| Definition | Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010079 |
| Length | 2,872,915 |
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The map label for this gene is lss [H]
Identifier: 161509670
GI number: 161509670
Start: 1571316
End: 1577516
Strand: Reverse
Name: lss [H]
Synonym: USA300HOU_1441
Alternate gene names: 161509670
Gene position: 1577516-1571316 (Counterclockwise)
Preceding gene: 161509671
Following gene: 161509669
Centisome position: 54.91
GC content: 36.25
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases TGCAATCTTTTGTAAAAATCATAGATGGTTACAAGGAAGAAGTAATAACAGATTTTAATCAGCTTATATTTTTAGATGCA AGGGCTGAAAGTCCAAACAC
Product: bacteriophage tail protein
Products: NA
Alternate protein names: Glycyl-glycine endopeptidase [H]
Number of amino acids: Translated: 2066; Mature: 2066
Protein sequence:
>2066_residues MNEKVEGMTLELKLDHLGVQECMKGLKRQLGVVNSEMKANLSAFDKSEKSMEKYQARIKGLNDRLKVQKKMYSQVEDELK QVNANYQKAKSSVKDVEKAYLKLVEANKKEKLALDKSKEALKSSNTELKKAENQYKRTNQRKQDAYQKLKQLRDAEQKLK NSNQATTAQLKRASDAVQKQSAKHKALVEQYKQEGNQVQKLKVQNDNLSKSNDKIESSYAKTNTKLKQTEKEFNDLNNTI KNHSANVAKAETAVNKEKAALNNLERSIDKASSEMKTFNKEQMIAQSHFGKLASQADVMSKKFSSIGDKMTSLGRTMTMG VSTPITLGLGAALKTSADFEGQMSRVGAIAQASSKDLKSMSNQAVDLGAKTSKSANEVAKGMEELAALGFNAKQTMEAMP GVISAAEASGAEMATTATVMASAINSFGLKASDANHVADLLARSANDSAADIQYMGDALKYAGTPAKALGVSIEDTSAAI EVLSNSGLEGSQAGTALRASFIRLANPSKNTAKEMKKLGIHLSDAKGQFVGMGELIRQFQDNMKGMTREQKLATVATIVG TEAASGFLALIEAGPDKINSYSKSLKNSNGESKKAADLMKDNLKGALEQLGGAFESLAIEVGKDLTPMIRAGAEGLTKLV DGFTHLPGWVRKASVGLALFGAAIGPAVLAGGLLIRTVGSAAKGYASLNRRIAENTILSNTNSKAMKSLGLQTLFLGSTT GKTSKGFKGLAGAMMFNLKPINVLKNSAKLAILPFKLLKNGLGLAAKSLFAVSGGARFAGVALRFLTGPIGATITAITIA YKVFKTAYDRVEWFRNGINGLGETIKFFGGKIIGGAVRKLGEFKNYLGSIGKSFKEKFSKDMKDGYKSLSDDDLLKVGVN KFKGFMQTMGTASKKASDTVKVLGKGVSKETEKALEKYVHYSEENSRIMEKVRLNSGQISEDKAKKLLKIETDLSNNLIA EIEKRNKKELEKTQELIDKYSAFDEQEKQNILTRTKEKNDLRIKKEQELNQKIKELKEKALSDGQISENERKEIEKLENQ RRDITVKELSKTEKEQERILVRMQRNRNAYSIDEASKAIKEAEKARKARKKEVDKQYEDDVIAIKNNVNLSKSEKDKLLA IADQRHKDEVRKAKSKKDAVVDVVKKQNKDIDKEMDLSSGRVYKNTEKWWNGLKSWWSNFREDQKKKSDKYAKEQEETAR RNRENIKKWFGNAWDGVKSKTGEAFSKMGRNANHFGGEMKKMWSGIKGIPSKLSSGWSSAKSSVGYHTKAIANSTGKWFG KAWQSVKSTTGSIYNQTKQKYSDASDKAWAHSKSIWRGTSKWFSNAYKSAKGWLTDMANKSRAKWDNISSTAWSNAKSVW KGTSKWFSNSYKSLKDWTGDMYSRAHDRFDAISSSAWSNAKSVFNGFRKWLSKTYDWIRDIGKDMGRAAADLGKNVANKA IGGLNSMIGGINKISKAITDKNLIKPIPTLSTGTLAGKGVATDNSGALTQPTFAVLNDRGSGNAPGGGVQEVIHRADGTF HAPQGRDVVVPLGVGDSVINANDTLKLQRMGVLPKFHGGTKKKDWLDQLKGNIGKKAGEFGATAKNTAHNIKKGAEEMVE AAGDKIKDGASWLGDKIGDVWDYVQHPGKLVNKVMSGLNINFGGGANATVKIAKGAYSLLKKKLVDKVKSWFEDFGGGGD GSYLFEYPIWQRFGRYTGGLNFNGGRHYGIDFGMPSGTNVYAVKGGIADKVWTDYGGGNSIQIKTGANEWNWYMHLSKQL ARQGQRIKAGQLIGKSGATGNFVRGAHLHFQLMQGSHPGNDTAKDPEKWLKSLKGSGVRSGSGVNKAASAWAGDIRRAAK RMGVNVTSGDVGNIISLIQHESGGNAGITQSSALRDINVLQGNPAKGLLQYIPQTFRHYAVRGHNNIYSGYDQLLAFFNN RYWRSQFNPRGGWSPSGPRRYANGGLITKHQLAEVGEGDKQEMVIPLTRRKRAIQLTEQVMRIIGMDGKPNNITVNNDTS TVEKLLKQIVMLSDKGNKLTDALIQTVSSQDNNLGSNDAIRGLEKILSKQSGHRANANNYMGGLTN
Sequences:
>Translated_2066_residues MNEKVEGMTLELKLDHLGVQECMKGLKRQLGVVNSEMKANLSAFDKSEKSMEKYQARIKGLNDRLKVQKKMYSQVEDELK QVNANYQKAKSSVKDVEKAYLKLVEANKKEKLALDKSKEALKSSNTELKKAENQYKRTNQRKQDAYQKLKQLRDAEQKLK NSNQATTAQLKRASDAVQKQSAKHKALVEQYKQEGNQVQKLKVQNDNLSKSNDKIESSYAKTNTKLKQTEKEFNDLNNTI KNHSANVAKAETAVNKEKAALNNLERSIDKASSEMKTFNKEQMIAQSHFGKLASQADVMSKKFSSIGDKMTSLGRTMTMG VSTPITLGLGAALKTSADFEGQMSRVGAIAQASSKDLKSMSNQAVDLGAKTSKSANEVAKGMEELAALGFNAKQTMEAMP GVISAAEASGAEMATTATVMASAINSFGLKASDANHVADLLARSANDSAADIQYMGDALKYAGTPAKALGVSIEDTSAAI EVLSNSGLEGSQAGTALRASFIRLANPSKNTAKEMKKLGIHLSDAKGQFVGMGELIRQFQDNMKGMTREQKLATVATIVG TEAASGFLALIEAGPDKINSYSKSLKNSNGESKKAADLMKDNLKGALEQLGGAFESLAIEVGKDLTPMIRAGAEGLTKLV DGFTHLPGWVRKASVGLALFGAAIGPAVLAGGLLIRTVGSAAKGYASLNRRIAENTILSNTNSKAMKSLGLQTLFLGSTT GKTSKGFKGLAGAMMFNLKPINVLKNSAKLAILPFKLLKNGLGLAAKSLFAVSGGARFAGVALRFLTGPIGATITAITIA YKVFKTAYDRVEWFRNGINGLGETIKFFGGKIIGGAVRKLGEFKNYLGSIGKSFKEKFSKDMKDGYKSLSDDDLLKVGVN KFKGFMQTMGTASKKASDTVKVLGKGVSKETEKALEKYVHYSEENSRIMEKVRLNSGQISEDKAKKLLKIETDLSNNLIA EIEKRNKKELEKTQELIDKYSAFDEQEKQNILTRTKEKNDLRIKKEQELNQKIKELKEKALSDGQISENERKEIEKLENQ RRDITVKELSKTEKEQERILVRMQRNRNAYSIDEASKAIKEAEKARKARKKEVDKQYEDDVIAIKNNVNLSKSEKDKLLA IADQRHKDEVRKAKSKKDAVVDVVKKQNKDIDKEMDLSSGRVYKNTEKWWNGLKSWWSNFREDQKKKSDKYAKEQEETAR RNRENIKKWFGNAWDGVKSKTGEAFSKMGRNANHFGGEMKKMWSGIKGIPSKLSSGWSSAKSSVGYHTKAIANSTGKWFG KAWQSVKSTTGSIYNQTKQKYSDASDKAWAHSKSIWRGTSKWFSNAYKSAKGWLTDMANKSRAKWDNISSTAWSNAKSVW KGTSKWFSNSYKSLKDWTGDMYSRAHDRFDAISSSAWSNAKSVFNGFRKWLSKTYDWIRDIGKDMGRAAADLGKNVANKA IGGLNSMIGGINKISKAITDKNLIKPIPTLSTGTLAGKGVATDNSGALTQPTFAVLNDRGSGNAPGGGVQEVIHRADGTF HAPQGRDVVVPLGVGDSVINANDTLKLQRMGVLPKFHGGTKKKDWLDQLKGNIGKKAGEFGATAKNTAHNIKKGAEEMVE AAGDKIKDGASWLGDKIGDVWDYVQHPGKLVNKVMSGLNINFGGGANATVKIAKGAYSLLKKKLVDKVKSWFEDFGGGGD GSYLFEYPIWQRFGRYTGGLNFNGGRHYGIDFGMPSGTNVYAVKGGIADKVWTDYGGGNSIQIKTGANEWNWYMHLSKQL ARQGQRIKAGQLIGKSGATGNFVRGAHLHFQLMQGSHPGNDTAKDPEKWLKSLKGSGVRSGSGVNKAASAWAGDIRRAAK RMGVNVTSGDVGNIISLIQHESGGNAGITQSSALRDINVLQGNPAKGLLQYIPQTFRHYAVRGHNNIYSGYDQLLAFFNN RYWRSQFNPRGGWSPSGPRRYANGGLITKHQLAEVGEGDKQEMVIPLTRRKRAIQLTEQVMRIIGMDGKPNNITVNNDTS TVEKLLKQIVMLSDKGNKLTDALIQTVSSQDNNLGSNDAIRGLEKILSKQSGHRANANNYMGGLTN >Mature_2066_residues MNEKVEGMTLELKLDHLGVQECMKGLKRQLGVVNSEMKANLSAFDKSEKSMEKYQARIKGLNDRLKVQKKMYSQVEDELK QVNANYQKAKSSVKDVEKAYLKLVEANKKEKLALDKSKEALKSSNTELKKAENQYKRTNQRKQDAYQKLKQLRDAEQKLK NSNQATTAQLKRASDAVQKQSAKHKALVEQYKQEGNQVQKLKVQNDNLSKSNDKIESSYAKTNTKLKQTEKEFNDLNNTI KNHSANVAKAETAVNKEKAALNNLERSIDKASSEMKTFNKEQMIAQSHFGKLASQADVMSKKFSSIGDKMTSLGRTMTMG VSTPITLGLGAALKTSADFEGQMSRVGAIAQASSKDLKSMSNQAVDLGAKTSKSANEVAKGMEELAALGFNAKQTMEAMP GVISAAEASGAEMATTATVMASAINSFGLKASDANHVADLLARSANDSAADIQYMGDALKYAGTPAKALGVSIEDTSAAI EVLSNSGLEGSQAGTALRASFIRLANPSKNTAKEMKKLGIHLSDAKGQFVGMGELIRQFQDNMKGMTREQKLATVATIVG TEAASGFLALIEAGPDKINSYSKSLKNSNGESKKAADLMKDNLKGALEQLGGAFESLAIEVGKDLTPMIRAGAEGLTKLV DGFTHLPGWVRKASVGLALFGAAIGPAVLAGGLLIRTVGSAAKGYASLNRRIAENTILSNTNSKAMKSLGLQTLFLGSTT GKTSKGFKGLAGAMMFNLKPINVLKNSAKLAILPFKLLKNGLGLAAKSLFAVSGGARFAGVALRFLTGPIGATITAITIA YKVFKTAYDRVEWFRNGINGLGETIKFFGGKIIGGAVRKLGEFKNYLGSIGKSFKEKFSKDMKDGYKSLSDDDLLKVGVN KFKGFMQTMGTASKKASDTVKVLGKGVSKETEKALEKYVHYSEENSRIMEKVRLNSGQISEDKAKKLLKIETDLSNNLIA EIEKRNKKELEKTQELIDKYSAFDEQEKQNILTRTKEKNDLRIKKEQELNQKIKELKEKALSDGQISENERKEIEKLENQ RRDITVKELSKTEKEQERILVRMQRNRNAYSIDEASKAIKEAEKARKARKKEVDKQYEDDVIAIKNNVNLSKSEKDKLLA IADQRHKDEVRKAKSKKDAVVDVVKKQNKDIDKEMDLSSGRVYKNTEKWWNGLKSWWSNFREDQKKKSDKYAKEQEETAR RNRENIKKWFGNAWDGVKSKTGEAFSKMGRNANHFGGEMKKMWSGIKGIPSKLSSGWSSAKSSVGYHTKAIANSTGKWFG KAWQSVKSTTGSIYNQTKQKYSDASDKAWAHSKSIWRGTSKWFSNAYKSAKGWLTDMANKSRAKWDNISSTAWSNAKSVW KGTSKWFSNSYKSLKDWTGDMYSRAHDRFDAISSSAWSNAKSVFNGFRKWLSKTYDWIRDIGKDMGRAAADLGKNVANKA IGGLNSMIGGINKISKAITDKNLIKPIPTLSTGTLAGKGVATDNSGALTQPTFAVLNDRGSGNAPGGGVQEVIHRADGTF HAPQGRDVVVPLGVGDSVINANDTLKLQRMGVLPKFHGGTKKKDWLDQLKGNIGKKAGEFGATAKNTAHNIKKGAEEMVE AAGDKIKDGASWLGDKIGDVWDYVQHPGKLVNKVMSGLNINFGGGANATVKIAKGAYSLLKKKLVDKVKSWFEDFGGGGD GSYLFEYPIWQRFGRYTGGLNFNGGRHYGIDFGMPSGTNVYAVKGGIADKVWTDYGGGNSIQIKTGANEWNWYMHLSKQL ARQGQRIKAGQLIGKSGATGNFVRGAHLHFQLMQGSHPGNDTAKDPEKWLKSLKGSGVRSGSGVNKAASAWAGDIRRAAK RMGVNVTSGDVGNIISLIQHESGGNAGITQSSALRDINVLQGNPAKGLLQYIPQTFRHYAVRGHNNIYSGYDQLLAFFNN RYWRSQFNPRGGWSPSGPRRYANGGLITKHQLAEVGEGDKQEMVIPLTRRKRAIQLTEQVMRIIGMDGKPNNITVNNDTS TVEKLLKQIVMLSDKGNKLTDALIQTVSSQDNNLGSNDAIRGLEKILSKQSGHRANANNYMGGLTN
Specific function: Lyses staphylococcal cells by hydrolyzing the polyglycine interpeptide bridges of the peptidoglycan [H]
COG id: COG5283
COG function: function code S; Phage-related tail protein
Gene ontology:
Cell location: Secreted [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the peptidase M23B family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR011055 - InterPro: IPR016047 - InterPro: IPR002886 - InterPro: IPR003646 - InterPro: IPR013667 [H]
Pfam domain/function: PF01551 Peptidase_M23; PF08460 SH3_5 [H]
EC number: =3.4.24.75 [H]
Molecular weight: Translated: 226106; Mature: 226106
Theoretical pI: Translated: 10.49; Mature: 10.49
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.0 %Cys (Translated Protein) 2.6 %Met (Translated Protein) 2.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.0 %Cys (Mature Protein) 2.6 %Met (Mature Protein) 2.7 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MNEKVEGMTLELKLDHLGVQECMKGLKRQLGVVNSEMKANLSAFDKSEKSMEKYQARIKG CCCCCCCCEEEEEEHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC LNDRLKVQKKMYSQVEDELKQVNANYQKAKSSVKDVEKAYLKLVEANKKEKLALDKSKEA CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH LKSSNTELKKAENQYKRTNQRKQDAYQKLKQLRDAEQKLKNSNQATTAQLKRASDAVQKQ HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH SAKHKALVEQYKQEGNQVQKLKVQNDNLSKSNDKIESSYAKTNTKLKQTEKEFNDLNNTI HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KNHSANVAKAETAVNKEKAALNNLERSIDKASSEMKTFNKEQMIAQSHFGKLASQADVMS HHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH KKFSSIGDKMTSLGRTMTMGVSTPITLGLGAALKTSADFEGQMSRVGAIAQASSKDLKSM HHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCHHHHCCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SNQAVDLGAKTSKSANEVAKGMEELAALGFNAKQTMEAMPGVISAAEASGAEMATTATVM HHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH ASAINSFGLKASDANHVADLLARSANDSAADIQYMGDALKYAGTPAKALGVSIEDTSAAI 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