| Definition | Clostridium botulinum A2 str. Kyoto chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_012563 |
| Length | 4,155,278 |
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The map label for this gene is addA [H]
Identifier: 226947672
GI number: 226947672
Start: 561377
End: 565216
Strand: Direct
Name: addA [H]
Synonym: CLM_0518
Alternate gene names: 226947672
Gene position: 561377-565216 (Clockwise)
Preceding gene: 226947670
Following gene: 226947673
Centisome position: 13.51
GC content: 27.55
Gene sequence:
>3840_bases ATGAGTAGCACTAAGTGGACAGATGAGCAAAGGCAGGCTATTTTTACTAAGAATTGCAACTTGCTTGTGGCGGCAGGGGC AGGGGCTGGTAAGACTGCTGTTTTGGTTCAGAGAATAATTGAAAAAATATTGGATAAAGAGGAACCTATAGATATAGATA AATTATTGGTAGTTACTTTTACTAATGCAGCTGCCGCAGAAATGAGAGAGAGAATAGGGGATGCTATTTCTAAAGGTTTA GATGAAGACCCAGAGTCAAAGGTATTAAGAAAACAACTTACCTTATTAAATAAGTCAAATATAATGACTATTCACTCCTT TTGCCTTCAAGTTATAAAAAATAATTTTCATACTATAGAAATAGATCCTAATTTTAGAATATGTGATGAAACAGAAGGAA TACTTATGAAACAAGAAGCTATAGATGAGCTTTTTGATGAATTATATGAAATAGAGAATGAAGATTTTATTAATTTAGTA GAAAGCTATGCCAGTAGAAAGGATATTAGATTACAAGAAGTGGTTTTAGAATTACATAGATTTGCTAAAAGCGCACCATT CCCTTATACTTGGCTTTTAAATATGGCAGAGGGATTTAATGTGGGGGAAAATTTTAATTTTGAAGAAACATTGTGGGCAG ATATGATTATGGAGGATATGAAGGTATTATTACATGGATTTAAAAATATGCTACAACAATCTATAGATGTAATATTAAAT TCAGAGGGCATAGACTATTATTATGAACCCTTTAAAATGGATTTGAGTTTTATAAATAGTTTACTTGAAAAATCAAGTTT TAAAGAATTTAGAGGTGAAATAATAGCTTATGATTTTCCTAAATTGCCTTTAAAGAGAAATAAGGATGCGGATAAAGAGG CTAAGGAAAGAGTTAAAAAATTAAGAGATAGAGTAAAGAAAAGGATAATAGAACTTAGAATTACATTAAATTCTTATGAA AATGAATTTACAAAGAAAGAATTTATATTTTTATATCCTTCAATGAAAGCACTATCCAATTTAGTAATACTATTTGATAA AAAATATGAAGCCAAAAAAAGAGAACGAGATTTGATTGATTTTAATGATATAGAGCATTTATGTTTATCCATATTAACAG ATAAGAATAGTGAGGGGCATATAATTCCCTCAGATATTGCTTTAAATTATAGAAAAAAATTTGCAGAAGTACTTATAGAT GAATATCAAGATAGTAATTTGGTACAAGAAGTTATTATGAGTATGGTATCTAGAGTAAAAGGATATTGGAGTTTTTATAA TGGACAATTAATATTTAATGAAGAAGAAATAAATTTAGAAGAACCTCAGATAGGCTTAGATATTCCTAATCGATTTATGG TAGGAGATGTAAAACAAAGTATATATAGATTTAGACAGGCAAAACCTGAGATATTTTTAGATAAATATAATGAGTATAGT GAAGAAGAAGGTACAAAGAATAGAAAAGTTAAGCTTTTTAAGAACTTTAGAAGCAGAGAAGAAGTAATTAATGGTGTAAA TTATTTATTTAAACAAATAATGTCTAAAACTATAGGGGAATTAGATTACACAGAGGAAGAGGCCTTAAAGGTTGGGGCTA GCTATGGAGAAGAGGTAAAAGGTGAACCTATAGAATTATGTTTGATGGATAAAAAGTATGAAATAAGTGAAGAAGTATTA AAAGAATATAATGTGGATGAAGAAGAAGCTTTAGATAATATACAATTAGAGGGAAGATTAGTAGCTAAAAAAATACAAAA ATTAGTGGGAAATAATTTAGAAGGTGGATTAAAGGTATTTGATAGAAAGTTAGGAGAGTACAGAAACCTTCAATATAGAG ATATAGTGATTCTTATGAGAGCGACATCTAACTGGGCACCAGTATTTGTAGAGGAGCTTGCAAAGGAAGGCATACCAGTT TTTGCAGATACAAATTCAGGCTATTTTGATACGGCAGAAATAAAAACTATGATATCTTTATTACAAATAATAGATAATCC TCTGCAAGACATACCATTGCTTTCAGTATTAAGATCCCCTATAGCTTCTTTTACAGATGATGAACTTATTGACATAAGAA TGGTAAACAAAAATATAACCTTTTATGAATGTATGGAAATAATATATAGATTATATAAAAATGAAAAGTTAGATTCCTAT TATAGTTTTTATATTGAAGATGAAAATAAGATAAATAAAATAATAAAAGATATGAATGAGAAATTAAAAAATAAAATATG TAGTTTTATAGAAAAATTAAAGCTATGGAGAGAGAAATCTATTCATATAGATATAGATGAATTTATATGGTTTTTATATG TGGAAACTGGATACTATGGGTATGCAGGAGCGCTTCAAGCAGGAGAGCAAAGACAGGCTAATTTAAGGATACTTTTCCAA AGGGCAAAGCAATATGCAAAAACTAGTTACAAAGGATTGTTTAACTTTATAAATTTTATAAATAAATTAAAATTCAGTAG TGGAGATATGGGCAGTGCAAAAATACTTGGAGAAAATGAAAATGTAGTAAGAATAATGAGTATTCATAAGAGTAAAGGAC TAGAATTTCCAGTAGTTATACTAAGTGGAACTGGAAAGAATTTCAATATGATGGATCTTAATAAAAATATATTATTTCAT AGAGATCTAGGATATGGTCCAGATTATGTAGATACAGAAAGAAGAATAGCTTATCCATCCTTAGTTAAAAACATTATAAA AAATAAAATAAGATTAGAAACTCTATCAGAAGAAATGCGAATATTATATGTAGCTTTAACAAGGGCAAGAGAAAAACTTA TAATAACAGGATTGATAAATAATATGGATAAAACTGTAGAGGACTGGTTGAATTTATCAGAGGACAAAAATAAAGTACCA GAATATGCTGTTATGAGTGGAAAAACTTATTTAGACTGGATAGGTCCAGCTCTTATAAAACATAAGGATGCTGTAAGTTT TAGAGAAGAGTTAAAAATGACATCAGAGCTTTCTAATATAGTAGATGATAAGTCAAAATGGAAAATAGAATTATGGAATA AAAGAGAATTATTAAAGGAAAAGGTTGAAGAGGATGAAGTAGAAATTAGTGAAAAAATAAAAGAAACATTAATGAATTTA GAAGAAAGTGATTATAAAGAAGAAATATATAAAAGACTTTCTTTTAAGTACAAATATGACAATGCTTCAAGCATACCAAC AAAATTGTCAGTTTCAGATGTGAAAAAACAATTTATATTAGATGAGAAGGAAAATACAGAGGAGTTATTTAAAAAACTAG AACTTAGAAAACCTATGTTTATGGAAGAAAAAAAGAAAATATCTCCTTCAGAGAGAGGTACTATTATACATTTATTTATG CAACATTTAGATTTGAAAAAGGCAGAAAATGAAGAGGATATAAAAGAACAAATAAATAGGTTAATAGAAAGAGAGTTCAT AACCTATGAGCAATCAAAGGTTATAAGTTCATATAAAATATTAAAATTTTGTAGAGGTGAACTAGGCAAAAGAATACTTA ATTCTAATAATGTAAATAAAGAAATGCCTTTTTCTATAGAAATACCTGCATTAGAAATTTATAAAGAGTTAGATAAAGAA ATATATAAAGATGAAAAATTAATAATTCAAGGGGTAATAGACTGTTATTTTGAGGAAGAGGATGGATTAGTATTATTAGA TTATAAAACGGATTATGTTAATGACATAGAAGAAATAAAGAATAGATATGAAATACAGATTAAATATTATGAAGAAGCCT TAAATAGAATAACAGGAAAAAATGTAAAAGATAAATATTTATATTTATTTTCTGTAGACAATTATATAAAAATTGATTGA
Upstream 100 bases:
>100_bases TAATATTGTACTCTTCGCTATGTAATTTGTACTCTATTTTTAAATTAAGAGTTATAATATATATATAGCTATAGAATAGT ATTTAAAACGAGGTGAAAAA
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTAAAATATGCTTAATTGTAATTTCTTAATATGTACAGTTTGTAAAAAAATTAACAAATAAGAAGGGAAAAAAATAATA TTGTAGAAAATTATATATAT
Product: ATP-dependent nuclease subunit A
Products: NA
Alternate protein names: ATP-dependent helicase/nuclease AddA [H]
Number of amino acids: Translated: 1279; Mature: 1278
Protein sequence:
>1279_residues MSSTKWTDEQRQAIFTKNCNLLVAAGAGAGKTAVLVQRIIEKILDKEEPIDIDKLLVVTFTNAAAAEMRERIGDAISKGL DEDPESKVLRKQLTLLNKSNIMTIHSFCLQVIKNNFHTIEIDPNFRICDETEGILMKQEAIDELFDELYEIENEDFINLV ESYASRKDIRLQEVVLELHRFAKSAPFPYTWLLNMAEGFNVGENFNFEETLWADMIMEDMKVLLHGFKNMLQQSIDVILN SEGIDYYYEPFKMDLSFINSLLEKSSFKEFRGEIIAYDFPKLPLKRNKDADKEAKERVKKLRDRVKKRIIELRITLNSYE NEFTKKEFIFLYPSMKALSNLVILFDKKYEAKKRERDLIDFNDIEHLCLSILTDKNSEGHIIPSDIALNYRKKFAEVLID EYQDSNLVQEVIMSMVSRVKGYWSFYNGQLIFNEEEINLEEPQIGLDIPNRFMVGDVKQSIYRFRQAKPEIFLDKYNEYS EEEGTKNRKVKLFKNFRSREEVINGVNYLFKQIMSKTIGELDYTEEEALKVGASYGEEVKGEPIELCLMDKKYEISEEVL KEYNVDEEEALDNIQLEGRLVAKKIQKLVGNNLEGGLKVFDRKLGEYRNLQYRDIVILMRATSNWAPVFVEELAKEGIPV FADTNSGYFDTAEIKTMISLLQIIDNPLQDIPLLSVLRSPIASFTDDELIDIRMVNKNITFYECMEIIYRLYKNEKLDSY YSFYIEDENKINKIIKDMNEKLKNKICSFIEKLKLWREKSIHIDIDEFIWFLYVETGYYGYAGALQAGEQRQANLRILFQ RAKQYAKTSYKGLFNFINFINKLKFSSGDMGSAKILGENENVVRIMSIHKSKGLEFPVVILSGTGKNFNMMDLNKNILFH RDLGYGPDYVDTERRIAYPSLVKNIIKNKIRLETLSEEMRILYVALTRAREKLIITGLINNMDKTVEDWLNLSEDKNKVP EYAVMSGKTYLDWIGPALIKHKDAVSFREELKMTSELSNIVDDKSKWKIELWNKRELLKEKVEEDEVEISEKIKETLMNL EESDYKEEIYKRLSFKYKYDNASSIPTKLSVSDVKKQFILDEKENTEELFKKLELRKPMFMEEKKKISPSERGTIIHLFM QHLDLKKAENEEDIKEQINRLIEREFITYEQSKVISSYKILKFCRGELGKRILNSNNVNKEMPFSIEIPALEIYKELDKE IYKDEKLIIQGVIDCYFEEEDGLVLLDYKTDYVNDIEEIKNRYEIQIKYYEEALNRITGKNVKDKYLYLFSVDNYIKID
Sequences:
>Translated_1279_residues MSSTKWTDEQRQAIFTKNCNLLVAAGAGAGKTAVLVQRIIEKILDKEEPIDIDKLLVVTFTNAAAAEMRERIGDAISKGL DEDPESKVLRKQLTLLNKSNIMTIHSFCLQVIKNNFHTIEIDPNFRICDETEGILMKQEAIDELFDELYEIENEDFINLV ESYASRKDIRLQEVVLELHRFAKSAPFPYTWLLNMAEGFNVGENFNFEETLWADMIMEDMKVLLHGFKNMLQQSIDVILN SEGIDYYYEPFKMDLSFINSLLEKSSFKEFRGEIIAYDFPKLPLKRNKDADKEAKERVKKLRDRVKKRIIELRITLNSYE NEFTKKEFIFLYPSMKALSNLVILFDKKYEAKKRERDLIDFNDIEHLCLSILTDKNSEGHIIPSDIALNYRKKFAEVLID EYQDSNLVQEVIMSMVSRVKGYWSFYNGQLIFNEEEINLEEPQIGLDIPNRFMVGDVKQSIYRFRQAKPEIFLDKYNEYS EEEGTKNRKVKLFKNFRSREEVINGVNYLFKQIMSKTIGELDYTEEEALKVGASYGEEVKGEPIELCLMDKKYEISEEVL KEYNVDEEEALDNIQLEGRLVAKKIQKLVGNNLEGGLKVFDRKLGEYRNLQYRDIVILMRATSNWAPVFVEELAKEGIPV FADTNSGYFDTAEIKTMISLLQIIDNPLQDIPLLSVLRSPIASFTDDELIDIRMVNKNITFYECMEIIYRLYKNEKLDSY YSFYIEDENKINKIIKDMNEKLKNKICSFIEKLKLWREKSIHIDIDEFIWFLYVETGYYGYAGALQAGEQRQANLRILFQ RAKQYAKTSYKGLFNFINFINKLKFSSGDMGSAKILGENENVVRIMSIHKSKGLEFPVVILSGTGKNFNMMDLNKNILFH RDLGYGPDYVDTERRIAYPSLVKNIIKNKIRLETLSEEMRILYVALTRAREKLIITGLINNMDKTVEDWLNLSEDKNKVP EYAVMSGKTYLDWIGPALIKHKDAVSFREELKMTSELSNIVDDKSKWKIELWNKRELLKEKVEEDEVEISEKIKETLMNL EESDYKEEIYKRLSFKYKYDNASSIPTKLSVSDVKKQFILDEKENTEELFKKLELRKPMFMEEKKKISPSERGTIIHLFM QHLDLKKAENEEDIKEQINRLIEREFITYEQSKVISSYKILKFCRGELGKRILNSNNVNKEMPFSIEIPALEIYKELDKE IYKDEKLIIQGVIDCYFEEEDGLVLLDYKTDYVNDIEEIKNRYEIQIKYYEEALNRITGKNVKDKYLYLFSVDNYIKID >Mature_1278_residues SSTKWTDEQRQAIFTKNCNLLVAAGAGAGKTAVLVQRIIEKILDKEEPIDIDKLLVVTFTNAAAAEMRERIGDAISKGLD EDPESKVLRKQLTLLNKSNIMTIHSFCLQVIKNNFHTIEIDPNFRICDETEGILMKQEAIDELFDELYEIENEDFINLVE SYASRKDIRLQEVVLELHRFAKSAPFPYTWLLNMAEGFNVGENFNFEETLWADMIMEDMKVLLHGFKNMLQQSIDVILNS EGIDYYYEPFKMDLSFINSLLEKSSFKEFRGEIIAYDFPKLPLKRNKDADKEAKERVKKLRDRVKKRIIELRITLNSYEN EFTKKEFIFLYPSMKALSNLVILFDKKYEAKKRERDLIDFNDIEHLCLSILTDKNSEGHIIPSDIALNYRKKFAEVLIDE YQDSNLVQEVIMSMVSRVKGYWSFYNGQLIFNEEEINLEEPQIGLDIPNRFMVGDVKQSIYRFRQAKPEIFLDKYNEYSE EEGTKNRKVKLFKNFRSREEVINGVNYLFKQIMSKTIGELDYTEEEALKVGASYGEEVKGEPIELCLMDKKYEISEEVLK EYNVDEEEALDNIQLEGRLVAKKIQKLVGNNLEGGLKVFDRKLGEYRNLQYRDIVILMRATSNWAPVFVEELAKEGIPVF ADTNSGYFDTAEIKTMISLLQIIDNPLQDIPLLSVLRSPIASFTDDELIDIRMVNKNITFYECMEIIYRLYKNEKLDSYY SFYIEDENKINKIIKDMNEKLKNKICSFIEKLKLWREKSIHIDIDEFIWFLYVETGYYGYAGALQAGEQRQANLRILFQR AKQYAKTSYKGLFNFINFINKLKFSSGDMGSAKILGENENVVRIMSIHKSKGLEFPVVILSGTGKNFNMMDLNKNILFHR DLGYGPDYVDTERRIAYPSLVKNIIKNKIRLETLSEEMRILYVALTRAREKLIITGLINNMDKTVEDWLNLSEDKNKVPE YAVMSGKTYLDWIGPALIKHKDAVSFREELKMTSELSNIVDDKSKWKIELWNKRELLKEKVEEDEVEISEKIKETLMNLE ESDYKEEIYKRLSFKYKYDNASSIPTKLSVSDVKKQFILDEKENTEELFKKLELRKPMFMEEKKKISPSERGTIIHLFMQ HLDLKKAENEEDIKEQINRLIEREFITYEQSKVISSYKILKFCRGELGKRILNSNNVNKEMPFSIEIPALEIYKELDKEI YKDEKLIIQGVIDCYFEEEDGLVLLDYKTDYVNDIEEIKNRYEIQIKYYEEALNRITGKNVKDKYLYLFSVDNYIKID
Specific function: The heterodimer acts as both an ATP-dependent DNA helicase and an ATP-dependent, dual-direction single-stranded exonuclease. Recognizes the chi site generating a DNA molecule suitable for the initiation of homologous recombination. The AddA nuclease domai
COG id: COG1074
COG function: function code L; ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit (contains helicase and exonuclease domains)
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Non_Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 uvrD-like helicase C-terminal domain [H]
Homologues:
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6322369, Length=143, Percent_Identity=32.1678321678322, Blast_Score=66, Evalue=4e-11,
Paralogues:
None
Copy number: 3000 [C]
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR014152 - InterPro: IPR014017 - InterPro: IPR000212 - InterPro: IPR011604 - InterPro: IPR014016 - InterPro: IPR011335 [H]
Pfam domain/function: PF00580 UvrD-helicase [H]
EC number: =3.6.4.12 [H]
Molecular weight: Translated: 150201; Mature: 150069
Theoretical pI: Translated: 4.98; Mature: 4.98
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.7 %Cys (Translated Protein) 2.7 %Met (Translated Protein) 3.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.7 %Cys (Mature Protein) 2.6 %Met (Mature Protein) 3.3 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSSTKWTDEQRQAIFTKNCNLLVAAGAGAGKTAVLVQRIIEKILDKEEPIDIDKLLVVTF CCCCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHEEEEEEE TNAAAAEMRERIGDAISKGLDEDPESKVLRKQLTLLNKSNIMTIHSFCLQVIKNNFHTIE CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEE IDPNFRICDETEGILMKQEAIDELFDELYEIENEDFINLVESYASRKDIRLQEVVLELHR ECCCEEECCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH FAKSAPFPYTWLLNMAEGFNVGENFNFEETLWADMIMEDMKVLLHGFKNMLQQSIDVILN HHCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEC SEGIDYYYEPFKMDLSFINSLLEKSSFKEFRGEIIAYDFPKLPLKRNKDADKEAKERVKK CCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH LRDRVKKRIIELRITLNSYENEFTKKEFIFLYPSMKALSNLVILFDKKYEAKKRERDLID HHHHHHHHHHHHEEEHHHHCCCCCCCEEEEEECCHHHHCCEEEEECCCHHHHHHHCCCCC FNDIEHLCLSILTDKNSEGHIIPSDIALNYRKKFAEVLIDEYQDSNLVQEVIMSMVSRVK HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHH GYWSFYNGQLIFNEEEINLEEPQIGLDIPNRFMVGDVKQSIYRFRQAKPEIFLDKYNEYS 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA