Definition | Shewanella pealeana ATCC 700345 chromosome, complete genome. |
---|---|
Accession | NC_009901 |
Length | 5,174,581 |
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The map label for this gene is recB [H]
Identifier: 157962241
GI number: 157962241
Start: 2954883
End: 2958599
Strand: Direct
Name: recB [H]
Synonym: Spea_2420
Alternate gene names: 157962241
Gene position: 2954883-2958599 (Clockwise)
Preceding gene: 157962240
Following gene: 157962242
Centisome position: 57.1
GC content: 47.97
Gene sequence:
>3717_bases ATGAGTGACGAAAACCGTGAGAACCAAACAGTAAATATGACAACTTCAGCCAGTAGCCAGTTAAGTGCCAATATCGTCAC CGAAGCGTTAGATACCCTAACCCTTCCCTTTGGCGGTAGCCGTTTAATCGAGGCCAGCGCCGGTACAGGTAAAACCTTTA CCATTGCCGGACTCTATGTGCGCTTACTACTCGGTCATGGTATTGAAGCGCCGCTCACCTGCGAGCAAATTTTGGTGGTG ACCTTTACCAACGCCGCAACGGGTGAACTTAGAGACCGTATTCGTAAGAAAATTCAGCTGGCGTATCGCTGTTTTATCGG CCTTGAAGTGGACGATGAACTGATTAACTCTCTCTATCAAGCCACGCCTGAAGCAAGCCTGCCTATCGCCCGTAAACGTC TAGACTTGGCGTTAAAATCCCTCGATGAGGCGGCTATTTTCACTATTCACGGTTTTTGTCAGCGCATACTGGCGGATATG GCGTTCGAGTCATCCTTGCTATTTGAGTCAGAGTTTACCCTAGATGATAGCGAGTTCCTGCACCATGCGGTACGGGATTT CTGGCGCGAGAGATGCTACCCGTTAACAGGCTGCTTAGCCGATGCGATTATCAGTAAATTTAGCGATCCCGATACCCTTT CTCGTCAGCTCAGGCCGCTTCTTGGTGCCAGCAGCGCTGTCGCCAGTCCAAAACCTCAAGCCTTTGAAAAACTTGAGGCT GAACTAAGCCAGAGTCTAAGCCGCTTTAAACTTATCTGGCCTAGAGAGCGCGAACAAACCGAAACCTTGTTACACGCCTT GCCGCTCAACGGCGCACGTTTTGGCAAGAAAGCTGACGGCTACCCGAAACTGGCTAAGATGCTCGATGATCTCGATAACT GGGTCGCCTTCGGTCAGGCTCTGCCACCAGCAAAAGTACTTGAAGCCCTATCGCTTAACGAGCTTAAGTTAAATAAAGGC GGTGAAGTGCCCACGGCGCAGCAAGCGCCTATGCTGGATCATATCGAAAGACTGGCACAACTTATCGCAAACCTTATTCC GAGCTTTCTGTATTGTGCAAGAGATGGCATCGCCTCACGTTTTGCCAAGCAAAAGCTTGAGCGTAACCTGCTGACCCCAG ATGATCTGCTGCTAACACTGGCTAAAGCACTTAACGTCAGCCAAGATAATCGCTTAGCCAGCAGTATCGCCCAACGCTTT CCGGTGGCGTTAATTGACGAGTTCCAAGATACTGACCCATTGCAGTTTGAGATCTTTAACGCTATCTATCAAAGCAGTGG CTCTAAAAGTACAGCAGCTAATGGTGATAAAACGCCAAACGACAAACTCAGCCTGCTAATGATTGGCGATCCCAAACAGG CGATCTACGCCTTTCGCGGCGCCGACATTCATACTTATATTCAGGCTCGCGCCCAAACGGCTAAACACTATAACCTAGAT ACCAACTATCGCTCTAACAGGCAGATGGTGGATGCGGTCAACGGGATCTTCAACCACAGAGACGATCCCTTTATCAGCCA ATCTATCCCCTTCGAGCCAGTAAAAGCATCAAGCTTTGCTGACAAGAAAGTGCTTAATGAAAGAGCAGCAGACAGCAGCG CTCTCAGGTTAAGGCTATTAAGTGAAGAAGCTGAAAAAGGGCTCAATAAGACCACGGCCAGACAGTTAATCGCCGATGAT GTGGCCGATGAAATTGCGAGGCTGTTAATTGATGCACAGCAAAATCTTTGTGCGATTGGCACCAAGCCACTTAGAGCCAA AGATATTGCAATCTTGGTCAGAGACAGACACGAAGCCAATGTGGTCCGAGCTGCATTAAGTGAGCGTCAAATTGGCTCGG TATTCTTAAGCCGAGATAGCGTATTTAACACTTTAGAAGCCAGAGAGCTTGCGCTAGTGCTGTATGCGATGGCCGATCCT AAAGATGAGCGCGCATTAAGAAGTGCTCTAGCCACCTCATTGCTCGGTTATAGCGCCGAGGCGATCCATAGCTTTAACCA AGATGAAGATAAGCGTCAGACACTGCTCGAACAATTTGCGCAGCTACATCAAGTTTGGTTAAAGCGCGGGATAATGCCTG CGCTACTGACACTTGCTAGCCAAACACAGATCATCGAGCGTTTGCTTAGTGGTGAAGAGGGAGATAGACGCTTAACTGAC TTTAGACACCTAGGTGAGCTATTGCAGCAAAAAGCCACCGAGCTCGATGGTAGCAGCGCGCTTATCAACTGGTATGAGCA AGCGCTTATTGAAAACCTGCCAAATGAAGAGGCGCAGCTGCGTTTAGAGAGCGAGCAAAACCTTGTCCAAGTAGTCACGA TTCATAAGAGTAAGGGACTCGAATACCCTATCTGTTTTGTGCCCTTTGTCAGCCTGAGCCGCGATAACCGTAAAAGACCT GCCCCCATGCTTTACCATGATGACAATCAGCTTATCTGGGATATTGAACAGACAGATGAAGGCTGGGATCGACAAAAGCG TGAAACCTTGGCCGAAGATCTGCGCCTACTCTATGTTGCGCTGACAAGACCCGTGCTTAAGTGTTATCTGTATATCGCCA ATCATAGCCGATTTACTAAAAAGTCGGGTATGAGCAGTCAATTACATGAAACCGCCATAGGTTATCTGTTGGGCGTTGAA GATAAGGCCTGCGATTATGACCGACTACTCGCCCAAGCCCAATTACTGCAACAAAAGGATCCTCAGGCCATCAGCCTGTC AGAGCTACCTGCGGCGGGTTCAGATGAATACAGTGACACAACACTAGTCGTGCTAGAAAAAGAGGACACCACTGAACAGC AGCTTGCGCCTAAAATACTAAACAGGCCTATGTTAACGCCGTGGCGTGTAGGCAGTTACTCAGGCCTCGTAAAACATTTA GCCCATGAAAAAGTGCTACCGGGTATGGATGATGAGCAGTTCCCTGAGCTCGATGTGATCCAAGATGAAGTGGATAGCTC GCCATCACGCTTTACCTTTGAGCGCGGCGCTAACGCCGGTAGCTTTATGCACTTAGTGCTGGAGCTGATTGATTTTACCC AAGCCGAAACAGATCTTGAGCAGCAACTGCCTATCGCCATGGCAAAATACGGTATAGACGAGAGCTGGACTGAGGTACTT AAAGATTGGTATCTGGATCTGCTTTATGCGCCGTTAGCCAGTGATAACTCCTTAATGCTGGCCCAGCTGACTGCGGGGCA AAAGTTGGTTGAGATGGAGTTTTACTTGCCAATCAACGCCCTTAGTTGCGACAAACTCAATAGCCTCTTAACTGAATTTG GTTACAGTGCAGGCCTTAGTTTTGACGAATTGCAGGGTATGTTAAAAGGTTTTGTGGATTTAACCTTTGAACATAATAAT CAGTTTTTTATTGCCGATTATAAGTCGAATCACTTGGGCGATGACTTGAGTCAATATCATTATGCCAATATGCAACACGC CATTCGCAGCCACAGGTACGATCTGCAATACATCATCTATACCCTTGCTCTGCACCGATATCTGGCGCTTAGAATGGCGA ACTATGATTACGATCTGCATATCGGTGGCAGCTTTTACCTCTTCTTACGGGGCATGTCGACAAGCAGTCCACAATCCGGC GTCTTTTATGATAAGCCGCCTAAGTTACTAATTGAGAAGCTCGATGCCTTATTCGGGAACCAGATGACAGCACAAAGTAT TGAACAGTCAAATAACGCTCAAGTGGAGGTCAAATGA
Upstream 100 bases:
>100_bases AGCTTGTATCATAAAGACAAACTCAGTGAGTTGGCCAGCTTCGTCGAGGCCGGTCTAGATACAGTGGATCTAACTGATGC ACTAGGCGAGGCTAACTGAA
Downstream 100 bases:
>100_bases TCACCACCACTAAGCCGATTAACGATTTACTCAAAGAGTGGCAAGAGCAGCGGCTTCTCACCTCGCTCGACCGGCACTTT GCCCTGCAATTAGCCCAGCT
Product: exodeoxyribonuclease V subunit beta
Products: NA
Alternate protein names: Exodeoxyribonuclease V 135 kDa polypeptide [H]
Number of amino acids: Translated: 1238; Mature: 1237
Protein sequence:
>1238_residues MSDENRENQTVNMTTSASSQLSANIVTEALDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIEAPLTCEQILVV TFTNAATGELRDRIRKKIQLAYRCFIGLEVDDELINSLYQATPEASLPIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADM AFESSLLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWRERCYPLTGCLADAIISKFSDPDTLSRQLRPLLGASSAVASPKPQAFEKLEA ELSQSLSRFKLIWPREREQTETLLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDLDNWVAFGQALPPAKVLEALSLNELKLNKG GEVPTAQQAPMLDHIERLAQLIANLIPSFLYCARDGIASRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAKALNVSQDNRLASSIAQRF PVALIDEFQDTDPLQFEIFNAIYQSSGSKSTAANGDKTPNDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQARAQTAKHYNLD TNYRSNRQMVDAVNGIFNHRDDPFISQSIPFEPVKASSFADKKVLNERAADSSALRLRLLSEEAEKGLNKTTARQLIADD VADEIARLLIDAQQNLCAIGTKPLRAKDIAILVRDRHEANVVRAALSERQIGSVFLSRDSVFNTLEARELALVLYAMADP KDERALRSALATSLLGYSAEAIHSFNQDEDKRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLSGEEGDRRLTD FRHLGELLQQKATELDGSSALINWYEQALIENLPNEEAQLRLESEQNLVQVVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKRP APMLYHDDNQLIWDIEQTDEGWDRQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGVE DKACDYDRLLAQAQLLQQKDPQAISLSELPAAGSDEYSDTTLVVLEKEDTTEQQLAPKILNRPMLTPWRVGSYSGLVKHL AHEKVLPGMDDEQFPELDVIQDEVDSSPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLEQQLPIAMAKYGIDESWTEVL KDWYLDLLYAPLASDNSLMLAQLTAGQKLVEMEFYLPINALSCDKLNSLLTEFGYSAGLSFDELQGMLKGFVDLTFEHNN QFFIADYKSNHLGDDLSQYHYANMQHAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLALRMANYDYDLHIGGSFYLFLRGMSTSSPQSG VFYDKPPKLLIEKLDALFGNQMTAQSIEQSNNAQVEVK
Sequences:
>Translated_1238_residues MSDENRENQTVNMTTSASSQLSANIVTEALDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIEAPLTCEQILVV TFTNAATGELRDRIRKKIQLAYRCFIGLEVDDELINSLYQATPEASLPIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADM AFESSLLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWRERCYPLTGCLADAIISKFSDPDTLSRQLRPLLGASSAVASPKPQAFEKLEA ELSQSLSRFKLIWPREREQTETLLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDLDNWVAFGQALPPAKVLEALSLNELKLNKG GEVPTAQQAPMLDHIERLAQLIANLIPSFLYCARDGIASRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAKALNVSQDNRLASSIAQRF PVALIDEFQDTDPLQFEIFNAIYQSSGSKSTAANGDKTPNDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQARAQTAKHYNLD TNYRSNRQMVDAVNGIFNHRDDPFISQSIPFEPVKASSFADKKVLNERAADSSALRLRLLSEEAEKGLNKTTARQLIADD VADEIARLLIDAQQNLCAIGTKPLRAKDIAILVRDRHEANVVRAALSERQIGSVFLSRDSVFNTLEARELALVLYAMADP KDERALRSALATSLLGYSAEAIHSFNQDEDKRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLSGEEGDRRLTD FRHLGELLQQKATELDGSSALINWYEQALIENLPNEEAQLRLESEQNLVQVVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKRP APMLYHDDNQLIWDIEQTDEGWDRQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGVE DKACDYDRLLAQAQLLQQKDPQAISLSELPAAGSDEYSDTTLVVLEKEDTTEQQLAPKILNRPMLTPWRVGSYSGLVKHL AHEKVLPGMDDEQFPELDVIQDEVDSSPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLEQQLPIAMAKYGIDESWTEVL KDWYLDLLYAPLASDNSLMLAQLTAGQKLVEMEFYLPINALSCDKLNSLLTEFGYSAGLSFDELQGMLKGFVDLTFEHNN QFFIADYKSNHLGDDLSQYHYANMQHAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLALRMANYDYDLHIGGSFYLFLRGMSTSSPQSG VFYDKPPKLLIEKLDALFGNQMTAQSIEQSNNAQVEVK >Mature_1237_residues SDENRENQTVNMTTSASSQLSANIVTEALDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYVRLLLGHGIEAPLTCEQILVVT FTNAATGELRDRIRKKIQLAYRCFIGLEVDDELINSLYQATPEASLPIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMA FESSLLFESEFTLDDSEFLHHAVRDFWRERCYPLTGCLADAIISKFSDPDTLSRQLRPLLGASSAVASPKPQAFEKLEAE LSQSLSRFKLIWPREREQTETLLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDLDNWVAFGQALPPAKVLEALSLNELKLNKGG EVPTAQQAPMLDHIERLAQLIANLIPSFLYCARDGIASRFAKQKLERNLLTPDDLLLTLAKALNVSQDNRLASSIAQRFP VALIDEFQDTDPLQFEIFNAIYQSSGSKSTAANGDKTPNDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQARAQTAKHYNLDT NYRSNRQMVDAVNGIFNHRDDPFISQSIPFEPVKASSFADKKVLNERAADSSALRLRLLSEEAEKGLNKTTARQLIADDV ADEIARLLIDAQQNLCAIGTKPLRAKDIAILVRDRHEANVVRAALSERQIGSVFLSRDSVFNTLEARELALVLYAMADPK DERALRSALATSLLGYSAEAIHSFNQDEDKRQTLLEQFAQLHQVWLKRGIMPALLTLASQTQIIERLLSGEEGDRRLTDF RHLGELLQQKATELDGSSALINWYEQALIENLPNEEAQLRLESEQNLVQVVTIHKSKGLEYPICFVPFVSLSRDNRKRPA PMLYHDDNQLIWDIEQTDEGWDRQKRETLAEDLRLLYVALTRPVLKCYLYIANHSRFTKKSGMSSQLHETAIGYLLGVED KACDYDRLLAQAQLLQQKDPQAISLSELPAAGSDEYSDTTLVVLEKEDTTEQQLAPKILNRPMLTPWRVGSYSGLVKHLA HEKVLPGMDDEQFPELDVIQDEVDSSPSRFTFERGANAGSFMHLVLELIDFTQAETDLEQQLPIAMAKYGIDESWTEVLK DWYLDLLYAPLASDNSLMLAQLTAGQKLVEMEFYLPINALSCDKLNSLLTEFGYSAGLSFDELQGMLKGFVDLTFEHNNQ FFIADYKSNHLGDDLSQYHYANMQHAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLALRMANYDYDLHIGGSFYLFLRGMSTSSPQSGV FYDKPPKLLIEKLDALFGNQMTAQSIEQSNNAQVEVK
Specific function: Required for efficient DNA repair; it catalyzes the unwinding of double-stranded DNA and the cleavage of single- stranded DNA and it stimulates local genetic recombination. All of these activities require concomitant hydrolysis of ATP [H]
COG id: COG1074
COG function: function code L; ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit (contains helicase and exonuclease domains)
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasm [C]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 uvrD-like helicase C-terminal domain [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI1789183, Length=1239, Percent_Identity=39.0637610976594, Blast_Score=706, Evalue=0.0,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR014017 - InterPro: IPR000212 - InterPro: IPR004586 - InterPro: IPR011604 - InterPro: IPR014016 - InterPro: IPR011335 [H]
Pfam domain/function: PF00580 UvrD-helicase [H]
EC number: =3.1.11.5 [H]
Molecular weight: Translated: 139151; Mature: 139019
Theoretical pI: Translated: 4.97; Mature: 4.97
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.9 %Cys (Translated Protein) 1.8 %Met (Translated Protein) 2.7 %Cys+Met (Translated Protein) 0.9 %Cys (Mature Protein) 1.7 %Met (Mature Protein) 2.6 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSDENRENQTVNMTTSASSQLSANIVTEALDTLTLPFGGSRLIEASAGTGKTFTIAGLYV CCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCEEEEECCCCCCEEHHHHHHH RLLLGHGIEAPLTCEQILVVTFTNAATGELRDRIRKKIQLAYRCFIGLEVDDELINSLYQ HHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHH ATPEASLPIARKRLDLALKSLDEAAIFTIHGFCQRILADMAFESSLLFESEFTLDDSEFL CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCHHHHH HHAVRDFWRERCYPLTGCLADAIISKFSDPDTLSRQLRPLLGASSAVASPKPQAFEKLEA HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH ELSQSLSRFKLIWPREREQTETLLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDLDNWVAFGQA HHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC LPPAKVLEALSLNELKLNKGGEVPTAQQAPMLDHIERLAQLIANLIPSFLYCARDGIASR CCHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FAKQKLERNLLTPDDLLLTLAKALNVSQDNRLASSIAQRFPVALIDEFQDTDPLQFEIFN HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHH AIYQSSGSKSTAANGDKTPNDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQARAQTAKHYNLD 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CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCHHHHH HHAVRDFWRERCYPLTGCLADAIISKFSDPDTLSRQLRPLLGASSAVASPKPQAFEKLEA HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHH ELSQSLSRFKLIWPREREQTETLLHALPLNGARFGKKADGYPKLAKMLDDLDNWVAFGQA HHHHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC LPPAKVLEALSLNELKLNKGGEVPTAQQAPMLDHIERLAQLIANLIPSFLYCARDGIASR CCHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH FAKQKLERNLLTPDDLLLTLAKALNVSQDNRLASSIAQRFPVALIDEFQDTDPLQFEIFN HHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHH AIYQSSGSKSTAANGDKTPNDKLSLLMIGDPKQAIYAFRGADIHTYIQARAQTAKHYNLD HHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC TNYRSNRQMVDAVNGIFNHRDDPFISQSIPFEPVKASSFADKKVLNERAADSSALRLRLL CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH SEEAEKGLNKTTARQLIADDVADEIARLLIDAQQNLCAIGTKPLRAKDIAILVRDRHEAN HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCCCCCCCEEEEEECCHHHH VVRAALSERQIGSVFLSRDSVFNTLEARELALVLYAMADPKDERALRSALATSLLGYSAE 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CCHHHHHHHHHHHCHHCCCCHHHHHHHHHHHHEEEEEECCEEEEEECCCCCCCCHHHHHH YANMQHAIRSHRYDLQYIIYTLALHRYLALRMANYDYDLHIGGSFYLFLRGMSTSSPQSG HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCEEEEEEECCCCCCCCCC VFYDKPPKLLIEKLDALFGNQMTAQSIEQSNNAQVEVK CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCEEEEC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 3537960; 10766864; 9278503; 3534791; 3537961 [H]