| Definition | Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008312 |
| Length | 7,750,108 |
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The map label for this gene is 113474401
Identifier: 113474401
GI number: 113474401
Start: 850299
End: 852104
Strand: Reverse
Name: 113474401
Synonym: Tery_0537
Alternate gene names: NA
Gene position: 852104-850299 (Counterclockwise)
Preceding gene: 113474402
Following gene: 113474399
Centisome position: 10.99
GC content: 30.73
Gene sequence:
>1806_bases ATGTCAAATACTTTAATATCCAAATCAAAAATAACTAGATTTTTATTATTCTTACATAAAAACTTAATAAATAGAAGCAG GATATTTTGGTTAAGTTTAACCATAGCAGTTGTATTAATTTATGGTATTGAATATCTAAAAGCAGCTTTTGAAACTAAAT ATATAATCCAAGATGATGCACGACAACATATATTTTGGATGCGTCGTTTTTTCGATACAGAATTATTTCCCGAAGACTTA ATAGCTAACTATTTTCAGTCAGTAGCACCTTGGGGTTATCAAACTTTTTATTGGTTAATAACATCTCTAGGTATCGACCC AATTTTTTTCGGTAAATTATTACCAATATTTCTGGGATTAATTTCTACAATTTACTGCTTTGGAATCAGTTTACAAATTC TGCCAATTCCCGCCGTCGGATTTTTGAGCTCATTTATTTTAAACCAAAGTTTATGGATGGAAGATGACTTAGTTTCTGCT ACTCCCCGAGCATTTTTCTATCCACTTTTTTTAGCATTTTTATATTACTTACTCCGAGGTTCCTTATTTCCTGTTTTAGT AGCGATCGCTCTCCAAGCAATTTTTTATCCCCAGACTGTTTTACTATCACTAAGCATCCTAACTATTAGACTATTCTCCT ATCAGCAAAAGCGGTTAAAATTCACCTCAATTAAACTAAATTATTTACTTTGGTTAGGAGCAATAATAACTGCTGCCATA ATACTTTTACCATACAAATTAACTGCTACTGAATTCGGACCAATTATTACTACTACCGCAGCCAAAATACAACCTATTTT CAATTATGCTGATAGTAAATATGGCAGAGCATTCTTTTTTCATCATAACCCCTTAGTTTTTTGGCTCACAGGACCAAGGA GTGGTATCTTATTTGTAGGATTATTCTCACCACTGGCTATAGCTTCATTACTATTACCTTTTTTACTTAAAAAAGAAAAA TTTCCTCTAGGAAAACAAGTTTCGGAAAAAGTAGGAATATTAGTTCAAATTTTCATAGCATCAGTAGGATTATTTTTTCT AGCTCATATCTTTTTATTTCAGCTTCATTTTCCCAATAGATATATTTACCATAGTATACGAGTGACGATGGCAATAACTG CTGGTATTGCCTTAATAATCTGGTTAGATAGTTATTTAAAGGCAACTATTTATCAGATAAAAAATAGTTTTACTTGTCTA CAGGGAATATACCTCGGATGTACAACTTTGTTATTAGTATTATTCAGTATTATTCCTTTTTCCACAGACTTAACAATAGA TAATCAATCCTACATTAAAGGCAAAGAAAAAGAATTATATGAATACTTATTAGTACAACCTAAAGATACATTAATTGCTT CCATATCTAAGGAATCAAATAATATTCCTACCTTTGCTCAACGTTCGACCTTAGTAGCCCAAGAATATAGCTTACCCTAT CACGTAGGATATTATAATCAATTTAGTCAAAGAGCCATTGATTTAATTCAGGCTCAATATACTCCTAACCCAGAACAAGT TAATAATTTTATTCAAAATTATGGGGTTGATTTTTGGTTGCTCGATCTAACTGCTTATAATCCTAGATATGTAGCTGATA AACAGTTAATTCGTCAGTATAATTTAGCAGATTCAATTATTTATCAACTGGAGCAAAATATGATCCCGGCATTATCAACA ACCATGGAAATTTGTAGTGTATTAAGCAGTAAGCGAATAACATTATTATCAACATCATGTATTACAAATGAGTTGATAAA ATTGAGTATTAATAATCCTAAAAATTATCACAAACATAAGACTTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases CCTCCTGGTATTAGTCTTTCTTTTTTATTTCCTTATTCCTAGGTACGTTGCATACAATATCCCTACTATTTATAACAAAC ATTTATCAAATTGTTATAAG
Downstream 100 bases:
>100_bases ATTACATCAGATTCTAGATTTATGTGGTGTAATTAGTAAATTAAATATTTTTTACTTGTTCCCTATCCTACCCTCCATCA CCCTATTCTCTAAAAGGATT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 601; Mature: 600
Protein sequence:
>601_residues MSNTLISKSKITRFLLFLHKNLINRSRIFWLSLTIAVVLIYGIEYLKAAFETKYIIQDDARQHIFWMRRFFDTELFPEDL IANYFQSVAPWGYQTFYWLITSLGIDPIFFGKLLPIFLGLISTIYCFGISLQILPIPAVGFLSSFILNQSLWMEDDLVSA TPRAFFYPLFLAFLYYLLRGSLFPVLVAIALQAIFYPQTVLLSLSILTIRLFSYQQKRLKFTSIKLNYLLWLGAIITAAI ILLPYKLTATEFGPIITTTAAKIQPIFNYADSKYGRAFFFHHNPLVFWLTGPRSGILFVGLFSPLAIASLLLPFLLKKEK FPLGKQVSEKVGILVQIFIASVGLFFLAHIFLFQLHFPNRYIYHSIRVTMAITAGIALIIWLDSYLKATIYQIKNSFTCL QGIYLGCTTLLLVLFSIIPFSTDLTIDNQSYIKGKEKELYEYLLVQPKDTLIASISKESNNIPTFAQRSTLVAQEYSLPY HVGYYNQFSQRAIDLIQAQYTPNPEQVNNFIQNYGVDFWLLDLTAYNPRYVADKQLIRQYNLADSIIYQLEQNMIPALST TMEICSVLSSKRITLLSTSCITNELIKLSINNPKNYHKHKT
Sequences:
>Translated_601_residues MSNTLISKSKITRFLLFLHKNLINRSRIFWLSLTIAVVLIYGIEYLKAAFETKYIIQDDARQHIFWMRRFFDTELFPEDL IANYFQSVAPWGYQTFYWLITSLGIDPIFFGKLLPIFLGLISTIYCFGISLQILPIPAVGFLSSFILNQSLWMEDDLVSA TPRAFFYPLFLAFLYYLLRGSLFPVLVAIALQAIFYPQTVLLSLSILTIRLFSYQQKRLKFTSIKLNYLLWLGAIITAAI ILLPYKLTATEFGPIITTTAAKIQPIFNYADSKYGRAFFFHHNPLVFWLTGPRSGILFVGLFSPLAIASLLLPFLLKKEK FPLGKQVSEKVGILVQIFIASVGLFFLAHIFLFQLHFPNRYIYHSIRVTMAITAGIALIIWLDSYLKATIYQIKNSFTCL QGIYLGCTTLLLVLFSIIPFSTDLTIDNQSYIKGKEKELYEYLLVQPKDTLIASISKESNNIPTFAQRSTLVAQEYSLPY HVGYYNQFSQRAIDLIQAQYTPNPEQVNNFIQNYGVDFWLLDLTAYNPRYVADKQLIRQYNLADSIIYQLEQNMIPALST TMEICSVLSSKRITLLSTSCITNELIKLSINNPKNYHKHKT >Mature_600_residues SNTLISKSKITRFLLFLHKNLINRSRIFWLSLTIAVVLIYGIEYLKAAFETKYIIQDDARQHIFWMRRFFDTELFPEDLI ANYFQSVAPWGYQTFYWLITSLGIDPIFFGKLLPIFLGLISTIYCFGISLQILPIPAVGFLSSFILNQSLWMEDDLVSAT PRAFFYPLFLAFLYYLLRGSLFPVLVAIALQAIFYPQTVLLSLSILTIRLFSYQQKRLKFTSIKLNYLLWLGAIITAAII LLPYKLTATEFGPIITTTAAKIQPIFNYADSKYGRAFFFHHNPLVFWLTGPRSGILFVGLFSPLAIASLLLPFLLKKEKF PLGKQVSEKVGILVQIFIASVGLFFLAHIFLFQLHFPNRYIYHSIRVTMAITAGIALIIWLDSYLKATIYQIKNSFTCLQ GIYLGCTTLLLVLFSIIPFSTDLTIDNQSYIKGKEKELYEYLLVQPKDTLIASISKESNNIPTFAQRSTLVAQEYSLPYH VGYYNQFSQRAIDLIQAQYTPNPEQVNNFIQNYGVDFWLLDLTAYNPRYVADKQLIRQYNLADSIIYQLEQNMIPALSTT MEICSVLSSKRITLLSTSCITNELIKLSINNPKNYHKHKT
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 69110; Mature: 68979
Theoretical pI: Translated: 9.56; Mature: 9.56
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.8 %Cys (Translated Protein) 1.0 %Met (Translated Protein) 1.8 %Cys+Met (Translated Protein) 0.8 %Cys (Mature Protein) 0.8 %Met (Mature Protein) 1.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSNTLISKSKITRFLLFLHKNLINRSRIFWLSLTIAVVLIYGIEYLKAAFETKYIIQDDA CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCH RQHIFWMRRFFDTELFPEDLIANYFQSVAPWGYQTFYWLITSLGIDPIFFGKLLPIFLGL HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH ISTIYCFGISLQILPIPAVGFLSSFILNQSLWMEDDLVSATPRAFFYPLFLAFLYYLLRG HHHHHHHCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC SLFPVLVAIALQAIFYPQTVLLSLSILTIRLFSYQQKRLKFTSIKLNYLLWLGAIITAAI CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ILLPYKLTATEFGPIITTTAAKIQPIFNYADSKYGRAFFFHHNPLVFWLTGPRSGILFVG HHHCCEECHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCCCEEEEE LFSPLAIASLLLPFLLKKEKFPLGKQVSEKVGILVQIFIASVGLFFLAHIFLFQLHFPNR HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC YIYHSIRVTMAITAGIALIIWLDSYLKATIYQIKNSFTCLQGIYLGCTTLLLVLFSIIPF EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC STDLTIDNQSYIKGKEKELYEYLLVQPKDTLIASISKESNNIPTFAQRSTLVAQEYSLPY CCCEEECCHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCE HVGYYNQFSQRAIDLIQAQYTPNPEQVNNFIQNYGVDFWLLDLTAYNPRYVADKQLIRQY EECHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHH NLADSIIYQLEQNMIPALSTTMEICSVLSSKRITLLSTSCITNELIKLSINNPKNYHKHK HHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCC T C >Mature Secondary Structure SNTLISKSKITRFLLFLHKNLINRSRIFWLSLTIAVVLIYGIEYLKAAFETKYIIQDDA CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCH RQHIFWMRRFFDTELFPEDLIANYFQSVAPWGYQTFYWLITSLGIDPIFFGKLLPIFLGL HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH ISTIYCFGISLQILPIPAVGFLSSFILNQSLWMEDDLVSATPRAFFYPLFLAFLYYLLRG HHHHHHHCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC SLFPVLVAIALQAIFYPQTVLLSLSILTIRLFSYQQKRLKFTSIKLNYLLWLGAIITAAI CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ILLPYKLTATEFGPIITTTAAKIQPIFNYADSKYGRAFFFHHNPLVFWLTGPRSGILFVG HHHCCEECHHCCCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCCCEEEEE LFSPLAIASLLLPFLLKKEKFPLGKQVSEKVGILVQIFIASVGLFFLAHIFLFQLHFPNR HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC YIYHSIRVTMAITAGIALIIWLDSYLKATIYQIKNSFTCLQGIYLGCTTLLLVLFSIIPF EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC STDLTIDNQSYIKGKEKELYEYLLVQPKDTLIASISKESNNIPTFAQRSTLVAQEYSLPY CCCEEECCHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCE HVGYYNQFSQRAIDLIQAQYTPNPEQVNNFIQNYGVDFWLLDLTAYNPRYVADKQLIRQY EECHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHH NLADSIIYQLEQNMIPALSTTMEICSVLSSKRITLLSTSCITNELIKLSINNPKNYHKHK HHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCC T C
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA