Definition | Psychrobacter cryohalolentis K5 chromosome, complete genome. |
---|---|
Accession | NC_007969 |
Length | 3,059,876 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is yjcG [C]
Identifier: 93007078
GI number: 93007078
Start: 2765765
End: 2767633
Strand: Direct
Name: yjcG [C]
Synonym: Pcryo_2254
Alternate gene names: 93007078
Gene position: 2765765-2767633 (Clockwise)
Preceding gene: 93007077
Following gene: 93007079
Centisome position: 90.39
GC content: 45.59
Gene sequence:
>1869_bases ATGAGTCAATTTACGATTAATATCATTTTTGTAGGTCTGTCCTTCGCTTTATACTTCGGTATCGCTTGGTGGGCACGTGC AGGTTCGACCAGTGAGTTCTATGTTGCTGGCGGCGGTGTACATCCTGTTGTTAACGGTATGGCAACTGCCGCTGACTGGA TGAGTGCGGCGTCATTTATCTCAATGGCTGGTATTATCGCCACTGGCGGTTATGCTGCATCAACTTATTTAATGGGTTGG ACGGGTGGTTATGTTCTACTCGCCATGCTCTTAGCACCTTACCTACGTAAATTCGGTAAGTTCACAGTTCCTGATTTTAT CGGTGACCGCTTTTATTCTAAAACCGCTGCTATGATTGCCGTTGTTTGTTTGATTATCGCATCAACCACTTATGTTATCG GTCAGATGACTGGTGCTGGTGTGGCATTCTCACGCTTCTTAGAAGTTGACAGTACCACTGGTCTGATTATTGCGGCTGTT GTTGTATTCTTCTACGCCGTACTTGGTGGTATGAAAGGGATTACCTACACGCAGGTTGCGCAATATGTTGTTCTTATGAT TGCCTATACGATTCCTGCCGTCTTTATCTCACTTGAGTTGACGGGTAACCCAATTCCAGGTCTTGGTTTATTCTCAAACC ATGTTGAATCAGGCATTCCTATCCTAACCAAGCTTGACCAAATCGTCGTCGACTTAGGCTTTACCGCTTATACCGCTGAC GTACCGAACAAGCTGAATATGGTGCTATTTACTTTATCACTGATGATTGGTACCGCGGGTCTACCTCACGTTATTATTCG CTTTTTCACGGTTCCTAAAGTTGCAGATGCGCGTTGGACAGCTGGTTGGACGTTGGTATTTATCGCGCTCCTATACTTCA CTGCCCCAGCAGTAGGTGCAATGGCGCGTCTAAATCTAATCAATACTGTTTATCCACAAGGTGTTGACGCTCCTGCTATC GAATATGATCAACGTCCAGATTGGATGAGAACATGGGAAGAAACTGGTCTTATTAAATATAACGATCTCAATAACGACGG TCGTATCCAGTTGTATAGTGATAGTGGACTTGGTGCAGCAGAGCTAGCATTGGCTGCCGCTACTACTGATGGCGGCGATG TTGCTGCTGCAACGACTACCGTTGAAAAAGCAAAAGCTGAACATGCTTTAGAGCGTGATGGTGTGTTTGTTGATAGAGGT TGGGCAGGTAATGAGCTTGATGTCAACGCTGACATCTTAGTATTGGCTAACCCAGAAATCGCACAGCTACCAGGTTGGGT TATTGGTCTTATCGCCGCAGGTGGTTTGGCAGCAGCGCTATCTACAGCAGCTGGTCTACTCCTCGCCATCTCATCAGCGA TCAGTCATGATTTGATTAAACGTAACCTTAATCCAAATATCACTGATGCAGGCGAGCTAAAAGTCGCACGTATCACGATG GCTGTTGCGCTTGTGGTTGCTACCTACTTAGGTATTAATCCACCAGGATTTGCTGCACAGGTCGTTGCATTGGCCTTTGG TATTGCTGGTGCCTCACTGTTCCCTGCATTGATGATGGGTATTTTCTCTAAACGTATTAACAACCTTGGCGCCATCGCTG GTATGCTCACAGGTCTAATTAGTATCTTAGTTTATATCTTCATCTTTAAAGGCTGGTTCTTCGTTACAGGTACAGCAAAC TTCCCTGATACTGAAGAGTACTGGTTGTTTGGTATCTCACCATTATCATTTGGTGTGATTGGTGCCTTGCTTAACTTTAT CGTAGCATTCGCAGTGTCTTATGCGACTGCGCCACCACCAGCACACATTCAAGAATTGGTTGAAAGTGTACGTTCTCCAC GTGGCGCTGGTGCTGCAGTAGATCACTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases CAACAAGGTGCTCTCATCGTATTTATCGCCCTCATCTTTTTCTATGCATGGCGCATGAATAAACTAGATAAACAATATGG TGTAGACGAGGAATAGCCCT
Downstream 100 bases:
>100_bases GCTTCGATACAAGCTAGCAAATGAAGTGCAAATGACGTATGGTTTTTTACGATAATATATCACTCACAGGCAGCAGCTGC TCGTGAGTGATTTTTTTATC
Product: Na+/solute symporter
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 622; Mature: 621
Protein sequence:
>622_residues MSQFTINIIFVGLSFALYFGIAWWARAGSTSEFYVAGGGVHPVVNGMATAADWMSAASFISMAGIIATGGYAASTYLMGW TGGYVLLAMLLAPYLRKFGKFTVPDFIGDRFYSKTAAMIAVVCLIIASTTYVIGQMTGAGVAFSRFLEVDSTTGLIIAAV VVFFYAVLGGMKGITYTQVAQYVVLMIAYTIPAVFISLELTGNPIPGLGLFSNHVESGIPILTKLDQIVVDLGFTAYTAD VPNKLNMVLFTLSLMIGTAGLPHVIIRFFTVPKVADARWTAGWTLVFIALLYFTAPAVGAMARLNLINTVYPQGVDAPAI EYDQRPDWMRTWEETGLIKYNDLNNDGRIQLYSDSGLGAAELALAAATTDGGDVAAATTTVEKAKAEHALERDGVFVDRG WAGNELDVNADILVLANPEIAQLPGWVIGLIAAGGLAAALSTAAGLLLAISSAISHDLIKRNLNPNITDAGELKVARITM AVALVVATYLGINPPGFAAQVVALAFGIAGASLFPALMMGIFSKRINNLGAIAGMLTGLISILVYIFIFKGWFFVTGTAN FPDTEEYWLFGISPLSFGVIGALLNFIVAFAVSYATAPPPAHIQELVESVRSPRGAGAAVDH
Sequences:
>Translated_622_residues MSQFTINIIFVGLSFALYFGIAWWARAGSTSEFYVAGGGVHPVVNGMATAADWMSAASFISMAGIIATGGYAASTYLMGW TGGYVLLAMLLAPYLRKFGKFTVPDFIGDRFYSKTAAMIAVVCLIIASTTYVIGQMTGAGVAFSRFLEVDSTTGLIIAAV VVFFYAVLGGMKGITYTQVAQYVVLMIAYTIPAVFISLELTGNPIPGLGLFSNHVESGIPILTKLDQIVVDLGFTAYTAD VPNKLNMVLFTLSLMIGTAGLPHVIIRFFTVPKVADARWTAGWTLVFIALLYFTAPAVGAMARLNLINTVYPQGVDAPAI EYDQRPDWMRTWEETGLIKYNDLNNDGRIQLYSDSGLGAAELALAAATTDGGDVAAATTTVEKAKAEHALERDGVFVDRG WAGNELDVNADILVLANPEIAQLPGWVIGLIAAGGLAAALSTAAGLLLAISSAISHDLIKRNLNPNITDAGELKVARITM AVALVVATYLGINPPGFAAQVVALAFGIAGASLFPALMMGIFSKRINNLGAIAGMLTGLISILVYIFIFKGWFFVTGTAN FPDTEEYWLFGISPLSFGVIGALLNFIVAFAVSYATAPPPAHIQELVESVRSPRGAGAAVDH >Mature_621_residues SQFTINIIFVGLSFALYFGIAWWARAGSTSEFYVAGGGVHPVVNGMATAADWMSAASFISMAGIIATGGYAASTYLMGWT GGYVLLAMLLAPYLRKFGKFTVPDFIGDRFYSKTAAMIAVVCLIIASTTYVIGQMTGAGVAFSRFLEVDSTTGLIIAAVV VFFYAVLGGMKGITYTQVAQYVVLMIAYTIPAVFISLELTGNPIPGLGLFSNHVESGIPILTKLDQIVVDLGFTAYTADV PNKLNMVLFTLSLMIGTAGLPHVIIRFFTVPKVADARWTAGWTLVFIALLYFTAPAVGAMARLNLINTVYPQGVDAPAIE YDQRPDWMRTWEETGLIKYNDLNNDGRIQLYSDSGLGAAELALAAATTDGGDVAAATTTVEKAKAEHALERDGVFVDRGW AGNELDVNADILVLANPEIAQLPGWVIGLIAAGGLAAALSTAAGLLLAISSAISHDLIKRNLNPNITDAGELKVARITMA VALVVATYLGINPPGFAAQVVALAFGIAGASLFPALMMGIFSKRINNLGAIAGMLTGLISILVYIFIFKGWFFVTGTANF PDTEEYWLFGISPLSFGVIGALLNFIVAFAVSYATAPPPAHIQELVESVRSPRGAGAAVDH
Specific function: Unknown
COG id: COG4147
COG function: function code R; Predicted symporter
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the sodium:solute symporter (SSF) (TC 2.A.21) family [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1790503, Length=282, Percent_Identity=28.7234042553192, Blast_Score=120, Evalue=2e-28,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR001734 - InterPro: IPR019899 [H]
Pfam domain/function: PF00474 SSF [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 65821; Mature: 65690
Theoretical pI: Translated: 4.95; Mature: 4.95
Prosite motif: PS00457 NA_SOLUT_SYMP_2 ; PS50283 NA_SOLUT_SYMP_3
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.2 %Cys (Translated Protein) 2.9 %Met (Translated Protein) 3.1 %Cys+Met (Translated Protein) 0.2 %Cys (Mature Protein) 2.7 %Met (Mature Protein) 2.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSQFTINIIFVGLSFALYFGIAWWARAGSTSEFYVAGGGVHPVVNGMATAADWMSAASFI CCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SMAGIIATGGYAASTYLMGWTGGYVLLAMLLAPYLRKFGKFTVPDFIGDRFYSKTAAMIA HHHHHHHCCCHHHHHEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH VVCLIIASTTYVIGQMTGAGVAFSRFLEVDSTTGLIIAAVVVFFYAVLGGMKGITYTQVA HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH QYVVLMIAYTIPAVFISLELTGNPIPGLGLFSNHVESGIPILTKLDQIVVDLGFTAYTAD HHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEECC VPNKLNMVLFTLSLMIGTAGLPHVIIRFFTVPKVADARWTAGWTLVFIALLYFTAPAVGA CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MARLNLINTVYPQGVDAPAIEYDQRPDWMRTWEETGLIKYNDLNNDGRIQLYSDSGLGAA HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCEEEEECCCCCHH ELALAAATTDGGDVAAATTTVEKAKAEHALERDGVFVDRGWAGNELDVNADILVLANPEI HHHEEEECCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCEECCCCCEEEEECCCH AQLPGWVIGLIAAGGLAAALSTAAGLLLAISSAISHDLIKRNLNPNITDAGELKVARITM HHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEHHHHHH AVALVVATYLGINPPGFAAQVVALAFGIAGASLFPALMMGIFSKRINNLGAIAGMLTGLI HHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SILVYIFIFKGWFFVTGTANFPDTEEYWLFGISPLSFGVIGALLNFIVAFAVSYATAPPP HHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCH AHIQELVESVRSPRGAGAAVDH HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure SQFTINIIFVGLSFALYFGIAWWARAGSTSEFYVAGGGVHPVVNGMATAADWMSAASFI CCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SMAGIIATGGYAASTYLMGWTGGYVLLAMLLAPYLRKFGKFTVPDFIGDRFYSKTAAMIA HHHHHHHCCCHHHHHEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH VVCLIIASTTYVIGQMTGAGVAFSRFLEVDSTTGLIIAAVVVFFYAVLGGMKGITYTQVA HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHH QYVVLMIAYTIPAVFISLELTGNPIPGLGLFSNHVESGIPILTKLDQIVVDLGFTAYTAD HHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEECC VPNKLNMVLFTLSLMIGTAGLPHVIIRFFTVPKVADARWTAGWTLVFIALLYFTAPAVGA CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MARLNLINTVYPQGVDAPAIEYDQRPDWMRTWEETGLIKYNDLNNDGRIQLYSDSGLGAA HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCEEEEECCCCCHH ELALAAATTDGGDVAAATTTVEKAKAEHALERDGVFVDRGWAGNELDVNADILVLANPEI HHHEEEECCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCEECCCCCEEEEECCCH AQLPGWVIGLIAAGGLAAALSTAAGLLLAISSAISHDLIKRNLNPNITDAGELKVARITM HHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEHHHHHH AVALVVATYLGINPPGFAAQVVALAFGIAGASLFPALMMGIFSKRINNLGAIAGMLTGLI HHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SILVYIFIFKGWFFVTGTANFPDTEEYWLFGISPLSFGVIGALLNFIVAFAVSYATAPPP HHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCH AHIQELVESVRSPRGAGAAVDH HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 1356967 [H]