Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 167622959

Identifier: 167622959

GI number: 167622959

Start: 1250964

End: 1252211

Strand: Reverse

Name: 167622959

Synonym: Shal_1020

Alternate gene names: NA

Gene position: 1252211-1250964 (Counterclockwise)

Preceding gene: 167622960

Following gene: 167622956

Centisome position: 23.96

GC content: 45.67

Gene sequence:

>1248_bases
ATGTTGTACACATTTTTAATTTCACTCGCTGTACTTGCTTTGCTCAGTATTGTGTTTGAAGAGGTCACCCACCTCAATAA
AGCGAAAACCACCCTCTTCCTGGGCTGTATCTCTTGGGTCGCGCTGTTTATGGCCGCCGGCGATCCTAGCCATGAAAAAA
TTATTGAGCATCAGCTCAATGAAAACCTGCTAGAAATTGCAACACTGTGGTTATTTCTAATGTCGACCATGACCTTCGTT
GCCTATCTTAATGCAAAGGGAATGATTCAAATATTGGTACAAAAACTGTTTCCTCGTAAAGTTTCAGTGCGCATGTTGAT
GCTGCAAGTTGCGCTATTTTCGCTAGTGTTATCGGCAATATGTGACAACGTCACCGCAACCTTAGTATCCCTAGGTTTGC
TGACAACCTTTAAGCTTGAGAAGCAGGTGCGCCGCCGTATGGCTGTACTTATCATCTTCGCCGTGAACTCTGGCGGCGTT
GCATTGATAACCGGAGATGTCACCACCTTGATGATCTTCCTAGGCGGCCATGTGCAGATGTCTGAGTTACTCATGCTATT
TATCCCGGCAGGAGTCAGCGTGATGCTATTAGCCGTTTTATTCTCGCTCAAGGCTGAGGGCGAAGTCAGTACGACACCAA
TAACCAAGCAAGTGCGTGCGGTTGATCTCCTTATTGCAGCGATTTTCTTTACTACGATTGTGATGACAATGGCACTTAAC
ATCCTATTTGGTATTCCGCCAGTACTGACCTTCTTAACTGGTCTTTCGGTGATGTTTTTAGTCGGCCATACAACGAGAAG
TGATAAAGAGGAACTACAAATCTTGGAGTACATTCGTCAAGTTGAATACGACACCCTACTGTTCTTCTTAGGCATTTTGC
TACTGGTCGGCATGCTTAAAGAGATAGGTACTCTAGATCTGCTCACCCAAGTCTACTCACAGTTTGACCCAAATATCTCC
AACTTTGTCGCGGGGATCGGCTCTGCACTTTTAGACAATGTGCCGTTAACGGCTGCACTACTTAAAGCTGAACCCATACT
CAACACTCCGGAATGGTTAGGGCTCACTTACGCTGTAGGCGTGGGCGGTTCACTGCTGGTGATAGGGTCTGCCGCAGGTA
TTATTGCTATGAGCAAGGTCAAGGAGCTTACCTTTGTCAGCTACCTTAAATATGTGCCCGCTCTGACCCTTTGCTACACG
GTTGGCTACGGTTTGACTCTATTTTTAGGTTACCATTTATATAGTTAG

Upstream 100 bases:

>100_bases
CTGATCGCCCCGCTTCAACCTCTAACCTTAAAATAAACTTAAAATTGGTGGCCCGACATAAGTTTAGGTACGCCATAACA
CTACCTATGTGAGTCGCCCT

Downstream 100 bases:

>100_bases
CGGCCTCTACAGTCGATAATTTGATGATAAAAAGCAAAAAGGCCTAGCACTTAGTTAGGCCTTTTTCAAAACGGTGTTAT
CTGCTTAAATCGCAGGTACT

Product: citrate transporter

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 415; Mature: 415

Protein sequence:

>415_residues
MLYTFLISLAVLALLSIVFEEVTHLNKAKTTLFLGCISWVALFMAAGDPSHEKIIEHQLNENLLEIATLWLFLMSTMTFV
AYLNAKGMIQILVQKLFPRKVSVRMLMLQVALFSLVLSAICDNVTATLVSLGLLTTFKLEKQVRRRMAVLIIFAVNSGGV
ALITGDVTTLMIFLGGHVQMSELLMLFIPAGVSVMLLAVLFSLKAEGEVSTTPITKQVRAVDLLIAAIFFTTIVMTMALN
ILFGIPPVLTFLTGLSVMFLVGHTTRSDKEELQILEYIRQVEYDTLLFFLGILLLVGMLKEIGTLDLLTQVYSQFDPNIS
NFVAGIGSALLDNVPLTAALLKAEPILNTPEWLGLTYAVGVGGSLLVIGSAAGIIAMSKVKELTFVSYLKYVPALTLCYT
VGYGLTLFLGYHLYS

Sequences:

>Translated_415_residues
MLYTFLISLAVLALLSIVFEEVTHLNKAKTTLFLGCISWVALFMAAGDPSHEKIIEHQLNENLLEIATLWLFLMSTMTFV
AYLNAKGMIQILVQKLFPRKVSVRMLMLQVALFSLVLSAICDNVTATLVSLGLLTTFKLEKQVRRRMAVLIIFAVNSGGV
ALITGDVTTLMIFLGGHVQMSELLMLFIPAGVSVMLLAVLFSLKAEGEVSTTPITKQVRAVDLLIAAIFFTTIVMTMALN
ILFGIPPVLTFLTGLSVMFLVGHTTRSDKEELQILEYIRQVEYDTLLFFLGILLLVGMLKEIGTLDLLTQVYSQFDPNIS
NFVAGIGSALLDNVPLTAALLKAEPILNTPEWLGLTYAVGVGGSLLVIGSAAGIIAMSKVKELTFVSYLKYVPALTLCYT
VGYGLTLFLGYHLYS
>Mature_415_residues
MLYTFLISLAVLALLSIVFEEVTHLNKAKTTLFLGCISWVALFMAAGDPSHEKIIEHQLNENLLEIATLWLFLMSTMTFV
AYLNAKGMIQILVQKLFPRKVSVRMLMLQVALFSLVLSAICDNVTATLVSLGLLTTFKLEKQVRRRMAVLIIFAVNSGGV
ALITGDVTTLMIFLGGHVQMSELLMLFIPAGVSVMLLAVLFSLKAEGEVSTTPITKQVRAVDLLIAAIFFTTIVMTMALN
ILFGIPPVLTFLTGLSVMFLVGHTTRSDKEELQILEYIRQVEYDTLLFFLGILLLVGMLKEIGTLDLLTQVYSQFDPNIS
NFVAGIGSALLDNVPLTAALLKAEPILNTPEWLGLTYAVGVGGSLLVIGSAAGIIAMSKVKELTFVSYLKYVPALTLCYT
VGYGLTLFLGYHLYS

Specific function: Unknown

COG id: COG1055

COG function: function code P; Na+/H+ antiporter NhaD and related arsenite permeases

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Probable) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the CitM (TC 2.A.11) transporter family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000802
- InterPro:   IPR004680 [H]

Pfam domain/function: PF03600 CitMHS [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 45409; Mature: 45409

Theoretical pI: Translated: 6.51; Mature: 6.51

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.7 %Cys     (Translated Protein)
4.1 %Met     (Translated Protein)
4.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.7 %Cys     (Mature Protein)
4.1 %Met     (Mature Protein)
4.8 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MLYTFLISLAVLALLSIVFEEVTHLNKAKTTLFLGCISWVALFMAAGDPSHEKIIEHQLN
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHH
ENLLEIATLWLFLMSTMTFVAYLNAKGMIQILVQKLFPRKVSVRMLMLQVALFSLVLSAI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
CDNVTATLVSLGLLTTFKLEKQVRRRMAVLIIFAVNSGGVALITGDVTTLMIFLGGHVQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCEEEEECHHHHHHHHHCCCCCH
SELLMLFIPAGVSVMLLAVLFSLKAEGEVSTTPITKQVRAVDLLIAAIFFTTIVMTMALN
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILFGIPPVLTFLTGLSVMFLVGHTTRSDKEELQILEYIRQVEYDTLLFFLGILLLVGMLK
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EIGTLDLLTQVYSQFDPNISNFVAGIGSALLDNVPLTAALLKAEPILNTPEWLGLTYAVG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCC
VGGSLLVIGSAAGIIAMSKVKELTFVSYLKYVPALTLCYTVGYGLTLFLGYHLYS
CCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
>Mature Secondary Structure
MLYTFLISLAVLALLSIVFEEVTHLNKAKTTLFLGCISWVALFMAAGDPSHEKIIEHQLN
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHH
ENLLEIATLWLFLMSTMTFVAYLNAKGMIQILVQKLFPRKVSVRMLMLQVALFSLVLSAI
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
CDNVTATLVSLGLLTTFKLEKQVRRRMAVLIIFAVNSGGVALITGDVTTLMIFLGGHVQM
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCEEEEECHHHHHHHHHCCCCCH
SELLMLFIPAGVSVMLLAVLFSLKAEGEVSTTPITKQVRAVDLLIAAIFFTTIVMTMALN
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
ILFGIPPVLTFLTGLSVMFLVGHTTRSDKEELQILEYIRQVEYDTLLFFLGILLLVGMLK
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EIGTLDLLTQVYSQFDPNISNFVAGIGSALLDNVPLTAALLKAEPILNTPEWLGLTYAVG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCC
VGGSLLVIGSAAGIIAMSKVKELTFVSYLKYVPALTLCYTVGYGLTLFLGYHLYS
CCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9634230; 12218036 [H]