Definition Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1, complete genome.
Accession NC_011312
Length 3,325,165

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The map label for this gene is 209695538

Identifier: 209695538

GI number: 209695538

Start: 2243694

End: 2246030

Strand: Reverse

Name: 209695538

Synonym: VSAL_I2094

Alternate gene names: NA

Gene position: 2246030-2243694 (Counterclockwise)

Preceding gene: 209695539

Following gene: 209695537

Centisome position: 67.55

GC content: 40.61

Gene sequence:

>2337_bases
ATGAAATCGGCCTTAATGAAACCACGACAACTTGCTGTCGGTTGGTTATTGGTATTGAGTGTGATTACAGGGTTGTTTGG
TTATCAATGGTACTCAAAAGGTGCCTTTCCTATTGAAACTAATATCCTGGCGCTTCTGCCTGATAATCAACAAGATAAGG
TGGCTCAGCAGGCTTTTGATAGCATTGCAGACACCATGAGCGACAAAGTGGTGTTTGTTGTTAACCAAACCAAGAATAAT
TATAAACAACTGTTTGACGCAGTGGATCAGTTTTCTCATCAACTTTCAGACTTACCTTTGTTTGATTCTGTTACGGCTAC
CATCAGTGAAAATCAACAACAAGCGTGGGGGATATATTACTTTCCTGCTCGTGCTCAGTTGTTAACGGAAAAGCAAAAAG
AGCAGTTAACAACGGCACCAGATCAACAAGTCCAAAAGGTATTACAAGCACTGTACAATCCATTTTCTGGAGTCACGGGT
GCCGAGCTAGAAAATGATCCTTTTTTATTATTTCGAGATTTCTTATCAGGGTTAACTCAGAGTTCGGGTCATTTTCAAAT
CGAAAATGGGTATTTGACGGTTAAATCCGATCAAGCAAAGTACGTGGTGATCACCGCTGATCTTGCTGGATCTTCTTACC
AGTTGTCATTACAACAACAATTGCCGCAGCTTGTCGAGTTAGAGCAAACTATTCAACAGGCTTTTTCAGTAGAGATACAA
CATACTGGTGTTATTTTTTATGCTGCTCATGGCACTGAAAGTGCTAAAAGCGAAATAAGTACCATTGGTCTTGGCTCTTT
GATTGGTATTCTTGTTTTAATTCTATTGGTTTATCGCAGTACGTTACCACTCACTTTGGCTTTATTGTCTATCTCGACAG
GTCTGTTTTGTGCGTATGTTTTGACGATTTGGCTCTTTGGTTCCATTCATTTATTCAGTTTAGTGTTTGGTGCAAGTCTG
ATTGGAGTATCCATTGATTATGCTTTTCATTTTTTAACGGATCGCTTAAATGCGGGTAATAAATGGAATTCAACGAAAGG
AATACAGCAACTTTTTCCTGCAATAACGCTTGGCTTGATTACGAGCTTAGTGGGTTATTTGGGGATGCTTGTTGCACCAT
TTCCCGGTTTACAACAGTTATCACTATTTTCTGCGATTGGATTAACTGCGGCGTATTTCACCGTCGTGTGTTGGTATCCG
TTATTGGCCACGAAGCCAAATAAATACCAAGTTATTCCTGCTCAACGCGCATTGGGTCAATGGTTATTGGTATGGCGTCA
GCCGTTAATCAGAATCGTTCTTCCTTTGAGTTTGTTGGTGGCTTCTGGCTTTGGTGTATATAAAGCACAATACGACGATG
ATATTCGACAACTGCAAGCATTGCCTCAAGTGCTTCAGCAGCAAGAAAGAGAGATAAAAGCCATCACGGGTGTTGGTGGA
TCTCAACAATTACTCTTGGTTCGAGCGGATACAGAAGAAGAGTTATTACAGAAGTTAGAATCGGTTTCTAACCAACTTGA
ACAGAAAGAAAATTTTGGTGGTTTTCAAACGATAAGCCGTTATGTTCCATCAGAAAAAACACAGCGTGAGAATTATCAGC
GAGTAAAAGCATTATATGCACAGCAAGCGGATAACTATCACACTGTGATACAGCAAAAAGTGCCCTTGTTATTTTCTCAA
CCATTTACACCATTAACGATTGACGGTTTTCTCGCATCGCCTATTTCTGATACGGTGGGTTTTTTATGGCTTGGTAAGAT
AGACGATGTGGTGGCCTCGGTGATCACGTTTAATAAAGCGGTCGATAGCCAAGAGTTACACGCGTTTGCTGAGAAGCAAA
ATATAACGTACTTGAATAAAGCGGAAGAAATTTCGACGTTGTTTGGGCAATATCGTGAACGCATTACTGAATTGTTATTG
ATAGCCTACGGAGCCATTTTTTTATTACTGTTGCCTCGATATGGTTTAAAGCAAGGGTTCTTAATTGTGTTACCCCCCTT
TATCGCTGGGTGTGCAGGGCTCGCTGTGACGGTATTTACGGGAGTGGCATTGAATTTATTTAACTTACTCGCGTTAATGT
TGATCTTAGGGATAGGTATAGACTACACCTTATTTTTTGCTGAGCAGAATAAACAAGAAGACGACTCACATACCGAAAGT
ACTCTGTTGGCAATTTCGTTATCGGCGTTAACCACCATCCTTTCTTTTGGGTTATTAGCGTTAAGTGAAACTCAAGCGAT
ACACAGTTTTGGTATTACGGTACTGACGGGTATCATCGTGGCTTGGTTATTGGCCCCCTTGAGTCAAAATATGAACCCAC
ACAATAAAGTTCGATAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
GAAGTCCGTGGTGACGTTACTGAGATGATATTTTCAAACCAATCATCAACACCTAGTGTATTAACAGAAGAAGAGTTACG
TGCCTTTACTTTCTAATTGT

Downstream 100 bases:

>100_bases
GACAGAGTGAATGAAAAGAATATCGCTACGATTAATACACTCTATTATTTTTATAGTGTCATTAAGCTTACTGGGTTGTG
CCTCTGCACCGATCAAAAAA

Product: membrane protein

Products: NA

Alternate protein names: None

Number of amino acids: Translated: 778; Mature: 778

Protein sequence:

>778_residues
MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN
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IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES
TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR

Sequences:

>Translated_778_residues
MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN
YKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYYFPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTG
AELENDPFLLFRDFLSGLTQSSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ
HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYVLTIWLFGSIHLFSLVFGASL
IGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLITSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYP
LLATKPNKYQVIPAQRALGQWLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG
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PFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKAVDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLL
IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES
TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR
>Mature_778_residues
MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFDSIADTMSDKVVFVVNQTKNN
YKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYYFPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTG
AELENDPFLLFRDFLSGLTQSSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ
HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYVLTIWLFGSIHLFSLVFGASL
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SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYAQQADNYHTVIQQKVPLLFSQ
PFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKAVDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLL
IAYGAIFLLLLPRYGLKQGFLIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES
TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR

Specific function: Unknown

COG id: COG4258

COG function: function code R; Predicted exporter

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 86200; Mature: 86200

Theoretical pI: Translated: 5.49; Mature: 5.49

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.4 %Cys     (Translated Protein)
0.8 %Met     (Translated Protein)
1.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.4 %Cys     (Mature Protein)
0.8 %Met     (Mature Protein)
1.2 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKSALMKPRQLAVGWLLVLSVITGLFGYQWYSKGAFPIETNILALLPDNQQDKVAQQAFD
CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHH
SIADTMSDKVVFVVNQTKNNYKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYY
HHHHHCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCHHCEEEE
FPARAQLLTEKQKEQLTTAPDQQVQKVLQALYNPFSGVTGAELENDPFLLFRDFLSGLTQ
CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCC
SSGHFQIENGYLTVKSDQAKYVVITADLAGSSYQLSLQQQLPQLVELEQTIQQAFSVEIQ
CCCCEEEECCEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCEEEE
HTGVIFYAAHGTESAKSEISTIGLGSLIGILVLILLVYRSTLPLTLALLSISTGLFCAYV
ECEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LTIWLFGSIHLFSLVFGASLIGVSIDYAFHFLTDRLNAGNKWNSTKGIQQLFPAITLGLI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
TSLVGYLGMLVAPFPGLQQLSLFSAIGLTAAYFTVVCWYPLLATKPNKYQVIPAQRALGQ
HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECHHHHHHH
WLLVWRQPLIRIVLPLSLLVASGFGVYKAQYDDDIRQLQALPQVLQQQEREIKAITGVGG
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SQQLLLVRADTEEELLQKLESVSNQLEQKENFGGFQTISRYVPSEKTQRENYQRVKALYA
CCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
QQADNYHTVIQQKVPLLFSQPFTPLTIDGFLASPISDTVGFLWLGKIDDVVASVITFNKA
HCCCCHHHHHHHHCCHHHCCCCCCEEECCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VDSQELHAFAEKQNITYLNKAEEISTLFGQYRERITELLLIAYGAIFLLLLPRYGLKQGF
CCHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC
LIVLPPFIAGCAGLAVTVFTGVALNLFNLLALMLILGIGIDYTLFFAEQNKQEDDSHTES
EEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH
TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
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CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHHH
SIADTMSDKVVFVVNQTKNNYKQLFDAVDQFSHQLSDLPLFDSVTATISENQQQAWGIYY
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EEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH
TLLAISLSALTTILSFGLLALSETQAIHSFGITVLTGIIVAWLLAPLSQNMNPHNKVR
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA