| Definition | Legionella pneumophila str. Corby chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_009494 |
| Length | 3,576,470 |
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The map label for this gene is sdhB
Identifier: 148358294
GI number: 148358294
Start: 166083
End: 171680
Strand: Reverse
Name: sdhB
Synonym: LPC_0156
Alternate gene names: NA
Gene position: 171680-166083 (Counterclockwise)
Preceding gene: 148358295
Following gene: 148358291
Centisome position: 4.8
GC content: 38.1
Gene sequence:
>5598_bases ATGCCGGATAAAAAATCATCAGAAACTCTGTTATCGCAGCAAATAAATGAAGTAAGAGGTTTGCTGCTGCAAGCCCTTAA AACTCAATTAGATGATCTGGTAGCTGAAAAACTCATTCCACAACCAAGTGGCGTTCCTTTTGTTGATTTTGAGAAAGATC CACCACAAATTGCGACTCTAAAAAAAGTAATTAATTGTCTTTATCATGCAGAGGAAGCGTTTAAAAGCTGGGAAAGCATT GACACCAGTACGCTATTGGGTAAAGCCAAAGCAGCACCAAAATTAATTCACGCGCTAACCCAGATATACAAATCCTTGGG CTTACTTGATGAGGCAAGCCCTGAAATAAGAAGTGTCATAGCAGACAATTACCATTTACTTGAACCTCTATTTACTCAAG CGTATGCCATCGTGCAAGAGTCTGGCTGGTTATCAGAATTCATGGAAATGGATGTGACCGATAAAGCATCCAAAGTGATC TTCCAAGGGATGGATTTATTAGGTCCCGATGTCGATAAATGGCATGATACGCATCCTCTTGTTGACGCATTTTCAAAAAT ATCAAAACTGGTAGAAACCATATCCACACTACAAGAAAAGGACATGCCGGGAAAAGAGAAAGAACAAGCGGTAGAATTGA TTCGCGCCTTACTTGATGACCTGGACAATAACCCTTTTATCAGCAAATTAAGTATCAGTGATTTTGAAGACTCCAAAGCC ATAAAGGATTTATTGGAATGGTTTAAGAACATACAAGACGATGGTTTTGATTTTAGCAAGAAATCCATTAAGCAATATGT TTCCTGGGCAAATCACTATTTACCCACATTAATCGCCTTCGCTGATCAACTGGAACGGCAAAACTATTTAAAACCAGGCA GCTTATCCGCCAATTTGTGTTCTCAGATAGAACATTTGGGTAAACAAGTGAATGACATTTTATCTGAACCTGGTTTTGGT 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Upstream 100 bases:
>100_bases AAAGCAAGGTTCTTTCATAAAAGACAAAAAATGATTATTTTAATGACACTTTAATCAAATTATCACCTCTATGCTACTAT TAAGCATAGAGGTGATCAAA
Downstream 100 bases:
>100_bases GGCTCAATAGGCTATATTGGTAGAAAATCATTCTACACTCAGGACTTACCCCGTGAACAGTGCGTAAACAGCAATGGCAA AAGTAATCATGTTAAATGCC
Product: Dot/Icm system substrate protein SdhB
Products: NA
Alternate protein names: SdhA GRIP Coiled-Coil Protein GCC
Number of amino acids: Translated: 1865; Mature: 1864
Protein sequence:
>1865_residues MPDKKSSETLLSQQINEVRGLLLQALKTQLDDLVAEKLIPQPSGVPFVDFEKDPPQIATLKKVINCLYHAEEAFKSWESI DTSTLLGKAKAAPKLIHALTQIYKSLGLLDEASPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYAIVQESGWLSEFMEMDVTDKASKVI FQGMDLLGPDVDKWHDTHPLVDAFSKISKLVETISTLQEKDMPGKEKEQAVELIRALLDDLDNNPFISKLSISDFEDSKA IKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIKQYVSWANHYLPTLIAFADQLERQNYLKPGSLSANLCSQIEHLGKQVNDILSEPGFG VTERVVTIDSLQGQREQKIHNAQVKSVQVIMATEKQLAATADFYQILEAYKGMNLSQITEPDRRVLRQLYPQIQTALAHA SLDLENQLTSVLNTTGPEKTPAKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESVDRFLSSQIASEQFKILIAEKARE KLRTGSDKIKETALQYQAEARLNAIKSTLRKQPSQMEAPPSEFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTVNGTRTSVDTL IHRHLPEKYQACFSTLPYQINENDPELVKKIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASAASKLKSSVKE LPPEGQKALAPLLQQIMTLGLSFSDTNYTANDLSALQQLKMEGEVRPKSPSVASPDTIGTLPEETGKRTVKKPKEKTTEL LDYADKISNARASLLNKFKNTLSPALADSLNPQKNGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWHGIDTSTTLGK VAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVNQYGWARQFSELDIAQQLGSILGQGINTVQ PKTDEITQTASLVKLFSEIPRLLNNISSSLDQKSEKSIDELKISNKKIEAIGAVFELFFEENAHLMSMFKGFSAISGLIE LNKKIQLEGTNLQEVTIRQYQSWLKEGYPNLMMILDEIETRHYLTPGFLSAPIALELDQINDKLNEIIETKPDFKLQKIP LSFYMGDKRIERLMTKKTEHCLAVLQIEEQKKAVNTFFGILKHYSDQPLSNIKPNELAQLRLAFVEIQSAMANSNLELSN DFVAALNQLETSPPEKTKKIQVTVSQLLKVQPAVETYLNEHKKSSELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSGASKEINIPQLR KTFLETESKKPVVGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKISSTVGMMREQFSALTRDNFSNRVQKYLIKPQDKPLHMIN DNDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALLEIANHALQLKMAVERFSPELKEHYGPLVRTVLSFSN KIQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGVREVQIDRDESVGKKAAKLGVKYAHLASPQLEKAR AYLSSRYKNAFGQQPKVIRSFTREQLANEEFMDAEISRLKETLEEKYGFNIATIKVLLDLLEQIQRAGAQAAEVAGMVNT LVTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTYVNILIRQTES DLQTLKEKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLAFLRQQMVLLEDKNPNQTRNVLMDMQFEVSLRNHLVYTTLKAPIAQEYEQI AIEYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINRELQNRDIPIR QRALKVKLLPNDTVFIEKLISADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLVYIYRQKQMEQSIKNIEKSISFKEELH TIKDPDGPSPRKEEGQEGEIEFTKL
Sequences:
>Translated_1865_residues MPDKKSSETLLSQQINEVRGLLLQALKTQLDDLVAEKLIPQPSGVPFVDFEKDPPQIATLKKVINCLYHAEEAFKSWESI DTSTLLGKAKAAPKLIHALTQIYKSLGLLDEASPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYAIVQESGWLSEFMEMDVTDKASKVI FQGMDLLGPDVDKWHDTHPLVDAFSKISKLVETISTLQEKDMPGKEKEQAVELIRALLDDLDNNPFISKLSISDFEDSKA IKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIKQYVSWANHYLPTLIAFADQLERQNYLKPGSLSANLCSQIEHLGKQVNDILSEPGFG VTERVVTIDSLQGQREQKIHNAQVKSVQVIMATEKQLAATADFYQILEAYKGMNLSQITEPDRRVLRQLYPQIQTALAHA SLDLENQLTSVLNTTGPEKTPAKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESVDRFLSSQIASEQFKILIAEKARE KLRTGSDKIKETALQYQAEARLNAIKSTLRKQPSQMEAPPSEFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTVNGTRTSVDTL IHRHLPEKYQACFSTLPYQINENDPELVKKIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASAASKLKSSVKE LPPEGQKALAPLLQQIMTLGLSFSDTNYTANDLSALQQLKMEGEVRPKSPSVASPDTIGTLPEETGKRTVKKPKEKTTEL LDYADKISNARASLLNKFKNTLSPALADSLNPQKNGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWHGIDTSTTLGK VAAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVNQYGWARQFSELDIAQQLGSILGQGINTVQ PKTDEITQTASLVKLFSEIPRLLNNISSSLDQKSEKSIDELKISNKKIEAIGAVFELFFEENAHLMSMFKGFSAISGLIE LNKKIQLEGTNLQEVTIRQYQSWLKEGYPNLMMILDEIETRHYLTPGFLSAPIALELDQINDKLNEIIETKPDFKLQKIP LSFYMGDKRIERLMTKKTEHCLAVLQIEEQKKAVNTFFGILKHYSDQPLSNIKPNELAQLRLAFVEIQSAMANSNLELSN DFVAALNQLETSPPEKTKKIQVTVSQLLKVQPAVETYLNEHKKSSELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSGASKEINIPQLR KTFLETESKKPVVGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKISSTVGMMREQFSALTRDNFSNRVQKYLIKPQDKPLHMIN DNDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALLEIANHALQLKMAVERFSPELKEHYGPLVRTVLSFSN KIQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGVREVQIDRDESVGKKAAKLGVKYAHLASPQLEKAR AYLSSRYKNAFGQQPKVIRSFTREQLANEEFMDAEISRLKETLEEKYGFNIATIKVLLDLLEQIQRAGAQAAEVAGMVNT LVTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTYVNILIRQTES DLQTLKEKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLAFLRQQMVLLEDKNPNQTRNVLMDMQFEVSLRNHLVYTTLKAPIAQEYEQI AIEYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINRELQNRDIPIR QRALKVKLLPNDTVFIEKLISADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLVYIYRQKQMEQSIKNIEKSISFKEELH TIKDPDGPSPRKEEGQEGEIEFTKL >Mature_1864_residues PDKKSSETLLSQQINEVRGLLLQALKTQLDDLVAEKLIPQPSGVPFVDFEKDPPQIATLKKVINCLYHAEEAFKSWESID TSTLLGKAKAAPKLIHALTQIYKSLGLLDEASPEIRSVIADNYHLLEPLFTQAYAIVQESGWLSEFMEMDVTDKASKVIF QGMDLLGPDVDKWHDTHPLVDAFSKISKLVETISTLQEKDMPGKEKEQAVELIRALLDDLDNNPFISKLSISDFEDSKAI KDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIKQYVSWANHYLPTLIAFADQLERQNYLKPGSLSANLCSQIEHLGKQVNDILSEPGFGV TERVVTIDSLQGQREQKIHNAQVKSVQVIMATEKQLAATADFYQILEAYKGMNLSQITEPDRRVLRQLYPQIQTALAHAS LDLENQLTSVLNTTGPEKTPAKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESVDRFLSSQIASEQFKILIAEKAREK LRTGSDKIKETALQYQAEARLNAIKSTLRKQPSQMEAPPSEFVAVKPSKLVNLRGTLTAIQEMQLSTTVNGTRTSVDTLI HRHLPEKYQACFSTLPYQINENDPELVKKIKTVENNLFQLEKALKDFEKIDLSYGIMIRLHYFIAIASAASKLKSSVKEL PPEGQKALAPLLQQIMTLGLSFSDTNYTANDLSALQQLKMEGEVRPKSPSVASPDTIGTLPEETGKRTVKKPKEKTTELL DYADKISNARASLLNKFKNTLSPALADSLNPQKNGVPFVHLDQDPPQIAAIKKIINSMYHAECALKTWHGIDTSTTLGKV AAAHQGVAALSQVYKSFTLFTEDFSDIHNLIRENHDLIAPVIIEANKLVNQYGWARQFSELDIAQQLGSILGQGINTVQP KTDEITQTASLVKLFSEIPRLLNNISSSLDQKSEKSIDELKISNKKIEAIGAVFELFFEENAHLMSMFKGFSAISGLIEL NKKIQLEGTNLQEVTIRQYQSWLKEGYPNLMMILDEIETRHYLTPGFLSAPIALELDQINDKLNEIIETKPDFKLQKIPL SFYMGDKRIERLMTKKTEHCLAVLQIEEQKKAVNTFFGILKHYSDQPLSNIKPNELAQLRLAFVEIQSAMANSNLELSND FVAALNQLETSPPEKTKKIQVTVSQLLKVQPAVETYLNEHKKSSELKIAVIDKAIEHVKDKSFELKSGASKEINIPQLRK TFLETESKKPVVGPGELKPTSVSSLNTVRGNLAYIQELKISSTVGMMREQFSALTRDNFSNRVQKYLIKPQDKPLHMIND NDPLMVRQIKEVENGLYHLETALKQFEQMKKSDSLVSQTKALLEIANHALQLKMAVERFSPELKEHYGPLVRTVLSFSNK IQSINYNKEDWADLQFILNRAHKELLKRKTPRDHRIEKAFFEAGVREVQIDRDESVGKKAAKLGVKYAHLASPQLEKARA YLSSRYKNAFGQQPKVIRSFTREQLANEEFMDAEISRLKETLEEKYGFNIATIKVLLDLLEQIQRAGAQAAEVAGMVNTL VTYDFPKIKENAYRDLLTKLSQEEDYLNLKPGTLINPAMAAVNQLFLSAALELDMPFSKKLSILDDTTYVNILIRQTESD LQTLKEKLSEDPSNHEIAFEIEIKNDKLAFLRQQMVLLEDKNPNQTRNVLMDMQFEVSLRNHLVYTTLKAPIAQEYEQIA IEYYKKNKNRFLYADDCSKELLQGLKEFEKKHLPDHLIVFEAYDRLRLFSAKLPPKNQDVKEYIENINRELQNRDIPIRQ RALKVKLLPNDTVFIEKLISADKGTHFLRKFMQFITIITASITEAIKTGGSLVYIYRQKQMEQSIKNIEKSISFKEELHT IKDPDGPSPRKEEGQEGEIEFTKL
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 211501; Mature: 211370
Theoretical pI: Translated: 6.94; Mature: 6.94
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.9 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.8 %Met (Mature Protein) 2.1 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MPDKKSSETLLSQQINEVRGLLLQALKTQLDDLVAEKLIPQPSGVPFVDFEKDPPQIATL CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECCCCCCCHHHHH KKVINCLYHAEEAFKSWESIDTSTLLGKAKAAPKLIHALTQIYKSLGLLDEASPEIRSVI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHH ADNYHLLEPLFTQAYAIVQESGWLSEFMEMDVTDKASKVIFQGMDLLGPDVDKWHDTHPL HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCCCHHHCCCCHH VDAFSKISKLVETISTLQEKDMPGKEKEQAVELIRALLDDLDNNPFISKLSISDFEDSKA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCHHHH IKDLLEWFKNIQDDGFDFSKKSIKQYVSWANHYLPTLIAFADQLERQNYLKPGSLSANLC HHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHH SQIEHLGKQVNDILSEPGFGVTERVVTIDSLQGQREQKIHNAQVKSVQVIMATEKQLAAT HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHEEHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHEEEECHHHHHHH ADFYQILEAYKGMNLSQITEPDRRVLRQLYPQIQTALAHASLDLENQLTSVLNTTGPEKT HHHHHHHHHHCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCC PAKPKSWWELAKDGLGYVASYVVNYNVDKILGTRESVDRFLSSQIASEQFKILIAEKARE 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