Definition | Pediococcus pentosaceus ATCC 25745, complete genome. |
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Accession | NC_008525 |
Length | 1,832,387 |
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The map label for this gene is 116493430
Identifier: 116493430
GI number: 116493430
Start: 1677920
End: 1679773
Strand: Reverse
Name: 116493430
Synonym: PEPE_1702
Alternate gene names: NA
Gene position: 1679773-1677920 (Counterclockwise)
Preceding gene: 116493431
Following gene: 116493429
Centisome position: 91.67
GC content: 37.86
Gene sequence:
>1854_bases ATGTCAATATCGGGATTAATCGTCTTTATCATGGCCCAAATTGGATATACTGGGATGGTTCGCATGGCAGGTGTGAATAA ATACATGTCCTGGATTACATCGATGGTAATTCAAACGTTGCTATTGTATGTTTTGGCGATGCTAAATTGGTTAAAATTTG GACTAAAAGCAGTCGTTATTTTAGGCTGCATTTTTGTAGTAGTTCGAATTGGAACAATTATTTTCCGAGTGGGAAAGCTG CCCTTTGAGGGTATCCATTATTTTGACGTTTGGATGATTGCTATCGGAATTATTATGGGACGCATCCTATTTGCCAGCCC GTTGATCCACTATGATAATTATTCACATTGGGCATTAATCGTAAAATACCTCCTATTTCAAGGTCATCTGCCAGTTGCGG CAGATACCATTATTTCATTTACTTCTTATCCACCAGCAACGGCTTTATTCATTACCCAGTTTGTATCATGGGTAGGCTTT AGCGATGGTGCCATGTTACTAGGACAGTTTTTATTGATTTGGGCCAGTATCTACGGGATATTTGCGGTTTTACGCGATCG GACCCGTTCAACCAACTCATTTGTAATCTGTTTTACTGTTTCAATTATTAATATTTTTAATATTTCAATTCGAATGAATA ATTTATTAGTTGATTTTGTCCTTCCGGTAGTCGCCGCCGCAGGATTTGCGGGAGTTTATGCTTACCGTCGCTCGCCTTGG TTGCAGTGTGCTACAGCGTCTTTATTTAGTGCGGAACTTTTACTGATTAAGAATTCTGGAACGATGTATGTAGTGATGCT AGGCTGTTATTTGTTGTATTCTTTAGTTACCAATGGACAAGGTCAACGCTGGAAACGTCTGGGTAAAGGCATCAGCAAAA CCGTTGTGACAATGGGACTAGGCTATTTACCATTCTTCTGGTGGAATCAGCATGTGCATGCAACTTTCAGCGCTGTGTCA AAACATCAAATTAGTACAGATGCGTACAAGAGTCAGTTAGCCCATGAAAGTTCAGCCGTAATTGCTAAAATTGGAAGTAA ATTTTTACATCAGATTTTGAGTTTTAACTCGCTATCGACGCGTGGAGTATTACTTATTAACGTCGGTCTACTCGGAGCTT GGATTATTATTCGCTGGTTTTTACGTAAAAAGAATAACCTGCTAAAAAGTTTAATAGCTAGTGATATCAGTTTTATCGCC TATTACATCAGTGTATTTGCGATGTATATTGTTTCAATGCCCTATGCAGAAGCAATCCTGTTAGATGGATCTGAACGCTA TCTTTCAAGTATGGTGATTCTAAACCTGCTATTAGCGACCATGGTGCTGGTTGTAGCGATGGACCGAGCTAGTTTTGAAG AAGATGTTAGTAAACGAGGGATCCGATCTTTCAGGAATGTTATTACCAAAAATGTTTATCAGTTGTCATCATTGGTTTTA ATGTTGTTTGCCTCCATTTTGATGTTCTCTGAAATTAACGGAGTTAAGTATAATAACACCTTAGGTAAAGAACAATTACC GGTACAATTAAAACAAATAGCTCAGCAGAGTACCCAGTACAACCATCAGAAAATTTTATTAGTTGACCCACATTTTAATG ATGTAAATAATTATTACGCGGGTTATGTGGGACGCTATTATTTCTTTTCCGATCAAGTTGTTGGACAGGAAAACTTCATG ATGTCTCAAGCGGAGTTCAAAAACACCATTAAACAGTATGATTATGTGGTGTTACCTGAATGGCATCGAACATTTACGAC CATGCTGGAAAAAACGTACCATCAGGATTATAAAACGGGGTTATTTAAAGTCACCAAAGATGGTTTACAAAAAGTAAATA AAATTAATGTTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases CTTCATTTAAATGTTATTCTAAGAATGAAAGAATTAGAAAGAAATGCTACTCAATTTATGAGACAACGGTAATTAGTTTA AGAAATTGTAGGTGTATTTT
Downstream 100 bases:
>100_bases GAGTAAGCTGAAAATGACAAGTGAATTGTGATTTTCAGCTTTTTTAGTACTTTAAGTATAATAAGAGGAATAGAAGTAGA TTAATAATAGAATTAAGCGT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 617; Mature: 616
Protein sequence:
>617_residues MSISGLIVFIMAQIGYTGMVRMAGVNKYMSWITSMVIQTLLLYVLAMLNWLKFGLKAVVILGCIFVVVRIGTIIFRVGKL PFEGIHYFDVWMIAIGIIMGRILFASPLIHYDNYSHWALIVKYLLFQGHLPVAADTIISFTSYPPATALFITQFVSWVGF SDGAMLLGQFLLIWASIYGIFAVLRDRTRSTNSFVICFTVSIINIFNISIRMNNLLVDFVLPVVAAAGFAGVYAYRRSPW LQCATASLFSAELLLIKNSGTMYVVMLGCYLLYSLVTNGQGQRWKRLGKGISKTVVTMGLGYLPFFWWNQHVHATFSAVS KHQISTDAYKSQLAHESSAVIAKIGSKFLHQILSFNSLSTRGVLLINVGLLGAWIIIRWFLRKKNNLLKSLIASDISFIA YYISVFAMYIVSMPYAEAILLDGSERYLSSMVILNLLLATMVLVVAMDRASFEEDVSKRGIRSFRNVITKNVYQLSSLVL MLFASILMFSEINGVKYNNTLGKEQLPVQLKQIAQQSTQYNHQKILLVDPHFNDVNNYYAGYVGRYYFFSDQVVGQENFM MSQAEFKNTIKQYDYVVLPEWHRTFTTMLEKTYHQDYKTGLFKVTKDGLQKVNKINV
Sequences:
>Translated_617_residues MSISGLIVFIMAQIGYTGMVRMAGVNKYMSWITSMVIQTLLLYVLAMLNWLKFGLKAVVILGCIFVVVRIGTIIFRVGKL PFEGIHYFDVWMIAIGIIMGRILFASPLIHYDNYSHWALIVKYLLFQGHLPVAADTIISFTSYPPATALFITQFVSWVGF SDGAMLLGQFLLIWASIYGIFAVLRDRTRSTNSFVICFTVSIINIFNISIRMNNLLVDFVLPVVAAAGFAGVYAYRRSPW LQCATASLFSAELLLIKNSGTMYVVMLGCYLLYSLVTNGQGQRWKRLGKGISKTVVTMGLGYLPFFWWNQHVHATFSAVS KHQISTDAYKSQLAHESSAVIAKIGSKFLHQILSFNSLSTRGVLLINVGLLGAWIIIRWFLRKKNNLLKSLIASDISFIA YYISVFAMYIVSMPYAEAILLDGSERYLSSMVILNLLLATMVLVVAMDRASFEEDVSKRGIRSFRNVITKNVYQLSSLVL MLFASILMFSEINGVKYNNTLGKEQLPVQLKQIAQQSTQYNHQKILLVDPHFNDVNNYYAGYVGRYYFFSDQVVGQENFM MSQAEFKNTIKQYDYVVLPEWHRTFTTMLEKTYHQDYKTGLFKVTKDGLQKVNKINV >Mature_616_residues SISGLIVFIMAQIGYTGMVRMAGVNKYMSWITSMVIQTLLLYVLAMLNWLKFGLKAVVILGCIFVVVRIGTIIFRVGKLP FEGIHYFDVWMIAIGIIMGRILFASPLIHYDNYSHWALIVKYLLFQGHLPVAADTIISFTSYPPATALFITQFVSWVGFS DGAMLLGQFLLIWASIYGIFAVLRDRTRSTNSFVICFTVSIINIFNISIRMNNLLVDFVLPVVAAAGFAGVYAYRRSPWL QCATASLFSAELLLIKNSGTMYVVMLGCYLLYSLVTNGQGQRWKRLGKGISKTVVTMGLGYLPFFWWNQHVHATFSAVSK HQISTDAYKSQLAHESSAVIAKIGSKFLHQILSFNSLSTRGVLLINVGLLGAWIIIRWFLRKKNNLLKSLIASDISFIAY YISVFAMYIVSMPYAEAILLDGSERYLSSMVILNLLLATMVLVVAMDRASFEEDVSKRGIRSFRNVITKNVYQLSSLVLM LFASILMFSEINGVKYNNTLGKEQLPVQLKQIAQQSTQYNHQKILLVDPHFNDVNNYYAGYVGRYYFFSDQVVGQENFMM SQAEFKNTIKQYDYVVLPEWHRTFTTMLEKTYHQDYKTGLFKVTKDGLQKVNKINV
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 69993; Mature: 69861
Theoretical pI: Translated: 9.94; Mature: 9.94
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.6 %Cys (Translated Protein) 3.9 %Met (Translated Protein) 4.5 %Cys+Met (Translated Protein) 0.6 %Cys (Mature Protein) 3.7 %Met (Mature Protein) 4.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MSISGLIVFIMAQIGYTGMVRMAGVNKYMSWITSMVIQTLLLYVLAMLNWLKFGLKAVVI CCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGCIFVVVRIGTIIFRVGKLPFEGIHYFDVWMIAIGIIMGRILFASPLIHYDNYSHWALI HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCHHHHH VKYLLFQGHLPVAADTIISFTSYPPATALFITQFVSWVGFSDGAMLLGQFLLIWASIYGI HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH FAVLRDRTRSTNSFVICFTVSIINIFNISIRMNNLLVDFVLPVVAAAGFAGVYAYRRSPW HHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH LQCATASLFSAELLLIKNSGTMYVVMLGCYLLYSLVTNGQGQRWKRLGKGISKTVVTMGL HHHHHHHHHHEEEEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHH GYLPFFWWNQHVHATFSAVSKHQISTDAYKSQLAHESSAVIAKIGSKFLHQILSFNSLST HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC RGVLLINVGLLGAWIIIRWFLRKKNNLLKSLIASDISFIAYYISVFAMYIVSMPYAEAIL CCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEE LDGSERYLSSMVILNLLLATMVLVVAMDRASFEEDVSKRGIRSFRNVITKNVYQLSSLVL ECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MLFASILMFSEINGVKYNNTLGKEQLPVQLKQIAQQSTQYNHQKILLVDPHFNDVNNYYA HHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHH GYVGRYYFFSDQVVGQENFMMSQAEFKNTIKQYDYVVLPEWHRTFTTMLEKTYHQDYKTG HHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LFKVTKDGLQKVNKINV HHHHHHHHHHHHHHCCC >Mature Secondary Structure SISGLIVFIMAQIGYTGMVRMAGVNKYMSWITSMVIQTLLLYVLAMLNWLKFGLKAVVI CCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGCIFVVVRIGTIIFRVGKLPFEGIHYFDVWMIAIGIIMGRILFASPLIHYDNYSHWALI HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHCCCCCCHHHHH VKYLLFQGHLPVAADTIISFTSYPPATALFITQFVSWVGFSDGAMLLGQFLLIWASIYGI HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH FAVLRDRTRSTNSFVICFTVSIINIFNISIRMNNLLVDFVLPVVAAAGFAGVYAYRRSPW HHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH LQCATASLFSAELLLIKNSGTMYVVMLGCYLLYSLVTNGQGQRWKRLGKGISKTVVTMGL HHHHHHHHHHEEEEEEECCCCEEHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHH GYLPFFWWNQHVHATFSAVSKHQISTDAYKSQLAHESSAVIAKIGSKFLHQILSFNSLST HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC RGVLLINVGLLGAWIIIRWFLRKKNNLLKSLIASDISFIAYYISVFAMYIVSMPYAEAIL CCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEE LDGSERYLSSMVILNLLLATMVLVVAMDRASFEEDVSKRGIRSFRNVITKNVYQLSSLVL ECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH MLFASILMFSEINGVKYNNTLGKEQLPVQLKQIAQQSTQYNHQKILLVDPHFNDVNNYYA HHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHH GYVGRYYFFSDQVVGQENFMMSQAEFKNTIKQYDYVVLPEWHRTFTTMLEKTYHQDYKTG HHHHEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LFKVTKDGLQKVNKINV HHHHHHHHHHHHHHCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA