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Definition Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815 chromosome, complete genome.
Accession NC_010503
Length 751,679

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The map label for this gene is rpoB

Identifier: 170761945

GI number: 170761945

Start: 225644

End: 229948

Strand: Direct

Name: rpoB

Synonym: UPA3_0194

Alternate gene names: 170761945

Gene position: 225644-229948 (Clockwise)

Preceding gene: 170762456

Following gene: 170762303

Centisome position: 30.02

GC content: 29.18

Gene sequence:

>4305_bases
ATGCAAAATAATAAAAATTATACTGAGAAATTTATTACTGATAAAGTAATGCGAAGAGATTATTCAAAAATTAAATCTAA
TTTTGAAGGACCAAATCTACTTGAAATTCAAGTTGAATCTTTTAAACGCTTTATGGAGAAAGATTTAAAAGAAGTTATTT
CAAGTATTTTTCCATTAAAATCTCCTCAGGGTAAGTATACGTTAGCATTTAAAGGTTTAAAAATTAAGCAGCCAACAAAA
GATGAAAGTGCTTGTCGTGACGAAGGTAAAACATTTGAAACACCAATTTATATTGATTTGGAATTAACAGATAACTACAC
AGGTGAAGTTAAACGTGCACAACGAAATACTAAAACAGGAGAAGATGGTATTTATTTAGGAGCAATTCCCAAAATGACAG
AAAAAGGAACTTTTGTTATTAATGGAATTGAAAAATTTGTTATCTCACAAATTGTTAGATCACCAGGAATTTATGTACTT
GGTAAATCAAGCATCAAATTGAACGGTTCACGTAAGCGTTTATTTGAAGGCAAAATTTGTGAAATTTATCCTTCTAAGGG
TACTTTGATGCTTGGTTATATTCCTAAGGATCGTCATAATATTCAAATTGTTGCACGTGATTCATCTGGTGATAATGCGC
AAACATTTTCAGTAACTACTTTACTAAAAGCTTTTGGTTTAACAAGTGCTGAAATCTTAAAAATTTTTAATAATGAAAAA
GAGATTCGTGAATCATTAGAAATTGAAAAATATGCGCCAGAATATATTTTTGAAAATTCACAAGAAAATGAAATTATTTT
TAAAATTTATAGTGATGCTCATGATATTCATGAGAAAGCCGATCGTCGAGAATCAAATAATAAGTTAAAAGAAGAATATA
TAGAACAAGGTTCACCACTTTTATCAAAGTTAAAACAACTAATTTTTAATTATGTTGAAAAAAACGATGAAATTGATGCA
TTATTACATGAAAATAAAGATGTTGAAGATGCTAGTTTCATTAAGAATAATAAAAAATTATATGATGAAAGAGAAGAAAT
CATTAATTGCATCATTAGTGAAAAAGCAGCTAAGGATATCGTTGAATTATTAGGTATTAATATTAAAAATATAGAAACAC
TAAGACATTTAGGCAAAGCTTCTTATCAAATAGCTTTACAACAACATTTTTTTAATAAGCGTTTATATGATATTAGTAGT
GCTGGACGCTATAAATTTGAAAAAAAATTATTATTAAGTGAACGTTTATATCAAAAAGTAATTGCGAATGATATTATTGA
TAAAAAAAATAATATTCTAATTCCTAAAGATACTTTAATTACTAAAGAACATATCGAACTAATAAAAAAAGAATCACGTG
ATAAAAACATTAAATGAACAAAAAAAATTAATTTATTACCAACAGCATTAGAATCAGAAATTGAACAATTTTTAGAATAT
GAAAGTATTGCAGTTTATAAAGATAATGATTTAAGAGATGAAACAACAGAGATTGTCGGTCTAGCATCAGGTTGCAAACT
TCAAACTTTAACCGTGGCTGACTTAGTTGCTACAACAAGTTATATTTATAACTTGAATTATGAAATTGGTGAATTTGATG
ATATAGATCATTTAGGTAATAAAAGACTTAAATTGATTCATGAATTATTACGAGCAAGAATTGCTACAAGTATGGCTCGT
ATTGAGAAGTTTATTAATGAAAAGTTGGCTATTTCTGATGGTTCAAGCAATAACATTACAAATGTTAATGATAAAGGTAT
TGATACTGAACTTGATCGTGAAATTGAAGAAAGCGATATGAGTGATGAGGAAAAGAAAAAAGCAATTAGTGTTAAATCAA
TTATTAATACAAAACAATTCCAAAGTTTAGTTAAAGATTTTTTTAATTCACATCAATTAATTCAATTTATTGACCAACAA
AATCCATTAGCAGAATTAACTAATAAACGTCGTATTTCAGCGATGGGTCCAGGAGGAATTAGTCGTGAAGACCCTAATTT
AGATATTCGTGATGTTCATCACTCTCACTATTCGCGTATTTGCCCGATTGAAACACCAGAAGGAATGAATATTGGGTTGA
TTATGTCTTTAGCATCACTTGCAAAAGTAGATGAAAATGGTTTTATTGTAGCACCTTATTATGTTGTTGAGGATGGGGTT
GTAAAAGAAGATTATAAATATTTAACAGCCCATGAAGATGATAACTATATTATTGCTGAATCATCAGTCCAATTAGATGA
AAATAAACGAATTTTAGATGAACAAGTTGTTGCTCGATATCGTGGCTCAACAGGTTTATTTAGTCCTAATGAAGTTGATT
TTATTGATATTGTTCCAAAACAAGTAGTATCAATTGCTGCATCAGCAATTCCATTTATTGAAAATGACGATGGGGCACGT
GCTTTGATGGGGTCAAACATGCAACGTCAAGCAACACCTTTAATTAAACCATATGCCCCTATTGTAGGGACAGGTACAGA
ATTTAAAATTGCACACGATTCAGGAATGGCTGTTGTTGCTAAAAATGACGGAGTGGTTGAATTTGTTGATAGTCAAAAAA
TTATCATTAGAAATGATAATGATAAATTAGATGATTATAAATTAATTAAATATCGTAAATCAAATCAAGACACATGTAAT
AACCAAATTCCAATTGTAAAAGTAGGTCAAAGAGTTCACAAATCTGAAACAATTGGTGATGGACCTGCAATGCAAAATGG
TGAATTAGCTTTAGGTCGTAATATTCTAGTTGGTTATACAACTTGACGAGGTTATAATTTTGAAGATGCTATTATTATTT
CTGAACGTTTAGTTGATCAAGATGTATTTACATCAATTCATATTGATGAGCATACAATTCAATGTATGAAAACAAAAAAC
GGTGATGAAGAAATCACTCGTGACATGCCTAATGTCTCTGATACTGCAAAACGTTTTTTAGATAATCAAGGTATCGTTTT
AGTTGGCGCTGAAGTTCATGAAGGAGATGTTTTAGTTGGAAAAACAACTCCACGAGGTAATGTTGAAACTGCTCCAGAAG
ATCGTTTATTGCAAACAATTTTTGGCGATAAATCAAAAACAGTTAAAGATTCATCACTAAAAGTAAAACACGGTCAAGAA
GGAATTGTTGCTGCTGTTAAGCGAATTAAATCAAGTGATGAAAATGGTAGTGAATTACCAGATGACGTAATTGAAATTAT
CAAAGTTTATATTGTTCAAAAACGTAAAATTCAAGTTGGTGACAAAATGGCAGGGCGTCATGGAAATAAAGGAATTGTAT
CAAAAGTTGTTCCTATTCAAGATATGCCTTTTTTAAAAGACGGGACTCCATTAGATATTATGTTAAATCCATTAGGTGTA
CCTAGTCGTATGAATATTGGTCAAATTTTAGAATTGCACTTAGGTTATGCTGCGGCTGAAATAGGTAAAAAACAATTAAT
TCAAATTGCAATTGATCAATTAGGTTATGAAAAATATATTTCATTGTTTGGAATCAATGAAATTATTGCTAAAAAACTTT
ATGAAAATATTAGTAATTTAATTAAACACAAACAAGCAAAACAGGCAAAAGATATAGATTTAATTGATGTGACAATTATT
CTAAAAGAATTGGGATTATCATATGATGATATTGGAATTAAAATTTCAACTCCTGTATTTGATGGTGCAAATCATGATGA
TATTGTTTCTATTATGAATGAAGCAAACATTGATATTGAAAATAATAAGGGTAAACAAGTTCTATATGATGGAAGAACTG
GTGAACCATTCGATGGTTTAATTTCAGTTGGATTAACATACATGTTAAAACTAGATCATATGGTTGATGATAAAATTCAC
AGTCGTTCGGTTGGTCCATATAGTAAAATTACACAACAACCATTGGGTGGTAAATCACAAAATGGAGGCCAACGTTTTGG
TGAAATGGAAGTTTGAGCTTTAGAAGCTTATGGTGCAGCTTATAATTTATTAGAAATTTTAACAATTAAATCCGATGATG
TTCAAGGACGTAATCAAGCTTACAATGCTATTATAAAAGGTCACGATGTTGTTGCTGATGGAATGCCAGAATCATTTAAA
TTATTAACAAAACAAATGCAAGGTTTAGGGTTATGTATTACCGTTGAAACAAAAGATGATCGTATGGTAGATATTAATGA
ATATACACTAAATCAAAATCGTTTAAATAATGACGATGATGAGGTTATTTTAGATGAAAATCTAAAAGAGATCAATGATT
CTAATGAAGAAATATTTAATACAAACTTTAATAATAATGACTATGATGATGAAGAGAACTTCTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
ATATCTTTAATATAGTATAATTATAAAATATTCTGTCTATTTAAGCACAAATGTGTAATAAATAGGCTTTTTTCTATTTT
TGTGAGGTACTAGTTAGAAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATAATAGAAAGGTAAAATAATATGAGTCAAAAAGGGATTAAATCATTAACGATTTCCATTGCTTCACCTGAACAAATTTT
AAATTGATCAAAAGGTGAAA

Product: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Products: NA

Alternate protein names: RNAP subunit beta; RNA polymerase subunit beta; Transcriptase subunit beta [H]

Number of amino acids: Translated: 1434; Mature: 1434

Protein sequence:

>1434_residues
MQNNKNYTEKFITDKVMRRDYSKIKSNFEGPNLLEIQVESFKRFMEKDLKEVISSIFPLKSPQGKYTLAFKGLKIKQPTK
DESACRDEGKTFETPIYIDLELTDNYTGEVKRAQRNTKTGEDGIYLGAIPKMTEKGTFVINGIEKFVISQIVRSPGIYVL
GKSSIKLNGSRKRLFEGKICEIYPSKGTLMLGYIPKDRHNIQIVARDSSGDNAQTFSVTTLLKAFGLTSAEILKIFNNEK
EIRESLEIEKYAPEYIFENSQENEIIFKIYSDAHDIHEKADRRESNNKLKEEYIEQGSPLLSKLKQLIFNYVEKNDEIDA
LLHENKDVEDASFIKNNKKLYDEREEIINCIISEKAAKDIVELLGINIKNIETLRHLGKASYQIALQQHFFNKRLYDISS
AGRYKFEKKLLLSERLYQKVIANDIIDKKNNILIPKDTLITKEHIELIKKESRDKNIKWTKKINLLPTALESEIEQFLEY
ESIAVYKDNDLRDETTEIVGLASGCKLQTLTVADLVATTSYIYNLNYEIGEFDDIDHLGNKRLKLIHELLRARIATSMAR
IEKFINEKLAISDGSSNNITNVNDKGIDTELDREIEESDMSDEEKKKAISVKSIINTKQFQSLVKDFFNSHQLIQFIDQQ
NPLAELTNKRRISAMGPGGISREDPNLDIRDVHHSHYSRICPIETPEGMNIGLIMSLASLAKVDENGFIVAPYYVVEDGV
VKEDYKYLTAHEDDNYIIAESSVQLDENKRILDEQVVARYRGSTGLFSPNEVDFIDIVPKQVVSIAASAIPFIENDDGAR
ALMGSNMQRQATPLIKPYAPIVGTGTEFKIAHDSGMAVVAKNDGVVEFVDSQKIIIRNDNDKLDDYKLIKYRKSNQDTCN
NQIPIVKVGQRVHKSETIGDGPAMQNGELALGRNILVGYTTWRGYNFEDAIIISERLVDQDVFTSIHIDEHTIQCMKTKN
GDEEITRDMPNVSDTAKRFLDNQGIVLVGAEVHEGDVLVGKTTPRGNVETAPEDRLLQTIFGDKSKTVKDSSLKVKHGQE
GIVAAVKRIKSSDENGSELPDDVIEIIKVYIVQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIVSKVVPIQDMPFLKDGTPLDIMLNPLGV
PSRMNIGQILELHLGYAAAEIGKKQLIQIAIDQLGYEKYISLFGINEIIAKKLYENISNLIKHKQAKQAKDIDLIDVTII
LKELGLSYDDIGIKISTPVFDGANHDDIVSIMNEANIDIENNKGKQVLYDGRTGEPFDGLISVGLTYMLKLDHMVDDKIH
SRSVGPYSKITQQPLGGKSQNGGQRFGEMEVWALEAYGAAYNLLEILTIKSDDVQGRNQAYNAIIKGHDVVADGMPESFK
LLTKQMQGLGLCITVETKDDRMVDINEYTLNQNRLNNDDDEVILDENLKEINDSNEEIFNTNFNNNDYDDEENF

Sequences:

>Translated_1434_residues
MQNNKNYTEKFITDKVMRRDYSKIKSNFEGPNLLEIQVESFKRFMEKDLKEVISSIFPLKSPQGKYTLAFKGLKIKQPTK
DESACRDEGKTFETPIYIDLELTDNYTGEVKRAQRNTKTGEDGIYLGAIPKMTEKGTFVINGIEKFVISQIVRSPGIYVL
GKSSIKLNGSRKRLFEGKICEIYPSKGTLMLGYIPKDRHNIQIVARDSSGDNAQTFSVTTLLKAFGLTSAEILKIFNNEK
EIRESLEIEKYAPEYIFENSQENEIIFKIYSDAHDIHEKADRRESNNKLKEEYIEQGSPLLSKLKQLIFNYVEKNDEIDA
LLHENKDVEDASFIKNNKKLYDEREEIINCIISEKAAKDIVELLGINIKNIETLRHLGKASYQIALQQHFFNKRLYDISS
AGRYKFEKKLLLSERLYQKVIANDIIDKKNNILIPKDTLITKEHIELIKKESRDKNIK*TKKINLLPTALESEIEQFLEY
ESIAVYKDNDLRDETTEIVGLASGCKLQTLTVADLVATTSYIYNLNYEIGEFDDIDHLGNKRLKLIHELLRARIATSMAR
IEKFINEKLAISDGSSNNITNVNDKGIDTELDREIEESDMSDEEKKKAISVKSIINTKQFQSLVKDFFNSHQLIQFIDQQ
NPLAELTNKRRISAMGPGGISREDPNLDIRDVHHSHYSRICPIETPEGMNIGLIMSLASLAKVDENGFIVAPYYVVEDGV
VKEDYKYLTAHEDDNYIIAESSVQLDENKRILDEQVVARYRGSTGLFSPNEVDFIDIVPKQVVSIAASAIPFIENDDGAR
ALMGSNMQRQATPLIKPYAPIVGTGTEFKIAHDSGMAVVAKNDGVVEFVDSQKIIIRNDNDKLDDYKLIKYRKSNQDTCN
NQIPIVKVGQRVHKSETIGDGPAMQNGELALGRNILVGYTT*RGYNFEDAIIISERLVDQDVFTSIHIDEHTIQCMKTKN
GDEEITRDMPNVSDTAKRFLDNQGIVLVGAEVHEGDVLVGKTTPRGNVETAPEDRLLQTIFGDKSKTVKDSSLKVKHGQE
GIVAAVKRIKSSDENGSELPDDVIEIIKVYIVQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIVSKVVPIQDMPFLKDGTPLDIMLNPLGV
PSRMNIGQILELHLGYAAAEIGKKQLIQIAIDQLGYEKYISLFGINEIIAKKLYENISNLIKHKQAKQAKDIDLIDVTII
LKELGLSYDDIGIKISTPVFDGANHDDIVSIMNEANIDIENNKGKQVLYDGRTGEPFDGLISVGLTYMLKLDHMVDDKIH
SRSVGPYSKITQQPLGGKSQNGGQRFGEMEV*ALEAYGAAYNLLEILTIKSDDVQGRNQAYNAIIKGHDVVADGMPESFK
LLTKQMQGLGLCITVETKDDRMVDINEYTLNQNRLNNDDDEVILDENLKEINDSNEEIFNTNFNNNDYDDEENF
>Mature_1434_residues
MQNNKNYTEKFITDKVMRRDYSKIKSNFEGPNLLEIQVESFKRFMEKDLKEVISSIFPLKSPQGKYTLAFKGLKIKQPTK
DESACRDEGKTFETPIYIDLELTDNYTGEVKRAQRNTKTGEDGIYLGAIPKMTEKGTFVINGIEKFVISQIVRSPGIYVL
GKSSIKLNGSRKRLFEGKICEIYPSKGTLMLGYIPKDRHNIQIVARDSSGDNAQTFSVTTLLKAFGLTSAEILKIFNNEK
EIRESLEIEKYAPEYIFENSQENEIIFKIYSDAHDIHEKADRRESNNKLKEEYIEQGSPLLSKLKQLIFNYVEKNDEIDA
LLHENKDVEDASFIKNNKKLYDEREEIINCIISEKAAKDIVELLGINIKNIETLRHLGKASYQIALQQHFFNKRLYDISS
AGRYKFEKKLLLSERLYQKVIANDIIDKKNNILIPKDTLITKEHIELIKKESRDKNIK*TKKINLLPTALESEIEQFLEY
ESIAVYKDNDLRDETTEIVGLASGCKLQTLTVADLVATTSYIYNLNYEIGEFDDIDHLGNKRLKLIHELLRARIATSMAR
IEKFINEKLAISDGSSNNITNVNDKGIDTELDREIEESDMSDEEKKKAISVKSIINTKQFQSLVKDFFNSHQLIQFIDQQ
NPLAELTNKRRISAMGPGGISREDPNLDIRDVHHSHYSRICPIETPEGMNIGLIMSLASLAKVDENGFIVAPYYVVEDGV
VKEDYKYLTAHEDDNYIIAESSVQLDENKRILDEQVVARYRGSTGLFSPNEVDFIDIVPKQVVSIAASAIPFIENDDGAR
ALMGSNMQRQATPLIKPYAPIVGTGTEFKIAHDSGMAVVAKNDGVVEFVDSQKIIIRNDNDKLDDYKLIKYRKSNQDTCN
NQIPIVKVGQRVHKSETIGDGPAMQNGELALGRNILVGYTT*RGYNFEDAIIISERLVDQDVFTSIHIDEHTIQCMKTKN
GDEEITRDMPNVSDTAKRFLDNQGIVLVGAEVHEGDVLVGKTTPRGNVETAPEDRLLQTIFGDKSKTVKDSSLKVKHGQE
GIVAAVKRIKSSDENGSELPDDVIEIIKVYIVQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIVSKVVPIQDMPFLKDGTPLDIMLNPLGV
PSRMNIGQILELHLGYAAAEIGKKQLIQIAIDQLGYEKYISLFGINEIIAKKLYENISNLIKHKQAKQAKDIDLIDVTII
LKELGLSYDDIGIKISTPVFDGANHDDIVSIMNEANIDIENNKGKQVLYDGRTGEPFDGLISVGLTYMLKLDHMVDDKIH
SRSVGPYSKITQQPLGGKSQNGGQRFGEMEV*ALEAYGAAYNLLEILTIKSDDVQGRNQAYNAIIKGHDVVADGMPESFK
LLTKQMQGLGLCITVETKDDRMVDINEYTLNQNRLNNDDDEVILDENLKEINDSNEEIFNTNFNNNDYDDEENF

Specific function: DNA-dependent RNA polymerase catalyzes the transcription of DNA into RNA using the four ribonucleoside triphosphates as substrates [H]

COG id: COG0085

COG function: function code K; DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the RNA polymerase beta chain family [H]

Homologues:

Organism=Homo sapiens, GI4505941, Length=243, Percent_Identity=30.8641975308642, Blast_Score=94, Evalue=8e-19,
Organism=Homo sapiens, GI238908505, Length=248, Percent_Identity=29.4354838709677, Blast_Score=93, Evalue=2e-18,
Organism=Homo sapiens, GI238908503, Length=248, Percent_Identity=29.4354838709677, Blast_Score=93, Evalue=2e-18,
Organism=Homo sapiens, GI33469941, Length=233, Percent_Identity=27.0386266094421, Blast_Score=82, Evalue=3e-15,
Organism=Homo sapiens, GI212286172, Length=233, Percent_Identity=27.0386266094421, Blast_Score=82, Evalue=3e-15,
Organism=Escherichia coli, GI1790419, Length=525, Percent_Identity=46.0952380952381, Blast_Score=486, Evalue=1e-138,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI17552304, Length=241, Percent_Identity=30.2904564315353, Blast_Score=95, Evalue=3e-19,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI25144348, Length=95, Percent_Identity=46.3157894736842, Blast_Score=86, Evalue=2e-16,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI17506623, Length=194, Percent_Identity=30.9278350515464, Blast_Score=71, Evalue=3e-12,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324725, Length=241, Percent_Identity=29.8755186721992, Blast_Score=100, Evalue=3e-21,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6324781, Length=171, Percent_Identity=32.7485380116959, Blast_Score=89, Evalue=6e-18,
Organism=Saccharomyces cerevisiae, GI6325267, Length=234, Percent_Identity=26.9230769230769, Blast_Score=74, Evalue=2e-13,
Organism=Drosophila melanogaster, GI17136444, Length=117, Percent_Identity=40.1709401709402, Blast_Score=88, Evalue=4e-17,
Organism=Drosophila melanogaster, GI17647877, Length=161, Percent_Identity=35.4037267080745, Blast_Score=87, Evalue=1e-16,

Paralogues:

None

Copy number: 4233 Molecules/Cell In: Growth Phase, Glucose-minimal MOPS Media. 2,500 Molecules/Cell In: Glucose minimal media [C]

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR010243
- InterPro:   IPR019462
- InterPro:   IPR015712
- InterPro:   IPR007120
- InterPro:   IPR007121
- InterPro:   IPR007644
- InterPro:   IPR007642
- InterPro:   IPR007645
- InterPro:   IPR007641
- InterPro:   IPR014724 [H]

Pfam domain/function: PF04563 RNA_pol_Rpb2_1; PF04561 RNA_pol_Rpb2_2; PF04565 RNA_pol_Rpb2_3; PF10385 RNA_pol_Rpb2_45; PF00562 RNA_pol_Rpb2_6; PF04560 RNA_pol_Rpb2_7 [H]

EC number: =2.7.7.6 [H]

Molecular weight: Translated: 161489; Mature: 161489

Theoretical pI: Translated: 5.11; Mature: 5.11

Prosite motif: PS01166 RNA_POL_BETA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.6 %Cys     (Translated Protein)
1.9 %Met     (Translated Protein)
2.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.6 %Cys     (Mature Protein)
1.9 %Met     (Mature Protein)
2.4 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MQNNKNYTEKFITDKVMRRDYSKIKSNFEGPNLLEIQVESFKRFMEKDLKEVISSIFPLK
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SPQGKYTLAFKGLKIKQPTKDESACRDEGKTFETPIYIDLELTDNYTGEVKRAQRNTKTG
CCCCCEEEEEECEEECCCCCCHHHHHHCCCEECCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHCCCCC
EDGIYLGAIPKMTEKGTFVINGIEKFVISQIVRSPGIYVLGKSSIKLNGSRKRLFEGKIC
CCCEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCEEEECCCHHHHCCCCEE
EIYPSKGTLMLGYIPKDRHNIQIVARDSSGDNAQTFSVTTLLKAFGLTSAEILKIFNNEK
EEECCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHH
EIRESLEIEKYAPEYIFENSQENEIIFKIYSDAHDIHEKADRRESNNKLKEEYIEQGSPL
HHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHH
LSKLKQLIFNYVEKNDEIDALLHENKDVEDASFIKNNKKLYDEREEIINCIISEKAAKDI
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VELLGINIKNIETLRHLGKASYQIALQQHFFNKRLYDISSAGRYKFEKKLLLSERLYQKV
HHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
IANDIIDKKNNILIPKDTLITKEHIELIKKESRDKNIKTKKINLLPTALESEIEQFLEYE
HHHHHHCCCCCEECCCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHC
SIAVYKDNDLRDETTEIVGLASGCKLQTLTVADLVATTSYIYNLNYEIGEFDDIDHLGNK
CEEEEECCCCCCHHHHHHEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCHHHHCCH
RLKLIHELLRARIATSMARIEKFINEKLAISDGSSNNITNVNDKGIDTELDREIEESDMS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCC
DEEKKKAISVKSIINTKQFQSLVKDFFNSHQLIQFIDQQNPLAELTNKRRISAMGPGGIS
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCEEEECCCCCCC
REDPNLDIRDVHHSHYSRICPIETPEGMNIGLIMSLASLAKVDENGFIVAPYYVVEDGVV
CCCCCCCHHHCCHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCC
KEDYKYLTAHEDDNYIIAESSVQLDENKRILDEQVVARYRGSTGLFSPNEVDFIDIVPKQ
CCCCEEEEEECCCCEEEECCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH
VVSIAASAIPFIENDDGARALMGSNMQRQATPLIKPYAPIVGTGTEFKIAHDSGMAVVAK
HHHHHHHHCCCEECCCCCHHHHCCCCHHHCCCCCCCCCCEEECCCEEEEEECCCEEEEEE
NDGVVEFVDSQKIIIRNDNDKLDDYKLIKYRKSNQDTCNNQIPIVKVGQRVHKSETIGDG
CCCEEEEECCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHCCCCCCC
PAMQNGELALGRNILVGYTTRGYNFEDAIIISERLVDQDVFTSIHIDEHTIQCMKTKNGD
CCCCCCCEEECCEEEEEEEECCCCCCCCEEEHHHHHCHHHHHEEEECHHEEEEEECCCCH
EEITRDMPNVSDTAKRFLDNQGIVLVGAEVHEGDVLVGKTTPRGNVETAPEDRLLQTIFG
HHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEECEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHC
DKSKTVKDSSLKVKHGQEGIVAAVKRIKSSDENGSELPDDVIEIIKVYIVQKRKIQVGDK
CCCCCCCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCH
MAGRHGNKGIVSKVVPIQDMPFLKDGTPLDIMLNPLGVPSRMNIGQILELHLGYAAAEIG
HCCCCCCCCCHHEECCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
KKQLIQIAIDQLGYEKYISLFGINEIIAKKLYENISNLIKHKQAKQAKDIDLIDVTIILK
HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHH
ELGLSYDDIGIKISTPVFDGANHDDIVSIMNEANIDIENNKGKQVLYDGRTGEPFDGLIS
HHCCCCCCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCEEEEECCCCCCHHHHHH
VGLTYMLKLDHMVDDKIHSRSVGPYSKITQQPLGGKSQNGGQRFGEMEVALEAYGAAYNL
HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCE
LEILTIKSDDVQGRNQAYNAIIKGHDVVADGMPESFKLLTKQMQGLGLCITVETKDDRMV
EHEEEECCCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCEE
DINEYTLNQNRLNNDDDEVILDENLKEINDSNEEIFNTNFNNNDYDDEENF
EEHHEECCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCC
>Mature Secondary Structure
MQNNKNYTEKFITDKVMRRDYSKIKSNFEGPNLLEIQVESFKRFMEKDLKEVISSIFPLK
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
SPQGKYTLAFKGLKIKQPTKDESACRDEGKTFETPIYIDLELTDNYTGEVKRAQRNTKTG
CCCCCEEEEEECEEECCCCCCHHHHHHCCCEECCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHCCCCC
EDGIYLGAIPKMTEKGTFVINGIEKFVISQIVRSPGIYVLGKSSIKLNGSRKRLFEGKIC
CCCEEEECCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCEEEECCCHHHHCCCCEE
EIYPSKGTLMLGYIPKDRHNIQIVARDSSGDNAQTFSVTTLLKAFGLTSAEILKIFNNEK
EEECCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHH
EIRESLEIEKYAPEYIFENSQENEIIFKIYSDAHDIHEKADRRESNNKLKEEYIEQGSPL
HHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHH
LSKLKQLIFNYVEKNDEIDALLHENKDVEDASFIKNNKKLYDEREEIINCIISEKAAKDI
HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
VELLGINIKNIETLRHLGKASYQIALQQHFFNKRLYDISSAGRYKFEKKLLLSERLYQKV
HHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
IANDIIDKKNNILIPKDTLITKEHIELIKKESRDKNIKTKKINLLPTALESEIEQFLEYE
HHHHHHCCCCCEECCCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHC
SIAVYKDNDLRDETTEIVGLASGCKLQTLTVADLVATTSYIYNLNYEIGEFDDIDHLGNK
CEEEEECCCCCCHHHHHHEECCCCEEEEEHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCHHHHCCH
RLKLIHELLRARIATSMARIEKFINEKLAISDGSSNNITNVNDKGIDTELDREIEESDMS
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCC
DEEKKKAISVKSIINTKQFQSLVKDFFNSHQLIQFIDQQNPLAELTNKRRISAMGPGGIS
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCEEEECCCCCCC
REDPNLDIRDVHHSHYSRICPIETPEGMNIGLIMSLASLAKVDENGFIVAPYYVVEDGVV
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