| Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_002162 |
| Length | 751,719 |
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Identifier: 13357950
GI number: 13357950
Start: 446687
End: 450541
Strand: Direct
Name: Not Available
Synonym: UU389
Alternate gene names: NA
Gene position: 446687-450541 (Clockwise)
Preceding gene: 13357949
Following gene: 13357951
Centisome position: 59.42
GC content: 21.79
Gene sequence:
>3855_bases ATGCAAGATCAAGGAGTAAATAACAAGGCAATTAAGCAAAAAGTCTTAAATTTACTATCAACTGATACGCGTGATAGTTG TATAAGAACACGCTTAACAAAATACCATTTAGATATTAGTCACACTTTTAATAAATATGAACTTCAAGATTTTATTGAAG GTAAAATTAACATTCTTAAAATTAGAAATTTTATTAACATCAATACGTTTGAAAATGATGTTAAAAATATAAATTCAATG GATGAATTGATTGATTATTTACAGGATTTCAATTTAAAACTAAAAGATCTTTTATCGACACGTAAAATTAATGAATGGAG CCAAGACTTTGTATTTTATAAAAATGAACGAATTGCTGATATGATTAAAGCGATTGAAAGTCAACCAAAAAAATTTGAAT ATTTAAGTCGTGAAGCACGCAATATTTATGCGCAAACAGGTGTTTGACCTTTATATATAGCTAAAAATTTTTTGATTGGT ACAACACCTAAAGCTTCAAATATTAACGCGCCCTTAATTTTTGTTGATGTTGAGATTAAAAAATATAATGGTGAAATTTT TTTAAAACGAAAAAATACTAATTTTATTGTTAACGAAAAAATACTATCTTTTTTAAAAAATGATTATAAAAATAATATCG TTTCTTTAAATGAAATTAAAAACTTTAGTTATTTAGAAATTCAAACTCTAATTAAAAAAATAATACTAAAAGATCATTTA GAATCGATTATTAATAATAATGAATTTCTAAACTTAAAACAAAATGAAATTAATGAGCAATTTAATAACTTTTTTTTATA TGATGCATATGTTTTAGGAATTTTTGAGCCCCATGGAGGAGCGATTAAAAATGACTTAGAAGTGATTATTAGTAATAATA TTGATCCTTTTGACGAAGAAATAAATAATGTTAATCAACAAATTTATTATAAAAACTATCATTTTTTAGCAGAAGAAAAT AAGCTTCCTTTAATCCAAATTAATCGTCCTTTAAATATTTTTCAAAAGTATGCTATTCATTCAGGATTAGTTAAAAATAC TTTAATATATGGACCGCCTGGAACGGGAAAATCAGAGGTGATTGCAAGTATTATTGCAAACGTAATTAATGATTTAAAAT CGATTTTAATTATTTCGGAGAAAAAAGCTGCTTTAGATGTATTACATGAAAGATTAGCTAAAATTAATTTTTTCACACTT TTTATTTATGATACAAATAATGATGATCAATTTTATAATAACATTTTTAATTTAATTGAAAAAATAGGAGGATTGCGTTT TATTGAGAATCAAGATTTAAACCAATTCAATGATTTTAAATATAAAAATAATATTATTTCAAACATTTATTATAAAAAGA TTCATGAATTAAAAAAAGAAATTATTAATATTACATCTTTAATTAAAAATTTACATAATGAAAAAGATAATAATGATAAT AATTTTGCTAATTATTTGTATTGATTATCACGCTTTAATGAAGTAGAAATTAGATTTATTAACGATCCATTATTGATCAA TGAAATTAATAATTTAATTGAGAATTATTCTTATAATTTTGATGAAATTATTACACACGTTAAAGCTAGTTATGATTTTT TTAAAAAATATAATTATGAATTTTCTAAAAATAATTTTTTAAAATTTAAAGAAGAAAGCGAACAATTAAATAAATTACAA ATTGATTTTAATTTAATTACAAAATCTTTATATCAATCACAAACTTTTCTACCACGTATTAAGTTGTTAGAAAGCTTTTT AGTTAAAAATAATATGACTTTAACAAGTCTTATATATGATGATGTTAACTTGTTAAGTAATACATATGTTGAAGCTAATG AGTTTTATACAAACTTTAATCATCTTTTAAAAGATGATTTTAAAAAATTTATTGAAGATAATATAAAAAGTCATTCATTG TTTTTTAGTCATTTAAATACTTTAAAAAATAATGAATGAACTTATGCTTTTGAGCAATATTTATTAATAAATAATCCATT TGCTAAAAAAGGTTTATTTAAAAAAATTAAAGGTGATGAAAAAAAATTATGAAAACAACTTGATCTACTTAAAATATATA TTAATAATCCTTTTTTATCAAAATTTAGCTTTGATTTTTTAGAAGATTTAATCAAACAACCAATAGAGATTTTCAATGTT GAAAATCTTGTTTATTTAAATAACAAACATTTATTAAATAAAGCATACGTTAAAGATTTATATGAGAATGCTTTTGATAA GAATTTATCATATGAACTAATTTATGGCCTTAAAGATTTAAAATTAAATAGTGAGCAATATGATATTATTAAAAATTTAA TTAAATATCAAAACGAAGTTTTAGTTAATTATCAATTCATTAAAAATACTGATTTTTTTAATTTGTGTAAAAAATTAAGA GATGCAAATATTCAATTTTCTAAAAATGCTGATGAAATTATTTACAATAACTATTTAGATTATTTGCAAATTAAATTAGT TACTGCTCCTAAACAAATCCAAACAAAAATTAAAGAAATTGCGCAAATTTGTCGTTTAGCAAAAAAACCTAATATTGTGA AATTTATTTTAAAATATTATGAAATTTTACGTTTTCTTTTCCCTATTTGAATTAGTAAACCAGAACTTGTTAGTGAGATG TTACCATTAATAAGTAAGAGTTTTGATTATGGAATTTTTGATGAGGCTTCTCAGATGTTTTTAGAACGTTCTTATCCTTC AATCTATCGTTGTAATATTAATATTGTTGCAGGCGATGATAAACAATTATGCCCTACTAATTTTTTTATTAATCGTCAAG AAAATGAAAACGATGAGTTTGAATTAGCAGATGTAGATGTTGCAGAAAGTTTATTAGATCGTGCTAAAACTGCTCTATGG TCAGAATATTTATTAAAAAACCACTATCGTTCTAATCGAGAAGATTTAATTAGTTTTAGTAACGATAATATTTATAATGG CGATTTACATTTTGCATCTAAAAATGGGTTATTTGATCCAGGAATGGAAATTATAGATGTTGAAGGTGTATTTGAAAATG AAAATGTTATTGAAGCACAAAAAATTATGGAGGTTTTAAAAGAACGAGCAGCCAATTATCAAAAAATTATTGTTATAACT TTTAATATCAAACAAAGTGAATTAATTGAAAATTTAATACTACAAACTTTTAGTTTTAATGATGTTGTTTATCAACGTTT TGAGAATGATGAAATTATTGTTACTAATTTAGAAAACGTTCAAGGTAATGAAGCTGATTTAGTAATTTTATCGGTTACTT ATGCCAAAAATAAAGAAGGAATTTTACGCAATAATTATGGCCCATTAATGAAAAAAGGTGGTGCTAATCGGTTAAATGTA GCGATTACAAGAGCAGCAGATAAAATGATTGTTGTTAAATCAATTAAAGCTGTGGATATGATGGTTAATATTAATAATGA TAATATTAGGACTTTTAAAAATTTTATTGGTTATTGTGATGAAATTGTTCATTTGACTAATCAAAATAAATTTAATGATT GTAGTCATTTTGATGAAGAATTTTTAACAAGTTTAGAAAAAACCATATTGAAAATTTTAAAAGATTATAAAAAAACAAAT CAACAAATTTTATATAAACTAAAAATTGGTAATTTTAAAATCACTTTTGCTTTATATAATGAAGAAAAACAAAAAATCGA TTTACTTATTTTTATAGAAGAGTTTAATGAATGAAAATCATATAATCTTTTAGAAATTTATGATCAATTTAACTTCTTAA TGGATCGTGGTTATAAAACAATCGTTATTAATGATTATGAAATTTGTTTAAACTATAATCAAGTTAAAAATAATATTATT AAATTAATTGATTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AATTTACACATCAAAATTTTACAAGCAATTAAAAAAGCAAAATTCAAAGGCGTTGTTTTAGAACATATTAATAATTTATT AGGAGTTGAAGATTAAAATT
Downstream 100 bases:
>100_bases TATATATTATTAAATTGTTAAAATTTATGAAATATTTATTATCTTTTCTGGAGGTTTAATTTGAATTTAAAGTCATTTGA ATTTTTAAAAGGTGATGCAA
Product: ATP/GTP-binding protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1284; Mature: 1284
Protein sequence:
>1284_residues MQDQGVNNKAIKQKVLNLLSTDTRDSCIRTRLTKYHLDISHTFNKYELQDFIEGKINILKIRNFININTFENDVKNINSM DELIDYLQDFNLKLKDLLSTRKINEWSQDFVFYKNERIADMIKAIESQPKKFEYLSREARNIYAQTGVWPLYIAKNFLIG TTPKASNINAPLIFVDVEIKKYNGEIFLKRKNTNFIVNEKILSFLKNDYKNNIVSLNEIKNFSYLEIQTLIKKIILKDHL ESIINNNEFLNLKQNEINEQFNNFFLYDAYVLGIFEPHGGAIKNDLEVIISNNIDPFDEEINNVNQQIYYKNYHFLAEEN KLPLIQINRPLNIFQKYAIHSGLVKNTLIYGPPGTGKSEVIASIIANVINDLKSILIISEKKAALDVLHERLAKINFFTL FIYDTNNDDQFYNNIFNLIEKIGGLRFIENQDLNQFNDFKYKNNIISNIYYKKIHELKKEIINITSLIKNLHNEKDNNDN NFANYLYWLSRFNEVEIRFINDPLLINEINNLIENYSYNFDEIITHVKASYDFFKKYNYEFSKNNFLKFKEESEQLNKLQ IDFNLITKSLYQSQTFLPRIKLLESFLVKNNMTLTSLIYDDVNLLSNTYVEANEFYTNFNHLLKDDFKKFIEDNIKSHSL FFSHLNTLKNNEWTYAFEQYLLINNPFAKKGLFKKIKGDEKKLWKQLDLLKIYINNPFLSKFSFDFLEDLIKQPIEIFNV ENLVYLNNKHLLNKAYVKDLYENAFDKNLSYELIYGLKDLKLNSEQYDIIKNLIKYQNEVLVNYQFIKNTDFFNLCKKLR DANIQFSKNADEIIYNNYLDYLQIKLVTAPKQIQTKIKEIAQICRLAKKPNIVKFILKYYEILRFLFPIWISKPELVSEM LPLISKSFDYGIFDEASQMFLERSYPSIYRCNINIVAGDDKQLCPTNFFINRQENENDEFELADVDVAESLLDRAKTALW SEYLLKNHYRSNREDLISFSNDNIYNGDLHFASKNGLFDPGMEIIDVEGVFENENVIEAQKIMEVLKERAANYQKIIVIT FNIKQSELIENLILQTFSFNDVVYQRFENDEIIVTNLENVQGNEADLVILSVTYAKNKEGILRNNYGPLMKKGGANRLNV AITRAADKMIVVKSIKAVDMMVNINNDNIRTFKNFIGYCDEIVHLTNQNKFNDCSHFDEEFLTSLEKTILKILKDYKKTN QQILYKLKIGNFKITFALYNEEKQKIDLLIFIEEFNEWKSYNLLEIYDQFNFLMDRGYKTIVINDYEICLNYNQVKNNII KLID
Sequences:
>Translated_1284_residues MQDQGVNNKAIKQKVLNLLSTDTRDSCIRTRLTKYHLDISHTFNKYELQDFIEGKINILKIRNFININTFENDVKNINSM DELIDYLQDFNLKLKDLLSTRKINEWSQDFVFYKNERIADMIKAIESQPKKFEYLSREARNIYAQTGV*PLYIAKNFLIG TTPKASNINAPLIFVDVEIKKYNGEIFLKRKNTNFIVNEKILSFLKNDYKNNIVSLNEIKNFSYLEIQTLIKKIILKDHL ESIINNNEFLNLKQNEINEQFNNFFLYDAYVLGIFEPHGGAIKNDLEVIISNNIDPFDEEINNVNQQIYYKNYHFLAEEN KLPLIQINRPLNIFQKYAIHSGLVKNTLIYGPPGTGKSEVIASIIANVINDLKSILIISEKKAALDVLHERLAKINFFTL FIYDTNNDDQFYNNIFNLIEKIGGLRFIENQDLNQFNDFKYKNNIISNIYYKKIHELKKEIINITSLIKNLHNEKDNNDN NFANYLY*LSRFNEVEIRFINDPLLINEINNLIENYSYNFDEIITHVKASYDFFKKYNYEFSKNNFLKFKEESEQLNKLQ IDFNLITKSLYQSQTFLPRIKLLESFLVKNNMTLTSLIYDDVNLLSNTYVEANEFYTNFNHLLKDDFKKFIEDNIKSHSL FFSHLNTLKNNE*TYAFEQYLLINNPFAKKGLFKKIKGDEKKL*KQLDLLKIYINNPFLSKFSFDFLEDLIKQPIEIFNV ENLVYLNNKHLLNKAYVKDLYENAFDKNLSYELIYGLKDLKLNSEQYDIIKNLIKYQNEVLVNYQFIKNTDFFNLCKKLR DANIQFSKNADEIIYNNYLDYLQIKLVTAPKQIQTKIKEIAQICRLAKKPNIVKFILKYYEILRFLFPI*ISKPELVSEM LPLISKSFDYGIFDEASQMFLERSYPSIYRCNINIVAGDDKQLCPTNFFINRQENENDEFELADVDVAESLLDRAKTALW SEYLLKNHYRSNREDLISFSNDNIYNGDLHFASKNGLFDPGMEIIDVEGVFENENVIEAQKIMEVLKERAANYQKIIVIT FNIKQSELIENLILQTFSFNDVVYQRFENDEIIVTNLENVQGNEADLVILSVTYAKNKEGILRNNYGPLMKKGGANRLNV AITRAADKMIVVKSIKAVDMMVNINNDNIRTFKNFIGYCDEIVHLTNQNKFNDCSHFDEEFLTSLEKTILKILKDYKKTN QQILYKLKIGNFKITFALYNEEKQKIDLLIFIEEFNE*KSYNLLEIYDQFNFLMDRGYKTIVINDYEICLNYNQVKNNII KLID >Mature_1284_residues MQDQGVNNKAIKQKVLNLLSTDTRDSCIRTRLTKYHLDISHTFNKYELQDFIEGKINILKIRNFININTFENDVKNINSM DELIDYLQDFNLKLKDLLSTRKINEWSQDFVFYKNERIADMIKAIESQPKKFEYLSREARNIYAQTGV*PLYIAKNFLIG TTPKASNINAPLIFVDVEIKKYNGEIFLKRKNTNFIVNEKILSFLKNDYKNNIVSLNEIKNFSYLEIQTLIKKIILKDHL ESIINNNEFLNLKQNEINEQFNNFFLYDAYVLGIFEPHGGAIKNDLEVIISNNIDPFDEEINNVNQQIYYKNYHFLAEEN KLPLIQINRPLNIFQKYAIHSGLVKNTLIYGPPGTGKSEVIASIIANVINDLKSILIISEKKAALDVLHERLAKINFFTL FIYDTNNDDQFYNNIFNLIEKIGGLRFIENQDLNQFNDFKYKNNIISNIYYKKIHELKKEIINITSLIKNLHNEKDNNDN NFANYLY*LSRFNEVEIRFINDPLLINEINNLIENYSYNFDEIITHVKASYDFFKKYNYEFSKNNFLKFKEESEQLNKLQ IDFNLITKSLYQSQTFLPRIKLLESFLVKNNMTLTSLIYDDVNLLSNTYVEANEFYTNFNHLLKDDFKKFIEDNIKSHSL FFSHLNTLKNNE*TYAFEQYLLINNPFAKKGLFKKIKGDEKKL*KQLDLLKIYINNPFLSKFSFDFLEDLIKQPIEIFNV ENLVYLNNKHLLNKAYVKDLYENAFDKNLSYELIYGLKDLKLNSEQYDIIKNLIKYQNEVLVNYQFIKNTDFFNLCKKLR DANIQFSKNADEIIYNNYLDYLQIKLVTAPKQIQTKIKEIAQICRLAKKPNIVKFILKYYEILRFLFPI*ISKPELVSEM LPLISKSFDYGIFDEASQMFLERSYPSIYRCNINIVAGDDKQLCPTNFFINRQENENDEFELADVDVAESLLDRAKTALW SEYLLKNHYRSNREDLISFSNDNIYNGDLHFASKNGLFDPGMEIIDVEGVFENENVIEAQKIMEVLKERAANYQKIIVIT FNIKQSELIENLILQTFSFNDVVYQRFENDEIIVTNLENVQGNEADLVILSVTYAKNKEGILRNNYGPLMKKGGANRLNV AITRAADKMIVVKSIKAVDMMVNINNDNIRTFKNFIGYCDEIVHLTNQNKFNDCSHFDEEFLTSLEKTILKILKDYKKTN QQILYKLKIGNFKITFALYNEEKQKIDLLIFIEEFNE*KSYNLLEIYDQFNFLMDRGYKTIVINDYEICLNYNQVKNNII KLID
Specific function: Unknown
COG id: COG1112
COG function: function code L; Superfamily I DNA and RNA helicases and helicase subunits
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the DNA2/NAM7 helicase family [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 150573; Mature: 150573
Theoretical pI: Translated: 6.21; Mature: 6.21
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 1.0 %Met (Translated Protein) 1.6 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 1.0 %Met (Mature Protein) 1.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MQDQGVNNKAIKQKVLNLLSTDTRDSCIRTRLTKYHLDISHTFNKYELQDFIEGKINILK CCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHEEEEHHHCCCHHHHHHHHCCCEEEEE IRNFININTFENDVKNINSMDELIDYLQDFNLKLKDLLSTRKINEWSQDFVFYKNERIAD EECEEEECCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHCCEEECCCHHHH MIKAIESQPKKFEYLSREARNIYAQTGVPLYIAKNFLIGTTPKASNINAPLIFVDVEIKK HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEEEE YNGEIFLKRKNTNFIVNEKILSFLKNDYKNNIVSLNEIKNFSYLEIQTLIKKIILKDHLE ECCEEEEEECCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH SIINNNEFLNLKQNEINEQFNNFFLYDAYVLGIFEPHGGAIKNDLEVIISNNIDPFDEEI HHHCCCCEEEECHHHHHHHHHCEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHH NNVNQQIYYKNYHFLAEENKLPLIQINRPLNIFQKYAIHSGLVKNTLIYGPPGTGKSEVI HCCCCEEEEECEEEEECCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCHHHCCEEECCCCCCHHHHH ASIIANVINDLKSILIISEKKAALDVLHERLAKINFFTLFIYDTNNDDQFYNNIFNLIEK HHHHHHHHHHHHHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHH IGGLRFIENQDLNQFNDFKYKNNIISNIYYKKIHELKKEIINITSLIKNLHNEKDNNDNN 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MIKAIESQPKKFEYLSREARNIYAQTGVPLYIAKNFLIGTTPKASNINAPLIFVDVEIKK HHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEEEE YNGEIFLKRKNTNFIVNEKILSFLKNDYKNNIVSLNEIKNFSYLEIQTLIKKIILKDHLE ECCEEEEEECCCCEEEHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH SIINNNEFLNLKQNEINEQFNNFFLYDAYVLGIFEPHGGAIKNDLEVIISNNIDPFDEEI HHHCCCCEEEECHHHHHHHHHCEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCCCCHHHHH NNVNQQIYYKNYHFLAEENKLPLIQINRPLNIFQKYAIHSGLVKNTLIYGPPGTGKSEVI HCCCCEEEEECEEEEECCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHCCHHHCCEEECCCCCCHHHHH ASIIANVINDLKSILIISEKKAALDVLHERLAKINFFTLFIYDTNNDDQFYNNIFNLIEK HHHHHHHHHHHHHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHH IGGLRFIENQDLNQFNDFKYKNNIISNIYYKKIHELKKEIINITSLIKNLHNEKDNNDNN HCCEEEECCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC FANYLYLSRFNEVEIRFINDPLLINEINNLIENYSYNFDEIITHVKASYDFFKKYNYEFS HHHEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEC KNNFLKFKEESEQLNKLQIDFNLITKSLYQSQTFLPRIKLLESFLVKNNMTLTSLIYDDV CCCCEEECHHHHHHHEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHH 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PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8948633 [H]