| Definition | Helicobacter pylori Shi470, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_010698 |
| Length | 1,608,548 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 188527095
GI number: 188527095
Start: 282908
End: 291607
Strand: Direct
Name: vacA [H]
Synonym: HPSH_01500
Alternate gene names: 188527095
Gene position: 282908-291607 (Clockwise)
Preceding gene: 188527094
Following gene: 188527096
Centisome position: 17.59
GC content: 41.18
Gene sequence:
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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
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Product: toxin-like outer membrane protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 2899; Mature: 2899
Protein sequence:
>2899_residues MKKFKKKPKSIKQSHQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYANNLWDLLNPKVGGEYVHWVKGSQYCAWWEFAGCLKNVWGA NHKGYDAGNAANYLSSQNYQAISVGSGNETGTYSLSGFTNYVGGNLTINLGNSVVLDLSGSNSFTSYQGYNQGKDDVSFN VGAINLNGALEVGNRVGTGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNIGNANSAITIGSVSLSGDTCSSLASVGVG ANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNASGSFTFEENAAFSGAKLNGGTYTFNKGFSATNNTAFNSGSFNFKGTSSFNGATF NNATYTFNNQATFQNSSFNGGTFTFNNQTNQTNSAQHPQILFENSSFSGNATTLKGFVDFQQAFNNSNHQLTVQNASFNN ANFSNTGKITINESASFNDTTFNTSINTNNMTITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSQVTLTQGTTFNLTSLGDKNSVTIL NSSGGITYNNLLNHALNSLTSALKTNESSSDPQSFAQGLWDIITYNGVTGQLLSANIAASKPADSSPSKSSTNPTQVYQV GYKIGDIIYKLQETFSHNSIIIQALESGTYTPPPVISGSKFDLSASNYIDSNTPWYDHKSYIPKSQNFTESGTYYLPSVQ IWGSYTNSFKQTFSANGSNLVIGYNSTWTDHNVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGAYSAYHVYITANL RSGNRIGTGGAANLIFNGVDSVNIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQGMDNSQNWNGLNPNGTLSVYGTTFTNQAKDGKFI FNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEISAKNASFNNANFNNSASFNFNNSNATTSFVGDFTNANSNL QIAGNAVFGNSNNGSQNNANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNGPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFNAHSV INIGEAITNGNPITLVSSSKEIEYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSVGNGVYDVVYSFNNQTYNFQEIFSPNSIS IRRLGVGMVFDYMDMEKSDHLYYKNVAGFMTYMPNSYNNNLGNSNNTIYYYDKSIDFYASGKTLFTKAEFSQTFTGQNSA IVFGAKSIWTNASDAPQSNTIIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISSGGGANLNFN GLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFTSNSANIQAQNSYFIDDTAQNGGNPNFSFNALNLDFSNSSFRGYVGKTQSVFKF NAANAINFTNSTNLSSGLYQMQAKSVSFDNSNLSVSVGTSSIKANAINLSQNASINASNHSTLELQGGLNLNDTSSLNLN QSVINVSNNATINDYASLIVNDGSRLNFNGTTNFNSANITTSLNHSSIVFKGAISLGGQFNLSNNSSLDFQGSSAITSNT AFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLNLKNSQLVFSDQGSLNIANIDLLSDLNDNKNRVYNIIQA GMNNNWYERINFFGMRINDGIYDAINQTYSFTNPLNNALKITESFKDNQLSVTLSQIPGIKNTLYNISSEVFNYQKVYNN ANGVYSYSDDAEGVFYLTSNVKGYYNPNQSYQASGSNNTTKNNNLTSDSSVISQIYNAQGNPISALHVYNKGYNFNNIKA LGQMALKLYPEIKKILGNDFSLSSLSGLNPDALNQLTKLITPNDWKNINELIDNANNSVVQNFNNGTLIVGATKIGQTNA NSAVVFGGLGYQKPCDYTDIVCQKFRGTYLGQLLESSSADLGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSQTS LVLNQANIVSSQTDGIFSMLGQEGINKVFNQAGLANILGEVAMQSINKAGGLGNLVADMLGSNSVIGEHLTPEQKNQTLS QLLGQNNFDNLMNDSGLNAVIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNQITGFISAND IGQVISVILQDIVKPSEALQNDVAALGKQMIGEFLGQDTLNSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLMPNL GKKGLFAPYGLSQVWQKGDFNFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHISFTNHAGALNLLSNQVSNINI TMLNVSNGLKINAANNNVSVSQGNLFINASCAGQSDPATANIANPCVLSTQSANGASSSNASNNAQIALNNNDESLMVTA NDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQANNLTISNQAVLEKNASFMANNLNIQGAFNNNATRKIEVLQN LTIASNASLSTGIYGLEVGGALNNFGAIHFNLENIQTPTPLIQAEGIINLNTTQTPFMNVNNSMANNTTYTLLKSSRYID YNINPNSLQSYLNLYTLININGNRIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNAHQNNILSLSVLHNQIKMSYGDK VMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNNAIKWLSTLMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVAKDLLNTASLISNP NFRNNATNLLELASYTQQTSRLTKLSDFRAREGESDFSERLLEFKNKRFSDPNPSEVFAKYSQPNKHPNNLWVQGIGGAS FISGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYGYSGFNGNIMHSLANNVDVGMYARAFLKRNEFTLSANETYGGNASNINS SNSLLSVLNQRYSYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKPQVGLSYHFIGLSGMKGKMNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTL NMGLESRKYFGKNSYYFVTARLGRDLLIKSKGGNVVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLVYVNAGVGLKM GLQYQDINITGNVGMRVAF
Sequences:
>Translated_2899_residues MKKFKKKPKSIKQSHQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYANNLWDLLNPKVGGEYVHWVKGSQYCAWWEFAGCLKNVWGA NHKGYDAGNAANYLSSQNYQAISVGSGNETGTYSLSGFTNYVGGNLTINLGNSVVLDLSGSNSFTSYQGYNQGKDDVSFN VGAINLNGALEVGNRVGTGAGTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNIGNANSAITIGSVSLSGDTCSSLASVGVG ANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNASGSFTFEENAAFSGAKLNGGTYTFNKGFSATNNTAFNSGSFNFKGTSSFNGATF NNATYTFNNQATFQNSSFNGGTFTFNNQTNQTNSAQHPQILFENSSFSGNATTLKGFVDFQQAFNNSNHQLTVQNASFNN ANFSNTGKITINESASFNDTTFNTSINTNNMTITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSQVTLTQGTTFNLTSLGDKNSVTIL NSSGGITYNNLLNHALNSLTSALKTNESSSDPQSFAQGLWDIITYNGVTGQLLSANIAASKPADSSPSKSSTNPTQVYQV GYKIGDIIYKLQETFSHNSIIIQALESGTYTPPPVISGSKFDLSASNYIDSNTPWYDHKSYIPKSQNFTESGTYYLPSVQ IWGSYTNSFKQTFSANGSNLVIGYNSTWTDHNVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGAYSAYHVYITANL RSGNRIGTGGAANLIFNGVDSVNIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQGMDNSQNWNGLNPNGTLSVYGTTFTNQAKDGKFI FNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEISAKNASFNNANFNNSASFNFNNSNATTSFVGDFTNANSNL QIAGNAVFGNSNNGSQNNANFNNTGSVNISGNATFDNVVFNGPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFNAHSV 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QLLGQNNFDNLMNDSGLNAVIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNQITGFISAND IGQVISVILQDIVKPSEALQNDVAALGKQMIGEFLGQDTLNSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLMPNL GKKGLFAPYGLSQVWQKGDFNFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHISFTNHAGALNLLSNQVSNINI TMLNVSNGLKINAANNNVSVSQGNLFINASCAGQSDPATANIANPCVLSTQSANGASSSNASNNAQIALNNNDESLMVTA NDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQANNLTISNQAVLEKNASFMANNLNIQGAFNNNATRKIEVLQN LTIASNASLSTGIYGLEVGGALNNFGAIHFNLENIQTPTPLIQAEGIINLNTTQTPFMNVNNSMANNTTYTLLKSSRYID YNINPNSLQSYLNLYTLININGNRIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNAHQNNILSLSVLHNQIKMSYGDK VMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNNAIKWLSTLMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVAKDLLNTASLISNP NFRNNATNLLELASYTQQTSRLTKLSDFRAREGESDFSERLLEFKNKRFSDPNPSEVFAKYSQPNKHPNNLWVQGIGGAS FISGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYGYSGFNGNIMHSLANNVDVGMYARAFLKRNEFTLSANETYGGNASNINS SNSLLSVLNQRYSYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKPQVGLSYHFIGLSGMKGKMNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTL NMGLESRKYFGKNSYYFVTARLGRDLLIKSKGGNVVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLVYVNAGVGLKM GLQYQDINITGNVGMRVAF
Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: COG5651
COG function: function code N; PPE-repeat proteins
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 311994; Mature: 311994
Theoretical pI: Translated: 7.46; Mature: 7.46
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.8 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKKFKKKPKSIKQSHQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYANNLWDLLNPKVGGEYVHWVK CCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHCHHHHCCCCCCCCEEEEEC GSQYCAWWEFAGCLKNVWGANHKGYDAGNAANYLSSQNYQAISVGSGNETGTYSLSGFTN CCCEEEHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCEEEECCCHH YVGGNLTINLGNSVVLDLSGSNSFTSYQGYNQGKDDVSFNVGAINLNGALEVGNRVGTGA CCCCEEEEEECCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCEECCCCCCCCC GTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNIGNANSAITIGSVSLSGDTCSSLASVGVG CCCCCEEEEEECCCEEEECCCCCEEEECEEECCCCCCEEEEEEEEECCCHHHHHHHCCCC ANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNASGSFTFEENAAFSGAKLNGGTYTFNKGFSATNNT CCCCCCCCCEEECCCCCCCCCEECCCCCCEEEECCCCCCCEEECCCEEEECCCCCCCCCC AFNSGSFNFKGTSSFNGATFNNATYTFNNQATFQNSSFNGGTFTFNNQTNQTNSAQHPQI CCCCCCCEECCCCCCCCCEECCCEEEECCCEEEECCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEE LFENSSFSGNATTLKGFVDFQQAFNNSNHQLTVQNASFNNANFSNTGKITINESASFNDT EEECCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCC TFNTSINTNNMTITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSQVTLTQGTTFNLTSLGDKNSVTIL 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CCCCEEEEECCCCEECCEEECCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCEECCCCEEEEECCCE INIGEAITNGNPITLVSSSKEIEYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSVGNGVYDVV EECCHHHCCCCCEEEEECCCCEEECCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEEE YSFNNQTYNFQEIFSPNSISIRRLGVGMVFDYMDMEKSDHLYYKNVAGFMTYMPNSYNNN EECCCCEEEHHHHCCCCCEEEEEECCEEEEEECCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCCCCCCCC LGNSNNTIYYYDKSIDFYASGKTLFTKAEFSQTFTGQNSAIVFGAKSIWTNASDAPQSNT CCCCCCEEEEEECCEEEEECCCEEEEEHHHHHHCCCCCCEEEEECHHHCCCCCCCCCCCC IIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISSGGGANLNFN EEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEEECCCCCEECCCCCCCEECC GLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFTSNSANIQAQNSYFIDDTAQNGGNPNFSFNALNL CCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCEEECCCEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEE DFSNSSFRGYVGKTQSVFKFNAANAINFTNSTNLSSGLYQMQAKSVSFDNSNLSVSVGTS EECCCCCCEECCCCCEEEEECCCCEEECCCCCCCCCCHHHEECCEEEECCCCEEEEECCC SIKANAINLSQNASINASNHSTLELQGGLNLNDTSSLNLNQSVINVSNNATINDYASLIV CEEEEEEECCCCCEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCHHCEEEEEE NDGSRLNFNGTTNFNSANITTSLNHSSIVFKGAISLGGQFNLSNNSSLDFQGSSAITSNT CCCCEEEECCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEECCCEEECCCCCCEEECCCCCEECCC AFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLNLKNSQLVFSDQGSLNIAN EEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHCCCEEECCCCCCEEEECCCEEEEECCCCEEEEE IDLLSDLNDNKNRVYNIIQAGMNNNWYERINFFGMRINDGIYDAINQTYSFTNPLNNALK EEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEEECCCHHHHHHCCCCCCCCCCHHEE ITESFKDNQLSVTLSQIPGIKNTLYNISSEVFNYQKVYNNANGVYSYSDDAEGVFYLTSN EHHCCCCCEEEEEHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEC VKGYYNPNQSYQASGSNNTTKNNNLTSDSSVISQIYNAQGNPISALHVYNKGYNFNNIKA CCEEECCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCHHHH LGQMALKLYPEIKKILGNDFSLSSLSGLNPDALNQLTKLITPNDWKNINELIDNANNSVV HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCEE QNFNNGTLIVGATKIGQTNANSAVVFGGLGYQKPCDYTDIVCQKFRGTYLGQLLESSSAD EECCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC LGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSQTSLVLNQANIVSSQTDGIFSML CCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEECCHHCCCCCCHHHHHH GQEGINKVFNQAGLANILGEVAMQSINKAGGLGNLVADMLGSNSVIGEHLTPEQKNQTLS 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ALNNFGAIHFNLENIQTPTPLIQAEGIINLNTTQTPFMNVNNSMANNTTYTLLKSSRYID CCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEECCEEEECCCCCCEEECCCCCCCCCEEEEEECCEEEE YNINPNSLQSYLNLYTLININGNRIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNAHQ ECCCHHHHHHHEEEEEEEEECCCEEECCCCEEEECCCEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCC NNILSLSVLHNQIKMSYGDKVMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNNAIKWLSTL CCEEEEEEEHHHHHHCCCCEEECCCCCCHHHHEEECCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH MMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVAKDLLNTASLISNPNFRNNATNLLELASYTQQTS HHHCCCCCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH RLTKLSDFRAREGESDFSERLLEFKNKRFSDPNPSEVFAKYSQPNKHPNNLWVQGIGGAS HHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHEECCCCCCCCCCEEEEECCCCE FISGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYGYSGFNGNIMHSLANNVDVGMYARAFLKR EEECCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCCCCCHHHHHCCCCHHHHHHHHHCC NEFTLSANETYGGNASNINSSNSLLSVLNQRYSYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKP CCEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCCCEEEEEECCCEEEEC QVGLSYHFIGLSGMKGKMNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLNMGLESRKYFGKNSYYFVTA CCCCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHCCCCCEEEEEE 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