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The map label for this gene is hlyB [H]

Identifier: 59711305

GI number: 59711305

Start: 765533

End: 767521

Strand: Reverse

Name: hlyB [H]

Synonym: VF_0698

Alternate gene names: 59711305

Gene position: 767521-765533 (Counterclockwise)

Preceding gene: 59711316

Following gene: 59711304

Centisome position: 26.49

GC content: 35.75

Gene sequence:

>1989_bases
ATGATTTTGTCTGTATTTAAAAGTATAAAACATCGATTATTAATCATATCACTTCTACCGACATTGATTATCTCAACATT
CTTATTTCAACTGTTATTACAAGAAAATGAAAATGTTTATGATGCCAATTACTCTTTAGAGGCTGTGACCCTTTTTAATG
CCTTAGATAATGTGGCACATAACTTTGCAGTTGAGCGCGGATTAACCGCTGGTTTTATCGCCTCAAAAGGGCGTTCAGGA
AAAGATAAACTGCTCTCACAACGACAGAAATCAGACCAAGCAGAACAAATCCTACGAAGCTTTACTCCTCTCTACCTAGA
CAAACAGTTAATCAATGCTCTTCTTTCAGATATCATCCAGCAACTCAATTATAAATCAACCATTCGCTCACAAGTTGATA
ATCTCTCTATCCAAAATTCTCCGTTTATCTATTATTCAACACTCAATCAACTTTCTCTTGATTCAATATCAATCATCATT
GGTAATATTGATGACCAATTTATTCGTAATGAAATGCTTGGTCTCTCTGCACTATTACAAGTAAAAGAAGAGGCAGGGAA
AGTTCGAGGGGCGCTTAATGGGGCATTTGCTGGAAAAAGATCAAGCTTAGATAAATTTGCCGATATAAATAGTTATATTT
CAACAGAATCCCTAGCGATTCGACAAGCTCAATCCGTGTTATCTAACCGTTTTACAAAAACATTAAACACCACCATTGAA
TCGAAAACATGGAAGCAAGTCTCTGATATTCAAGCATCATATTTATCTCAAAAAGATAACTTAAATGCTCTTAATGGACC
AAACGCTAATGAATGGTTCTCTCTAGCAACTCAACGTATTGGTTTAATAAAAGCAATAACCGATAATATCTCAGCTGAAT
TAAATGATGCAGCAAAGCATAATATGAACGCTGCCAAACTTACTCGCAATATTTACATTGCTATTGCTGTATGTTTGATA
CTTCCTATTGCTGTAGTTAGTTTATTAACAACACGCTCTATCAGTAATCGTATGACATCATTTAGTCAGCGCATTAATGA
AATGTCTGCGACAAAGGATCTCACGCTAACTTTTGAAGATAATAATGAAAACGAATTTGACCATATAGCAAAAGATATTA
ATTCTTTAATTGAAAGTATTTCCTTGCCATTAAGAGCCGCTCATAGTGTGTCATCGAAAACCCAGGATGAGTTGAATGGA
TTAAGCCATCATTTAAAACAAGCAACTCAATCAAGCCAAACAACGTTAAGTCATTGCGATAGTATTGCAACAGCAATGGC
TGAAATGGCACAAACCAGTTCTGAGATTGCAGGCGTAACTAATAACGCACACGAAACAACAACTCAAGTAACAACCAACG
CTACAACTTGCAAAGATCATACTCAAGTAACGACAAGTGTTGTGAATGATTTACACTACAGCATTATCAATACACATGAG
CATATTCAAAATTTAGAAAAAGAAACGCTGAATGTTTCTGAGATTTTGGACACGATAACAGCAGTCTCAGAACAAACTAA
CTTACTTGCATTAAATGCAGCTATCGAAGCGGCTCGTGCTGGTGATCAAGGTCGAGGTTTTGCCGTTGTCGCGGATGAAG
TTAGAAAACTAGCTCAACGCAGCCAAGAAGCTACTAATGATATTCGCCAATTACTTGATGCTATTGGAAACAGCGCAAAA
CAATCTTTTATTTTAATGGAAGAAAGTAAAACACTGAGTAGTAAGACTCAAGACAGCGTAATTAATTCTTCTAGTTATAT
TGATTCTCTACACTCTGCAATAACAGAAATAGACAGTTTTAATACCAGTATTTCTGCTGCAACCTTAGAGCAGTCTGAAA
CAGCAAACTCTGTTAACGCTGATATTGATGAACTTGCCTCGCTGGCTAATGGAACAAATGAATTAATTCAGCATCTTGAG
AGCGAAATGCACAATATTGAACAAACTATGTCCGAGTTAAGTATTCAAATTAATACAATTCGAGTTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTTCCTGTTTAAACCAAAAGAAAAACCCAGTTTTAATTATTAAAGTATCAATTAATGCAACCGATAAATGTATATACCCA
CATTAATTAAAAGGTTAACT

Downstream 100 bases:

>100_bases
TGCATATTTGTTAAGCAGAAATTCGCTTTCATTGCGTATAAACGATATATTTAATAGATAGTCTAGTTTAAAGGAATTAT
CACAATGAAAAAAATCAGTT

Product: methyl-accepting chemotaxis protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 662; Mature: 662

Protein sequence:

>662_residues
MILSVFKSIKHRLLIISLLPTLIISTFLFQLLLQENENVYDANYSLEAVTLFNALDNVAHNFAVERGLTAGFIASKGRSG
KDKLLSQRQKSDQAEQILRSFTPLYLDKQLINALLSDIIQQLNYKSTIRSQVDNLSIQNSPFIYYSTLNQLSLDSISIII
GNIDDQFIRNEMLGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKRSSLDKFADINSYISTESLAIRQAQSVLSNRFTKTLNTTIE
SKTWKQVSDIQASYLSQKDNLNALNGPNANEWFSLATQRIGLIKAITDNISAELNDAAKHNMNAAKLTRNIYIAIAVCLI
LPIAVVSLLTTRSISNRMTSFSQRINEMSATKDLTLTFEDNNENEFDHIAKDINSLIESISLPLRAAHSVSSKTQDELNG
LSHHLKQATQSSQTTLSHCDSIATAMAEMAQTSSEIAGVTNNAHETTTQVTTNATTCKDHTQVTTSVVNDLHYSIINTHE
HIQNLEKETLNVSEILDTITAVSEQTNLLALNAAIEAARAGDQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATNDIRQLLDAIGNSAK
QSFILMEESKTLSSKTQDSVINSSSYIDSLHSAITEIDSFNTSISAATLEQSETANSVNADIDELASLANGTNELIQHLE
SEMHNIEQTMSELSIQINTIRV

Sequences:

>Translated_662_residues
MILSVFKSIKHRLLIISLLPTLIISTFLFQLLLQENENVYDANYSLEAVTLFNALDNVAHNFAVERGLTAGFIASKGRSG
KDKLLSQRQKSDQAEQILRSFTPLYLDKQLINALLSDIIQQLNYKSTIRSQVDNLSIQNSPFIYYSTLNQLSLDSISIII
GNIDDQFIRNEMLGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKRSSLDKFADINSYISTESLAIRQAQSVLSNRFTKTLNTTIE
SKTWKQVSDIQASYLSQKDNLNALNGPNANEWFSLATQRIGLIKAITDNISAELNDAAKHNMNAAKLTRNIYIAIAVCLI
LPIAVVSLLTTRSISNRMTSFSQRINEMSATKDLTLTFEDNNENEFDHIAKDINSLIESISLPLRAAHSVSSKTQDELNG
LSHHLKQATQSSQTTLSHCDSIATAMAEMAQTSSEIAGVTNNAHETTTQVTTNATTCKDHTQVTTSVVNDLHYSIINTHE
HIQNLEKETLNVSEILDTITAVSEQTNLLALNAAIEAARAGDQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATNDIRQLLDAIGNSAK
QSFILMEESKTLSSKTQDSVINSSSYIDSLHSAITEIDSFNTSISAATLEQSETANSVNADIDELASLANGTNELIQHLE
SEMHNIEQTMSELSIQINTIRV
>Mature_662_residues
MILSVFKSIKHRLLIISLLPTLIISTFLFQLLLQENENVYDANYSLEAVTLFNALDNVAHNFAVERGLTAGFIASKGRSG
KDKLLSQRQKSDQAEQILRSFTPLYLDKQLINALLSDIIQQLNYKSTIRSQVDNLSIQNSPFIYYSTLNQLSLDSISIII
GNIDDQFIRNEMLGLSALLQVKEEAGKVRGALNGAFAGKRSSLDKFADINSYISTESLAIRQAQSVLSNRFTKTLNTTIE
SKTWKQVSDIQASYLSQKDNLNALNGPNANEWFSLATQRIGLIKAITDNISAELNDAAKHNMNAAKLTRNIYIAIAVCLI
LPIAVVSLLTTRSISNRMTSFSQRINEMSATKDLTLTFEDNNENEFDHIAKDINSLIESISLPLRAAHSVSSKTQDELNG
LSHHLKQATQSSQTTLSHCDSIATAMAEMAQTSSEIAGVTNNAHETTTQVTTNATTCKDHTQVTTSVVNDLHYSIINTHE
HIQNLEKETLNVSEILDTITAVSEQTNLLALNAAIEAARAGDQGRGFAVVADEVRKLAQRSQEATNDIRQLLDAIGNSAK
QSFILMEESKTLSSKTQDSVINSSSYIDSLHSAITEIDSFNTSISAATLEQSETANSVNADIDELASLANGTNELIQHLE
SEMHNIEQTMSELSIQINTIRV

Specific function: May form a pore through which the hemolysin can be exported [H]

COG id: NA

COG function: NA

Gene ontology:

Cell location: Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein [H]

Metaboloic importance: Non_Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 methyl-accepting transducer domain [H]

Homologues:

Organism=Escherichia coli, GI1787690, Length=354, Percent_Identity=25.9887005649718, Blast_Score=101, Evalue=1e-22,
Organism=Escherichia coli, GI2367378, Length=316, Percent_Identity=25.3164556962025, Blast_Score=89, Evalue=1e-18,
Organism=Escherichia coli, GI1789453, Length=266, Percent_Identity=28.9473684210526, Blast_Score=89, Evalue=1e-18,
Organism=Escherichia coli, GI1788195, Length=209, Percent_Identity=30.1435406698565, Blast_Score=87, Evalue=3e-18,
Organism=Escherichia coli, GI1788194, Length=201, Percent_Identity=32.3383084577114, Blast_Score=84, Evalue=2e-17,

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR004090
- InterPro:   IPR004089
- InterPro:   IPR003660
- InterPro:   IPR000727 [H]

Pfam domain/function: PF00672 HAMP; PF00015 MCPsignal [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 72776; Mature: 72776

Theoretical pI: Translated: 5.03; Mature: 5.03

Prosite motif: PS50906 NIT ; PS50111 CHEMOTAXIS_TRANSDUC_2

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.5 %Cys     (Translated Protein)
1.5 %Met     (Translated Protein)
2.0 %Cys+Met (Translated Protein)
0.5 %Cys     (Mature Protein)
1.5 %Met     (Mature Protein)
2.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MILSVFKSIKHRLLIISLLPTLIISTFLFQLLLQENENVYDANYSLEAVTLFNALDNVAH
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHH
NFAVERGLTAGFIASKGRSGKDKLLSQRQKSDQAEQILRSFTPLYLDKQLINALLSDIIQ
HHHHHCCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QLNYKSTIRSQVDNLSIQNSPFIYYSTLNQLSLDSISIIIGNIDDQFIRNEMLGLSALLQ
HCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHH
VKEEAGKVRGALNGAFAGKRSSLDKFADINSYISTESLAIRQAQSVLSNRFTKTLNTTIE
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SKTWKQVSDIQASYLSQKDNLNALNGPNANEWFSLATQRIGLIKAITDNISAELNDAAKH
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NMNAAKLTRNIYIAIAVCLILPIAVVSLLTTRSISNRMTSFSQRINEMSATKDLTLTFED
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC
NNENEFDHIAKDINSLIESISLPLRAAHSVSSKTQDELNGLSHHLKQATQSSQTTLSHCD
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SIATAMAEMAQTSSEIAGVTNNAHETTTQVTTNATTCKDHTQVTTSVVNDLHYSIINTHE
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HIQNLEKETLNVSEILDTITAVSEQTNLLALNAAIEAARAGDQGRGFAVVADEVRKLAQR
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHH
SQEATNDIRQLLDAIGNSAKQSFILMEESKTLSSKTQDSVINSSSYIDSLHSAITEIDSF
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCEEEEECCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHC
NTSISAATLEQSETANSVNADIDELASLANGTNELIQHLESEMHNIEQTMSELSIQINTI
CCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEE
RV
EC
>Mature Secondary Structure
MILSVFKSIKHRLLIISLLPTLIISTFLFQLLLQENENVYDANYSLEAVTLFNALDNVAH
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHH
NFAVERGLTAGFIASKGRSGKDKLLSQRQKSDQAEQILRSFTPLYLDKQLINALLSDIIQ
HHHHHCCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
QLNYKSTIRSQVDNLSIQNSPFIYYSTLNQLSLDSISIIIGNIDDQFIRNEMLGLSALLQ
HCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHH
VKEEAGKVRGALNGAFAGKRSSLDKFADINSYISTESLAIRQAQSVLSNRFTKTLNTTIE
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SKTWKQVSDIQASYLSQKDNLNALNGPNANEWFSLATQRIGLIKAITDNISAELNDAAKH
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
NMNAAKLTRNIYIAIAVCLILPIAVVSLLTTRSISNRMTSFSQRINEMSATKDLTLTFED
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC
NNENEFDHIAKDINSLIESISLPLRAAHSVSSKTQDELNGLSHHLKQATQSSQTTLSHCD
CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
SIATAMAEMAQTSSEIAGVTNNAHETTTQVTTNATTCKDHTQVTTSVVNDLHYSIINTHE
HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HIQNLEKETLNVSEILDTITAVSEQTNLLALNAAIEAARAGDQGRGFAVVADEVRKLAQR
HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHHHHHCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHH
SQEATNDIRQLLDAIGNSAKQSFILMEESKTLSSKTQDSVINSSSYIDSLHSAITEIDSF
HHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCEEEEECCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHC
NTSISAATLEQSETANSVNADIDELASLANGTNELIQHLESEMHNIEQTMSELSIQINTI
CCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEE
RV
EC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 2162464; 10952301 [H]