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The map label for this gene is opuD [H]

Identifier: 226948403

GI number: 226948403

Start: 1346926

End: 1348440

Strand: Reverse

Name: opuD [H]

Synonym: CLM_1287

Alternate gene names: 226948403

Gene position: 1348440-1346926 (Counterclockwise)

Preceding gene: 226948418

Following gene: 226948395

Centisome position: 32.45

GC content: 30.23

Gene sequence:

>1515_bases
ATGATTGAAAAATTGAAAAGAGAAAAGGTTTTTTATGTATCAATTATAAGCTTATTACTTCTATTGTCATTGGCTTTTTT
TAATATTGATGCTTTTGCAAAATCCACTAAAAATATATTAAATTTCTTATTGGATAGGTTTTCTTGGTTTTATATACTGG
TTATGCTATCTTTTTTTATTTTTTGTATGTGGGCAGCCTTTAGTAAATATGGCAAACTAAAATTAGGAAAGGATAATGAA
AAACCAGAATATAGTTTAATTTCGTGGTTTACAATGCTTTTTAGTGCTGGTATGGGCATAGGCTTAATCTTTTGGGGAGT
TGCAGAACCTTTAAACCATTATATTCGACCATTTAATTTACAAGGATTTACAGAAGAAGCAAAAACCTTTGCTATGACAA
AATCATTTCTACATTGGGGGATTTCAGCCTGGTCTTGTTATGCTATTCTAGCTCTAGCATTAACCTATTTTCAATTTAGG
AAAGGCAAACCAGGTTTAATGAGTAGTTTATTAATACCTTTAATTGGTGAAAAAAAAGCTTCTGGATGGATTGGAAATAT
AATGGATATTTTCACCATATTTGCAACTGTAGCAGGAGTCATTACGTCTCTCGGCCTTGGTGCACTTCAAATTAATGCAG
GTTTAAACTATTTATTTAATATTCCTGAAAACATTACGGTTCAACTTATCATAATAATTCTAGTTACTATATGCTTTATA
GCTTCTGCATCTTCAGGTCTTAATAAAGGAATTCAAACCTTATCTAACTTAAATATGTTATTGGCAGCAATTTTATTAAT
ATCCGTAATATTAATAGGGCCTACTTTAGATATAAATAAAAATTTATTTAAAGGATTAGGTGTTTATGCAAAAGAACTTC
TAATAGATAATAATAACATATTTGTTACTGGTGATTGGTATAAAAAATGGACTATATTTTATTGGGGTTGGTGGATAGCT
TGGGCTCCTCCTGTGGGAATATTTATAGCTAGGATCTCTAAAGGAAGGACTATAAAAGAGTTTTTACTAGGAGTATTATT
TGTTCCATCAATAATATGTTTTATATGGTTTGCCGTATTTGGAACTATGGGCTTTAATGTAAGTCATACTGTTGCACTTA
CTGCAATTAAAAGAGCTGAAACAGCTTTCTTTGTTGTTATGAATGAATATCATTTTGGATATATCATTTCCTTAATAGCT
ATAATGCTTTTAGGAACTTTCTTTGTAACTTCAGCCGACTCTGCAACTTTTGTATTAGGTATGCTTTCCTCTAATGGAGA
CTTAAATCCTAGAACTTCTAAAAAGTTCATTTGGGGAGTTCTTCAGGCTTCTTTAACTGTTGTTTTTCTAATAGCTGGAG
GGTTAGACATGATTCAAACAGTTTCTGTAATAGCAGCCTTTCCCTTTGCTTTTATAATGATAATTGCAATGATATCTCTA
AGAAAAAGTTTAAAAACTGAATTTATGAAAACACCTTCCCTTTCCAATAATAAAAAAATTGAAAAGGTAATATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATCTAGTAAATTTTACAAATTTAAGCTTGTATGCTATAATTGGAATCACAATCTGACACACTTATGTATTTTATAAGTTG
TCAGTTATAGGAGGATTTAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TTAATAATAGTAAGGGAGGTTTGTTTATTTTAATGTCCTCCCTTACTATTTAATTTCCTTATTTAAAATTTTATTAGCTA
AAACTCTTATTTTTTATTTC

Product: choline/carnitine/betaine transporter

Products: Proton [Cytoplasm]; choline [Cytoplasm] [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 504; Mature: 504

Protein sequence:

>504_residues
MIEKLKREKVFYVSIISLLLLLSLAFFNIDAFAKSTKNILNFLLDRFSWFYILVMLSFFIFCMWAAFSKYGKLKLGKDNE
KPEYSLISWFTMLFSAGMGIGLIFWGVAEPLNHYIRPFNLQGFTEEAKTFAMTKSFLHWGISAWSCYAILALALTYFQFR
KGKPGLMSSLLIPLIGEKKASGWIGNIMDIFTIFATVAGVITSLGLGALQINAGLNYLFNIPENITVQLIIIILVTICFI
ASASSGLNKGIQTLSNLNMLLAAILLISVILIGPTLDINKNLFKGLGVYAKELLIDNNNIFVTGDWYKKWTIFYWGWWIA
WAPPVGIFIARISKGRTIKEFLLGVLFVPSIICFIWFAVFGTMGFNVSHTVALTAIKRAETAFFVVMNEYHFGYIISLIA
IMLLGTFFVTSADSATFVLGMLSSNGDLNPRTSKKFIWGVLQASLTVVFLIAGGLDMIQTVSVIAAFPFAFIMIIAMISL
RKSLKTEFMKTPSLSNNKKIEKVI

Sequences:

>Translated_504_residues
MIEKLKREKVFYVSIISLLLLLSLAFFNIDAFAKSTKNILNFLLDRFSWFYILVMLSFFIFCMWAAFSKYGKLKLGKDNE
KPEYSLISWFTMLFSAGMGIGLIFWGVAEPLNHYIRPFNLQGFTEEAKTFAMTKSFLHWGISAWSCYAILALALTYFQFR
KGKPGLMSSLLIPLIGEKKASGWIGNIMDIFTIFATVAGVITSLGLGALQINAGLNYLFNIPENITVQLIIIILVTICFI
ASASSGLNKGIQTLSNLNMLLAAILLISVILIGPTLDINKNLFKGLGVYAKELLIDNNNIFVTGDWYKKWTIFYWGWWIA
WAPPVGIFIARISKGRTIKEFLLGVLFVPSIICFIWFAVFGTMGFNVSHTVALTAIKRAETAFFVVMNEYHFGYIISLIA
IMLLGTFFVTSADSATFVLGMLSSNGDLNPRTSKKFIWGVLQASLTVVFLIAGGLDMIQTVSVIAAFPFAFIMIIAMISL
RKSLKTEFMKTPSLSNNKKIEKVI
>Mature_504_residues
MIEKLKREKVFYVSIISLLLLLSLAFFNIDAFAKSTKNILNFLLDRFSWFYILVMLSFFIFCMWAAFSKYGKLKLGKDNE
KPEYSLISWFTMLFSAGMGIGLIFWGVAEPLNHYIRPFNLQGFTEEAKTFAMTKSFLHWGISAWSCYAILALALTYFQFR
KGKPGLMSSLLIPLIGEKKASGWIGNIMDIFTIFATVAGVITSLGLGALQINAGLNYLFNIPENITVQLIIIILVTICFI
ASASSGLNKGIQTLSNLNMLLAAILLISVILIGPTLDINKNLFKGLGVYAKELLIDNNNIFVTGDWYKKWTIFYWGWWIA
WAPPVGIFIARISKGRTIKEFLLGVLFVPSIICFIWFAVFGTMGFNVSHTVALTAIKRAETAFFVVMNEYHFGYIISLIA
IMLLGTFFVTSADSATFVLGMLSSNGDLNPRTSKKFIWGVLQASLTVVFLIAGGLDMIQTVSVIAAFPFAFIMIIAMISL
RKSLKTEFMKTPSLSNNKKIEKVI

Specific function: High-affinity uptake of glycine betaine [H]

COG id: COG1292

COG function: function code M; Choline-glycine betaine transporter

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the BCCT transporter (TC 2.A.15) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786506, Length=507, Percent_Identity=36.094674556213, Blast_Score=305, Evalue=5e-84,
Organism=Escherichia coli, GI1788102, Length=444, Percent_Identity=29.7297297297297, Blast_Score=200, Evalue=2e-52,
Organism=Escherichia coli, GI1786224, Length=511, Percent_Identity=28.7671232876712, Blast_Score=186, Evalue=4e-48,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR000060
- InterPro:   IPR018093 [H]

Pfam domain/function: PF02028 BCCT [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 56401; Mature: 56401

Theoretical pI: Translated: 10.11; Mature: 10.11

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.8 %Cys     (Translated Protein)
3.4 %Met     (Translated Protein)
4.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.8 %Cys     (Mature Protein)
3.4 %Met     (Mature Protein)
4.2 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MIEKLKREKVFYVSIISLLLLLSLAFFNIDAFAKSTKNILNFLLDRFSWFYILVMLSFFI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FCMWAAFSKYGKLKLGKDNEKPEYSLISWFTMLFSAGMGIGLIFWGVAEPLNHYIRPFNL
HHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
QGFTEEAKTFAMTKSFLHWGISAWSCYAILALALTYFQFRKGKPGLMSSLLIPLIGEKKA
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC
SGWIGNIMDIFTIFATVAGVITSLGLGALQINAGLNYLFNIPENITVQLIIIILVTICFI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
ASASSGLNKGIQTLSNLNMLLAAILLISVILIGPTLDINKNLFKGLGVYAKELLIDNNNI
HCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEECCCE
FVTGDWYKKWTIFYWGWWIAWAPPVGIFIARISKGRTIKEFLLGVLFVPSIICFIWFAVF
EEEECCHHEEEEEEEEHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GTMGFNVSHTVALTAIKRAETAFFVVMNEYHFGYIISLIAIMLLGTFFVTSADSATFVLG
HHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEE
MLSSNGDLNPRTSKKFIWGVLQASLTVVFLIAGGLDMIQTVSVIAAFPFAFIMIIAMISL
EECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
RKSLKTEFMKTPSLSNNKKIEKVI
HHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHCC
>Mature Secondary Structure
MIEKLKREKVFYVSIISLLLLLSLAFFNIDAFAKSTKNILNFLLDRFSWFYILVMLSFFI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
FCMWAAFSKYGKLKLGKDNEKPEYSLISWFTMLFSAGMGIGLIFWGVAEPLNHYIRPFNL
HHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
QGFTEEAKTFAMTKSFLHWGISAWSCYAILALALTYFQFRKGKPGLMSSLLIPLIGEKKA
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC
SGWIGNIMDIFTIFATVAGVITSLGLGALQINAGLNYLFNIPENITVQLIIIILVTICFI
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
ASASSGLNKGIQTLSNLNMLLAAILLISVILIGPTLDINKNLFKGLGVYAKELLIDNNNI
HCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEECCCE
FVTGDWYKKWTIFYWGWWIAWAPPVGIFIARISKGRTIKEFLLGVLFVPSIICFIWFAVF
EEEECCHHEEEEEEEEHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
GTMGFNVSHTVALTAIKRAETAFFVVMNEYHFGYIISLIAIMLLGTFFVTSADSATFVLG
HHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEE
MLSSNGDLNPRTSKKFIWGVLQASLTVVFLIAGGLDMIQTVSVIAAFPFAFIMIIAMISL
EECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
RKSLKTEFMKTPSLSNNKKIEKVI
HHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: Proton [Periplasm]; choline [Periplasm] [C]

Specific reaction: Proton [Periplasm] + choline [Periplasm] = Proton [Cytoplasm] + choline [Cytoplasm] [C]

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 8752321; 9387221; 9384377 [H]