Definition | Yersinia pseudotuberculosis IP 31758, complete genome. |
---|---|
Accession | NC_009708 |
Length | 4,723,306 |
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The map label for this gene is yjeP [H]
Identifier: 153949019
GI number: 153949019
Start: 4130580
End: 4133921
Strand: Direct
Name: yjeP [H]
Synonym: YpsIP31758_3664
Alternate gene names: 153949019
Gene position: 4130580-4133921 (Clockwise)
Preceding gene: 153949315
Following gene: 153950267
Centisome position: 87.45
GC content: 52.09
Gene sequence:
>3342_bases GTGCGCCCGATAATTTCATGGTCTTTTGGTCTATTACTGTCGTTTTTCCTGTTAATGCCGCTATATGCGGCAACTCAGCC TAACGAAGAGCAGGTGCGGCAAGAGCTCAAGCTGGCTGAGTCCAATAAAACGACACCGAATCAGGCAGAGATTGTTCAGG CGCTTCAAGGGGCTCTTAGCTGGCTTGCGGATGCAAAAGAATCAGATATACGCGCCCAGCAGTATCAAAAAGCCATTGAT GATTTTCCTAAGCTTACTCGCGAGTTACGTCAGCAATTAGCCCAGGAAGGGGATAAACCTTTGCCGGTCCCCAGCAACTT GTCCACATCTGATTTGGAACAACAGGTGCTACAAGTCAGCAGCCAATTGCTGGAGCTGAACCGTTTATCACAGCAAGAGC AAGACCGCGCCCGGGAAATCAGTGAATCCCTTGGGCAATTACCGCAACAACAGTCCGAAGCCCGGCGAATGCTCGCAGAG ATCGGCCCGCGAATTCAGTCACAAAGTAATCCCTCGACGCCCGTCGCCCAAGCTCAGCTTACGCTATTGCAAGCTGAAGC GGTGGCTCGTAAAGCCAAAGTCAATGAGTTAGAGCTTTCACAACTGTCTGCCAATAACCGGCAGGAGCTGTCCCGGCTAC AAGTCGAATTATACAAAAAGCGCGAAGCACGGGTTCAGGCTCAGCTTCAGTCCCTGCGTAATAACCTGAATAATCAACGC CAACAAGCCGCGGAACAGGCACTTGAGCGGACAGAGTTGCTGGCAGAGCAAGGGGGGGATTTACCCGAATCTATCACCCA GCAGTTACAAAGAAACCGTGAGTTATCTCAGGCGCTTAATCAGCAGGTACAGCGGATTGATCTTATCTCTTCCCAGCAAC GCCAGGCTGTCGCGCAAACTCAGCAAGTCCGGCAAGCGCTAAACACTATCCGTGAGCAGGCTCAATGGCTTGGGGTCTCA ACCGCGTTGGGCGAAACCCTACGAGCGCAGGTCGCCAAGCTGCCAGAAATGCCCAAATCCCAACAACTGGATCGCGATAT GGCACAGTTGCGGGTTCAGCGCTTGCAATATGAAGATATGCTGGAAAAATTACAGCAACAGAAAACCACGTTAAAACAGG ATGATGGCACCCCGCTCACGCCCGATCAGCAACGCATTCTGGATGCCCAATGGCGGACACAGAGCGAATTACTGAATTCT CTGCTTTCAGGCTATGACACGCAAATTCTGGAACTGACCAAACTGAAAGTGGCTAACAGTCAGTTAGTTGACGCATTAAA TGGGGTGCGTGAAGCCACTCACCGCTATCTGTTCTGGGTGGCAGATGTCAGCCCTATTTCGCTTTCTTATCCTCTTGCTG TGGCTCAGGACCTCACCCGCCTACTGTCACTGGATACCTTGTCGCAGTTGAGTGGCGCTTTTGTCATGATGATGACCAGC CAGGAAACCCTGCTGCCCATTATCGCTGCCCTACTGTTTGTCGGTTTCAGTGTTAGCTCACGCCGCCACTACCATGCCTT CCTCGAACGGGCCAGTAGCCGGGTGGGCAAAGTGACACAAGACCACTTCTCCCTGACGTTACGCACGGTATTCTGGTCAA TTCTGATGGCTCTCCCCTTGCCAGTTTTATGGGCGGCTCTGGGTTATGGTCTGCAAAATGCCTGGTCATATCCGATGGCC ATTGCGATTGGCAATGCCGTCACTGCCACCGTGCCCGTGCTCTGGGTGTTTATGATCAGCGCCTCGTTTGCTCATCCACA CGGGCTGTTTATTACTCACTTCCGCTGGTCGCCAACACAAGTTGCGCGCGCAATGCGTTTTTACCGCCTGTCAATATGGT TAATTGTCCCATTAATGATGGCGCTGATTACGTTTGAAAATTATAACGACCGCGAGTTTGCTGGGACACTGGGCCGGCTG TGCTTTATTTTGCTGTGTATTGCATTAAGTTTGGTCACAAACAGCCTGAAACGGGCCGGTATCCCGCTGTATCTGGATAA AAAAGGTTCGGGCGAGAATATGATTAACGTGGCGCTGTGGGGGTTGCTGCTGTCAGCTCCGTTAATTGCAGCGCTGGCCT CAGCATTAGGCTATCTCACCACCTCACAAGCGCTGTTGGCACGTCTGGAGACCTCGGTCGCTATCTGGTTCTTCCTGTTA GTGGTCTATCATATTATCCGCCGTTGGATGCTGATCCAGCGGCGGCGTATTGCCTTTGATCGCGCCAAGCAGCGCCGCGC CGATATTCTCGCGCAGCGCGCCCGTGGTGAGGAAGATTCGCCACACAGTAACAGCACTGAAGGCTCGATTGATGTCGAGG AGCCGATCATTGATTTGGATGTGATCAGCGCCCAATCCTTGCGGTTGGTTAGGTCGATCCTGACCATGATAGCCTTGGTT TCAGTGATCGTGCTGTGGTCTGAAATTCATTCCGCTTTTGGCTTCCTGGAAAACATTCGCTTGTGGGATGTGTCATCCAC CATCAACGGTATTGAGTCAGTCCAGCCAATCACCATGGGATCTTTATTGATCGCCGTCTTGGTGCTGATTATCACCGCCC AGTTGGTGCGTAATCTGCCCGCCTTACTGGAGCTGGCACTGTTACAGCATTTGGATCTGACGCCGGGAACGGGCTATGCC ATCTCCACAATCACCAAATATCTGGTGATCTTATTTGGTGGTTTGCTTGGGTTCTCCCTGCTCGGGATTGAATGGGCGAA GTTCCAATGGTTGGTTGCCGCACTCGGTTTAGGTTTGGGTTTTGGTTTACAGGAGATTTTTGCCAACTTTGTTTCTGGCC TGATCATTCTGTTCGAAAAACCGATCCGGATTGGCGATACCGTGACCATTCGTGATCTCACTGGTAGCGTGACGAAAATC AATACGCGCGCCACCACGATTTCCGATTGGGACCGCAAAGAAATTATTGTGCCGAATAAAGCTTTTATTACCGAGCAATT TATTAACTGGTCACTCTCGGATTCCATTACCCGTGTGGTCCTCACCGTTCCCGCACCCGCGGAGACCAGCAGTGAGGAAG TCACTAACGTATTAATGACCGCGGCCCAGCGCTGCACGTTAGTCCTGGATACCCCGCCTCCAGAGGTCTATCTGGTCGAT CTACAACAAGGGATTCAGATTTTCGAACTGCGTATTTATGCCGCTGAAATGGGCCACCGGATGCCACTGCGCCATGAAAT CCATCAGTTGATTCTGGCCGGCTACCGTGAGCACGGTATTACCCTACCATTCCCACCGTTCCAAGCGCGGTTAGAAACTC TGGGGCGCGGCACTGGACGTACGATTTCTTCGGGCCGCAGCCGCACACCGGGTAGTTTGTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases CGGTTACCCGTATGGGTGAAGTCTTAGCCGAAGCGGTTCCTACTACCCCTTCTTACTAGCATGATGCTGACGACGTAACA CGATGTTAAGGAGCTCTTAC
Downstream 100 bases:
>100_bases TCTCAGTGAGTAAGAAATAAAAATGCCCTGCGCCTTCACAGGTCAGGGTATTTGTTTTTGTAAGTAATTCGGGTGAGTGC ACGCCGCTAACACCGTTGCG
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 1113; Mature: 1113
Protein sequence:
>1113_residues MRPIISWSFGLLLSFFLLMPLYAATQPNEEQVRQELKLAESNKTTPNQAEIVQALQGALSWLADAKESDIRAQQYQKAID DFPKLTRELRQQLAQEGDKPLPVPSNLSTSDLEQQVLQVSSQLLELNRLSQQEQDRAREISESLGQLPQQQSEARRMLAE IGPRIQSQSNPSTPVAQAQLTLLQAEAVARKAKVNELELSQLSANNRQELSRLQVELYKKREARVQAQLQSLRNNLNNQR QQAAEQALERTELLAEQGGDLPESITQQLQRNRELSQALNQQVQRIDLISSQQRQAVAQTQQVRQALNTIREQAQWLGVS TALGETLRAQVAKLPEMPKSQQLDRDMAQLRVQRLQYEDMLEKLQQQKTTLKQDDGTPLTPDQQRILDAQWRTQSELLNS LLSGYDTQILELTKLKVANSQLVDALNGVREATHRYLFWVADVSPISLSYPLAVAQDLTRLLSLDTLSQLSGAFVMMMTS QETLLPIIAALLFVGFSVSSRRHYHAFLERASSRVGKVTQDHFSLTLRTVFWSILMALPLPVLWAALGYGLQNAWSYPMA IAIGNAVTATVPVLWVFMISASFAHPHGLFITHFRWSPTQVARAMRFYRLSIWLIVPLMMALITFENYNDREFAGTLGRL CFILLCIALSLVTNSLKRAGIPLYLDKKGSGENMINVALWGLLLSAPLIAALASALGYLTTSQALLARLETSVAIWFFLL VVYHIIRRWMLIQRRRIAFDRAKQRRADILAQRARGEEDSPHSNSTEGSIDVEEPIIDLDVISAQSLRLVRSILTMIALV SVIVLWSEIHSAFGFLENIRLWDVSSTINGIESVQPITMGSLLIAVLVLIITAQLVRNLPALLELALLQHLDLTPGTGYA ISTITKYLVILFGGLLGFSLLGIEWAKFQWLVAALGLGLGFGLQEIFANFVSGLIILFEKPIRIGDTVTIRDLTGSVTKI NTRATTISDWDRKEIIVPNKAFITEQFINWSLSDSITRVVLTVPAPAETSSEEVTNVLMTAAQRCTLVLDTPPPEVYLVD LQQGIQIFELRIYAAEMGHRMPLRHEIHQLILAGYREHGITLPFPPFQARLETLGRGTGRTISSGRSRTPGSL
Sequences:
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Specific function: Unknown
COG id: COG3264
COG function: function code M; Small-conductance mechanosensitive channel
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Belongs to the mscS (TC 1.A.23) family [H]
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI2367355, Length=1115, Percent_Identity=68.1614349775785, Blast_Score=1509, Evalue=0.0, Organism=Escherichia coli, GI1786670, Length=1103, Percent_Identity=28.558476881233, Blast_Score=332, Evalue=1e-91, Organism=Escherichia coli, GI1789291, Length=247, Percent_Identity=22.2672064777328, Blast_Score=69, Evalue=1e-12,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR010920 - InterPro: IPR011066 - InterPro: IPR006685 - InterPro: IPR006686 - InterPro: IPR011014 [H]
Pfam domain/function: PF00924 MS_channel [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 124724; Mature: 124724
Theoretical pI: Translated: 8.11; Mature: 8.11
Prosite motif: PS01246 UPF0003
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 2.0 %Met (Translated Protein) 2.2 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 2.0 %Met (Mature Protein) 2.2 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MRPIISWSFGLLLSFFLLMPLYAATQPNEEQVRQELKLAESNKTTPNQAEIVQALQGALS CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH WLADAKESDIRAQQYQKAIDDFPKLTRELRQQLAQEGDKPLPVPSNLSTSDLEQQVLQVS HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH SQLLELNRLSQQEQDRAREISESLGQLPQQQSEARRMLAEIGPRIQSQSNPSTPVAQAQL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCCCCHHHHHH TLLQAEAVARKAKVNELELSQLSANNRQELSRLQVELYKKREARVQAQLQSLRNNLNNQR HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QQAAEQALERTELLAEQGGDLPESITQQLQRNRELSQALNQQVQRIDLISSQQRQAVAQT HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QQVRQALNTIREQAQWLGVSTALGETLRAQVAKLPEMPKSQQLDRDMAQLRVQRLQYEDM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LEKLQQQKTTLKQDDGTPLTPDQQRILDAQWRTQSELLNSLLSGYDTQILELTKLKVANS HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH QLVDALNGVREATHRYLFWVADVSPISLSYPLAVAQDLTRLLSLDTLSQLSGAFVMMMTS HHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC QETLLPIIAALLFVGFSVSSRRHYHAFLERASSRVGKVTQDHFSLTLRTVFWSILMALPL CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH PVLWAALGYGLQNAWSYPMAIAIGNAVTATVPVLWVFMISASFAHPHGLFITHFRWSPTQ HHHHHHHHHCHHHHCCCCHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCHHH VARAMRFYRLSIWLIVPLMMALITFENYNDREFAGTLGRLCFILLCIALSLVTNSLKRAG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC IPLYLDKKGSGENMINVALWGLLLSAPLIAALASALGYLTTSQALLARLETSVAIWFFLL CCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VVYHIIRRWMLIQRRRIAFDRAKQRRADILAQRARGEEDSPHSNSTEGSIDVEEPIIDLD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHH VISAQSLRLVRSILTMIALVSVIVLWSEIHSAFGFLENIRLWDVSSTINGIESVQPITMG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHHHCCCHHHH SLLIAVLVLIITAQLVRNLPALLELALLQHLDLTPGTGYAISTITKYLVILFGGLLGFSL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGIEWAKFQWLVAALGLGLGFGLQEIFANFVSGLIILFEKPIRIGDTVTIRDLTGSVTKI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCEEE NTRATTISDWDRKEIIVPNKAFITEQFINWSLSDSITRVVLTVPAPAETSSEEVTNVLMT CCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHCCCHHCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHH AAQRCTLVLDTPPPEVYLVDLQQGIQIFELRIYAAEMGHRMPLRHEIHQLILAGYREHGI HHHHCEEEEECCCCCEEEEEHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC TLPFPPFQARLETLGRGTGRTISSGRSRTPGSL CCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >Mature Secondary Structure MRPIISWSFGLLLSFFLLMPLYAATQPNEEQVRQELKLAESNKTTPNQAEIVQALQGALS CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH WLADAKESDIRAQQYQKAIDDFPKLTRELRQQLAQEGDKPLPVPSNLSTSDLEQQVLQVS HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH SQLLELNRLSQQEQDRAREISESLGQLPQQQSEARRMLAEIGPRIQSQSNPSTPVAQAQL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCCCCHHHHHH TLLQAEAVARKAKVNELELSQLSANNRQELSRLQVELYKKREARVQAQLQSLRNNLNNQR HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QQAAEQALERTELLAEQGGDLPESITQQLQRNRELSQALNQQVQRIDLISSQQRQAVAQT HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH QQVRQALNTIREQAQWLGVSTALGETLRAQVAKLPEMPKSQQLDRDMAQLRVQRLQYEDM HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LEKLQQQKTTLKQDDGTPLTPDQQRILDAQWRTQSELLNSLLSGYDTQILELTKLKVANS HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH QLVDALNGVREATHRYLFWVADVSPISLSYPLAVAQDLTRLLSLDTLSQLSGAFVMMMTS HHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC QETLLPIIAALLFVGFSVSSRRHYHAFLERASSRVGKVTQDHFSLTLRTVFWSILMALPL CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH PVLWAALGYGLQNAWSYPMAIAIGNAVTATVPVLWVFMISASFAHPHGLFITHFRWSPTQ HHHHHHHHHCHHHHCCCCHHEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCHHH VARAMRFYRLSIWLIVPLMMALITFENYNDREFAGTLGRLCFILLCIALSLVTNSLKRAG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC IPLYLDKKGSGENMINVALWGLLLSAPLIAALASALGYLTTSQALLARLETSVAIWFFLL CCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH VVYHIIRRWMLIQRRRIAFDRAKQRRADILAQRARGEEDSPHSNSTEGSIDVEEPIIDLD HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHH VISAQSLRLVRSILTMIALVSVIVLWSEIHSAFGFLENIRLWDVSSTINGIESVQPITMG HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHHHCCCHHHH SLLIAVLVLIITAQLVRNLPALLELALLQHLDLTPGTGYAISTITKYLVILFGGLLGFSL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGIEWAKFQWLVAALGLGLGFGLQEIFANFVSGLIILFEKPIRIGDTVTIRDLTGSVTKI HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCEEE NTRATTISDWDRKEIIVPNKAFITEQFINWSLSDSITRVVLTVPAPAETSSEEVTNVLMT CCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHCCCHHCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHH AAQRCTLVLDTPPPEVYLVDLQQGIQIFELRIYAAEMGHRMPLRHEIHQLILAGYREHGI HHHHCEEEEECCCCCEEEEEHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC TLPFPPFQARLETLGRGTGRTISSGRSRTPGSL CCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 7610040; 9278503; 3042771 [H]