Definition | Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome. |
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Accession | NC_008312 |
Length | 7,750,108 |
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The map label for this gene is 113477223
Identifier: 113477223
GI number: 113477223
Start: 5775407
End: 5777149
Strand: Reverse
Name: 113477223
Synonym: Tery_3759
Alternate gene names: NA
Gene position: 5777149-5775407 (Counterclockwise)
Preceding gene: 113477226
Following gene: 113477222
Centisome position: 74.54
GC content: 33.22
Gene sequence:
>1743_bases ATGGTAATTTCAAATTTACATAAATTTTTGACTCATCCTATTAATAAAAAATCCTATCAAGGGGTGATATTTTGGTTTAG TATTAGCATGACTTTTGCTGTTATTTATGGTTTTTTAGCAGTTAAAAAAGCTTTTATTAGTAGCCTTAGTGTTCAAGATG ATGCTAGACAACATATTTTTTGGATGCAACGTTTTTTTGATCCTGATTTATTTCCTAATGATTTAATTGCTGACTATTTT CAGTCGGTGGCTCCAGCCGGATATACTTGGCTTTATAAAAGTGCAGCATTTGTAGGAATTAATCCGTTGATTTTAGCAAA AATTATTCCTTTTATCTTGGGTTTAATCTGTACTTACTATATTTTTAGAATTACTTTAGAAATATTGCCGGTCCCAATGG CAGGGTTTATTGCTACTTTGGTAATGAATCAGGCTATTTGGATGAAAGATGATGTGGCTTCGGCTACGCCTAGAGCATTT GTTTATCCATTTTTTATGGCTTTTTTATATTATTTAATCTGTGGTTCTTTAGTCAGAATGGGGATAGCGATCGCTCTGGT GGGATTATTTTATCCACAGTATGTTTTTGTGGCTTCTGGAATGTTAATTTTGAGGTTGATTTGCTGGAGAAATGGCAGGT TTCAATTCTCATCGAAAAAACAAGATTTTATATTTTGTGGAGTGGGTTTAAGTATGGCATTTTTTATTTTATTACCTTAT GCTTTAACTTCTTCGGAATTCGGACCTGCTATTAGTCGAGAAGCAGCAATGAAATTAAGAGAATTTTATCCCAATGGGAG GAGTACATTTTTTCATGTTCATCCAAAAGATTTTTGGTTAACTGGCAAACGTAGTGGAATGTTTCCTAAGTCTTTGTTTA CTCCTGCTACTCAATGTGCGGGGTTAGTATTACCCTTTTTATTGTCTTTTGGTTCTGCTTTTCCTTTAATTAAAAATATT ACTAGCCGTATTTGGTTATTACTGCATTTATTATTGTCATCTTTGGGAATGTTTTTTATTGCCCACGTCTTACTTTTTCG ACTACATCTTCCTAGTAGATATACAGGATTAAGTTTCCGCATAATTATTGCTTTGGCAACGGCGATCGCTCTTACTTTGA TTATTGATGCTTTATTTAATTGGGCAAAAAATATACACAAGTTTCCTGTTGCATTTCGGGGTATTATTTCTTTAAGTTTA ATAGGTTTAATTCTGGCATCTCTGGTGTTATATCCTTCTTTTGTTAAAGGTTTTCCTCTGGTTAAATATAAGGTGGGAAG GGCTACATATTTATATGATTTTTTTCAAGAACAACCTAAAGATATTCTGATTGCTTCTTTGGAAGAAGAGGCGAATTTAT TACCTACATTTGCTCAACGTTCTATTTTGTTGGGTAGGGAATATGCTATTCCTTATCAAGTTGGTTATTATAGTCAATTT CGCGAACGAACTATAGATTTAATTGTGGCTCAATATAGTTCGGATTTAACGGATGTTAAAGATTTTATTCAAAAGTATGG AATTGATTTTTGGATGGTACATCGTGGTGCTTTTACGCCAGAATATGTTGAGGATAATAGTTGGTTAATGCAATATAAAT TTGCACAAGAGGCGGTTACTTTTTTGCAGTTAGGAAATATTCCTGCTTTGGCAACAACTATATCTAATTGTGTTGTTTTT CAGAGTGATAGTTTATTTGTTTTGGATGCTAATTGTATACTTAGGAAGGGTGTAGGGGAGTAG
Upstream 100 bases:
>100_bases TTGGTGAAACTGTTTAGATTCAAGATTAGCTTAATAAATTAGAAAAAAATATTTTAAATATCTATTAAAATTAGCTTAAT TAATAAATTTTTCCTAGTAA
Downstream 100 bases:
>100_bases GAAGTAGGGAAGTGTGAGAGGAGTTAGTCTAGTAGAGTAGTGGGCTATTGCATCTAAAACGATGCAATAGCAAATTTTTA AATGACTTTCTCTTGCTAGA
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: None
Number of amino acids: Translated: 580; Mature: 580
Protein sequence:
>580_residues MVISNLHKFLTHPINKKSYQGVIFWFSISMTFAVIYGFLAVKKAFISSLSVQDDARQHIFWMQRFFDPDLFPNDLIADYF QSVAPAGYTWLYKSAAFVGINPLILAKIIPFILGLICTYYIFRITLEILPVPMAGFIATLVMNQAIWMKDDVASATPRAF VYPFFMAFLYYLICGSLVRMGIAIALVGLFYPQYVFVASGMLILRLICWRNGRFQFSSKKQDFIFCGVGLSMAFFILLPY ALTSSEFGPAISREAAMKLREFYPNGRSTFFHVHPKDFWLTGKRSGMFPKSLFTPATQCAGLVLPFLLSFGSAFPLIKNI TSRIWLLLHLLLSSLGMFFIAHVLLFRLHLPSRYTGLSFRIIIALATAIALTLIIDALFNWAKNIHKFPVAFRGIISLSL IGLILASLVLYPSFVKGFPLVKYKVGRATYLYDFFQEQPKDILIASLEEEANLLPTFAQRSILLGREYAIPYQVGYYSQF RERTIDLIVAQYSSDLTDVKDFIQKYGIDFWMVHRGAFTPEYVEDNSWLMQYKFAQEAVTFLQLGNIPALATTISNCVVF QSDSLFVLDANCILRKGVGE
Sequences:
>Translated_580_residues MVISNLHKFLTHPINKKSYQGVIFWFSISMTFAVIYGFLAVKKAFISSLSVQDDARQHIFWMQRFFDPDLFPNDLIADYF QSVAPAGYTWLYKSAAFVGINPLILAKIIPFILGLICTYYIFRITLEILPVPMAGFIATLVMNQAIWMKDDVASATPRAF VYPFFMAFLYYLICGSLVRMGIAIALVGLFYPQYVFVASGMLILRLICWRNGRFQFSSKKQDFIFCGVGLSMAFFILLPY ALTSSEFGPAISREAAMKLREFYPNGRSTFFHVHPKDFWLTGKRSGMFPKSLFTPATQCAGLVLPFLLSFGSAFPLIKNI TSRIWLLLHLLLSSLGMFFIAHVLLFRLHLPSRYTGLSFRIIIALATAIALTLIIDALFNWAKNIHKFPVAFRGIISLSL IGLILASLVLYPSFVKGFPLVKYKVGRATYLYDFFQEQPKDILIASLEEEANLLPTFAQRSILLGREYAIPYQVGYYSQF RERTIDLIVAQYSSDLTDVKDFIQKYGIDFWMVHRGAFTPEYVEDNSWLMQYKFAQEAVTFLQLGNIPALATTISNCVVF QSDSLFVLDANCILRKGVGE >Mature_580_residues MVISNLHKFLTHPINKKSYQGVIFWFSISMTFAVIYGFLAVKKAFISSLSVQDDARQHIFWMQRFFDPDLFPNDLIADYF QSVAPAGYTWLYKSAAFVGINPLILAKIIPFILGLICTYYIFRITLEILPVPMAGFIATLVMNQAIWMKDDVASATPRAF VYPFFMAFLYYLICGSLVRMGIAIALVGLFYPQYVFVASGMLILRLICWRNGRFQFSSKKQDFIFCGVGLSMAFFILLPY ALTSSEFGPAISREAAMKLREFYPNGRSTFFHVHPKDFWLTGKRSGMFPKSLFTPATQCAGLVLPFLLSFGSAFPLIKNI TSRIWLLLHLLLSSLGMFFIAHVLLFRLHLPSRYTGLSFRIIIALATAIALTLIIDALFNWAKNIHKFPVAFRGIISLSL IGLILASLVLYPSFVKGFPLVKYKVGRATYLYDFFQEQPKDILIASLEEEANLLPTFAQRSILLGREYAIPYQVGYYSQF RERTIDLIVAQYSSDLTDVKDFIQKYGIDFWMVHRGAFTPEYVEDNSWLMQYKFAQEAVTFLQLGNIPALATTISNCVVF QSDSLFVLDANCILRKGVGE
Specific function: Unknown
COG id: NA
COG function: NA
Gene ontology:
Cell location: Cytoplasmic
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: NA
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
NA
Pfam domain/function: NA
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 65970; Mature: 65970
Theoretical pI: Translated: 9.51; Mature: 9.51
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
1.2 %Cys (Translated Protein) 2.6 %Met (Translated Protein) 3.8 %Cys+Met (Translated Protein) 1.2 %Cys (Mature Protein) 2.6 %Met (Mature Protein) 3.8 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MVISNLHKFLTHPINKKSYQGVIFWFSISMTFAVIYGFLAVKKAFISSLSVQDDARQHIF CCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH WMQRFFDPDLFPNDLIADYFQSVAPAGYTWLYKSAAFVGINPLILAKIIPFILGLICTYY HHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IFRITLEILPVPMAGFIATLVMNQAIWMKDDVASATPRAFVYPFFMAFLYYLICGSLVRM HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GIAIALVGLFYPQYVFVASGMLILRLICWRNGRFQFSSKKQDFIFCGVGLSMAFFILLPY HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHH ALTSSEFGPAISREAAMKLREFYPNGRSTFFHVHPKDFWLTGKRSGMFPKSLFTPATQCA HHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCEEEECCCCCCCCHHHCCCHHHHH GLVLPFLLSFGSAFPLIKNITSRIWLLLHLLLSSLGMFFIAHVLLFRLHLPSRYTGLSFR HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH IIIALATAIALTLIIDALFNWAKNIHKFPVAFRGIISLSLIGLILASLVLYPSFVKGFPL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCE VKYKVGRATYLYDFFQEQPKDILIASLEEEANLLPTFAQRSILLGREYAIPYQVGYYSQF EEEECCCHHHHHHHHHCCCCHHEEEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHH RERTIDLIVAQYSSDLTDVKDFIQKYGIDFWMVHRGAFTPEYVEDNSWLMQYKFAQEAVT HHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH FLQLGNIPALATTISNCVVFQSDSLFVLDANCILRKGVGE HHHHCCCCHHHHHHHHEEEEECCCEEEEECHHHHHCCCCC >Mature Secondary Structure MVISNLHKFLTHPINKKSYQGVIFWFSISMTFAVIYGFLAVKKAFISSLSVQDDARQHIF CCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH WMQRFFDPDLFPNDLIADYFQSVAPAGYTWLYKSAAFVGINPLILAKIIPFILGLICTYY HHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH IFRITLEILPVPMAGFIATLVMNQAIWMKDDVASATPRAFVYPFFMAFLYYLICGSLVRM HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH GIAIALVGLFYPQYVFVASGMLILRLICWRNGRFQFSSKKQDFIFCGVGLSMAFFILLPY HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCEEEECHHHHHHHHHHHHH ALTSSEFGPAISREAAMKLREFYPNGRSTFFHVHPKDFWLTGKRSGMFPKSLFTPATQCA HHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCEEEECCCCCCCCHHHCCCHHHHH GLVLPFLLSFGSAFPLIKNITSRIWLLLHLLLSSLGMFFIAHVLLFRLHLPSRYTGLSFR HHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH IIIALATAIALTLIIDALFNWAKNIHKFPVAFRGIISLSLIGLILASLVLYPSFVKGFPL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCE VKYKVGRATYLYDFFQEQPKDILIASLEEEANLLPTFAQRSILLGREYAIPYQVGYYSQF EEEECCCHHHHHHHHHCCCCHHEEEEHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECHHHHH RERTIDLIVAQYSSDLTDVKDFIQKYGIDFWMVHRGAFTPEYVEDNSWLMQYKFAQEAVT HHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH FLQLGNIPALATTISNCVVFQSDSLFVLDANCILRKGVGE HHHHCCCCHHHHHHHHEEEEECCCEEEEECHHHHHCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Unstructured
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 9.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: NA