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The map label for this gene is yndE [H]

Identifier: 153937566

GI number: 153937566

Start: 154036

End: 155133

Strand: Direct

Name: yndE [H]

Synonym: CLC_0172

Alternate gene names: 153937566

Gene position: 154036-155133 (Clockwise)

Preceding gene: 153936618

Following gene: 153934816

Centisome position: 4.1

GC content: 24.32

Gene sequence:

>1098_bases
ATGGTGAGGGATGAGAACTTTGTAACATCTTATAGTTTGTTTGCTACTATTGTAACTAGTGTTATTGGAGTAAGTGTATT
TTCTTATGCTAGTGATCTTGCAAATATTGTTGGAAATGATGGCTGGATTGTAATAATAATAAGTGCTTTAATTAATTTTG
GCTTAATATATATCATGTATTTAATAATAAAATTTAATAATTATAACGAGTTTTATAAAATAGTAAATGATAATTTTGGA
AAGTATCTAGGGAAAATTATAGTTTTAAGTTTTATTATTTATAATGTTATATATATATCAAATGGATTAAGAGTTTTTGT
AGAAGAAATCAAATTGTATTTATTAGAAAAAACTCCTACAGAATTTTTGATAATCATTAGTGTAATAGTGGCTAGTTATC
TTATAAGAGGAGAGGTAGATACTCTTGTTAAATTTAATGAAGTAGTTTTCTGGTTTAGTTTTATTCCGGTTATATTTGTA
TTATTGTTTGCATTTTATCAGGGGGACTTTACTAATTTATTACCTGTATTACAAAATAAGCCTAGTAGTTATATAACAGC
TACATGGGCTACAATAAACAGATTCAAAGGGATAGAGATAATATTTTTATTATTACCTTTTATGAAAAAAAAGAATAAAA
CATCAAAAATATTATTTAACAGCTTATTTTTTATCGGGATTTTTTATATTTTAGTAGTAATTTTATCTGTAACTATGTTT
TCAACAGAACAGGTGAAATTAATGCTTTGGCCAGGAATAACCATGATAAAATCAATAGATATACCAGGTACATTTATTGA
AAGATGGGAGGGTATAATTATGGCTATATGGACATTATTCTTTTTTACTACATTTACCAATATATATTATTTTTCAGCAG
ACATATTAAAAGATATGTTACATATAGAAGATATAAAAATATCATCTTTATTTATAATGCCATTTGTATATATTATTGCA
CTATATCCTGAAAATGTAGTAGAGGTAATTGATGTAGGTAAGAATTTAATGCCCATATTATTTATTATAAATATGGTGGT
TATCCCTATAATTTTATTTTTAATAAGTAAATCTAAATTAAGTAAGAGGAAGCGATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATGTATATAAGAGCACCTATAAGATTTTTTAAGAAAAGACCAGATTACATGAAAACTAGAGATAAAATAAGACAAAGATA
AAGTAGATTTGGAGGAATTA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TATTAAAAGTAAGTATAAGCATAAATATATATTTGGGAGTTGTTATATTATGAAATCAAAAAAGTGTTTAGCTATAATAC
TTATATTATCAACCATATGT

Product: spore germination protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 365; Mature: 365

Protein sequence:

>365_residues
MVRDENFVTSYSLFATIVTSVIGVSVFSYASDLANIVGNDGWIVIIISALINFGLIYIMYLIIKFNNYNEFYKIVNDNFG
KYLGKIIVLSFIIYNVIYISNGLRVFVEEIKLYLLEKTPTEFLIIISVIVASYLIRGEVDTLVKFNEVVFWFSFIPVIFV
LLFAFYQGDFTNLLPVLQNKPSSYITATWATINRFKGIEIIFLLLPFMKKKNKTSKILFNSLFFIGIFYILVVILSVTMF
STEQVKLMLWPGITMIKSIDIPGTFIERWEGIIMAIWTLFFFTTFTNIYYFSADILKDMLHIEDIKISSLFIMPFVYIIA
LYPENVVEVIDVGKNLMPILFIINMVVIPIILFLISKSKLSKRKR

Sequences:

>Translated_365_residues
MVRDENFVTSYSLFATIVTSVIGVSVFSYASDLANIVGNDGWIVIIISALINFGLIYIMYLIIKFNNYNEFYKIVNDNFG
KYLGKIIVLSFIIYNVIYISNGLRVFVEEIKLYLLEKTPTEFLIIISVIVASYLIRGEVDTLVKFNEVVFWFSFIPVIFV
LLFAFYQGDFTNLLPVLQNKPSSYITATWATINRFKGIEIIFLLLPFMKKKNKTSKILFNSLFFIGIFYILVVILSVTMF
STEQVKLMLWPGITMIKSIDIPGTFIERWEGIIMAIWTLFFFTTFTNIYYFSADILKDMLHIEDIKISSLFIMPFVYIIA
LYPENVVEVIDVGKNLMPILFIINMVVIPIILFLISKSKLSKRKR
>Mature_365_residues
MVRDENFVTSYSLFATIVTSVIGVSVFSYASDLANIVGNDGWIVIIISALINFGLIYIMYLIIKFNNYNEFYKIVNDNFG
KYLGKIIVLSFIIYNVIYISNGLRVFVEEIKLYLLEKTPTEFLIIISVIVASYLIRGEVDTLVKFNEVVFWFSFIPVIFV
LLFAFYQGDFTNLLPVLQNKPSSYITATWATINRFKGIEIIFLLLPFMKKKNKTSKILFNSLFFIGIFYILVVILSVTMF
STEQVKLMLWPGITMIKSIDIPGTFIERWEGIIMAIWTLFFFTTFTNIYYFSADILKDMLHIEDIKISSLFIMPFVYIIA
LYPENVVEVIDVGKNLMPILFIINMVVIPIILFLISKSKLSKRKR

Specific function: Involved in the germinative response to L-alanine. Could be an amino acid transporter [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the amino acid-polyamine-organocation (APC) superfamily. Spore germination protein (SGP) (TC 2.A.3.9) family [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR002293
- InterPro:   IPR004761 [H]

Pfam domain/function: PF03845 Spore_permease [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 42254; Mature: 42254

Theoretical pI: Translated: 9.30; Mature: 9.30

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.0 %Cys     (Translated Protein)
3.0 %Met     (Translated Protein)
3.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.0 %Cys     (Mature Protein)
3.0 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure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HCCCC
>Mature Secondary Structure
MVRDENFVTSYSLFATIVTSVIGVSVFSYASDLANIVGNDGWIVIIISALINFGLIYIMY
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LIIKFNNYNEFYKIVNDNFGKYLGKIIVLSFIIYNVIYISNGLRVFVEEIKLYLLEKTPT
HHHHCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCH
EFLIIISVIVASYLIRGEVDTLVKFNEVVFWFSFIPVIFVLLFAFYQGDFTNLLPVLQNK
HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCC
PSSYITATWATINRFKGIEIIFLLLPFMKKKNKTSKILFNSLFFIGIFYILVVILSVTMF
CCCEEEEHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
STEQVKLMLWPGITMIKSIDIPGTFIERWEGIIMAIWTLFFFTTFTNIYYFSADILKDML
CCCCEEEEEECCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HIEDIKISSLFIMPFVYIIALYPENVVEVIDVGKNLMPILFIINMVVIPIILFLISKSKL
HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SKRKR
HCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]