Definition | Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970, complete genome. |
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Accession | NC_002162 |
Length | 751,719 |
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Identifier: 13358083
GI number: 13358083
Start: 641564
End: 643357
Strand: Reverse
Name: Not Available
Synonym: UU519
Alternate gene names: NA
Gene position: 643357-641564 (Counterclockwise)
Preceding gene: 13358084
Following gene: 13358078
Centisome position: 85.58
GC content: 26.98
Gene sequence:
>1794_bases ATGACATCATCGATTGAAAAAACGCCCCTTGTAATTAAACGTCATGTTTTTAAAAAACATTATGGCATTTTTACAACATT ATGAGAAGTCATAAAAGATAGCTCATCGTTTATAGCTTCAAGTTTGTTCTCATCGTTAGCTTTATTATTAATTACAATAA TAATAGCGTTACATAATTTTAGTGGTGCATTTGCTGCGACAAGTGTTAGCTATATTGTTGTTTTCCAATTTAGTTTTATA CAATTAGGTGGAAATATAGGTGTAGTTTTAGCCTTATGAGCTAAAAAACTATATGATGGAAGTAAACACAAGTTTGTTCC ATCACATTCAACAACTAACTTAGCAAGTTTTTATGCATTTTCATTCGGTTTAATAATGTTGGGTGTTTATTTGGCGACAT CTTATACTTATAATCTTTATGCAAACATTCATGAAAATACCTTGTTTGCTCAACTATTTGGTGAACAATACATATGATCA AGTTTGGGGATTATCGTTTTAGCACCAGTTCATAATTATTTTTTAATTTCTATTTGAACAAATGATCGTCGTAAAATTCT ATTAACTATTATTTTAGATTTTGCCACATGAACAATTTGTTTAGTGACAAGTTTTTTATTAGGTAAATATAGTATTTTAG CTTATAGTGGGTATGGTTTAGGATTGTCAATTGGTTATATTATTTCAACAATTGCCATTAGTATTATTAAATTTAGTAAA GATTGAAGGATATCTAAATTAGGTTTATCATTAAATTTATTAAAAATTAGCATTAAACAAATTTGAAATCAAACTTTAAT TTCGATTTTTAGTTCAATTATAAAAATGTTTGTTCTATTAGCTTTATATCATTTAATTAATCAAAAAATGACAAATTCTG TTCCTTTAAATCTACAAACTGGTCGAATTTTATGATATCATGCGATGTTGTTTATTCAAGGGATTGGATTAGGTTTTACT GATTACCTATTTTATATTTTTCAAAAACAAACTATTCGTGATCGTCGTTACCATTCGCGCCAATTATTTATTTGTGTTTT TGGTTTATTGTTTGTTTATTTAATGATTGCAGCAATTATTTTTGGTTTTTCAATCAAACCTCTATCAGTCGTTTATGCTA AAGAACAAAATGAAGCATATATTAATTTAGATGCAGAAATACCAGATCATTTTTATATGTCAATTCGTCAAGGAATTTTA AATAATCCTCGATTAGTATACTTTTTAGGGGCACAAGCCCATATTGATCCAAGATTGATTTTAGCACACTTAACAAACCA TAATCCTGAGGTATGAAAAGTTGTTATTAAACAATTAATAACTCCAATTTGAGCAGCAGGGCCTAACTTTAAATATTTAT ATGGTATTGATAATCCAATTACCACATCTTTTGTGCAAATTTCAGCAGAGGTAGTTAAAAAATTATTAATTGGTGATAAT ACATATATTCATTTAACAATATTTGCAATTTTTTACTCATTGTCATTAACATTAATGCGTTATCGTGATCTAATTGCTAA AAAGCAACAATCACCTTTTCCAACATTATTATTGCAAGTTTTAGTAATTGCTTTTGTTGTTGGTTTTGGTGTTGATTACC AAAGTAGTGTTAAGTTTGCTGGATTATTGGCGTGATCAATGCCATTATCAATATCTAGTGCTGTAATTTTAATTATTTCT TTATTAATGTTTACGATTGTCTACTACAAGTATTTAAATAAAAACGATTATAAAGATAATCAAATTACTAATCAATATTC ATTTAAATGAATCCGCCATATTTTATGAAAATAG
Upstream 100 bases:
>100_bases CGTCAAAATTAATATTATTTAATATCCACATATTAAATAATATTTTTATATTAATGGTATAATTTTTAAATGTATTACTT ATTTTGAAAAGGAGAAAATT
Downstream 100 bases:
>100_bases AATTTAGCAATTATTAACCTTTAATTCGAAAAATAAAAACATTAAGAAATACATTTATTAGGGTGTACTTCTTAATGTTT TTAATCAATTAATTTATCTT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 597; Mature: 596
Protein sequence:
>597_residues MTSSIEKTPLVIKRHVFKKHYGIFTTLWEVIKDSSSFIASSLFSSLALLLITIIIALHNFSGAFAATSVSYIVVFQFSFI QLGGNIGVVLALWAKKLYDGSKHKFVPSHSTTNLASFYAFSFGLIMLGVYLATSYTYNLYANIHENTLFAQLFGEQYIWS SLGIIVLAPVHNYFLISIWTNDRRKILLTIILDFATWTICLVTSFLLGKYSILAYSGYGLGLSIGYIISTIAISIIKFSK DWRISKLGLSLNLLKISIKQIWNQTLISIFSSIIKMFVLLALYHLINQKMTNSVPLNLQTGRILWYHAMLFIQGIGLGFT DYLFYIFQKQTIRDRRYHSRQLFICVFGLLFVYLMIAAIIFGFSIKPLSVVYAKEQNEAYINLDAEIPDHFYMSIRQGIL NNPRLVYFLGAQAHIDPRLILAHLTNHNPEVWKVVIKQLITPIWAAGPNFKYLYGIDNPITTSFVQISAEVVKKLLIGDN TYIHLTIFAIFYSLSLTLMRYRDLIAKKQQSPFPTLLLQVLVIAFVVGFGVDYQSSVKFAGLLAWSMPLSISSAVILIIS LLMFTIVYYKYLNKNDYKDNQITNQYSFKWIRHILWK
Sequences:
>Translated_597_residues MTSSIEKTPLVIKRHVFKKHYGIFTTL*EVIKDSSSFIASSLFSSLALLLITIIIALHNFSGAFAATSVSYIVVFQFSFI QLGGNIGVVLAL*AKKLYDGSKHKFVPSHSTTNLASFYAFSFGLIMLGVYLATSYTYNLYANIHENTLFAQLFGEQYI*S SLGIIVLAPVHNYFLISI*TNDRRKILLTIILDFAT*TICLVTSFLLGKYSILAYSGYGLGLSIGYIISTIAISIIKFSK D*RISKLGLSLNLLKISIKQI*NQTLISIFSSIIKMFVLLALYHLINQKMTNSVPLNLQTGRIL*YHAMLFIQGIGLGFT DYLFYIFQKQTIRDRRYHSRQLFICVFGLLFVYLMIAAIIFGFSIKPLSVVYAKEQNEAYINLDAEIPDHFYMSIRQGIL NNPRLVYFLGAQAHIDPRLILAHLTNHNPEV*KVVIKQLITPI*AAGPNFKYLYGIDNPITTSFVQISAEVVKKLLIGDN TYIHLTIFAIFYSLSLTLMRYRDLIAKKQQSPFPTLLLQVLVIAFVVGFGVDYQSSVKFAGLLA*SMPLSISSAVILIIS LLMFTIVYYKYLNKNDYKDNQITNQYSFK*IRHIL*K >Mature_596_residues TSSIEKTPLVIKRHVFKKHYGIFTTL*EVIKDSSSFIASSLFSSLALLLITIIIALHNFSGAFAATSVSYIVVFQFSFIQ LGGNIGVVLAL*AKKLYDGSKHKFVPSHSTTNLASFYAFSFGLIMLGVYLATSYTYNLYANIHENTLFAQLFGEQYI*SS LGIIVLAPVHNYFLISI*TNDRRKILLTIILDFAT*TICLVTSFLLGKYSILAYSGYGLGLSIGYIISTIAISIIKFSKD *RISKLGLSLNLLKISIKQI*NQTLISIFSSIIKMFVLLALYHLINQKMTNSVPLNLQTGRIL*YHAMLFIQGIGLGFTD YLFYIFQKQTIRDRRYHSRQLFICVFGLLFVYLMIAAIIFGFSIKPLSVVYAKEQNEAYINLDAEIPDHFYMSIRQGILN NPRLVYFLGAQAHIDPRLILAHLTNHNPEV*KVVIKQLITPI*AAGPNFKYLYGIDNPITTSFVQISAEVVKKLLIGDNT YIHLTIFAIFYSLSLTLMRYRDLIAKKQQSPFPTLLLQVLVIAFVVGFGVDYQSSVKFAGLLA*SMPLSISSAVILIISL LMFTIVYYKYLNKNDYKDNQITNQYSFK*IRHIL*K
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 65609; Mature: 65478
Theoretical pI: Translated: 10.03; Mature: 10.03
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.7 %Met (Translated Protein) 2.0 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 1.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MTSSIEKTPLVIKRHVFKKHYGIFTTLEVIKDSSSFIASSLFSSLALLLITIIIALHNFS CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC GAFAATSVSYIVVFQFSFIQLGGNIGVVLALAKKLYDGSKHKFVPSHSTTNLASFYAFSF CCHHHHHHEEEEEEEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHH GLIMLGVYLATSYTYNLYANIHENTLFAQLFGEQYISSLGIIVLAPVHNYFLISITNDRR HHHHHHHHHHHCEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCEEEEEEECCCH KILLTIILDFATTICLVTSFLLGKYSILAYSGYGLGLSIGYIISTIAISIIKFSKDRISK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGLSLNLLKISIKQINQTLISIFSSIIKMFVLLALYHLINQKMTNSVPLNLQTGRILYHA HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCHHHHHHH MLFIQGIGLGFTDYLFYIFQKQTIRDRRYHSRQLFICVFGLLFVYLMIAAIIFGFSIKPL HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCE SVVYAKEQNEAYINLDAEIPDHFYMSIRQGILNNPRLVYFLGAQAHIDPRLILAHLTNHN EEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHEEECCCCC PEVKVVIKQLITPIAAGPNFKYLYGIDNPITTSFVQISAEVVKKLLIGDNTYIHLTIFAI CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEHHHHHH FYSLSLTLMRYRDLIAKKQQSPFPTLLLQVLVIAFVVGFGVDYQSSVKFAGLLASMPLSI HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCH SSAVILIISLLMFTIVYYKYLNKNDYKDNQITNQYSFKIRHILK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCC >Mature Secondary Structure TSSIEKTPLVIKRHVFKKHYGIFTTLEVIKDSSSFIASSLFSSLALLLITIIIALHNFS CCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC GAFAATSVSYIVVFQFSFIQLGGNIGVVLALAKKLYDGSKHKFVPSHSTTNLASFYAFSF CCHHHHHHEEEEEEEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHH GLIMLGVYLATSYTYNLYANIHENTLFAQLFGEQYISSLGIIVLAPVHNYFLISITNDRR HHHHHHHHHHHCEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCEEEEEEECCCH KILLTIILDFATTICLVTSFLLGKYSILAYSGYGLGLSIGYIISTIAISIIKFSKDRISK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGLSLNLLKISIKQINQTLISIFSSIIKMFVLLALYHLINQKMTNSVPLNLQTGRILYHA HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCHHHHHHH MLFIQGIGLGFTDYLFYIFQKQTIRDRRYHSRQLFICVFGLLFVYLMIAAIIFGFSIKPL HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCE SVVYAKEQNEAYINLDAEIPDHFYMSIRQGILNNPRLVYFLGAQAHIDPRLILAHLTNHN EEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHEEECCCCC PEVKVVIKQLITPIAAGPNFKYLYGIDNPITTSFVQISAEVVKKLLIGDNTYIHLTIFAI CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEHHHHHH FYSLSLTLMRYRDLIAKKQQSPFPTLLLQVLVIAFVVGFGVDYQSSVKFAGLLASMPLSI HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCH SSAVILIISLLMFTIVYYKYLNKNDYKDNQITNQYSFKIRHILK HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA