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The map label for this gene is rfbX

Identifier: 16765418

GI number: 16765418

Start: 2168625

End: 2169917

Strand: Reverse

Name: rfbX

Synonym: STM2088

Alternate gene names: 16765418

Gene position: 2169917-2168625 (Counterclockwise)

Preceding gene: 16765419

Following gene: 16765417

Centisome position: 44.67

GC content: 31.01

Gene sequence:

>1293_bases
GTGAAAGTTCAATTGTTAAAAATTCCGAGTCATTTAATTGTTGCAGGTTCATCATGGTTATCCAAAATAATAATTGCCGG
GGTGCAGTTAGCAAGTATTTCATATCTTATTTCTATGCTAGGTGAAGAGAAATATGCAATCTTTAGTTTGTTAACTGGTT
TATTAGTATGGTGTAGCGCTGTTGATTTTGGCATAGGTACAGGACTGCAAAATTATATATCAGAATGCAGAGCCAAAAAC
AAAAGTTATGATGCATATATTAAATCAGCATTACATCTAAGCTTTATAGCTATTATTTTTTTTATTGCTTTATTTTATAT
TTTTTCTGGGGTAATTTCCGCTAAATATCTTTCTTCTTTTCATGAGGTATTACAGGACAAAACCAGAATGCTCTTTTTTA
CCTCATGTCTGGTTTTCAGTTCTATTGGAATCGGAGCTATTGCTTATAAAATACTTTTTGCCGAATTGGTCGGGTGGAAA
GCTAATCTATTAAACGCATTATCTTATATGATAGGTATGCTCGGCTTGCTATATATATACTATAGGGGGATCTCAGTTGA
CATAAAATTATCACTAATAGTCCTGTATCTTCCAGTGGGTATGATTTCATTGTGCTATATTGTATATAGATACATAAAGC
TTTATCATGTTAAAACAACAAAATCTCATTATATAGCAATTTTACGTAGATCTTCAGGGTTTTTTCTTTTTACTTTATTA
TCGATAGTGGTGCTTCAAACAGATTATATGGTCATTTCTCAAAGGCTAACTCCTGCTGATATTGTTCAATATACAGTAAC
GATGAAAATTTTTGGTTTAGTCTTTTTTATTTATACTGCTATTTTGCAAGCATTATGGCCTATATGTGCTGAATTGAGAG
TCAAACAGCAATGGAAAAAACTTAACAAAATGATAGGTGTCAATATTTTGCTTGGCTCACTATATGTTGTTGGATGTACA
ATATTTATTTATTTATTTAAAGAACAGATATTTTCAGTAATAGCCAAAGATATTAATTATCAAGTTTCTATTTTATCTTT
TATGTTAATTGGCATATATTTCTGTATTCGCGTTTGGTGTGACACTTATGCAATGTTATTGCAAAGTATGAATTATTTAA
AAATACTTTGGATATTAGTACCACTACAAGCAATAATTGGTGGAATAGCACAATGGTATTTTTCTAGTACGCTTGGAATC
AGTGGAGTGCTGCTTGGCTTGATTATATCTTTTGCTTTAACTGTTTTTTGGGGGCTTCCACTAACTTACTTAATTAAGGC
AAATAAGGGATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ACTACTGAAACGGTTATGAGATTTTCATGATCTTTTAATAAATAAATCGTTAACAAATTAGTCGCGTTATGTTGTAAAAA
CTAAGTCGTTTAATTGCATA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TCATATGCTTATATCATTTTGTATTCCAACTTATAATAGAAAAGAATATCTTGAAGAGTTGTTGAATAGTATAAATAATC
AGGAAAAATTTAATTTAGAT

Product: O-antigen transferase

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 430; Mature: 430

Protein sequence:

>430_residues
MKVQLLKIPSHLIVAGSSWLSKIIIAGVQLASISYLISMLGEEKYAIFSLLTGLLVWCSAVDFGIGTGLQNYISECRAKN
KSYDAYIKSALHLSFIAIIFFIALFYIFSGVISAKYLSSFHEVLQDKTRMLFFTSCLVFSSIGIGAIAYKILFAELVGWK
ANLLNALSYMIGMLGLLYIYYRGISVDIKLSLIVLYLPVGMISLCYIVYRYIKLYHVKTTKSHYIAILRRSSGFFLFTLL
SIVVLQTDYMVISQRLTPADIVQYTVTMKIFGLVFFIYTAILQALWPICAELRVKQQWKKLNKMIGVNILLGSLYVVGCT
IFIYLFKEQIFSVIAKDINYQVSILSFMLIGIYFCIRVWCDTYAMLLQSMNYLKILWILVPLQAIIGGIAQWYFSSTLGI
SGVLLGLIISFALTVFWGLPLTYLIKANKG

Sequences:

>Translated_430_residues
MKVQLLKIPSHLIVAGSSWLSKIIIAGVQLASISYLISMLGEEKYAIFSLLTGLLVWCSAVDFGIGTGLQNYISECRAKN
KSYDAYIKSALHLSFIAIIFFIALFYIFSGVISAKYLSSFHEVLQDKTRMLFFTSCLVFSSIGIGAIAYKILFAELVGWK
ANLLNALSYMIGMLGLLYIYYRGISVDIKLSLIVLYLPVGMISLCYIVYRYIKLYHVKTTKSHYIAILRRSSGFFLFTLL
SIVVLQTDYMVISQRLTPADIVQYTVTMKIFGLVFFIYTAILQALWPICAELRVKQQWKKLNKMIGVNILLGSLYVVGCT
IFIYLFKEQIFSVIAKDINYQVSILSFMLIGIYFCIRVWCDTYAMLLQSMNYLKILWILVPLQAIIGGIAQWYFSSTLGI
SGVLLGLIISFALTVFWGLPLTYLIKANKG
>Mature_430_residues
MKVQLLKIPSHLIVAGSSWLSKIIIAGVQLASISYLISMLGEEKYAIFSLLTGLLVWCSAVDFGIGTGLQNYISECRAKN
KSYDAYIKSALHLSFIAIIFFIALFYIFSGVISAKYLSSFHEVLQDKTRMLFFTSCLVFSSIGIGAIAYKILFAELVGWK
ANLLNALSYMIGMLGLLYIYYRGISVDIKLSLIVLYLPVGMISLCYIVYRYIKLYHVKTTKSHYIAILRRSSGFFLFTLL
SIVVLQTDYMVISQRLTPADIVQYTVTMKIFGLVFFIYTAILQALWPICAELRVKQQWKKLNKMIGVNILLGSLYVVGCT
IFIYLFKEQIFSVIAKDINYQVSILSFMLIGIYFCIRVWCDTYAMLLQSMNYLKILWILVPLQAIIGGIAQWYFSSTLGI
SGVLLGLIISFALTVFWGLPLTYLIKANKG

Specific function: May be involved in the translocation process of the nascent O-polysaccharide molecules and/or its ligation to lipid A core units

COG id: COG2244

COG function: function code R; Membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid

Gene ontology:

Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential)

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): RFBX_SALTY (P26400)

Other databases:

- EMBL:   X56793
- EMBL:   AE006468
- PIR:   S15308
- RefSeq:   NP_461033.1
- GeneID:   1253609
- GenomeReviews:   AE006468_GR
- KEGG:   stm:STM2088
- NMPDR:   fig|99287.1.peg.2013
- HOGENOM:   HBG492064
- OMA:   ISECRAK
- ProtClustDB:   CLSK894270
- BioCyc:   STYP99287:STM2088-MONOMER
- GO:   GO:0006810
- InterPro:   IPR002797

Pfam domain/function: PF01943 Polysacc_synt

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 48628; Mature: 48628

Theoretical pI: Translated: 9.72; Mature: 9.72

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

HASH(0xeb555ac)-; HASH(0xf176218)-; HASH(0xfc1c29c)-; HASH(0xeb98368)-; HASH(0xd6cb3a8)-; HASH(0xf642f7c)-; HASH(0xe670aec)-; HASH(0xe79c77c)-; HASH(0xf64ec88)-; HASH(0xf42618c)-; HASH(0xf6f6220)-; HASH(0xb7d5c64)-;

Cys/Met content:

1.9 %Cys     (Translated Protein)
2.8 %Met     (Translated Protein)
4.7 %Cys+Met (Translated Protein)
1.9 %Cys     (Mature Protein)
2.8 %Met     (Mature Protein)
4.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MKVQLLKIPSHLIVAGSSWLSKIIIAGVQLASISYLISMLGEEKYAIFSLLTGLLVWCSA
CCEEEEECCCHHEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VDFGIGTGLQNYISECRAKNKSYDAYIKSALHLSFIAIIFFIALFYIFSGVISAKYLSSF
HHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HEVLQDKTRMLFFTSCLVFSSIGIGAIAYKILFAELVGWKANLLNALSYMIGMLGLLYIY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YRGISVDIKLSLIVLYLPVGMISLCYIVYRYIKLYHVKTTKSHYIAILRRSSGFFLFTLL
HCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCHHHHEEEECCCCHHHHHHH
SIVVLQTDYMVISQRLTPADIVQYTVTMKIFGLVFFIYTAILQALWPICAELRVKQQWKK
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LNKMIGVNILLGSLYVVGCTIFIYLFKEQIFSVIAKDINYQVSILSFMLIGIYFCIRVWC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DTYAMLLQSMNYLKILWILVPLQAIIGGIAQWYFSSTLGISGVLLGLIISFALTVFWGLP
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
LTYLIKANKG
HHHHEECCCH
>Mature Secondary Structure
MKVQLLKIPSHLIVAGSSWLSKIIIAGVQLASISYLISMLGEEKYAIFSLLTGLLVWCSA
CCEEEEECCCHHEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
VDFGIGTGLQNYISECRAKNKSYDAYIKSALHLSFIAIIFFIALFYIFSGVISAKYLSSF
HHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HEVLQDKTRMLFFTSCLVFSSIGIGAIAYKILFAELVGWKANLLNALSYMIGMLGLLYIY
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
YRGISVDIKLSLIVLYLPVGMISLCYIVYRYIKLYHVKTTKSHYIAILRRSSGFFLFTLL
HCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCHHHHEEEECCCCHHHHHHH
SIVVLQTDYMVISQRLTPADIVQYTVTMKIFGLVFFIYTAILQALWPICAELRVKQQWKK
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LNKMIGVNILLGSLYVVGCTIFIYLFKEQIFSVIAKDINYQVSILSFMLIGIYFCIRVWC
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
DTYAMLLQSMNYLKILWILVPLQAIIGGIAQWYFSSTLGISGVLLGLIISFALTVFWGLP
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
LTYLIKANKG
HHHHEECCCH

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 1710759; 11677609