| Definition | Clostridium perfringens str. 13, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_003366 |
| Length | 3,031,430 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is pifA [C]
Identifier: 18310269
GI number: 18310269
Start: 1516999
End: 1519614
Strand: Reverse
Name: pifA [C]
Synonym: CPE1287
Alternate gene names: 18310269
Gene position: 1519614-1516999 (Counterclockwise)
Preceding gene: 18310270
Following gene: 18310267
Centisome position: 50.13
GC content: 19.61
Gene sequence:
>2616_bases TTGATAAAATTATTATATAATAAAATGAAAACTTATAAACAGGAATATAATCTAATATTTGAAAAAGGAAATACTTTAAT AATTTCATGTTTTTTTATGATTGGTATTCTATTTTTAGATAATGTTAACTTTATATTAAAAACATATCAAGAAAATAAGA GTTTGTCAGTTGCTATTTTAATTTTATTTTTTATTATTATATTAGTTAAATTAGTTGAATTAAAAAATATAATAAAGGTA AGAATTATTAATGATATTGACTTTTTAATAGCAATCTCATTGATTAGTGCATCTATTTTATTAATTATTTATATAGGGAT ATTAAAAGATATTAATTATAAAATAGAAGTATTAAGCTTTATTATGGTAATATCAATAATTGGTTTAGTTATTAGAATAT ATATGATTAATAATGCTTTAATGAAAGTAAATGAAAAAACTAATATTTATACATTAAAGGATTTATATGAAAATAAAATA TCTTTGTCAGATAGTCATACTATATTTTTAAATGAAGAAGAAGAAAGTTATGATTTATTGGAAAGAAATAATATAATAGA AAAGTTATATGAAGCCATAGTAAATTGTAATCCAAAAAGAAAATTTATTATTAGTTTAGAAGGCAATTGGGGAAGTGGAA AAACAACAATATTAAATATAGTTAGCAAGAAAATTAATGATAATAATAAAGATATAAAAATAATAAGTAGCTTCGACCCA TGGTCGTATAATGATCAAATTAGCATGTTTAGAAGTATGTTTGATATTTTATTGAAAGAGACAGGTATTAGTTATAGTAT AGGAAAGACAAAACGTTTAGTTAATGATATATATAATATTTTATTTAGTACAAAATATACAAAGGGAATTAAAGACTTAA ATTTTTTTAATCATGACAAGACTACAGAGATAGAAAAGATGAAAAAAATGATAAATAACTATCTTCATATAAGCAATAAA AGAATAGTATTCATTATTGATAATCTAGATAGAGCTGAAAAAGAAAATATAATATTATTATTTAAGTTAGTGAATAATGT ATTTAATTTTGAATATGTCACATATATACTATCATTTGATGATAATAAATTGAAAAAGATATTAGAAAATCAATTAGATA TTGATTATGAGTTTATCAGTAAAATAGTGCAACTTCCTATAAAAATACCTCCTTTGGACTTAGAAGTTAAAAATGAAGTA ATTAGTACATGCTTTAAAAATATTATAAGATTGTATGGAGAAGATAATTTAGAAAAATATAATGATTTAATAAATTCTTT AAGTAAACTGATTATTGATATGAGAGATTTCAAAAGGTTTATAAACTCAGTAGTAAGTGTACACTACAAGAATTGTGAAA TGTTAAATCCTATTGATTTGATATCTATAGAATTAATTAACTTTTATAATAAGGATTTATATATAAGTATAAAAGAAAAT CCTAAATACTACATATCTAGTGATCTAATATATTTTAATGAATATTTTTTAGCTAGTATTCAAAGCAAAAAATTTAATGA AGAAGGAAAAGAATATTTTGATAAGTTATTTAAGGAAAATAATAACTTTATTTTTAAAGAATTACTTTCTAAGGTGTTCC CATATGTAAAAAGATATATAAATTCATATCCATTAATTGAAGATAGTAGGTATATAGTAGATAAAAAGTATGAAAATATA GATATAGCAAAGAATATGAGGATTTACAGTGCAAAATATTTTAGTCTATATTTTTCATACAAGGAAAATGAGTTTATTAA TATTAGTAAGAGTATTGATGATTTTATCAATTTAGTAAATAATACTAGTAATGAAAAAACTATAGGTGAAAAGTTAAAAT TAATATGTCTAGAATATTATTGTTCATGGCAAGAAACAATATTTTTTACACTTCAAAATAGGATAGATGAAATAAATAGA GACTCTATAGTTTCTTTCACAAAAGCTTTATTGGAAAATATTAATATATTTGATGATTCTTTAGTTTTTATTGGTATTAA TGGGTTAACACGTATAGAAATAATAATATCGATGTTATTATTTAATTTAAATAATTTTGAGTTAGAAGAAATTAAGTTTA TATTGAAAGACTATAAAAAAATTAAATTTATAAATTCAATTAAGTATTGGGTGGAGAATTCAAGAGAAGTAAGTAAAAAT AAAATAGAGCAAATAAAGCTTTTTTTGGAGAATATTGAATTATTATTAGTATATGAAGTATTAAATAATAATATAGATAT TTATAAAAATTCATATTATTATAGAGGTAATTTGAGATATATAGAAAAAATAGTTAATGATAAGAATTATATAAAGAAAT ATGTTAAAGGTATATTAAATGAAAATAATATTATAAGATTTTTATTTGATATGATAAGTGTATCATATGGTACAACATAT AAATATTTTATAAGAAGAACTGTATTGGATATGTTTTCTTCAAAGGAAGAGGTTGATGAAATTTTAGATAGATGCAAAAG TTTTAATGAAGATGAAAAGTTTGTTTTAGATGTTTATAAAAAAATGAAATTAGATAAAAAAGACAATGAAGATATGAATT GGAACGATGATGATGGTTATTTAATGTTATCGATAGAAAAAAAAATTAATATTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases TAATTAAATATTTATAAAGATTTTATGATGTATTTAAATGATTAATAAAGATAATAGTTTCCTATATGATAAAATATAAA TAGTAAAGGGGAGATATAAA
Downstream 100 bases:
>100_bases AAATGTATTAAATCTAACGTTATATTAGGGATATACCTTGTAATAATAAAATACCTGAAATAATATGATTGATATTTAAA ATTTTTAAAGTATCTGATTC
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: KAP P-Loop Domain Protein; KAP P-Loop Domain-Containing Protein; P-Loop ATPase; Protein Containing KAP Family P-Loop Domain; P-Loop ATPase-Like Protein; KAP Family P-Loop Domain-Containing Protein
Number of amino acids: Translated: 871; Mature: 871
Protein sequence:
>871_residues MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI
Sequences:
>Translated_871_residues MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI >Mature_871_residues MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAILILFFIIILVKLVELKNIIKV RIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSFIMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKI SLSDSHTIFLNEEEESYDLLERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDKTTEIEKMKKMINNYLHISNK RIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFDDNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEV ISTCFKNIIRLYGEDNLEKYNDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYINSYPLIEDSRYIVDKKYENI DIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVNNTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINR DSIVSFTKALLENINIFDDSLVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILNENNIIRFLFDMISVSYGTTY KYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYKKMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI
Specific function: Responsible For The Exclusion Of Phage T7 By Plasmid F. Growth Of Bacteriophage T7 Is Inhibited In Cells Of E. coli That Carries The Plasmid F. [C]
COG id: COG4928
COG function: function code R; Predicted P-loop ATPase
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 103687; Mature: 103687
Theoretical pI: Translated: 7.31; Mature: 7.31
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.8 %Cys (Translated Protein) 2.2 %Met (Translated Protein) 3.0 %Cys+Met (Translated Protein) 0.8 %Cys (Mature Protein) 2.2 %Met (Mature Protein) 3.0 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAIL CHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHH ILFFIIILVKLVELKNIIKVRIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSF HHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH IMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKISLSDSHTIFLNEEEESYDLL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCEEEHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHH ERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCC WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDK CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCCC TTEIEKMKKMINNYLHISNKRIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFD CHHHHHHHHHHHHHEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCEEEEEEEECC DNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEVISTCFKNIIRLYGEDNLEKY CHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH NDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYI CCEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH NSYPLIEDSRYIVDKKYENIDIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVN CCCCCCCCCCEEECCCCCCCCHHHCCEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHC NTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINRDSIVSFTKALLENINIFDDS CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC LVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN EEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILN HHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCC ENNIIRFLFDMISVSYGTTYKYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYK CCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHH KMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI HHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC >Mature Secondary Structure MIKLLYNKMKTYKQEYNLIFEKGNTLIISCFFMIGILFLDNVNFILKTYQENKSLSVAIL CHHHHHHHHHHHHHHHHEEEECCCEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHH ILFFIIILVKLVELKNIIKVRIINDIDFLIAISLISASILLIIYIGILKDINYKIEVLSF HHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH IMVISIIGLVIRIYMINNALMKVNEKTNIYTLKDLYENKISLSDSHTIFLNEEEESYDLL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCEEEHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHH ERNNIIEKLYEAIVNCNPKRKFIISLEGNWGSGKTTILNIVSKKINDNNKDIKIISSFDP HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCC WSYNDQISMFRSMFDILLKETGISYSIGKTKRLVNDIYNILFSTKYTKGIKDLNFFNHDK CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCCC TTEIEKMKKMINNYLHISNKRIVFIIDNLDRAEKENIILLFKLVNNVFNFEYVTYILSFD CHHHHHHHHHHHHHEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCEEEEEEEECC DNKLKKILENQLDIDYEFISKIVQLPIKIPPLDLEVKNEVISTCFKNIIRLYGEDNLEKY CHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH NDLINSLSKLIIDMRDFKRFINSVVSVHYKNCEMLNPIDLISIELINFYNKDLYISIKEN HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC PKYYISSDLIYFNEYFLASIQSKKFNEEGKEYFDKLFKENNNFIFKELLSKVFPYVKRYI CCEEEECCEEEHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH NSYPLIEDSRYIVDKKYENIDIAKNMRIYSAKYFSLYFSYKENEFINISKSIDDFINLVN CCCCCCCCCCEEECCCCCCCCHHHCCEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEHHHHHHHHHHHC NTSNEKTIGEKLKLICLEYYCSWQETIFFTLQNRIDEINRDSIVSFTKALLENINIFDDS CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC LVFIGINGLTRIEIIISMLLFNLNNFELEEIKFILKDYKKIKFINSIKYWVENSREVSKN EEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH KIEQIKLFLENIELLLVYEVLNNNIDIYKNSYYYRGNLRYIEKIVNDKNYIKKYVKGILN HHHHHHHHHHHHHHHEEEHHHCCCEEEEECCEEEECCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCC ENNIIRFLFDMISVSYGTTYKYFIRRTVLDMFSSKEEVDEILDRCKSFNEDEKFVLDVYK CCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHH KMKLDKKDNEDMNWNDDDGYLMLSIEKKINI HHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA