVLVEGIES QLKNVKKFLDKFSKIDLSKFAINSTDENYLNELEKRAQSIDDIKGNLKDISRKISKAIDKLDLLSDRLETVKGRVDEEID DLNNGKELDTQVITDMKNIIDDIHKQVTEITDSYDSEIVPAIEDGFSSMKVILDNTSSVLQEGRNTLPQIEDILSVSSEL SDLSNEELLNLKDKFPEMKDKVHELADKLREFDEEDKFNEIFDMITNDWQVQSDFLASPVEIEDNRLFSWPNYGSASTPF YTVLCLWIGGYMLSILLGTDAHSLEDGNELKSYEVYFGKLLLFLFIGVGQATIASTGALFILGSYCLHPLMFVLYTVFVS IVFMVIIYTAVSVFGNAGIIFGVVLLVIQVAGASGNFPIEVNPEMFQKMFGLLPFTYAISGMRQIMAGIVYSILFRDMII LTIFMVVSIIIGLTLRKTMNKKNEKFVEKLKESTIMNG
Specific function: Required for phage infection [H]
COG id: COG1511
COG function: function code S; Predicted membrane protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 ABC transmembrane type-2 domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR013525 - InterPro: IPR017501 - InterPro: IPR017500 [H]
Pfam domain/function: PF01061 ABC2_membrane [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 85082; Mature: 85082
Theoretical pI: Translated: 4.22; Mature: 4.22
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 2.8 %Met (Translated Protein) 3.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 2.8 %Met (Mature Protein) 3.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKNIMKIFKRDIKNIFTNWVAVVVVLALMVIPSLYSLINIKASWDPYSSTSGILIAVVNE CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEC DNGTTFRDEDINLGNELVEKLEDNDKMGWTFVDKETAKDGLVNEKYYATIEIPESFSEDA CCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHH TTLVEKKVKRPKLIYTVNEKKNAIAPKMTDAGVKSVKSQLDDNIVKTVTGVIFRACDEIG HHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC IEVDEHRSEYREVIDEIYELDENMPELENLLDSAIEGTVDLSALIVKVNEILPNISNTVD CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC ITDDFLQDVQGFFDKTEGGLSDISPVIKDDLLLAENALDTTSVELQNIQENIIPEVAKKT CCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LISASDTINSANVLVEGIESQLKNVKKFLDKFSKIDLSKFAINSTDENYLNELEKRAQSI HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH DDIKGNLKDISRKISKAIDKLDLLSDRLETVKGRVDEEIDDLNNGKELDTQVITDMKNII HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH DDIHKQVTEITDSYDSEIVPAIEDGFSSMKVILDNTSSVLQEGRNTLPQIEDILSVSSEL HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH SDLSNEELLNLKDKFPEMKDKVHELADKLREFDEEDKFNEIFDMITNDWQVQSDFLASPV HHCCCHHHHCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCEECHHHCCCCC EIEDNRLFSWPNYGSASTPFYTVLCLWIGGYMLSILLGTDAHSLEDGNELKSYEVYFGKL EECCCEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH LLFLFIGVGQATIASTGALFILGSYCLHPLMFVLYTVFVSIVFMVIIYTAVSVFGNAGII HHHHHHHCCHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH FGVVLLVIQVAGASGNFPIEVNPEMFQKMFGLLPFTYAISGMRQIMAGIVYSILFRDMII HHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTIFMVVSIIIGLTLRKTMNKKNEKFVEKLKESTIMNG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCC >Mature Secondary Structure MKNIMKIFKRDIKNIFTNWVAVVVVLALMVIPSLYSLINIKASWDPYSSTSGILIAVVNE CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEC DNGTTFRDEDINLGNELVEKLEDNDKMGWTFVDKETAKDGLVNEKYYATIEIPESFSEDA CCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHH TTLVEKKVKRPKLIYTVNEKKNAIAPKMTDAGVKSVKSQLDDNIVKTVTGVIFRACDEIG HHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC IEVDEHRSEYREVIDEIYELDENMPELENLLDSAIEGTVDLSALIVKVNEILPNISNTVD CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC ITDDFLQDVQGFFDKTEGGLSDISPVIKDDLLLAENALDTTSVELQNIQENIIPEVAKKT CCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LISASDTINSANVLVEGIESQLKNVKKFLDKFSKIDLSKFAINSTDENYLNELEKRAQSI HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH DDIKGNLKDISRKISKAIDKLDLLSDRLETVKGRVDEEIDDLNNGKELDTQVITDMKNII HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH DDIHKQVTEITDSYDSEIVPAIEDGFSSMKVILDNTSSVLQEGRNTLPQIEDILSVSSEL HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHH SDLSNEELLNLKDKFPEMKDKVHELADKLREFDEEDKFNEIFDMITNDWQVQSDFLASPV HHCCCHHHHCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCEECHHHCCCCC EIEDNRLFSWPNYGSASTPFYTVLCLWIGGYMLSILLGTDAHSLEDGNELKSYEVYFGKL EECCCEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH LLFLFIGVGQATIASTGALFILGSYCLHPLMFVLYTVFVSIVFMVIIYTAVSVFGNAGII HHHHHHHCCHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH FGVVLLVIQVAGASGNFPIEVNPEMFQKMFGLLPFTYAISGMRQIMAGIVYSILFRDMII HHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTIFMVVSIIIGLTLRKTMNKKNEKFVEKLKESTIMNG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8366036 [H]