Click here to switch to the map view.

The map label for this gene is 226950535

Identifier: 226950535

GI number: 226950535

Start: 3533570

End: 3534877

Strand: Reverse

Name: 226950535

Synonym: CLM_3511

Alternate gene names: NA

Gene position: 3534877-3533570 (Counterclockwise)

Preceding gene: 226950536

Following gene: 226950534

Centisome position: 85.07

GC content: 24.24

Gene sequence:

>1308_bases
TTGAGTTATAAGAGGAATATTGCAAGTAATTTTTTAACACAAATAATAGCATCAGCTATAGGCTTTTTTACTAGTATTAT
AGTTGCTAGAGCATTAGGGCCACAGGATAAAGGCTATGCTGCATATATATTATTAATATTTAATTTGATAGGGGAATATG
GTCATTTCGGAATAACTAGTGCTAGTACGTATTTTCAAAAGAAGACTAAATATTCAGCTAAAGAGGTTTATGATACTAAT
ATTACTTATTTGTTTATAGTATTTAGTATAATATCTTTAACTATAATAATTTTAAAGTCAACAGGATTTTTTTTAGTTGA
TTATAGTTGGTCTTTAATTATAGCTGGACTTAGTATTGTACTTTGTACATTTTTAAATACAATTCTTATAAATTTTTATG
TAGCAGACGAAAGAATACCGGAGGCTAATAAATGTAATTTAATAATGAATTTCTTAAAATCTATTCTTATTTTGATACTA
TGGATATTCGGTAATTTAAATGTCTTTACTTTTGTTTTATGTCAATTTATGCCACTTATAGTTTCTATTTTAATTTTATA
TAAGAATCTTGGTATAACGTATAATATTGGATTTAACAAACAATTATTAAAATCAGAGCTTAAATTTGGAATAGTAATTT
ATTTAGCAACTTTGTTTATTTATTTAAATTATAGAATGGATCAAATTTTTATAAAAAATATGTTGGGAGAACAGCAATTA
GGTATATATTCTATTGCTGTATCATTGGCTGAATTATTATTCTTGATACCAGGAAGTGTAGGAACTGCCATACTTGGAAG
ATTGTATAATATAAAAGATAACAATAAAGAAAAAAAGTATATATTATCCATGACTGTAAAATATACGTTTTATATATGTT
TATTTATTGGAATTTTAGGAATAATGATGACACCTTTAATACCATATGTTTATGGTAAAGAATTTGCATCAGCAAAATCA
TCCACTATAATTTTATTTATTGGAATTATATTTGCATCAATAGGTAAGGTATCTTCTTCTTATTTTCAAAGCGAAGGAGC
ACCAATAATACATATGGTTATTACATTAATTACCTTTTTAGCTAATTTACTTTTAAATGCTTTATTTATTCCTAAATGGG
GTATTGATGGTGCAGCAGCTGCATCGACAATATCATATATTTTATATGGCTTAGTATATGTTGTGTTTTTTAAACATAAA
GAAGATTTTAAGATTAGTGATTTTTTTATGTTCAATAAAAATGATTATAATATACTTATAAAAAATAATCCTTTTTTAAA
CAGGTTAAGAAAGAGGAATAAAAAATAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GATAGTTGCAGGAGTACCAGCTAAAATATTTAATGATGTACCAAAAGAACAGTTGTTAGAAAATCAATAGCTAAAAATAA
GGATTAAAGGGTGTTTTAAG

Downstream 100 bases:

>100_bases
ATTAAAATAAAAATTTTATTTTAATTGGAGGATAATATGAAAATTAATTTTAATAAAATTAAAAACAATTTTAAGAACAA
ATATATGATTTTTCTTGCTA

Product: polysaccharide biosynthesis protein

Products: NA

Alternate protein names: O-Antigen Flippase; Hapothetical Protein

Number of amino acids: Translated: 435; Mature: 434

Protein sequence:

>435_residues
MSYKRNIASNFLTQIIASAIGFFTSIIVARALGPQDKGYAAYILLIFNLIGEYGHFGITSASTYFQKKTKYSAKEVYDTN
ITYLFIVFSIISLTIIILKSTGFFLVDYSWSLIIAGLSIVLCTFLNTILINFYVADERIPEANKCNLIMNFLKSILILIL
WIFGNLNVFTFVLCQFMPLIVSILILYKNLGITYNIGFNKQLLKSELKFGIVIYLATLFIYLNYRMDQIFIKNMLGEQQL
GIYSIAVSLAELLFLIPGSVGTAILGRLYNIKDNNKEKKYILSMTVKYTFYICLFIGILGIMMTPLIPYVYGKEFASAKS
STIILFIGIIFASIGKVSSSYFQSEGAPIIHMVITLITFLANLLLNALFIPKWGIDGAAAASTISYILYGLVYVVFFKHK
EDFKISDFFMFNKNDYNILIKNNPFLNRLRKRNKK

Sequences:

>Translated_435_residues
MSYKRNIASNFLTQIIASAIGFFTSIIVARALGPQDKGYAAYILLIFNLIGEYGHFGITSASTYFQKKTKYSAKEVYDTN
ITYLFIVFSIISLTIIILKSTGFFLVDYSWSLIIAGLSIVLCTFLNTILINFYVADERIPEANKCNLIMNFLKSILILIL
WIFGNLNVFTFVLCQFMPLIVSILILYKNLGITYNIGFNKQLLKSELKFGIVIYLATLFIYLNYRMDQIFIKNMLGEQQL
GIYSIAVSLAELLFLIPGSVGTAILGRLYNIKDNNKEKKYILSMTVKYTFYICLFIGILGIMMTPLIPYVYGKEFASAKS
STIILFIGIIFASIGKVSSSYFQSEGAPIIHMVITLITFLANLLLNALFIPKWGIDGAAAASTISYILYGLVYVVFFKHK
EDFKISDFFMFNKNDYNILIKNNPFLNRLRKRNKK
>Mature_434_residues
SYKRNIASNFLTQIIASAIGFFTSIIVARALGPQDKGYAAYILLIFNLIGEYGHFGITSASTYFQKKTKYSAKEVYDTNI
TYLFIVFSIISLTIIILKSTGFFLVDYSWSLIIAGLSIVLCTFLNTILINFYVADERIPEANKCNLIMNFLKSILILILW
IFGNLNVFTFVLCQFMPLIVSILILYKNLGITYNIGFNKQLLKSELKFGIVIYLATLFIYLNYRMDQIFIKNMLGEQQLG
IYSIAVSLAELLFLIPGSVGTAILGRLYNIKDNNKEKKYILSMTVKYTFYICLFIGILGIMMTPLIPYVYGKEFASAKSS
TIILFIGIIFASIGKVSSSYFQSEGAPIIHMVITLITFLANLLLNALFIPKWGIDGAAAASTISYILYGLVYVVFFKHKE
DFKISDFFMFNKNDYNILIKNNPFLNRLRKRNKK

Specific function: Unknown

COG id: COG2244

COG function: function code R; Membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasmic

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: NA

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

NA

Pfam domain/function: NA

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 49412; Mature: 49280

Theoretical pI: Translated: 9.87; Mature: 9.87

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.9 %Cys     (Translated Protein)
2.3 %Met     (Translated Protein)
3.2 %Cys+Met (Translated Protein)
0.9 %Cys     (Mature Protein)
2.1 %Met     (Mature Protein)
3.0 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MSYKRNIASNFLTQIIASAIGFFTSIIVARALGPQDKGYAAYILLIFNLIGEYGHFGITS
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
ASTYFQKKTKYSAKEVYDTNITYLFIVFSIISLTIIILKSTGFFLVDYSWSLIIAGLSIV
HHHHHHHHHCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHH
LCTFLNTILINFYVADERIPEANKCNLIMNFLKSILILILWIFGNLNVFTFVLCQFMPLI
HHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
VSILILYKNLGITYNIGFNKQLLKSELKFGIVIYLATLFIYLNYRMDQIFIKNMLGEQQL
HHHHHHHHCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH
GIYSIAVSLAELLFLIPGSVGTAILGRLYNIKDNNKEKKYILSMTVKYTFYICLFIGILG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IMMTPLIPYVYGKEFASAKSSTIILFIGIIFASIGKVSSSYFQSEGAPIIHMVITLITFL
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH
ANLLLNALFIPKWGIDGAAAASTISYILYGLVYVVFFKHKEDFKISDFFMFNKNDYNILI
HHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEE
KNNPFLNRLRKRNKK
CCCHHHHHHHHCCCC
>Mature Secondary Structure 
SYKRNIASNFLTQIIASAIGFFTSIIVARALGPQDKGYAAYILLIFNLIGEYGHFGITS
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
ASTYFQKKTKYSAKEVYDTNITYLFIVFSIISLTIIILKSTGFFLVDYSWSLIIAGLSIV
HHHHHHHHHCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHH
LCTFLNTILINFYVADERIPEANKCNLIMNFLKSILILILWIFGNLNVFTFVLCQFMPLI
HHHHHHHHHHHHEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHH
VSILILYKNLGITYNIGFNKQLLKSELKFGIVIYLATLFIYLNYRMDQIFIKNMLGEQQL
HHHHHHHHCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH
GIYSIAVSLAELLFLIPGSVGTAILGRLYNIKDNNKEKKYILSMTVKYTFYICLFIGILG
HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
IMMTPLIPYVYGKEFASAKSSTIILFIGIIFASIGKVSSSYFQSEGAPIIHMVITLITFL
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH
ANLLLNALFIPKWGIDGAAAASTISYILYGLVYVVFFKHKEDFKISDFFMFNKNDYNILI
HHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEE
KNNPFLNRLRKRNKK
CCCHHHHHHHHCCCC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: NA