| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
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The map label for this gene is pip [H]
Identifier: 18311572
GI number: 18311572
Start: 2966133
End: 2968289
Strand: Reverse
Name: pip [H]
Synonym: CPE2590
Alternate gene names: 18311572
Gene position: 2968289-2966133 (Counterclockwise)
Preceding gene: 18311573
Following gene: 18311571
Centisome position: 97.92
GC content: 28.84
Gene sequence:
>2157_bases ATGAAGAAAATTTTTAAAGTCTTTCGAAGAGATTTAAGAAATATAAGGAAAAATCCAGCGGCTTTAGCAATAGTCATTGG TTTATGTATAATACCATCTCTTTATGCTTGGATTAACATTAAGGCATGTTGGGACCCTTATGTTAATACAGGGAATTTAC CAGTTGCCGTTGTCAATAATGACAAGGGCGCTGAGGTAAATGGTAAAGAGATAAATGTAGGTAAGGAAGTAATTGATGAA CTTAAAAAGAATGATGCTATAGGATGGCAATTTGTAGATGCATGGCAAGGAAATTATGGATTAAATGAAGGTAAGTATTA TGCAATGATTGAAATACCTTCGGATTTCTCAGAGGGATTAACAAGTTTAACTACAGGAAGTCCTCAAAAGCCAGATATAA TTTATAAAGTAAATGAAAAATCTAATGCTATAGCAAACAAAATAACAAATGTTGCAAAGAATAAAGTTACAGATGAAATA AAATCTAACTTTGTTGATACTGTAAATAAAGAAGCTTTTGATATTTTAAATCAATTAGGTGGAAAGTTAGAAACTAATAA ACCAGAAATATTAAAGGTGAGAGATACATTACAAAGTGCTAATAGTAGTTTAAAGGAAATTCAAGATTTTGTTCAAAAAG CTAATGGAGATTCAAAAAGTTTAAGTAGTTATCTTTCTAGTGTAAGAAATGATTTACCAAAGGTAACAGATCAAATAAAT AATTTACAAACTACTGTTGAGGCAAGTAAAAGTTTAATAAATTCAACACAACAAACAGTTAATGCTGTATCAAATAGTTT TAGCAGTGATGTTGTAACAATGCAATCAACAAACCAGGAATTACAAAGTTTACTTTCAAAGCTTAAAGAATTAAATAATG CTATGGATACAACTAAGATGGTTGAAACTGTAGATAAGTTAGTAAAATTAACAGATTCATTAAATAAAATTATAGATAAT AATCTTAAAGCTTTAGAAAAAATAAATTCCGTAATACCAAATAATAAAATAGGCAATTTAATAAATAAGTTAAATACTGC AAAAGATTTAGTATCTAAAGAAAGAGAACAATTAGTTGCTTTAAAAACAGCATTATCAAACAATGAAAGTAAAGAAAATA TAGCTAATGCTATAGAGTCTGTTTCTACAATAAGTACTGAAACAAGCTCAGCTTTAATAAATGTTTCAAATACTTTTTAT AATGATGGAGCACCAGCTTTAAATACTATTGGAAATTCATTAAAAGGTGGATTAGATACAGCAAACTCAGTATTAGAAAC AACAAAGGTAGTTGTTCCACAGTTAAATGCTTTAACTACTTTTGGTATAGCTAGTAGTGATGTAGCTAGTCAACAAGCTG ATCAAGTAACAAGTAAACTTAGTGAGTTCCAAGATGCAATTAGTCAATTAATAGAAAAAACTTCAGGATTAACTGAGGAG AATTTAAATAACCTAATAGATTTAATGAGTAAGAATCCAGAAGAAATAGCATCATTTATATCATCTCCTATAACAGTAAA AGAGGAGCAAGTTTATGATGCAGGAATATTTGGAGTAGGACTTACACCATTTTATACAACTTTAGCAATTTGGGTTGGTT CATTATTACTTACATCATTATTAACAGCAGAGTGTGAGGATTTTGAAGATGGAACAAAATTAAATCTTATCCAAAAGCAT TTTGGTAAGATGTTATTATTCTTGACTATATCATTAATTCAAACAGTAATAGTAGTTTTAGGGGATATATATATATTAGG AGTAAATCCTGCAAATATGCCATTGATGTTTGGATTTGCAATAGTTAGTTCTATTGTATTTACGGTAATGATATTTACCT TAGTATCCTTATTTGGAAACATAGGTAAAGCAATAGCCATTGTTATAATGGTATTCCAAGTAGCAGGTGCTGGAGGAATT TATCCAATACAAACAAATCCAAAAATATTTGAGGTTCTACAACCTTTATGGCCATTTACTTATTCTATAGATGGATTTAG AGAAGCTATAGCTGGTCCAATATGGAATTCTGTATCTAAGGATATGAAAGCTTTAGGAATATTCTTATTAATATTCTTAT TACTATGTATTCTTAAAAAGCCATTCCATAGACTTACTGAGTTTGTAGAGCATAAATTTAGAGAATCAGGATTATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TATTTATTAAAAGGACCTTTAAATCCTAGGGTTAGAAAATTTGAAGACATGTTTGAAGAATCTGGAATAGCAGAATAAGC TGTATTTTAAGAGGTGAATT
Downstream 100 bases:
>100_bases AATAAAGAAAAGAGTAAAGATTAAGTCTTTACTCTTTTTGTTTTATAAGAGATTCTTAAAATTATAATTAATAGAAATAT GTGGTAAAATATAATGGGAA
Product: phage infection protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 718; Mature: 718
Protein sequence:
>718_residues MKKIFKVFRRDLRNIRKNPAALAIVIGLCIIPSLYAWINIKACWDPYVNTGNLPVAVVNNDKGAEVNGKEINVGKEVIDE LKKNDAIGWQFVDAWQGNYGLNEGKYYAMIEIPSDFSEGLTSLTTGSPQKPDIIYKVNEKSNAIANKITNVAKNKVTDEI KSNFVDTVNKEAFDILNQLGGKLETNKPEILKVRDTLQSANSSLKEIQDFVQKANGDSKSLSSYLSSVRNDLPKVTDQIN NLQTTVEASKSLINSTQQTVNAVSNSFSSDVVTMQSTNQELQSLLSKLKELNNAMDTTKMVETVDKLVKLTDSLNKIIDN NLKALEKINSVIPNNKIGNLINKLNTAKDLVSKEREQLVALKTALSNNESKENIANAIESVSTISTETSSALINVSNTFY NDGAPALNTIGNSLKGGLDTANSVLETTKVVVPQLNALTTFGIASSDVASQQADQVTSKLSEFQDAISQLIEKTSGLTEE NLNNLIDLMSKNPEEIASFISSPITVKEEQVYDAGIFGVGLTPFYTTLAIWVGSLLLTSLLTAECEDFEDGTKLNLIQKH FGKMLLFLTISLIQTVIVVLGDIYILGVNPANMPLMFGFAIVSSIVFTVMIFTLVSLFGNIGKAIAIVIMVFQVAGAGGI YPIQTNPKIFEVLQPLWPFTYSIDGFREAIAGPIWNSVSKDMKALGIFLLIFLLLCILKKPFHRLTEFVEHKFRESGL
Sequences:
>Translated_718_residues MKKIFKVFRRDLRNIRKNPAALAIVIGLCIIPSLYAWINIKACWDPYVNTGNLPVAVVNNDKGAEVNGKEINVGKEVIDE LKKNDAIGWQFVDAWQGNYGLNEGKYYAMIEIPSDFSEGLTSLTTGSPQKPDIIYKVNEKSNAIANKITNVAKNKVTDEI KSNFVDTVNKEAFDILNQLGGKLETNKPEILKVRDTLQSANSSLKEIQDFVQKANGDSKSLSSYLSSVRNDLPKVTDQIN NLQTTVEASKSLINSTQQTVNAVSNSFSSDVVTMQSTNQELQSLLSKLKELNNAMDTTKMVETVDKLVKLTDSLNKIIDN NLKALEKINSVIPNNKIGNLINKLNTAKDLVSKEREQLVALKTALSNNESKENIANAIESVSTISTETSSALINVSNTFY NDGAPALNTIGNSLKGGLDTANSVLETTKVVVPQLNALTTFGIASSDVASQQADQVTSKLSEFQDAISQLIEKTSGLTEE NLNNLIDLMSKNPEEIASFISSPITVKEEQVYDAGIFGVGLTPFYTTLAIWVGSLLLTSLLTAECEDFEDGTKLNLIQKH FGKMLLFLTISLIQTVIVVLGDIYILGVNPANMPLMFGFAIVSSIVFTVMIFTLVSLFGNIGKAIAIVIMVFQVAGAGGI YPIQTNPKIFEVLQPLWPFTYSIDGFREAIAGPIWNSVSKDMKALGIFLLIFLLLCILKKPFHRLTEFVEHKFRESGL >Mature_718_residues MKKIFKVFRRDLRNIRKNPAALAIVIGLCIIPSLYAWINIKACWDPYVNTGNLPVAVVNNDKGAEVNGKEINVGKEVIDE LKKNDAIGWQFVDAWQGNYGLNEGKYYAMIEIPSDFSEGLTSLTTGSPQKPDIIYKVNEKSNAIANKITNVAKNKVTDEI KSNFVDTVNKEAFDILNQLGGKLETNKPEILKVRDTLQSANSSLKEIQDFVQKANGDSKSLSSYLSSVRNDLPKVTDQIN NLQTTVEASKSLINSTQQTVNAVSNSFSSDVVTMQSTNQELQSLLSKLKELNNAMDTTKMVETVDKLVKLTDSLNKIIDN NLKALEKINSVIPNNKIGNLINKLNTAKDLVSKEREQLVALKTALSNNESKENIANAIESVSTISTETSSALINVSNTFY NDGAPALNTIGNSLKGGLDTANSVLETTKVVVPQLNALTTFGIASSDVASQQADQVTSKLSEFQDAISQLIEKTSGLTEE NLNNLIDLMSKNPEEIASFISSPITVKEEQVYDAGIFGVGLTPFYTTLAIWVGSLLLTSLLTAECEDFEDGTKLNLIQKH FGKMLLFLTISLIQTVIVVLGDIYILGVNPANMPLMFGFAIVSSIVFTVMIFTLVSLFGNIGKAIAIVIMVFQVAGAGGI YPIQTNPKIFEVLQPLWPFTYSIDGFREAIAGPIWNSVSKDMKALGIFLLIFLLLCILKKPFHRLTEFVEHKFRESGL
Specific function: Required for phage infection [H]
COG id: COG1511
COG function: function code S; Predicted membrane protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 ABC transmembrane type-2 domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR013525 - InterPro: IPR017501 - InterPro: IPR017500 [H]
Pfam domain/function: PF01061 ABC2_membrane [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 78724; Mature: 78724
Theoretical pI: Translated: 5.16; Mature: 5.16
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 1.7 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 1.7 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKIFKVFRRDLRNIRKNPAALAIVIGLCIIPSLYAWINIKACWDPYVNTGNLPVAVVNN CHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEHHCCCCCCCCCEEEEEEC DKGAEVNGKEINVGKEVIDELKKNDAIGWQFVDAWQGNYGLNEGKYYAMIEIPSDFSEGL CCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHH TSLTTGSPQKPDIIYKVNEKSNAIANKITNVAKNKVTDEIKSNFVDTVNKEAFDILNQLG HHHCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC GKLETNKPEILKVRDTLQSANSSLKEIQDFVQKANGDSKSLSSYLSSVRNDLPKVTDQIN CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NLQTTVEASKSLINSTQQTVNAVSNSFSSDVVTMQSTNQELQSLLSKLKELNNAMDTTKM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VETVDKLVKLTDSLNKIIDNNLKALEKINSVIPNNKIGNLINKLNTAKDLVSKEREQLVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKTALSNNESKENIANAIESVSTISTETSSALINVSNTFYNDGAPALNTIGNSLKGGLDT HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHH ANSVLETTKVVVPQLNALTTFGIASSDVASQQADQVTSKLSEFQDAISQLIEKTSGLTEE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH NLNNLIDLMSKNPEEIASFISSPITVKEEQVYDAGIFGVGLTPFYTTLAIWVGSLLLTSL HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTAECEDFEDGTKLNLIQKHFGKMLLFLTISLIQTVIVVLGDIYILGVNPANMPLMFGFA HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCHHHHHHH IVSSIVFTVMIFTLVSLFGNIGKAIAIVIMVFQVAGAGGIYPIQTNPKIFEVLQPLWPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHCCCC YSIDGFREAIAGPIWNSVSKDMKALGIFLLIFLLLCILKKPFHRLTEFVEHKFRESGL CCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure MKKIFKVFRRDLRNIRKNPAALAIVIGLCIIPSLYAWINIKACWDPYVNTGNLPVAVVNN CHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEHHCCCCCCCCCEEEEEEC DKGAEVNGKEINVGKEVIDELKKNDAIGWQFVDAWQGNYGLNEGKYYAMIEIPSDFSEGL CCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHH TSLTTGSPQKPDIIYKVNEKSNAIANKITNVAKNKVTDEIKSNFVDTVNKEAFDILNQLG HHHCCCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC GKLETNKPEILKVRDTLQSANSSLKEIQDFVQKANGDSKSLSSYLSSVRNDLPKVTDQIN CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NLQTTVEASKSLINSTQQTVNAVSNSFSSDVVTMQSTNQELQSLLSKLKELNNAMDTTKM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VETVDKLVKLTDSLNKIIDNNLKALEKINSVIPNNKIGNLINKLNTAKDLVSKEREQLVA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKTALSNNESKENIANAIESVSTISTETSSALINVSNTFYNDGAPALNTIGNSLKGGLDT HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHH ANSVLETTKVVVPQLNALTTFGIASSDVASQQADQVTSKLSEFQDAISQLIEKTSGLTEE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH NLNNLIDLMSKNPEEIASFISSPITVKEEQVYDAGIFGVGLTPFYTTLAIWVGSLLLTSL HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCCCHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LTAECEDFEDGTKLNLIQKHFGKMLLFLTISLIQTVIVVLGDIYILGVNPANMPLMFGFA HHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCHHHHHHH IVSSIVFTVMIFTLVSLFGNIGKAIAIVIMVFQVAGAGGIYPIQTNPKIFEVLQPLWPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHCCCC YSIDGFREAIAGPIWNSVSKDMKALGIFLLIFLLLCILKKPFHRLTEFVEHKFRESGL CCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8366036 [H]