| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
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The map label for this gene is pip [H]
Identifier: 18311573
GI number: 18311573
Start: 2968312
End: 2970477
Strand: Reverse
Name: pip [H]
Synonym: CPE2591
Alternate gene names: 18311573
Gene position: 2970477-2968312 (Counterclockwise)
Preceding gene: 18311574
Following gene: 18311572
Centisome position: 97.99
GC content: 29.22
Gene sequence:
>2166_bases ATGAAGTGGAGTAACATTTTAAAAGTGTTTAAGAGAGATATGAAAGCAATAATAAAAAATCCGATAGCACTTTTAATAAT AGGTGGAATATGCTTTATACCATCACTTTACGCATGGGTAAATATAGCGGCATGTTGGGATCCTTATGAAAATACTAGCA GCGTTCCCATTGCTGTAGTAAATAATGATAAAGGGGCTTCATTCAATGGGAAAGAAATGAACATAGGTAATGAAGTTATT GATGAATTAAAGAATAATCATGCCATTGGGTGGAAATTTGTTGATACGAAACAAGCAGATAGGGGATTAATAGATGGTAC CTATTATGCAATGATAGAGATTCCAGAAGATTTTTCTGAAGACTTAACTAGTGTTTTATCTGAAAATCCTACAAAGCCTG AAATAATATACAAGGTTAACACAAAAGCTAACCCTGTTGCAGGTAAAATAACAGGAGTTGCACAAAGTACTCTTGTAAAT CAAATAACATCAAATTTTATAACTACTGTTAATGAGACAGCATTTTCTTCATTAAATGATTTAGGATATGATGTAGATAA AAATAAAGATAATATTATTAAGTTAAAAAATTCTATAATAGCTATAGATAAAAATATGAGTGCTATTAAAAATATGCTTA ACAATATAAATAGTAACTCATCAAATTTAAGCACATATTTAGAAGAAGTTCAAAGTACTATGCCATCAATAACAAGTGGT TTAAATAATATATCTCAGAATGCTGAGAATACTGGTACTTTAATAAATACTTCTAAAGAATCTTTAAATAGTACCTTTGA TAATATAAGGTTAAACTTAAGTGAATCACAAACATCATTAGATAAGGTACAAAGTAATTTAGATGATTTATCTTCAATGG CTAATGATGCAAGCTCTGCTAAGATTAATGCACTAATAAGTAAATCTATTAATGAAATAGATAAAGTTGATAATAGTGTT ACAGCTGTAATTAACTTTTTAGATGCTATTAATAAAAAAATTGCTAATGAAAAGATCGCTAATATGATAACTTCATTAAA AAATGTTCAAAATTCCTTAGCAGAAGAGAAAACTAAGCTTAATGATTTACAAAGCAAAGTTAATAGTGGTCAAAATGTAG ATAAAGGACTTCTTAGTTCAATAAGTGATTTAACTAAAAAAATAGAAGGGCAAGTAGATAATTCTTTAAATAGATTTGAT AATGATACAAGACCGGCTTTAAATACAATTGCTGATGGACTTGTTACTGCTACTAAAGGGGCATCAGATTTATTAGGAAA AGCAAATGGTTTAGTTGATCAAATAAATAATTTATTAAGTACAGCTAATCAAGGGTCTCAGCTTGCAAATTCAACATCAG AAAAATTAAAAAATAGTTTAGAAGAATTTTCAGGTGTTATAAGTGAATTAAGTTCAAAACTTCAAGATGTTAGTGATGAT GATCTTGGAAAAATAGTTGGAATACTACAAAGTAATCCAGAATTTATGGGAGATTTTATTGCAAATCCATTTAATATAGA AGTAGATGCAATATACAAAGTAGCTAACTATGGATCAGGAATGGCGCCAATATATTCAGTTTTAGCCTTATGGGTTGGTT CATTAATCTTAATATCATTATTAAAAACAGAGTCAGCTGAATTTGAAGGTAGTGAGAATATAAATTTAAGAGAAAGACAT TTTGGAAAAATGTTAACTTTCGTAAGCTTAGGAATACTACAAGGGTTCATAGTAGCCTTTGGGGATAAGTTCCTTTTAGG AGTTCAAACAGTAAATACAGCATTATTAATTTTTGTATCAATGTTTGCTTCAGCTGTGTTCACTATAATTGTATTTACGC TTATGTCTGTCTTTGGAAACCTAGGTAAAGCCTTAGCTATTATACTTATGGTTTTACAATTAGCAGGTAGTGGTGGATCA TATCCTATACAAGTAGATCCATTATTCTTTAGAATAATTCAACCAACTTTCCCATTTACTTATGCCATATCAGGGTATAG GGAAGCTATAGCAGGACCTTTAGTAAGTACTGTGATTTTAGATTTTGCTATTTTAACCATAATGGGATTGGTATTTATAC TTCTAGGATATTTATTAAAAGGACCTTTAAATCCTAGGGTTAGAAAATTTGAAGACATGTTTGAAGAATCTGGAATAGCA GAATAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TATAGTAATTAAGAGTTTTTAAGTCTTTTTAAATTTATAATTTTAAGATAGGACATAGGGGGATGTGTTTATTTTAGCTT TATTAAATGGAGGTGTTTAA
Downstream 100 bases:
>100_bases GCTGTATTTTAAGAGGTGAATTATGAAGAAAATTTTTAAAGTCTTTCGAAGAGATTTAAGAAATATAAGGAAAAATCCAG CGGCTTTAGCAATAGTCATT
Product: phage infection protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 721; Mature: 721
Protein sequence:
>721_residues MKWSNILKVFKRDMKAIIKNPIALLIIGGICFIPSLYAWVNIAACWDPYENTSSVPIAVVNNDKGASFNGKEMNIGNEVI DELKNNHAIGWKFVDTKQADRGLIDGTYYAMIEIPEDFSEDLTSVLSENPTKPEIIYKVNTKANPVAGKITGVAQSTLVN QITSNFITTVNETAFSSLNDLGYDVDKNKDNIIKLKNSIIAIDKNMSAIKNMLNNINSNSSNLSTYLEEVQSTMPSITSG LNNISQNAENTGTLINTSKESLNSTFDNIRLNLSESQTSLDKVQSNLDDLSSMANDASSAKINALISKSINEIDKVDNSV TAVINFLDAINKKIANEKIANMITSLKNVQNSLAEEKTKLNDLQSKVNSGQNVDKGLLSSISDLTKKIEGQVDNSLNRFD NDTRPALNTIADGLVTATKGASDLLGKANGLVDQINNLLSTANQGSQLANSTSEKLKNSLEEFSGVISELSSKLQDVSDD DLGKIVGILQSNPEFMGDFIANPFNIEVDAIYKVANYGSGMAPIYSVLALWVGSLILISLLKTESAEFEGSENINLRERH FGKMLTFVSLGILQGFIVAFGDKFLLGVQTVNTALLIFVSMFASAVFTIIVFTLMSVFGNLGKALAIILMVLQLAGSGGS YPIQVDPLFFRIIQPTFPFTYAISGYREAIAGPLVSTVILDFAILTIMGLVFILLGYLLKGPLNPRVRKFEDMFEESGIA E
Sequences:
>Translated_721_residues MKWSNILKVFKRDMKAIIKNPIALLIIGGICFIPSLYAWVNIAACWDPYENTSSVPIAVVNNDKGASFNGKEMNIGNEVI DELKNNHAIGWKFVDTKQADRGLIDGTYYAMIEIPEDFSEDLTSVLSENPTKPEIIYKVNTKANPVAGKITGVAQSTLVN QITSNFITTVNETAFSSLNDLGYDVDKNKDNIIKLKNSIIAIDKNMSAIKNMLNNINSNSSNLSTYLEEVQSTMPSITSG LNNISQNAENTGTLINTSKESLNSTFDNIRLNLSESQTSLDKVQSNLDDLSSMANDASSAKINALISKSINEIDKVDNSV TAVINFLDAINKKIANEKIANMITSLKNVQNSLAEEKTKLNDLQSKVNSGQNVDKGLLSSISDLTKKIEGQVDNSLNRFD NDTRPALNTIADGLVTATKGASDLLGKANGLVDQINNLLSTANQGSQLANSTSEKLKNSLEEFSGVISELSSKLQDVSDD DLGKIVGILQSNPEFMGDFIANPFNIEVDAIYKVANYGSGMAPIYSVLALWVGSLILISLLKTESAEFEGSENINLRERH FGKMLTFVSLGILQGFIVAFGDKFLLGVQTVNTALLIFVSMFASAVFTIIVFTLMSVFGNLGKALAIILMVLQLAGSGGS YPIQVDPLFFRIIQPTFPFTYAISGYREAIAGPLVSTVILDFAILTIMGLVFILLGYLLKGPLNPRVRKFEDMFEESGIA E >Mature_721_residues MKWSNILKVFKRDMKAIIKNPIALLIIGGICFIPSLYAWVNIAACWDPYENTSSVPIAVVNNDKGASFNGKEMNIGNEVI DELKNNHAIGWKFVDTKQADRGLIDGTYYAMIEIPEDFSEDLTSVLSENPTKPEIIYKVNTKANPVAGKITGVAQSTLVN QITSNFITTVNETAFSSLNDLGYDVDKNKDNIIKLKNSIIAIDKNMSAIKNMLNNINSNSSNLSTYLEEVQSTMPSITSG LNNISQNAENTGTLINTSKESLNSTFDNIRLNLSESQTSLDKVQSNLDDLSSMANDASSAKINALISKSINEIDKVDNSV TAVINFLDAINKKIANEKIANMITSLKNVQNSLAEEKTKLNDLQSKVNSGQNVDKGLLSSISDLTKKIEGQVDNSLNRFD NDTRPALNTIADGLVTATKGASDLLGKANGLVDQINNLLSTANQGSQLANSTSEKLKNSLEEFSGVISELSSKLQDVSDD DLGKIVGILQSNPEFMGDFIANPFNIEVDAIYKVANYGSGMAPIYSVLALWVGSLILISLLKTESAEFEGSENINLRERH FGKMLTFVSLGILQGFIVAFGDKFLLGVQTVNTALLIFVSMFASAVFTIIVFTLMSVFGNLGKALAIILMVLQLAGSGGS YPIQVDPLFFRIIQPTFPFTYAISGYREAIAGPLVSTVILDFAILTIMGLVFILLGYLLKGPLNPRVRKFEDMFEESGIA E
Specific function: Required for phage infection [H]
COG id: COG1511
COG function: function code S; Predicted membrane protein
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 ABC transmembrane type-2 domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR013525 - InterPro: IPR017501 - InterPro: IPR017500 [H]
Pfam domain/function: PF01061 ABC2_membrane [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 78385; Mature: 78385
Theoretical pI: Translated: 4.58; Mature: 4.58
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 2.4 %Met (Translated Protein) 2.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 2.4 %Met (Mature Protein) 2.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKWSNILKVFKRDMKAIIKNPIALLIIGGICFIPSLYAWVNIAACWDPYENTSSVPIAVV CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEE NNDKGASFNGKEMNIGNEVIDELKNNHAIGWKFVDTKQADRGLIDGTYYAMIEIPEDFSE ECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEECCHHHHH DLTSVLSENPTKPEIIYKVNTKANPVAGKITGVAQSTLVNQITSNFITTVNETAFSSLND HHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGYDVDKNKDNIIKLKNSIIAIDKNMSAIKNMLNNINSNSSNLSTYLEEVQSTMPSITSG CCCCCCCCCCCEEEECCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LNNISQNAENTGTLINTSKESLNSTFDNIRLNLSESQTSLDKVQSNLDDLSSMANDASSA HHHHHCCCCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH KINALISKSINEIDKVDNSVTAVINFLDAINKKIANEKIANMITSLKNVQNSLAEEKTKL HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NDLQSKVNSGQNVDKGLLSSISDLTKKIEGQVDNSLNRFDNDTRPALNTIADGLVTATKG HHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC ASDLLGKANGLVDQINNLLSTANQGSQLANSTSEKLKNSLEEFSGVISELSSKLQDVSDD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC DLGKIVGILQSNPEFMGDFIANPFNIEVDAIYKVANYGSGMAPIYSVLALWVGSLILISL HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKTESAEFEGSENINLRERHFGKMLTFVSLGILQGFIVAFGDKFLLGVQTVNTALLIFVS HHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH MFASAVFTIIVFTLMSVFGNLGKALAIILMVLQLAGSGGSYPIQVDPLFFRIIQPTFPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHHHHCCCCCHH YAISGYREAIAGPLVSTVILDFAILTIMGLVFILLGYLLKGPLNPRVRKFEDMFEESGIA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC E C >Mature Secondary Structure MKWSNILKVFKRDMKAIIKNPIALLIIGGICFIPSLYAWVNIAACWDPYENTSSVPIAVV CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEE NNDKGASFNGKEMNIGNEVIDELKNNHAIGWKFVDTKQADRGLIDGTYYAMIEIPEDFSE ECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEECCHHHHH DLTSVLSENPTKPEIIYKVNTKANPVAGKITGVAQSTLVNQITSNFITTVNETAFSSLND HHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGYDVDKNKDNIIKLKNSIIAIDKNMSAIKNMLNNINSNSSNLSTYLEEVQSTMPSITSG CCCCCCCCCCCEEEECCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LNNISQNAENTGTLINTSKESLNSTFDNIRLNLSESQTSLDKVQSNLDDLSSMANDASSA HHHHHCCCCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH KINALISKSINEIDKVDNSVTAVINFLDAINKKIANEKIANMITSLKNVQNSLAEEKTKL HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NDLQSKVNSGQNVDKGLLSSISDLTKKIEGQVDNSLNRFDNDTRPALNTIADGLVTATKG HHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC ASDLLGKANGLVDQINNLLSTANQGSQLANSTSEKLKNSLEEFSGVISELSSKLQDVSDD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC DLGKIVGILQSNPEFMGDFIANPFNIEVDAIYKVANYGSGMAPIYSVLALWVGSLILISL HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCEEHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LKTESAEFEGSENINLRERHFGKMLTFVSLGILQGFIVAFGDKFLLGVQTVNTALLIFVS HHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH MFASAVFTIIVFTLMSVFGNLGKALAIILMVLQLAGSGGSYPIQVDPLFFRIIQPTFPFT HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHHHHCCCCCHH YAISGYREAIAGPLVSTVILDFAILTIMGLVFILLGYLLKGPLNPRVRKFEDMFEESGIA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC E C
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8366036 [H]