| Definition | Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_011312 |
| Length | 3,325,165 |
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The map label for this gene is 209695538
Identifier: 209695538
GI number: 209695538
Start: 2243694
End: 2246030
Strand: Reverse
Name: 209695538
Synonym: VSAL_I2094
Alternate gene names: NA
Gene position: 2246030-2243694 (Counterclockwise)
Preceding gene: 209695539
Following gene: 209695537
Centisome position: 67.55
GC content: 40.61
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
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Product: membrane protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 778; Mature: 778
Protein sequence:
>778_residues MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN YKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYYFPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTG AELENDPFLLFRDFLSGLTQSSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYVLTIWLFGSIHLFSLVFGASL IGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLITSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYP LLATKPNKYQVIPAQRALGQWLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYAQQADNYHTVIQQKVPLLFSQ PFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKAVDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLL IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR
Sequences:
>Translated_778_residues MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN YKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYYFPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTG AELENDPFLLFRDFLSGLTQSSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYVLTIWLFGSIHLFSLVFGASL IGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLITSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYP LLATKPNKYQVIPAQRALGQWLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYAQQADNYHTVIQQKVPLLFSQ PFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKAVDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLL IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR >Mature_778_residues MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN YKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYYFPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTG AELENDPFLLFRDFLSGLTQSSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYVLTIWLFGSIHLFSLVFGASL IGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLITSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYP LLATKPNKYQVIPAQRALGQWLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYAQQADNYHTVIQQKVPLLFSQ PFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKAVDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLL IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR
Specific function: Unknown
COG id: COG4258
COG function: function code R; Predicted exporter
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 86200; Mature: 86200
Theoretical pI: Translated: 5.49; Mature: 5.49
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
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Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 0.8 %Met (Translated Protein) 1.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 0.8 %Met (Mature Protein) 1.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFD CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHH SIADTMSDKVVFVVNQTKNNYKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYY HHHHHCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCHHCEEEE FPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTGAELENDPFLLFRDFLSGLTQ CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCC SSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ CCCCEEEECCEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCEEEE HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYV ECEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTIWLFGSIHLFSLVFGASLIGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH TSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYPLLATKPNKYQVIPAQRALGQ HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECHHHHHHH WLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYA CCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH QQADNYHTVIQQKVPLLFSQPFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKA HCCCCHHHHHHHHCCHHHCCCCCCEEECCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLLIAYGAIFLLLLPRYGLKQGF CCHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC LIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES EEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFD CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHH SIADTMSDKVVFVVNQTKNNYKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYY HHHHHCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCHHCEEEE FPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTGAELENDPFLLFRDFLSGLTQ CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCC SSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ CCCCEEEECCEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCEEEE HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYV ECEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTIWLFGSIHLFSLVFGASLIGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH TSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYPLLATKPNKYQVIPAQRALGQ HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECHHHHHHH WLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYA CCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH QQADNYHTVIQQKVPLLFSQPFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKA HCCCCHHHHHHHHCCHHHCCCCCCEEECCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLLIAYGAIFLLLLPRYGLKQGF CCHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC LIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES EEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA