| Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_002162 |
| Length | 751,719 |
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The map label for this gene is pheT
Identifier: 13358020
GI number: 13358020
Start: 520153
End: 522471
Strand: Reverse
Name: pheT
Synonym: UU457
Alternate gene names: 13358020
Gene position: 522471-520153 (Counterclockwise)
Preceding gene: 13358021
Following gene: 13358017
Centisome position: 69.5
GC content: 23.93
Gene sequence:
>2319_bases ATGATTTTAAGTTTAAATTTATTACATAAGATTAGTCCAAAACTAAAAAAGATTCCTTTAAATGAATTATGCGCAGCTTT AATGGATTTAGGTTGTGAAGTTGAAACAATTAATAGCATTAAACCATCTACTAATTTAGTTTTTGCTAAAGTATTAGAAA AAACTAGACATCCTAATGCTAATCATTTAAATTTAGTTAAAGTTAAAGCAAACCAAAAAGTTTATGAGATCGTTTGTGGT GCAAATAATTTTAGTGTTCATAATTGAGTTGTTTTAGCAAAATTAAATGCCGAACTAGCAAATGGTTTAAAAATTACGCC ACGTGAATTAAGAGGATATGTTTCAAATGGAATGTTATGTGCTTACAGTGAAATTAATCCACAAGCTACTAGTTTTTTAA CATCAACAGATTTAGATGGAATTTTAGTTTTAGATGACAATTATGACCATTATAAAACCCCAAATCAAATTTTTAATTTA GATGATGTTATTTTAGATTTATCAATTCCATCAAATCGGAATGATTTAAATGGTTATTTTTGAATAGCTAAGGAATTATG TGCTTATTTTGATTTCGAATATGTTGTTGATGCAACGATTAATCATCGCCCACATAAAGAAATTATTGACGTGCGGATTT TATCTGATGATGTTAATTCGTATGGAATAATCGAGGTTAAAAATATTCAAAATTATATTTTAAAATGGAATACTAAAAGT ATATTGATTAATAATCAAATTAAAGTTCTTAATAATTTCGCTGATAATATGAATTTTTTAACATTATTAACTGCTAATCC ACTTCATGCATTTGATGCACGAAAAATTAGTGGTCAAATTGTTGTTAAAAATGCTGAAGAAGATGCAATTTTATTGGGTT TAGATCAAAAAGAATATTTAATTAAAAAAGGGGATCTAATTATCGTTGATGATCAAAAAATTTTAGCACTTGCTGGAATT ATTGGTTCTAATGATTCTAAAATTGATGCAACAAGCACAACTGCTTATATTGAATGTGCAAATTTTAATCCTATGTTGAT TGCAAATACAGCGCGTCGTTTAAAAATCAATACCGCAGCGGCTATGCGTTTTAGCAAACCCTTAACTAATTATGTTACAA AAGTAACATTAAAAAAATTGTTAGCTAATTTTAAATCAGATGCAAAATTAATTTATTATTTTAAACATTCAGTTCATAAT GTCATTAAAAATAAAATTAATCAAGTAAGTGATTTTGTGGGTGCAGAAATTGATTTAGACACTGCTCAAACATTTTTAAA ACGCTTAGGTTATAAAATTAATAAGTCTAATTTAATTACTCCAAGTCATCGATATGATGTATTAAATGAGTTTGATGTTT ATGAAGATATTATGAAAAAAATTAGTATTCAAGAAATCAAACCACAACCAATCAGTTTTGATATTTTAAATTTTGAAAAT AATCTAGCTTATGATTTTGAAAAAAAAGTTAGTGATTTTTTAGTTGATCAAGGTTTGTTTGAGTGTAAAACTTATAATTT AAAAAATCAAACACAAGCACATGAGTTTAATTTTTTTAATTTTAAACAAGCTTATGAAATTAATAATCCAACTTCAAATA TGCGTTCGCATTTAAAATTAAATAACCTTAACTCCTTACTTGAAGTATTAGAATATAACCAAAACCAAAAAAATGAATTA GAAAATATCTTTGAGATTTCAAAGATTAATCCAGTTGATTCAAGTCAACAAACAGTTTTATCAATCATTTTATGTAAACC ATTAATTAATTCAAAAATTAATGATTCATTAATAGTTAATAATTTTGTGACAACAAAAGCTTTACTACATGCTTTATTAA CAAAATTAAATATTGATTATGCATATGATAAAAATCATGTTGTTAATGAATTATATGATAATAACCAATTAGCTTTAATT AATGCAAACAAACAAGTATTTGGTTTTATTGGTCAACTAAAAAATCAAGTCAAAAAAACATATGGTTTAAGTAATGATAT TTTTATTATTAATTTAAATTTAACTAGTTATTTAAATCAAAAACAAGTAATCACTAAAGTTATTAAGCCAAGTATGTATC ATGATGTCATACGTGATATTAGTGTTAAATTAGCTTCTGACGTTGACTTAAATAATATAATTGCTAATATTAAAAAAATT AAAAATATTAGAAAAGTTGAAATCAGCGATCTTTATATAAAAGATGATGGAATTATTTATACTTTTAAATATTATATTAA TGATCATTTATCTAATTTAAGTAGTGAACAAATTATAATCATTGAACAAGAAGTAAATAATTATTTGAAACAATTTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AAATATGAAATTGATGATATTCGTTATTTATATTCAAATAATTTTAAATTTAATGCCCAAATTAAATAAATTCCTAAATT TAATGAAAGAGTAAAAAAAG
Downstream 100 bases:
>100_bases TTTTGTAAATTCTTTAAATAATAAAAAACACCTGCAGTGGTGTTTTTTTATTAATTAGTACATTTCAATTACTATAAGAA ATGGTTTTTAAATAAAATAG
Product: phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta
Products: NA
Alternate protein names: Phenylalanine--tRNA ligase beta chain; PheRS [H]
Number of amino acids: Translated: 772; Mature: 772
Protein sequence:
>772_residues MILSLNLLHKISPKLKKIPLNELCAALMDLGCEVETINSIKPSTNLVFAKVLEKTRHPNANHLNLVKVKANQKVYEIVCG ANNFSVHNWVVLAKLNAELANGLKITPRELRGYVSNGMLCAYSEINPQATSFLTSTDLDGILVLDDNYDHYKTPNQIFNL DDVILDLSIPSNRNDLNGYFWIAKELCAYFDFEYVVDATINHRPHKEIIDVRILSDDVNSYGIIEVKNIQNYILKWNTKS ILINNQIKVLNNFADNMNFLTLLTANPLHAFDARKISGQIVVKNAEEDAILLGLDQKEYLIKKGDLIIVDDQKILALAGI IGSNDSKIDATSTTAYIECANFNPMLIANTARRLKINTAAAMRFSKPLTNYVTKVTLKKLLANFKSDAKLIYYFKHSVHN VIKNKINQVSDFVGAEIDLDTAQTFLKRLGYKINKSNLITPSHRYDVLNEFDVYEDIMKKISIQEIKPQPISFDILNFEN NLAYDFEKKVSDFLVDQGLFECKTYNLKNQTQAHEFNFFNFKQAYEINNPTSNMRSHLKLNNLNSLLEVLEYNQNQKNEL ENIFEISKINPVDSSQQTVLSIILCKPLINSKINDSLIVNNFVTTKALLHALLTKLNIDYAYDKNHVVNELYDNNQLALI NANKQVFGFIGQLKNQVKKTYGLSNDIFIINLNLTSYLNQKQVITKVIKPSMYHDVIRDISVKLASDVDLNNIIANIKKI KNIRKVEISDLYIKDDGIIYTFKYYINDHLSNLSSEQIIIIEQEVNNYLKQF
Sequences:
>Translated_772_residues MILSLNLLHKISPKLKKIPLNELCAALMDLGCEVETINSIKPSTNLVFAKVLEKTRHPNANHLNLVKVKANQKVYEIVCG ANNFSVHN*VVLAKLNAELANGLKITPRELRGYVSNGMLCAYSEINPQATSFLTSTDLDGILVLDDNYDHYKTPNQIFNL DDVILDLSIPSNRNDLNGYF*IAKELCAYFDFEYVVDATINHRPHKEIIDVRILSDDVNSYGIIEVKNIQNYILKWNTKS ILINNQIKVLNNFADNMNFLTLLTANPLHAFDARKISGQIVVKNAEEDAILLGLDQKEYLIKKGDLIIVDDQKILALAGI IGSNDSKIDATSTTAYIECANFNPMLIANTARRLKINTAAAMRFSKPLTNYVTKVTLKKLLANFKSDAKLIYYFKHSVHN VIKNKINQVSDFVGAEIDLDTAQTFLKRLGYKINKSNLITPSHRYDVLNEFDVYEDIMKKISIQEIKPQPISFDILNFEN NLAYDFEKKVSDFLVDQGLFECKTYNLKNQTQAHEFNFFNFKQAYEINNPTSNMRSHLKLNNLNSLLEVLEYNQNQKNEL ENIFEISKINPVDSSQQTVLSIILCKPLINSKINDSLIVNNFVTTKALLHALLTKLNIDYAYDKNHVVNELYDNNQLALI NANKQVFGFIGQLKNQVKKTYGLSNDIFIINLNLTSYLNQKQVITKVIKPSMYHDVIRDISVKLASDVDLNNIIANIKKI KNIRKVEISDLYIKDDGIIYTFKYYINDHLSNLSSEQIIIIEQEVNNYLKQF >Mature_772_residues MILSLNLLHKISPKLKKIPLNELCAALMDLGCEVETINSIKPSTNLVFAKVLEKTRHPNANHLNLVKVKANQKVYEIVCG ANNFSVHN*VVLAKLNAELANGLKITPRELRGYVSNGMLCAYSEINPQATSFLTSTDLDGILVLDDNYDHYKTPNQIFNL DDVILDLSIPSNRNDLNGYF*IAKELCAYFDFEYVVDATINHRPHKEIIDVRILSDDVNSYGIIEVKNIQNYILKWNTKS ILINNQIKVLNNFADNMNFLTLLTANPLHAFDARKISGQIVVKNAEEDAILLGLDQKEYLIKKGDLIIVDDQKILALAGI IGSNDSKIDATSTTAYIECANFNPMLIANTARRLKINTAAAMRFSKPLTNYVTKVTLKKLLANFKSDAKLIYYFKHSVHN VIKNKINQVSDFVGAEIDLDTAQTFLKRLGYKINKSNLITPSHRYDVLNEFDVYEDIMKKISIQEIKPQPISFDILNFEN NLAYDFEKKVSDFLVDQGLFECKTYNLKNQTQAHEFNFFNFKQAYEINNPTSNMRSHLKLNNLNSLLEVLEYNQNQKNEL ENIFEISKINPVDSSQQTVLSIILCKPLINSKINDSLIVNNFVTTKALLHALLTKLNIDYAYDKNHVVNELYDNNQLALI NANKQVFGFIGQLKNQVKKTYGLSNDIFIINLNLTSYLNQKQVITKVIKPSMYHDVIRDISVKLASDVDLNNIIANIKKI KNIRKVEISDLYIKDDGIIYTFKYYINDHLSNLSSEQIIIIEQEVNNYLKQF
Specific function: Unknown
COG id: COG0072
COG function: function code J; Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [H]
Metaboloic importance: Essential [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 tRNA-binding domain [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1788006, Length=706, Percent_Identity=24.7875354107649, Blast_Score=178, Evalue=1e-45,
Paralogues:
None
Copy number: 1,800 Molecules/Cell In: Glucose minimal media [C]
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005146 - InterPro: IPR005147 - InterPro: IPR009061 - InterPro: IPR012340 - InterPro: IPR016027 - InterPro: IPR004532 - InterPro: IPR020825 - InterPro: IPR005121 - InterPro: IPR002547 [H]
Pfam domain/function: PF03483 B3_4; PF03484 B5; PF01588 tRNA_bind [H]
EC number: =6.1.1.20 [H]
Molecular weight: Translated: 87784; Mature: 87784
Theoretical pI: Translated: 7.82; Mature: 7.82
Prosite motif: PS50886 TRBD
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.0 %Cys (Translated Protein) 1.2 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 1.0 %Cys (Mature Protein) 1.2 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MILSLNLLHKISPKLKKIPLNELCAALMDLGCEVETINSIKPSTNLVFAKVLEKTRHPNA CEEEEEHHHHCCCHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCC NHLNLVKVKANQKVYEIVCGANNFSVHNVVLAKLNAELANGLKITPRELRGYVSNGMLCA CCEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCEEHHEEEEECCHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEE YSEINPQATSFLTSTDLDGILVLDDNYDHYKTPNQIFNLDDVILDLSIPSNRNDLNGYFI EECCCCHHHHEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH AKELCAYFDFEYVVDATINHRPHKEIIDVRILSDDVNSYGIIEVKNIQNYILKWNTKSIL HHHHHHHCCHHEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCEEE INNQIKVLNNFADNMNFLTLLTANPLHAFDARKISGQIVVKNAEEDAILLGLDQKEYLIK EECHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEECCCHHHHEE KGDLIIVDDQKILALAGIIGSNDSKIDATSTTAYIECANFNPMLIANTARRLKINTAAAM CCCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCEEECCCEEEEEECCCCCEEEECCCCEEEEEHHHHH RFSKPLTNYVTKVTLKKLLANFKSDAKLIYYFKHSVHNVIKNKINQVSDFVGAEIDLDTA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEHHHH QTFLKRLGYKINKSNLITPSHRYDVLNEFDVYEDIMKKISIQEIKPQPISFDILNFENNL HHHHHHCCCEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCEEEEEECCCCC AYDFEKKVSDFLVDQGLFECKTYNLKNQTQAHEFNFFNFKQAYEINNPTSNMRSHLKLNN CCCHHHHHHHHHHHCCCHHEEEECCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHEECCC LNSLLEVLEYNQNQKNELENIFEISKINPVDSSQQTVLSIILCKPLINSKINDSLIVNNF HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHH VTTKALLHALLTKLNIDYAYDKNHVVNELYDNNQLALINANKQVFGFIGQLKNQVKKTYG HHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC LSNDIFIINLNLTSYLNQKQVITKVIKPSMYHDVIRDISVKLASDVDLNNIIANIKKIKN CCCCEEEEEEEHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHHHHHHHCC IRKVEISDLYIKDDGIIYTFKYYINDHLSNLSSEQIIIIEQEVNNYLKQF CEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure MILSLNLLHKISPKLKKIPLNELCAALMDLGCEVETINSIKPSTNLVFAKVLEKTRHPNA CEEEEEHHHHCCCHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCC NHLNLVKVKANQKVYEIVCGANNFSVHNVVLAKLNAELANGLKITPRELRGYVSNGMLCA CCEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCEEHHEEEEECCHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEE YSEINPQATSFLTSTDLDGILVLDDNYDHYKTPNQIFNLDDVILDLSIPSNRNDLNGYFI EECCCCHHHHEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHH AKELCAYFDFEYVVDATINHRPHKEIIDVRILSDDVNSYGIIEVKNIQNYILKWNTKSIL HHHHHHHCCHHEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCEEE INNQIKVLNNFADNMNFLTLLTANPLHAFDARKISGQIVVKNAEEDAILLGLDQKEYLIK EECHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEECCCHHHHEE KGDLIIVDDQKILALAGIIGSNDSKIDATSTTAYIECANFNPMLIANTARRLKINTAAAM CCCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCEEECCCEEEEEECCCCCEEEECCCCEEEEEHHHHH RFSKPLTNYVTKVTLKKLLANFKSDAKLIYYFKHSVHNVIKNKINQVSDFVGAEIDLDTA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEHHHH QTFLKRLGYKINKSNLITPSHRYDVLNEFDVYEDIMKKISIQEIKPQPISFDILNFENNL HHHHHHCCCEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCEEEEEECCCCC AYDFEKKVSDFLVDQGLFECKTYNLKNQTQAHEFNFFNFKQAYEINNPTSNMRSHLKLNN CCCHHHHHHHHHHHCCCHHEEEECCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHEECCC LNSLLEVLEYNQNQKNELENIFEISKINPVDSSQQTVLSIILCKPLINSKINDSLIVNNF HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHH VTTKALLHALLTKLNIDYAYDKNHVVNELYDNNQLALINANKQVFGFIGQLKNQVKKTYG HHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCHHHHHHCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC LSNDIFIINLNLTSYLNQKQVITKVIKPSMYHDVIRDISVKLASDVDLNNIIANIKKIKN CCCCEEEEEEEHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHEECCCCHHHHHHHHHHHCC IRKVEISDLYIKDDGIIYTFKYYINDHLSNLSSEQIIIIEQEVNNYLKQF CEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 11048724 [H]