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The map label for this gene is ykuT [H]

Identifier: 113475914

GI number: 113475914

Start: 3539552

End: 3541312

Strand: Reverse

Name: ykuT [H]

Synonym: Tery_2274

Alternate gene names: 113475914

Gene position: 3541312-3539552 (Counterclockwise)

Preceding gene: 113475917

Following gene: 113475913

Centisome position: 45.69

GC content: 27.71

Gene sequence:

>1761_bases
ATGCAAATTTTTAAACTTATTTTATTAAACCTCCTGCTTATCAAAAAAAATTTATTCTACAATTGCTATAAAATATCAAA
AATTATAACTGTAATAGTGTTGAGTCTGTCAATCTTCATTCTTACCATTAACAAAAGTAACTTAGCATTAGTTAATAATT
CAGAAAAAACACAAAATAGTAATATTGAAAATATCGCCCCTTTTAACTTATTAACACCTCGGAGCAACATAGTTTATAAA
CCTATCAAAATAGACGGTAGAGAAATATTAAAAGTCGCAGCAATAGCAGGGCAAGAAATTCAAGGAAATAGCAATACATC
TCCTCTAAATATTCGAGTCAGACTGTATGAAAATAATCTTATACAAACGATTAAAAATTGCTTTGATGCAGATACTTTAA
AATTAACTCTTGAAATCCTGGAAAACCAGACTTTAGTATTTGCTTCTGATGCAGAAGAACTAAAAAATCAAGAATTAATT
GCTATTACAGATTTAGATGCTCAGATTCATGGCATATCTAGACAAGATTTAGCTAATCAGATTATTGGTTTTATGAGAGA
TGCTTTAATTAGGGCACAGAGAGAGCGACAACCAGACTATTTATTCAGGCAAACTTTAATTTCTACAGGAATAATATTAA
CTTTGATACTGTTGAGCTTTCTCATATCAACTTGGCAAAAATACTGCTTCGAGAAATATCAAAAACTCCAAAAGTTAATA
GAAGGTTTAAAATTTTCTTATACACAAATAGATGAGTTGAGAAATCAGCAACAATTAACTTCAGTCAAACCAGAATTAAA
CATTGGACAAAAACAACAGTTAATCTGGGAACAAAAGCAATATAAAAATTCTTTTTTTAGAAGTTTATTGCAAGTAACTA
AAATAATTCTATGGCTGTATAGTATTAGCTGGATTTTAGGAAATTTTCCTTATAGTCGTTGGCTACAAATTTTATTACTT
TCTTACGCCACAGTATTAACTATAATCATCGGTACTTACTTAATAATTAAAATTAGTCCAGTTGTAATCAACTCGTTTAC
CATTAATAGTTTTCATATACTAGATATGGAATCTTATATTCAGAGAACAGTATCAAGAGCAATTACTTTTTCCCATACAT
TGCAAGGAATGGTAATTTTTATATTGGTTTTTATTTGTATACTTTTGATATTTTACCAATTAAATATTTCTATAATTATC
ATATTAGTTGGTTTAGGAATTATTAGTTTTGCAGTTTCTTTGGGTGGTGATAATTTAGTTAAAGACATAATAAGTGGAAT
TTTTATTTTGGGGGAAGATCAATATGCAATAGGGGACCTGATTGACTTAGATAATACTATTGGTTATGTAGAAGATATGA
ATTTTCGGGTGACACAATTGCGTAATACTGGAGGAAGTTTAACGACTATTCCTAATAGTAAAGTTACTATTATAAATAAT
TTTACTAAAGATTGGGCAAGTATTGATTTGAAAATAAAAGTTAATTTGGATACTAATTTAAGTCAAGCACTAAAGTTAAT
TAATAAAGTTAATAATGAGTTAATAAATGATGCAAATTGGAGAGATAAAATTATAGATTTTGCAAGTATTTTAGCCGTTA
ATAGTATTAATAAAATGGATGTAGAAATTACAATTAGAGTCAAAACAAAACCAAGAAAACAGTGGAATGTAGCTCGTGAG
TTTTGCTACAGATTGAAAGAAAATTTTGAGAGAGAAAACATTCCTGTTAATGCTACAATAATTTCAAAATATAAGATTTA
A

Upstream 100 bases:

>100_bases
AAACCAGGTTTATTGCCCCGATCATTGTTTTTCGCACTTATGGAAAATTTGGTCGAGCCAGCCAGTTTTTTTTGTAAGTC
CTATGTATATCTAATAGCTT

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATTGAAAAAATTATATTTTTATAAGTGGTAATTTGGGCGCATCTAAAAAAGAGCAGGAGTCTGGTAACCCCATATTTTGT
GGTGAGTGGCCGCAAGAAGA

Product: mechanosensitive ion channel MscS

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 586; Mature: 586

Protein sequence:

>586_residues
MQIFKLILLNLLLIKKNLFYNCYKISKIITVIVLSLSIFILTINKSNLALVNNSEKTQNSNIENIAPFNLLTPRSNIVYK
PIKIDGREILKVAAIAGQEIQGNSNTSPLNIRVRLYENNLIQTIKNCFDADTLKLTLEILENQTLVFASDAEELKNQELI
AITDLDAQIHGISRQDLANQIIGFMRDALIRAQRERQPDYLFRQTLISTGIILTLILLSFLISTWQKYCFEKYQKLQKLI
EGLKFSYTQIDELRNQQQLTSVKPELNIGQKQQLIWEQKQYKNSFFRSLLQVTKIILWLYSISWILGNFPYSRWLQILLL
SYATVLTIIIGTYLIIKISPVVINSFTINSFHILDMESYIQRTVSRAITFSHTLQGMVIFILVFICILLIFYQLNISIII
ILVGLGIISFAVSLGGDNLVKDIISGIFILGEDQYAIGDLIDLDNTIGYVEDMNFRVTQLRNTGGSLTTIPNSKVTIINN
FTKDWASIDLKIKVNLDTNLSQALKLINKVNNELINDANWRDKIIDFASILAVNSINKMDVEITIRVKTKPRKQWNVARE
FCYRLKENFERENIPVNATIISKYKI

Sequences:

>Translated_586_residues
MQIFKLILLNLLLIKKNLFYNCYKISKIITVIVLSLSIFILTINKSNLALVNNSEKTQNSNIENIAPFNLLTPRSNIVYK
PIKIDGREILKVAAIAGQEIQGNSNTSPLNIRVRLYENNLIQTIKNCFDADTLKLTLEILENQTLVFASDAEELKNQELI
AITDLDAQIHGISRQDLANQIIGFMRDALIRAQRERQPDYLFRQTLISTGIILTLILLSFLISTWQKYCFEKYQKLQKLI
EGLKFSYTQIDELRNQQQLTSVKPELNIGQKQQLIWEQKQYKNSFFRSLLQVTKIILWLYSISWILGNFPYSRWLQILLL
SYATVLTIIIGTYLIIKISPVVINSFTINSFHILDMESYIQRTVSRAITFSHTLQGMVIFILVFICILLIFYQLNISIII
ILVGLGIISFAVSLGGDNLVKDIISGIFILGEDQYAIGDLIDLDNTIGYVEDMNFRVTQLRNTGGSLTTIPNSKVTIINN
FTKDWASIDLKIKVNLDTNLSQALKLINKVNNELINDANWRDKIIDFASILAVNSINKMDVEITIRVKTKPRKQWNVARE
FCYRLKENFERENIPVNATIISKYKI
>Mature_586_residues
MQIFKLILLNLLLIKKNLFYNCYKISKIITVIVLSLSIFILTINKSNLALVNNSEKTQNSNIENIAPFNLLTPRSNIVYK
PIKIDGREILKVAAIAGQEIQGNSNTSPLNIRVRLYENNLIQTIKNCFDADTLKLTLEILENQTLVFASDAEELKNQELI
AITDLDAQIHGISRQDLANQIIGFMRDALIRAQRERQPDYLFRQTLISTGIILTLILLSFLISTWQKYCFEKYQKLQKLI
EGLKFSYTQIDELRNQQQLTSVKPELNIGQKQQLIWEQKQYKNSFFRSLLQVTKIILWLYSISWILGNFPYSRWLQILLL
SYATVLTIIIGTYLIIKISPVVINSFTINSFHILDMESYIQRTVSRAITFSHTLQGMVIFILVFICILLIFYQLNISIII
ILVGLGIISFAVSLGGDNLVKDIISGIFILGEDQYAIGDLIDLDNTIGYVEDMNFRVTQLRNTGGSLTTIPNSKVTIINN
FTKDWASIDLKIKVNLDTNLSQALKLINKVNNELINDANWRDKIIDFASILAVNSINKMDVEITIRVKTKPRKQWNVARE
FCYRLKENFERENIPVNATIISKYKI

Specific function: May play a role in resistance to osmotic downshock [H]

COG id: COG0668

COG function: function code M; Small-conductance mechanosensitive channel

Gene ontology:

Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the mscS (TC 1.A.23) family [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI87081787, Length=195, Percent_Identity=29.2307692307692, Blast_Score=74, Evalue=2e-14,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR010920
- InterPro:   IPR011066
- InterPro:   IPR006685
- InterPro:   IPR011014 [H]

Pfam domain/function: PF00924 MS_channel [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 67294; Mature: 67294

Theoretical pI: Translated: 9.57; Mature: 9.57

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.9 %Cys     (Translated Protein)
1.0 %Met     (Translated Protein)
1.9 %Cys+Met (Translated Protein)
0.9 %Cys     (Mature Protein)
1.0 %Met     (Mature Protein)
1.9 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MQIFKLILLNLLLIKKNLFYNCYKISKIITVIVLSLSIFILTINKSNLALVNNSEKTQNS
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCEEEEECCCCCCCC
NIENIAPFNLLTPRSNIVYKPIKIDGREILKVAAIAGQEIQGNSNTSPLNIRVRLYENNL
CCCCCCCCEEECCCCCEEEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCHH
IQTIKNCFDADTLKLTLEILENQTLVFASDAEELKNQELIAITDLDAQIHGISRQDLANQ
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHHCCCCEEEEEECCHHHCCCCHHHHHHH
IIGFMRDALIRAQRERQPDYLFRQTLISTGIILTLILLSFLISTWQKYCFEKYQKLQKLI
HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EGLKFSYTQIDELRNQQQLTSVKPELNIGQKQQLIWEQKQYKNSFFRSLLQVTKIILWLY
HHHCCCHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SISWILGNFPYSRWLQILLLSYATVLTIIIGTYLIIKISPVVINSFTINSFHILDMESYI
HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCEEEEEEEECCEEEECHHHHH
QRTVSRAITFSHTLQGMVIFILVFICILLIFYQLNISIIIILVGLGIISFAVSLGGDNLV
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH
KDIISGIFILGEDQYAIGDLIDLDNTIGYVEDMNFRVTQLRNTGGSLTTIPNSKVTIINN
HHHHCCEEEECCCCCHHCCHHCCCCCCCHHHCCCEEEEEEECCCCCEEECCCCCEEEEEC
FTKDWASIDLKIKVNLDTNLSQALKLINKVNNELINDANWRDKIIDFASILAVNSINKMD
CCCCHHEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEE
VEITIRVKTKPRKQWNVAREFCYRLKENFERENIPVNATIISKYKI
EEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEECC
>Mature Secondary Structure
MQIFKLILLNLLLIKKNLFYNCYKISKIITVIVLSLSIFILTINKSNLALVNNSEKTQNS
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCCEEEEECCCCCCCC
NIENIAPFNLLTPRSNIVYKPIKIDGREILKVAAIAGQEIQGNSNTSPLNIRVRLYENNL
CCCCCCCCEEECCCCCEEEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCHH
IQTIKNCFDADTLKLTLEILENQTLVFASDAEELKNQELIAITDLDAQIHGISRQDLANQ
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHHCCCCEEEEEECCHHHCCCCHHHHHHH
IIGFMRDALIRAQRERQPDYLFRQTLISTGIILTLILLSFLISTWQKYCFEKYQKLQKLI
HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
EGLKFSYTQIDELRNQQQLTSVKPELNIGQKQQLIWEQKQYKNSFFRSLLQVTKIILWLY
HHHCCCHHHHHHHHCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SISWILGNFPYSRWLQILLLSYATVLTIIIGTYLIIKISPVVINSFTINSFHILDMESYI
HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCEEEEEEEECCEEEECHHHHH
QRTVSRAITFSHTLQGMVIFILVFICILLIFYQLNISIIIILVGLGIISFAVSLGGDNLV
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH
KDIISGIFILGEDQYAIGDLIDLDNTIGYVEDMNFRVTQLRNTGGSLTTIPNSKVTIINN
HHHHCCEEEECCCCCHHCCHHCCCCCCCHHHCCCEEEEEEECCCCCEEECCCCCEEEEEC
FTKDWASIDLKIKVNLDTNLSQALKLINKVNNELINDANWRDKIIDFASILAVNSINKMD
CCCCHHEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEE
VEITIRVKTKPRKQWNVAREFCYRLKENFERENIPVNATIISKYKI
EEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEECC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Alpha Beta

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 9384377 [H]