| Definition | Psychromonas ingrahamii 37, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008709 |
| Length | 4,559,598 |
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The map label for this gene is rec2 [H]
Identifier: 119944660
GI number: 119944660
Start: 1127327
End: 1129723
Strand: Direct
Name: rec2 [H]
Synonym: Ping_0899
Alternate gene names: 119944660
Gene position: 1127327-1129723 (Clockwise)
Preceding gene: 119944658
Following gene: 119944661
Centisome position: 24.72
GC content: 36.42
Gene sequence:
>2397_bases ATGACAATGCGTCTATTATTGTGGCTGTCAATTATTGTTTTTATATCAAGCCTATTTTGGCCACGATTATTAGACAATAA CGAGATAATATTTTGTGGCGTTTTATTTATTTCTTTAATGTTGATTCCGCGCCTGCGTATTCTCGCGGTTATTCCATTTT TTGCTGTCTATTTCTCACTTTATACTTCTTTAGCATTAACGGGAAGTTTTTTTGCTTTTCAACCCGTGACTAATCTCCCC TTTTCAAACTCAGCCCCCCTGCAGGCTTCTGTCGATGGGCGAAACCATAGCATAGTTGTGCAAATTAAATCCTTAATCAG TGATCAAAATAGAGGATATTTTCGCGCTAAGTTAGTTGAACTTGATGGGCATCACTTAAGTTACTCTCCTTTATTGGAAA TGCGCTGGTACGCACCGACAGTAAAGGTACAGGAAAACGAAAGACATCTCTTTAAAGTGCGTTTTAAACCTATTTATGGA CGCGCTAATCCGGCAGGATTTGATCAGCAAAAATACAAGTACTCTGAACATATTGGCTACCAGGCTATTATAAAGTCGCA TATTAAAAAGCAAAAATCTGCTTTCTCCTTAAGAGCTTATTTATATGAAAGGGTGTTAAATCTTTCCGACTCTTTAAACA ACCAAGGCGCTATTCTAGCCTTATCTTTTGCAGATAAATCACTAATAAAATCAGCGCAAAAAGCGTTAATTCAACAGTTG GGCATTGCTCATCTGTTCGCTATTTCAGGTTTACATATTAGCCTGTTTTTTTCCTGTATTTATTTATGCGTGGCTTATTT TACTCAGCGTTTTTTCCCCAAGAAATACCTTGGCTGGTTTTCTTGGCGATTTGTAAACTTAACGGCGTTACTCGGGGCAT TTTTATATGCTTATTTAGCCGGTTTTTCCTTACCGACTCAGCGTGCATTTTTAATGTTGTTATTTGCAGTTTGTATTTTA TCAATGAAACGAAAGTGCAGTTTGATCGATCTATTAGGCCTGACATTTTTTATGATTTTATTATGGGATCCTTTGGCGCT ACTCAGTTTAAGCTTGTGGTTATCTTATGTGGCAGTATGTTTAATATTAATTGTTTTATGGCATTTTCCTCAATTTAAAA ACAGGGAAGAAAAAAATGGTGAGATTTTTGGATTTACAAAAATAAAACATTATTTTAAATTTTTACTGCTTATTCAGTTC TCTTTGAGTCTGTTAATGTTACCTATTCAGCTATTAAGTTTTTCATCTTTTTCAATGCTAGCGCCGTTTATTAATCTGCT AGCGGTGCCACTTTTTTCACTGTTAATTATTCCTATTACTTTATTAGCGGTTGTTTTTTCGGTTGTGCATCAACCAATCG CAGTGCTGTTATTTACCATTGCAGATCGTTTGATCAGTTATTTTTTTATTGTGTTTGAGCAAGCAAAATTTGCCTATCTG TCCTTTTCCTATGATCAGGGGAGTTTACTTATCTTTTTTGTTGTTTTAATTGTAGTGCTTTATATTCTATTTAAACTACA GCATGTTAATGCTCGCCTCAGTTATTTTTTTACTTTTATATTACTCTCATCGGTTTTATTATTATTATGGTCAGAAAAAC AAAATAAATCTCACGATTGGCAGGTCGAGATCCTAGACATAGGGCAGGGGTTGTCAGTGTTAGTCAAAAGCCAAGGACAA AGCCTACTCTATGATACCGGTCCTCGTTATCCGTCAGGATTTACCACTGCTGCTGTTGAGACGCTGCCCTATTTACACTC TATTGGCATTGAACGATTAGATTATTTTGTGATAAGTCACAGTGATATTGACCATGCGGGTGGCGCGGATATCATTAACC GCGCTTTTCTGCCTGAATATATACTGGTAGGCGAGCCGTTAGCGCCTCCAGCACTGCAAAATGAAAAAACGATATTGTGC CGTGCAGGCATGAAATGGTCATTAGGTTCACTGTCAGTAAAAGTGCTATCACCCTTAAAGACGGGTACAAACAATAATAA TAACTCTTGTGTTTTACGTATTGATGATGGTAATTATTCACTTTTATTGACGGGAGATATTGAAAAAAAACAAGAGATTA AGTTAATTGTACAATATAGAGGGGATTTAAAAAGTACGATTTTGCTTGCCCCTCATCATGGAAGTCGACATTCATCAACC AACGCCTTTATTAAAACCGTCGCGCCACAGTGGGTTGTTTTCAGTGCTGGATTTATGAATCGATGGGGATTTCCAGCAGC AGAGGTAAAGTTACGTTATCAAGATCAAAATGTTAGAATGGTAAACAGCGGTTTGAATGGGTTTATTCGTTTTAAAATAA CAACAGATAACATTATCATGCAAACATATCGAGAAGATCTTGCCCCTTATTGGTATCATCACTCTTTTTCTCTCTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases ATGCCTAAGGTGAGGATGTGCTTTTAACGTTTCAGGTTTTGGAGTAAAACGTTTAAGAAATTTTTTTGGCATATAATTAA GGTTTACTTAAATGGATTGA
Downstream 100 bases:
>100_bases TAGAAGTACTTGGTGAATCATGGAACATAAAGAAGTAAATAGTTGGCTGGTTTTTAAGCGTTTACTGGGATACGTTAAAG AGTTTAAATTGGGCTTAGTG
Product: DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 798; Mature: 797
Protein sequence:
>798_residues MTMRLLLWLSIIVFISSLFWPRLLDNNEIIFCGVLFISLMLIPRLRILAVIPFFAVYFSLYTSLALTGSFFAFQPVTNLP FSNSAPLQASVDGRNHSIVVQIKSLISDQNRGYFRAKLVELDGHHLSYSPLLEMRWYAPTVKVQENERHLFKVRFKPIYG RANPAGFDQQKYKYSEHIGYQAIIKSHIKKQKSAFSLRAYLYERVLNLSDSLNNQGAILALSFADKSLIKSAQKALIQQL GIAHLFAISGLHISLFFSCIYLCVAYFTQRFFPKKYLGWFSWRFVNLTALLGAFLYAYLAGFSLPTQRAFLMLLFAVCIL SMKRKCSLIDLLGLTFFMILLWDPLALLSLSLWLSYVAVCLILIVLWHFPQFKNREEKNGEIFGFTKIKHYFKFLLLIQF SLSLLMLPIQLLSFSSFSMLAPFINLLAVPLFSLLIIPITLLAVVFSVVHQPIAVLLFTIADRLISYFFIVFEQAKFAYL SFSYDQGSLLIFFVVLIVVLYILFKLQHVNARLSYFFTFILLSSVLLLLWSEKQNKSHDWQVEILDIGQGLSVLVKSQGQ SLLYDTGPRYPSGFTTAAVETLPYLHSIGIERLDYFVISHSDIDHAGGADIINRAFLPEYILVGEPLAPPALQNEKTILC RAGMKWSLGSLSVKVLSPLKTGTNNNNNSCVLRIDDGNYSLLLTGDIEKKQEIKLIVQYRGDLKSTILLAPHHGSRHSST NAFIKTVAPQWVVFSAGFMNRWGFPAAEVKLRYQDQNVRMVNSGLNGFIRFKITTDNIIMQTYREDLAPYWYHHSFSL
Sequences:
>Translated_798_residues MTMRLLLWLSIIVFISSLFWPRLLDNNEIIFCGVLFISLMLIPRLRILAVIPFFAVYFSLYTSLALTGSFFAFQPVTNLP FSNSAPLQASVDGRNHSIVVQIKSLISDQNRGYFRAKLVELDGHHLSYSPLLEMRWYAPTVKVQENERHLFKVRFKPIYG RANPAGFDQQKYKYSEHIGYQAIIKSHIKKQKSAFSLRAYLYERVLNLSDSLNNQGAILALSFADKSLIKSAQKALIQQL GIAHLFAISGLHISLFFSCIYLCVAYFTQRFFPKKYLGWFSWRFVNLTALLGAFLYAYLAGFSLPTQRAFLMLLFAVCIL SMKRKCSLIDLLGLTFFMILLWDPLALLSLSLWLSYVAVCLILIVLWHFPQFKNREEKNGEIFGFTKIKHYFKFLLLIQF SLSLLMLPIQLLSFSSFSMLAPFINLLAVPLFSLLIIPITLLAVVFSVVHQPIAVLLFTIADRLISYFFIVFEQAKFAYL SFSYDQGSLLIFFVVLIVVLYILFKLQHVNARLSYFFTFILLSSVLLLLWSEKQNKSHDWQVEILDIGQGLSVLVKSQGQ SLLYDTGPRYPSGFTTAAVETLPYLHSIGIERLDYFVISHSDIDHAGGADIINRAFLPEYILVGEPLAPPALQNEKTILC RAGMKWSLGSLSVKVLSPLKTGTNNNNNSCVLRIDDGNYSLLLTGDIEKKQEIKLIVQYRGDLKSTILLAPHHGSRHSST NAFIKTVAPQWVVFSAGFMNRWGFPAAEVKLRYQDQNVRMVNSGLNGFIRFKITTDNIIMQTYREDLAPYWYHHSFSL >Mature_797_residues TMRLLLWLSIIVFISSLFWPRLLDNNEIIFCGVLFISLMLIPRLRILAVIPFFAVYFSLYTSLALTGSFFAFQPVTNLPF SNSAPLQASVDGRNHSIVVQIKSLISDQNRGYFRAKLVELDGHHLSYSPLLEMRWYAPTVKVQENERHLFKVRFKPIYGR ANPAGFDQQKYKYSEHIGYQAIIKSHIKKQKSAFSLRAYLYERVLNLSDSLNNQGAILALSFADKSLIKSAQKALIQQLG IAHLFAISGLHISLFFSCIYLCVAYFTQRFFPKKYLGWFSWRFVNLTALLGAFLYAYLAGFSLPTQRAFLMLLFAVCILS MKRKCSLIDLLGLTFFMILLWDPLALLSLSLWLSYVAVCLILIVLWHFPQFKNREEKNGEIFGFTKIKHYFKFLLLIQFS LSLLMLPIQLLSFSSFSMLAPFINLLAVPLFSLLIIPITLLAVVFSVVHQPIAVLLFTIADRLISYFFIVFEQAKFAYLS FSYDQGSLLIFFVVLIVVLYILFKLQHVNARLSYFFTFILLSSVLLLLWSEKQNKSHDWQVEILDIGQGLSVLVKSQGQS LLYDTGPRYPSGFTTAAVETLPYLHSIGIERLDYFVISHSDIDHAGGADIINRAFLPEYILVGEPLAPPALQNEKTILCR AGMKWSLGSLSVKVLSPLKTGTNNNNNSCVLRIDDGNYSLLLTGDIEKKQEIKLIVQYRGDLKSTILLAPHHGSRHSSTN AFIKTVAPQWVVFSAGFMNRWGFPAAEVKLRYQDQNVRMVNSGLNGFIRFKITTDNIIMQTYREDLAPYWYHHSFSL
Specific function: Might contribute to transformation as a member of a membrane-bound pore complex at the base of the transformasome. It could directly interact with transforming DNA during translocation indirectly by participating in the assembly of the pore [H]
COG id: COG2333
COG function: function code R; Predicted hydrolase (metallo-beta-lactamase superfamily)
Gene ontology:
Cell location: Cell inner membrane; Multi-pass membrane protein (Potential) [H]
Metaboloic importance: Unknown [C]
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
Organism=Escherichia coli, GI87081801, Length=664, Percent_Identity=28.0120481927711, Blast_Score=248, Evalue=8e-67,
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR001279 - InterPro: IPR004477 - InterPro: IPR004797 [H]
Pfam domain/function: PF03772 Competence; PF00753 Lactamase_B [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 91119; Mature: 90987
Theoretical pI: Translated: 9.82; Mature: 9.82
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.0 %Cys (Translated Protein) 1.6 %Met (Translated Protein) 2.6 %Cys+Met (Translated Protein) 1.0 %Cys (Mature Protein) 1.5 %Met (Mature Protein) 2.5 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MTMRLLLWLSIIVFISSLFWPRLLDNNEIIFCGVLFISLMLIPRLRILAVIPFFAVYFSL CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YTSLALTGSFFAFQPVTNLPFSNSAPLQASVDGRNHSIVVQIKSLISDQNRGYFRAKLVE HHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEHHHHCCCCCCEEEEEEEE LDGHHLSYSPLLEMRWYAPTVKVQENERHLFKVRFKPIYGRANPAGFDQQKYKYSEHIGY ECCCCCCCCCHHHEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCH QAIIKSHIKKQKSAFSLRAYLYERVLNLSDSLNNQGAILALSFADKSLIKSAQKALIQQL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHH GIAHLFAISGLHISLFFSCIYLCVAYFTQRFFPKKYLGWFSWRFVNLTALLGAFLYAYLA HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GFSLPTQRAFLMLLFAVCILSMKRKCSLIDLLGLTFFMILLWDPLALLSLSLWLSYVAVC CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHH LILIVLWHFPQFKNREEKNGEIFGFTKIKHYFKFLLLIQFSLSLLMLPIQLLSFSSFSML HHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH APFINLLAVPLFSLLIIPITLLAVVFSVVHQPIAVLLFTIADRLISYFFIVFEQAKFAYL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEE SFSYDQGSLLIFFVVLIVVLYILFKLQHVNARLSYFFTFILLSSVLLLLWSEKQNKSHDW EEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC QVEILDIGQGLSVLVKSQGQSLLYDTGPRYPSGFTTAAVETLPYLHSIGIERLDYFVISH EEEEEECCCCHHHHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHEEEEEC SDIDHAGGADIINRAFLPEYILVGEPLAPPALQNEKTILCRAGMKWSLGSLSVKVLSPLK CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEHHHHHHHH TGTNNNNNSCVLRIDDGNYSLLLTGDIEKKQEIKLIVQYRGDLKSTILLAPHHGSRHSST CCCCCCCCEEEEEEECCCEEEEEECCCCCHHHHHHHEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCC NAFIKTVAPQWVVFSAGFMNRWGFPAAEVKLRYQDQNVRMVNSGLNGFIRFKITTDNIIM HHHHHHCCCCCEEEECCHHHCCCCCHHHEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEECCHHHH QTYREDLAPYWYHHSFSL HHHHHHCCCHHHCCCCCC >Mature Secondary Structure TMRLLLWLSIIVFISSLFWPRLLDNNEIIFCGVLFISLMLIPRLRILAVIPFFAVYFSL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH YTSLALTGSFFAFQPVTNLPFSNSAPLQASVDGRNHSIVVQIKSLISDQNRGYFRAKLVE HHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEHHHHCCCCCCEEEEEEEE LDGHHLSYSPLLEMRWYAPTVKVQENERHLFKVRFKPIYGRANPAGFDQQKYKYSEHIGY ECCCCCCCCCHHHEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCH QAIIKSHIKKQKSAFSLRAYLYERVLNLSDSLNNQGAILALSFADKSLIKSAQKALIQQL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHH GIAHLFAISGLHISLFFSCIYLCVAYFTQRFFPKKYLGWFSWRFVNLTALLGAFLYAYLA HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GFSLPTQRAFLMLLFAVCILSMKRKCSLIDLLGLTFFMILLWDPLALLSLSLWLSYVAVC CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHH LILIVLWHFPQFKNREEKNGEIFGFTKIKHYFKFLLLIQFSLSLLMLPIQLLSFSSFSML HHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH APFINLLAVPLFSLLIIPITLLAVVFSVVHQPIAVLLFTIADRLISYFFIVFEQAKFAYL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEE SFSYDQGSLLIFFVVLIVVLYILFKLQHVNARLSYFFTFILLSSVLLLLWSEKQNKSHDW EEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC QVEILDIGQGLSVLVKSQGQSLLYDTGPRYPSGFTTAAVETLPYLHSIGIERLDYFVISH EEEEEECCCCHHHHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHEEEEEC SDIDHAGGADIINRAFLPEYILVGEPLAPPALQNEKTILCRAGMKWSLGSLSVKVLSPLK CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEHHHHHHHH TGTNNNNNSCVLRIDDGNYSLLLTGDIEKKQEIKLIVQYRGDLKSTILLAPHHGSRHSST CCCCCCCCEEEEEEECCCEEEEEECCCCCHHHHHHHEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCC NAFIKTVAPQWVVFSAGFMNRWGFPAAEVKLRYQDQNVRMVNSGLNGFIRFKITTDNIIM HHHHHHCCCCCEEEECCHHHCCCCCHHHEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEECCHHHH QTYREDLAPYWYHHSFSL HHHHHHCCCHHHCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha Beta
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8063112; 7542800 [H]