Definition Clostridium perfringens str. 13, complete genome.
Accession NC_003366
Length 3,031,430

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The map label for this gene is pifA [C]

Identifier: 18310269

GI number: 18310269

Start: 1516999

End: 1519614

Strand: Reverse

Name: pifA [C]

Synonym: CPE1287

Alternate gene names: 18310269

Gene position: 1519614-1516999 (Counterclockwise)

Preceding gene: 18310270

Following gene: 18310267

Centisome position: 50.13

GC content: 19.61

Gene sequence:

>2616_bases
TTGATAAAATTATTATATAATAAAATGAAAACTTATAAACAGGAATATAATCTAATATTTGAAAAAGGAAATACTTTAAT
AATTTCATGTTTTTTTATGATTGGTATTCTATTTTTAGATAATGTTAACTTTATATTAAAAACATATCAAGAAAATAAGA
GTTTGTCAGTTGCTATTTTAATTTTATTTTTTATTATTATATTAGTTAAATTAGTTGAATTAAAAAATATAATAAAGGTA
AGAATTATTAATGATATTGACTTTTTAATAGCAATCTCATTGATTAGTGCATCTATTTTATTAATTATTTATATAGGGAT
ATTAAAAGATATTAATTATAAAATAGAAGTATTAAGCTTTATTATGGTAATATCAATAATTGGTTTAGTTATTAGAATAT
ATATGATTAATAATGCTTTAATGAAAGTAAATGAAAAAACTAATATTTATACATTAAAGGATTTATATGAAAATAAAATA
TCTTTGTCAGATAGTCATACTATATTTTTAAATGAAGAAGAAGAAAGTTATGATTTATTGGAAAGAAATAATATAATAGA
AAAGTTATATGAAGCCATAGTAAATTGTAATCCAAAAAGAAAATTTATTATTAGTTTAGAAGGCAATTGGGGAAGTGGAA
AAACAACAATATTAAATATAGTTAGCAAGAAAATTAATGATAATAATAAAGATATAAAAATAATAAGTAGCTTCGACCCA
TGGTCGTATAATGATCAAATTAGCATGTTTAGAAGTATGTTTGATATTTTATTGAAAGAGACAGGTATTAGTTATAGTAT
AGGAAAGACAAAACGTTTAGTTAATGATATATATAATATTTTATTTAGTACAAAATATACAAAGGGAATTAAAGACTTAA
ATTTTTTTAATCATGACAAGACTACAGAGATAGAAAAGATGAAAAAAATGATAAATAACTATCTTCATATAAGCAATAAA
AGAATAGTATTCATTATTGATAATCTAGATAGAGCTGAAAAAGAAAATATAATATTATTATTTAAGTTAGTGAATAATGT
ATTTAATTTTGAATATGTCACATATATACTATCATTTGATGATAATAAATTGAAAAAGATATTAGAAAATCAATTAGATA
TTGATTATGAGTTTATCAGTAAAATAGTGCAACTTCCTATAAAAATACCTCCTTTGGACTTAGAAGTTAAAAATGAAGTA
ATTAGTACATGCTTTAAAAATATTATAAGATTGTATGGAGAAGATAATTTAGAAAAATATAATGATTTAATAAATTCTTT
AAGTAAACTGATTATTGATATGAGAGATTTCAAAAGGTTTATAAACTCAGTAGTAAGTGTACACTACAAGAATTGTGAAA
TGTTAAATCCTATTGATTTGATATCTATAGAATTAATTAACTTTTATAATAAGGATTTATATATAAGTATAAAAGAAAAT
CCTAAATACTACATATCTAGTGATCTAATATATTTTAATGAATATTTTTTAGCTAGTATTCAAAGCAAAAAATTTAATGA
AGAAGGAAAAGAATATTTTGATAAGTTATTTAAGGAAAATAATAACTTTATTTTTAAAGAATTACTTTCTAAGGTGTTCC
CATATGTAAAAAGATATATAAATTCATATCCATTAATTGAAGATAGTAGGTATATAGTAGATAAAAAGTATGAAAATATA
GATATAGCAAAGAATATGAGGATTTACAGTGCAAAATATTTTAGTCTATATTTTTCATACAAGGAAAATGAGTTTATTAA
TATTAGTAAGAGTATTGATGATTTTATCAATTTAGTAAATAATACTAGTAATGAAAAAACTATAGGTGAAAAGTTAAAAT
TAATATGTCTAGAATATTATTGTTCATGGCAAGAAACAATATTTTTTACACTTCAAAATAGGATAGATGAAATAAATAGA
GACTCTATAGTTTCTTTCACAAAAGCTTTATTGGAAAATATTAATATATTTGATGATTCTTTAGTTTTTATTGGTATTAA
TGGGTTAACACGTATAGAAATAATAATATCGATGTTATTATTTAATTTAAATAATTTTGAGTTAGAAGAAATTAAGTTTA
TATTGAAAGACTATAAAAAAATTAAATTTATAAATTCAATTAAGTATTGGGTGGAGAATTCAAGAGAAGTAAGTAAAAAT
AAAATAGAGCAAATAAAGCTTTTTTTGGAGAATATTGAATTATTATTAGTATATGAAGTATTAAATAATAATATAGATAT
TTATAAAAATTCATATTATTATAGAGGTAATTTGAGATATATAGAAAAAATAGTTAATGATAAGAATTATATAAAGAAAT
ATGTTAAAGGTATATTAAATGAAAATAATATTATAAGATTTTTATTTGATATGATAAGTGTATCATATGGTACAACATAT
AAATATTTTATAAGAAGAACTGTATTGGATATGTTTTCTTCAAAGGAAGAGGTTGATGAAATTTTAGATAGATGCAAAAG
TTTTAATGAAGATGAAAAGTTTGTTTTAGATGTTTATAAAAAAATGAAATTAGATAAAAAAGACAATGAAGATATGAATT
GGAACGATGATGATGGTTATTTAATGTTATCGATAGAAAAAAAAATTAATATTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
TAATTAAATATTTATAAAGATTTTATGATGTATTTAAATGATTAATAAAGATAATAGTTTCCTATATGATAAAATATAAA
TAGTAAAGGGGAGATATAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AAATGTATTAAATCTAACGTTATATTAGGGATATACCTTGTAATAATAAAATACCTGAAATAATATGATTGATATTTAAA
ATTTTTAAAGTATCTGATTC

Product: hypothetical protein

Products: NA

Alternate protein names: KAP P-Loop Domain Protein; KAP P-Loop Domain-Containing Protein; P-Loop ATPase; Protein Containing KAP Family P-Loop Domain; P-Loop ATPase-Like Protein; KAP Family P-Loop Domain-Containing Protein

Number of amino acids: Translated: 871; Mature: 871

Protein sequence:

>871_residues
MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV
RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI
SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP
WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK
RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV
ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN
PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI
DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR
DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN
KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY
KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI

Sequences:

>Translated_871_residues
MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV
RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI
SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP
WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK
RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV
ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN
PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI
DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR
DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN
KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY
KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI
>Mature_871_residues
MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV
RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI
SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP
WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK
RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV
ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN
PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI
DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR
DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN
KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY
KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI

Specific function: Responsible For The Exclusion Of Phage T7 By Plasmid F. Growth Of Bacteriophage T7 Is Inhibited In Cells Of E. coli That Carries The Plasmid F. [C]

COG id: COG4928

COG function: function code R; Predicted P-loop ATPase

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Unknown [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 103687; Mature: 103687

Theoretical pI: Translated: 7.31; Mature: 7.31

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.8 %Cys     (Translated Protein)
2.2 %Met     (Translated Protein)
3.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.8 %Cys     (Mature Protein)
2.2 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAIL
CHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHH
ILFFIIILVKLVELKNIIKVRIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
IMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKISLSDSHTIFLNEEEESYDLL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCEEEHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHH
ERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP
HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCC
WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDK
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCCC
TTEIEKMKKMINNYLHISNKRIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFD
CHHHHHHHHHHHHHEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCEEEEEEEECC
DNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEVISTCFKNIIRLYGEDNLEKY
CHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH
NDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC
PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYI
CCEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
NSYPLIEDSRYIVDKKYENIDIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVN
CCCCCCCCCCEEECCCCCCCCHHHCCEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHC
NTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINRDSIVSFTKALLENINIFDDS
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
LVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN
EEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH
KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILN
HHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCC
ENNIIRFLFDMISVSYGTTYKYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYK
CCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHH
KMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI
HHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC
>Mature Secondary Structure
MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAIL
CHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHH
ILFFIIILVKLVELKNIIKVRIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSF
HHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH
IMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKISLSDSHTIFLNEEEESYDLL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCEEEHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHH
ERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP
HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCC
WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDK
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCCC
TTEIEKMKKMINNYLHISNKRIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFD
CHHHHHHHHHHHHHEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCEEEEEEEECC
DNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEVISTCFKNIIRLYGEDNLEKY
CHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH
NDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN
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CCEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
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CCCCCCCCCCEEECCCCCCCCHHHCCEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHC
NTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINRDSIVSFTKALLENINIFDDS
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC
LVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN
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KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILN
HHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCC
ENNIIRFLFDMISVSYGTTYKYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYK
CCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHH
KMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI
HHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA