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The map label for this gene is sbcC [H]

Identifier: 51599081

GI number: 51599081

Start: 878373

End: 881219

Strand: Direct

Name: sbcC [H]

Synonym: BG0855

Alternate gene names: 51599081

Gene position: 878373-881219 (Clockwise)

Preceding gene: 51599080

Following gene: 51599082

Centisome position: 97.14

GC content: 24.73

Gene sequence:

>2847_bases
ATGAGGATAAATAAGCTCATATTTAGAAATATTGCTTCTTATAAAGGTGAGCATGAGTTAAATTTCGATACTCTTCTTTT
AAGGCAATCAGGTATTTTTTTAATTTCTGGTAATACTGGATCAGGCAAAAGTACTATTTTAGATTGCATAACTTTGGCGC
TATATGCTCGTGTTTATAGGCTTGGAAAAAAAATTGTAGATATTATATCAAAAGGGGAGACTAGTGCTTATGTTAAATTA
ACATTTACTATTTCTGGTAAGATTTATGAATCTTTTATTGAGCTTAATGTAAAAAATATAGAGACTCCTAAGAATATGTT
GCTTAGTTGTTTTTTTGATGATAGGATTATTGAGGGTCGAACTGATGTTTTAGAGCATATTAAAAGTCTTTGTCGATTAG
ACTTTAATCAGTTTTGCCAAACTGTAATTTTACCACAAGGTAATTTTCAAGAATTTTTAACATCAACTCCTAAAGAGAAA
ACCGCAATAATTGATAATATTTTTAATTTAAAAAAATATGATAATTTGGAATTTTATTTAAAAAGTGATTTTGAGCTTAC
AAAGTTTAGTATAGATAGATTATTAAATTCTGAATCTTATGCAAAATCAATCCTTGATTATGATGAGAGGGAATATAAAT
CTCTTAAGGATTATTTAGATTTAGTTGATATTGGTCGATTAGAAATTGATCTTGAAAATATTAGAAGAGCTATTTCTTTG
TGTAATCAGGCAATAGCTTCCAATGAGAGATATTTAGGTTTAGAAATTGAAATGTCTTCTTTAGAGGATCAATTATCTTC
TCAGATTGAATATCAAGATTCTTTAGAGATGGACTATTTTCTTCAAAAGAAATTAAAAGAAAATTTGGACTTGGATCAAA
AAATTTATTTGTGTTCAGATTTTTGGAATTTGAAAAATCTTATTGCTATGCAAGGCGAATTATTTAATGATAGCAAATTG
CTTGATTTAGAGCTTTCAAAAGTGATAAACAATTTAAAAGAAATTAAAGATTTGGATAGTAATAATTTTAATTTTAATTA
TATTAAAGAACTTTATAATAAAAATTGTAATATTTTAAATTTGAGATCTGTTAAGAATGATTATCAAAGTTTGCTTTTAA
GGAAAAATAGTCTTGAAAATAAAAAAAAATCATTATTGAAGTCTCAAAGTAAAAAAAATGATGAGATTAAAAGTATTTCT
TCTGAAAAATCTAATTTCGATTTTGATAAATATGTTTACTATGAAGCATTGAAATTATTCCAAACTTTTAACGATGAGCT
TATTTCAAAATATAGAGATAGGTTGGAATTGTTATTACAATCTACTGACAAAGAAGATTGTAATAACAATAAGGAAAAAA
ATATTATTAAGATTAATTTGTATAAAGAGTTGTTAAAATATCTTGATGATAAAAATTTTTCTATTGAGAGTGATAAAGAG
AGACTAAAATATATTGAGATTGAATATAAAAATTATCAGCATAAAGATAAATTGTCGGTTTGTAGTTTGAAAGAGCTTTA
CATTTTAAATTCAAAACTTCATTTAATACAAAATCAAATTGATGAGCTTAAATATCAGCTATCTTGCAGACAAGAAGAAA
TCTCTAAACAAGAGATTAATGCTTTGGAATTTAAAAAGAATAATGCTGAAATTTTAAGATTGATTGGAAAAAAATTATTT
GATAAATACATAGATTATTCTGACAGAGAAAAAATTTTAGCATTTGAAAATAAATTAGAAAAGCTTGAACAATTTAAGGT
TAGGGAAAAAGATTTAAAAATTGAGATTTCCTTAAAAAATCAAAAGTTTGATCAAAATCTTTTAAAGATTAAAAGTTTAT
TATTAAAACTTAATTTAAATTTAAGTTTTAGTGACTATTCTTCTTTAGAAAGAGAATTTAATGTTATTTTGGCTAGGCAG
AAAAGTATAGAAAATGAATGGAATGAGCTTGTTTTAAATCTTAAAGATTTAGAAGATTTAAAAATTAAAACTGAAACCCA
AATTAAATTTATAAAGGAATCTATATTGACTTTAAAAGCGAGATTAAACGAAGAGAAAAATAGTTTTATTAACATAGTCT
CAAATTTAAAAAACGTTTTTTTCAGTTCATTTTCTTTTGAATCAGAAACTGTTTTGGAACAAATTAATAAGAATAGTCTT
TATTTCTTACAAAAATTAAGTTTATCAATTAGCTCTAAGCTTGAATTTTTATCTAGAGATATCGAAAAGTATAAAATAAA
GCTTTTAAATTTTGAAGCTCTTAAAAAAAAGATTAATCAACAAAAAATTAATTTAGACGCACTAAGAGGAGAATTAAATC
TTGCCAAAGAAAGGAAAGATAAGCTAGATGTTTTAAGGAAGGTGGTTATTAGATCTTCTGGATTGAAATATTATGTTCAA
ACTTTTTTAATTAATGATATTTTAAGGCTGGCAAATGAAAAGTATTTAAGGTGGATTTTTCCTGATTTTGAGCTTAAAAC
TAACAAAGAGAGCAAGGAGTTTGATTTTTTAATTGAAGACAAAAAAGATGTTAATAAAATAAGAACGGTAAAAACTTTAT
CTGGAGGCGAGAAATTTCTTGTATCTTTAGCCTTGTCTTTAGCTTTATCTGATAAAATAAGAGATAGTGAGTTAAAAATA
GAAGCTTTTTTCCTAGATGAAGGGTTTGGAAATCTTGATGAAGATACTTTGGCTCAAGTTATGCCTAAGCTTTCTAAGTT
TCAAATGATGACCGGACGACAAATCGGTATAATTTCCCATGTTTCTTATTTGAAGGAGATGATTAAAGCACAAATAGTTA
TAAATAAGATTTCTAAAATTTCTTATATTGATATGGAAAATTTATGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
CGAGATTTTGAGAATGGTGTTATTAAGGATATTAAATTTAAGGAAGAAGAGCTTATTTCTCTTTTTAACGAGGTTTTAGC
TAAAGGATATTTAGGCGAAT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TCATTTATGTACAATTAGGCTTTGAGGATAAATATGAAACGTTATTTGGCAATTGATATTGGTGGAACTAGTACTAAATA
TTCGCTTGCAGATTCAAGTG

Product: exonuclease SbcC

Products: 5'-phosphomonoesters [C]

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 948; Mature: 948

Protein sequence:

>948_residues
MRINKLIFRNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYVKL
TFTISGKIYESFIELNVKNIETPKNMLLSCFFDDRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEK
TAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFELTKFSIDRLLNSESYAKSILDYDEREYKSLKDYLDLVDIGRLEIDLENIRRAISL
CNQAIASNERYLGLEIEMSSLEDQLSSQIEYQDSLEMDYFLQKKLKENLDLDQKIYLCSDFWNLKNLIAMQGELFNDSKL
LDLELSKVINNLKEIKDLDSNNFNFNYIKELYNKNCNILNLRSVKNDYQSLLLRKNSLENKKKSLLKSQSKKNDEIKSIS
SEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLELLLQSTDKEDCNNNKEKNIIKINLYKELLKYLDDKNFSIESDKE
RLKYIEIEYKNYQHKDKLSVCSLKELYILNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEINALEFKKNNAEILRLIGKKLF
DKYIDYSDREKILAFENKLEKLEQFKVREKDLKIEISLKNQKFDQNLLKIKSLLLKLNLNLSFSDYSSLEREFNVILARQ
KSIENEWNELVLNLKDLEDLKIKTETQIKFIKESILTLKARLNEEKNSFINIVSNLKNVFFSSFSFESETVLEQINKNSL
YFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFEALKKKINQQKINLDALRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYYVQ
TFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKI
EAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIDMENL

Sequences:

>Translated_948_residues
MRINKLIFRNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYVKL
TFTISGKIYESFIELNVKNIETPKNMLLSCFFDDRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEK
TAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFELTKFSIDRLLNSESYAKSILDYDEREYKSLKDYLDLVDIGRLEIDLENIRRAISL
CNQAIASNERYLGLEIEMSSLEDQLSSQIEYQDSLEMDYFLQKKLKENLDLDQKIYLCSDFWNLKNLIAMQGELFNDSKL
LDLELSKVINNLKEIKDLDSNNFNFNYIKELYNKNCNILNLRSVKNDYQSLLLRKNSLENKKKSLLKSQSKKNDEIKSIS
SEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLELLLQSTDKEDCNNNKEKNIIKINLYKELLKYLDDKNFSIESDKE
RLKYIEIEYKNYQHKDKLSVCSLKELYILNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEINALEFKKNNAEILRLIGKKLF
DKYIDYSDREKILAFENKLEKLEQFKVREKDLKIEISLKNQKFDQNLLKIKSLLLKLNLNLSFSDYSSLEREFNVILARQ
KSIENEWNELVLNLKDLEDLKIKTETQIKFIKESILTLKARLNEEKNSFINIVSNLKNVFFSSFSFESETVLEQINKNSL
YFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFEALKKKINQQKINLDALRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYYVQ
TFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKI
EAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIDMENL
>Mature_948_residues
MRINKLIFRNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYRLGKKIVDIISKGETSAYVKL
TFTISGKIYESFIELNVKNIETPKNMLLSCFFDDRIIEGRTDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEK
TAIIDNIFNLKKYDNLEFYLKSDFELTKFSIDRLLNSESYAKSILDYDEREYKSLKDYLDLVDIGRLEIDLENIRRAISL
CNQAIASNERYLGLEIEMSSLEDQLSSQIEYQDSLEMDYFLQKKLKENLDLDQKIYLCSDFWNLKNLIAMQGELFNDSKL
LDLELSKVINNLKEIKDLDSNNFNFNYIKELYNKNCNILNLRSVKNDYQSLLLRKNSLENKKKSLLKSQSKKNDEIKSIS
SEKSNFDFDKYVYYEALKLFQTFNDELISKYRDRLELLLQSTDKEDCNNNKEKNIIKINLYKELLKYLDDKNFSIESDKE
RLKYIEIEYKNYQHKDKLSVCSLKELYILNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEINALEFKKNNAEILRLIGKKLF
DKYIDYSDREKILAFENKLEKLEQFKVREKDLKIEISLKNQKFDQNLLKIKSLLLKLNLNLSFSDYSSLEREFNVILARQ
KSIENEWNELVLNLKDLEDLKIKTETQIKFIKESILTLKARLNEEKNSFINIVSNLKNVFFSSFSFESETVLEQINKNSL
YFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFEALKKKINQQKINLDALRGELNLAKERKDKLDVLRKVVIRSSGLKYYVQ
TFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIEDKKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKI
EAFFLDEGFGNLDEDTLAQVMPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIDMENL

Specific function: SbcCD cleaves DNA hairpin structures. These structures can inhibit DNA replication and are intermediates in certain DNA recombination reactions. The complex acts as a 3'->5' double strand exonuclease that can open hairpins. It also has a 5' single-strand

COG id: COG0419

COG function: function code L; ATPase involved in DNA repair

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Belongs to the SMC family. SbcC subfamily [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1786597, Length=232, Percent_Identity=27.5862068965517, Blast_Score=99, Evalue=1e-21,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR004592 [H]

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 111579; Mature: 111579

Theoretical pI: Translated: 8.40; Mature: 8.40

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

1.1 %Cys     (Translated Protein)
1.1 %Met     (Translated Protein)
2.1 %Cys+Met (Translated Protein)
1.1 %Cys     (Mature Protein)
1.1 %Met     (Mature Protein)
2.1 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MRINKLIFRNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYR
CCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEEECCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LGKKIVDIISKGETSAYVKLTFTISGKIYESFIELNVKNIETPKNMLLSCFFDDRIIEGR
HHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHCCH
TDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEKTAIIDNIFNLKKYDNLEFYL
HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEE
KSDFELTKFSIDRLLNSESYAKSILDYDEREYKSLKDYLDLVDIGRLEIDLENIRRAISL
ECCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHH
CNQAIASNERYLGLEIEMSSLEDQLSSQIEYQDSLEMDYFLQKKLKENLDLDQKIYLCSD
HHHHHHCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHH
FWNLKNLIAMQGELFNDSKLLDLELSKVINNLKEIKDLDSNNFNFNYIKELYNKNCNILN
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEE
LRSVKNDYQSLLLRKNSLENKKKSLLKSQSKKNDEIKSISSEKSNFDFDKYVYYEALKLF
EHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
QTFNDELISKYRDRLELLLQSTDKEDCNNNKEKNIIKINLYKELLKYLDDKNFSIESDKE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHH
RLKYIEIEYKNYQHKDKLSVCSLKELYILNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEIN
HCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
ALEFKKNNAEILRLIGKKLFDKYIDYSDREKILAFENKLEKLEQFKVREKDLKIEISLKN
HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECC
QKFDQNLLKIKSLLLKLNLNLSFSDYSSLEREFNVILARQKSIENEWNELVLNLKDLEDL
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
KIKTETQIKFIKESILTLKARLNEEKNSFINIVSNLKNVFFSSFSFESETVLEQINKNSL
EECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHH
YFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFEALKKKINQQKINLDALRGELNLAKERKD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
KLDVLRKVVIRSSGLKYYVQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIED
HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCEECCCCCCCCCCEEECC
KKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKIEAFFLDEGFGNLDEDTLAQV
CHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHH
MPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIDMENL
HHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCC
>Mature Secondary Structure
MRINKLIFRNIASYKGEHELNFDTLLLRQSGIFLISGNTGSGKSTILDCITLALYARVYR
CCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHEEEECCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
LGKKIVDIISKGETSAYVKLTFTISGKIYESFIELNVKNIETPKNMLLSCFFDDRIIEGR
HHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHCCH
TDVLEHIKSLCRLDFNQFCQTVILPQGNFQEFLTSTPKEKTAIIDNIFNLKKYDNLEFYL
HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEE
KSDFELTKFSIDRLLNSESYAKSILDYDEREYKSLKDYLDLVDIGRLEIDLENIRRAISL
ECCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEHHHHHHHHHH
CNQAIASNERYLGLEIEMSSLEDQLSSQIEYQDSLEMDYFLQKKLKENLDLDQKIYLCSD
HHHHHHCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHH
FWNLKNLIAMQGELFNDSKLLDLELSKVINNLKEIKDLDSNNFNFNYIKELYNKNCNILN
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEE
LRSVKNDYQSLLLRKNSLENKKKSLLKSQSKKNDEIKSISSEKSNFDFDKYVYYEALKLF
EHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
QTFNDELISKYRDRLELLLQSTDKEDCNNNKEKNIIKINLYKELLKYLDDKNFSIESDKE
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHH
RLKYIEIEYKNYQHKDKLSVCSLKELYILNSKLHLIQNQIDELKYQLSCRQEEISKQEIN
HCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
ALEFKKNNAEILRLIGKKLFDKYIDYSDREKILAFENKLEKLEQFKVREKDLKIEISLKN
HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECC
QKFDQNLLKIKSLLLKLNLNLSFSDYSSLEREFNVILARQKSIENEWNELVLNLKDLEDL
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
KIKTETQIKFIKESILTLKARLNEEKNSFINIVSNLKNVFFSSFSFESETVLEQINKNSL
EECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCHH
YFLQKLSLSISSKLEFLSRDIEKYKIKLLNFEALKKKINQQKINLDALRGELNLAKERKD
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH
KLDVLRKVVIRSSGLKYYVQTFLINDILRLANEKYLRWIFPDFELKTNKESKEFDFLIED
HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCEECCCCCCCCCCEEECC
KKDVNKIRTVKTLSGGEKFLVSLALSLALSDKIRDSELKIEAFFLDEGFGNLDEDTLAQV
CHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHH
MPKLSKFQMMTGRQIGIISHVSYLKEMIKAQIVINKISKISYIDMENL
HHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: ribo- or deoxyribonucleic acids [C]

Specific reaction: ribo- or deoxyribonucleic acids = 5'-phosphomonoesters [C]

General reaction: Hydrolase; Acting on ester bonds [C]

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 2530497; 9278503; 1744033; 1490631; 10886369; 9653124; 9927737 [H]