| Definition | Trichodesmium erythraeum IMS101 chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008312 |
| Length | 7,750,108 |
Click here to switch to the map view.
The map label for this gene is 113474164
Identifier: 113474164
GI number: 113474164
Start: 413407
End: 415158
Strand: Direct
Name: 113474164
Synonym: Tery_0269
Alternate gene names: NA
Gene position: 413407-415158 (Clockwise)
Preceding gene: 113474154
Following gene: 113474165
Centisome position: 5.33
GC content: 34.87
Gene sequence:
>1752_bases ATGGAACGGAAAATGGATACTCAACCTTCAAATCAAGGAGCTTCAACTCCTCATACAGCAGAAGAAGTCCTGAAATTAGT GATTCAAGACTTGGACAATTTTCGTCAAGATTTGACACATCAGTTAGGGCAAGATGTAAGTAGATTAAGAGCTGAGAAAG AACAGCTCAATGAGGATGTTAATAAATTAAGAAAGCAATATGAACAGTTGCAAGTTCAACAACTGGAATCTCTTTCTCAA CGACAAATAGCCCAGCAACAATTATGGCTGAAACAACTGGCCCAAGTACTGGCAAATAATTTACAAAAACAGTTAGGCCA TAAAATTAAAGAGTTAAAGGAGAGTGTTGACCCAGGATTACAACAAGGTGTTTCTTCAGGAGGAGGGTTACCAATGACTA ATTCTCCAGATAACTATTATGAATCTGCTAATGAGTTGGGCTCTTCTTTGTCTGCTACTTTGAGCAGAACATTTGATACT CTAAAAAAGGAGTTGGATAGTTACGAAAGTGACCTTTGTGTGCAACTAAATAATATGCGTGGTATGGAACAGCAGAGTGA GGTGATTTTAGAAACCTTGCTCAGTCGTCTTCAGGGACAACTAGAAGGTAATAATGTAGTTTTATCACGAAATTTTCAAA CTTTTCAGTCTGATCCCAGGAATTCATTAAATAATGCTTCTAGTGAAATATCAACTCCTATTGAGTCCCCAGAAATAGCA CAAATAAGCAAACCTGAATCTACTGCAAAATCTCAAAAGTCTCCTTCTCAAGTTCAGATAGGTTTAATTTTGGCTTTGCT CTCAGCAGCAGTTCTATCTTTATTTAATGTTTGTGTAAAGATAGTTTTCAATACACCACCACAACCATATCAAGTTTTCG GTGGTTTATTTTCAGTATCAGGATTAATTAATCCTGATGTTTGGAATTCTTTGTTAATTTTATTACTACGGCAAGGGGTA GTAATGTTATTGATGCCTTTGGTTGCGACATTTCTTTATCCTGCTGTTTGGAGTGATATTGAGCATTTAATCAAATCCAA AAATTTTTCGTTATGGTGGAAAGTTATTGGTAGTGCTTTCTTTTTGTTTTTATCTCAGGTATTAATATATATTTCTATTG GTAATATACCTACTGGTATTGCCATGACAATTTTCTTTATTTATCCAATTATTACTGTTTTATTATCTTGGGGATTATTT GGTGATTCCCCTTCTGTTTTAAGAATTTGTGCGATGGTTATTATTGGTTTGGGAGGAATTTTAGTTATTCCTGGTGGAGT TGGTAATTATCAACCAGGAGTTATGGCTGGAGTTGCTGCTAGTATTACTTTTTCTGGATATATTTTACTAACACAAATGT CAGCAGGAAAGCTTCATCCTATTCCTTTTAGTTTAATTAATTTTGCTGGAATTTTTGTATTTTCGGCTTTGGGAATGATG ATGCCTAAACCTGTAGAATGGTCTGCTAATTTTGATCCTAGTCTGTGGTCTAATTTAATTGTTATTAGTATTATTTTAGG GGTTTTAACCATTTCTAGCTATGTATTAAATAGTTTTGCTATTAAATTTGCTGGAGCGGCAAGAGCATCTATTATGGGTA CTTTGGGTCCACCTTTAACTGCTTTAATTGCCCTTTTTACTATTGGAGAAGCATTAGGAGTAAAAGAGATTTTTGGGATA ATACTGGTAATTATTGGTGTGGCAGCGATGAGTTTTGAAAGAATGTTTGGAGTGAAACGAAAGCCTAGTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AAGTTCTGTTATAGTTTGGCACTCAGTTCAATATTGATATTCTGTTGCTGAGACTTCTAGGATGGAGCAATAAAAGTATT GTGAGCTATTGTTAGCAAAG
Downstream 100 bases:
>100_bases TATTGAGTGCTTACTATGTCTTTATACATTCATAATTGAGGCTATAAAGTTTGAATTTTCCTTTTTTTATATTCTTAAGA GGGGATGCTTGAGACTTTAT
Product: hypothetical protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 583; Mature: 583
Protein sequence:
>583_residues MERKMDTQPSNQGASTPHTAEEVLKLVIQDLDNFRQDLTHQLGQDVSRLRAEKEQLNEDVNKLRKQYEQLQVQQLESLSQ RQIAQQQLWLKQLAQVLANNLQKQLGHKIKELKESVDPGLQQGVSSGGGLPMTNSPDNYYESANELGSSLSATLSRTFDT LKKELDSYESDLCVQLNNMRGMEQQSEVILETLLSRLQGQLEGNNVVLSRNFQTFQSDPRNSLNNASSEISTPIESPEIA QISKPESTAKSQKSPSQVQIGLILALLSAAVLSLFNVCVKIVFNTPPQPYQVFGGLFSVSGLINPDVWNSLLILLLRQGV VMLLMPLVATFLYPAVWSDIEHLIKSKNFSLWWKVIGSAFFLFLSQVLIYISIGNIPTGIAMTIFFIYPIITVLLSWGLF GDSPSVLRICAMVIIGLGGILVIPGGVGNYQPGVMAGVAASITFSGYILLTQMSAGKLHPIPFSLINFAGIFVFSALGMM MPKPVEWSANFDPSLWSNLIVISIILGVLTISSYVLNSFAIKFAGAARASIMGTLGPPLTALIALFTIGEALGVKEIFGI ILVIIGVAAMSFERMFGVKRKPS
Sequences:
>Translated_583_residues MERKMDTQPSNQGASTPHTAEEVLKLVIQDLDNFRQDLTHQLGQDVSRLRAEKEQLNEDVNKLRKQYEQLQVQQLESLSQ RQIAQQQLWLKQLAQVLANNLQKQLGHKIKELKESVDPGLQQGVSSGGGLPMTNSPDNYYESANELGSSLSATLSRTFDT LKKELDSYESDLCVQLNNMRGMEQQSEVILETLLSRLQGQLEGNNVVLSRNFQTFQSDPRNSLNNASSEISTPIESPEIA QISKPESTAKSQKSPSQVQIGLILALLSAAVLSLFNVCVKIVFNTPPQPYQVFGGLFSVSGLINPDVWNSLLILLLRQGV VMLLMPLVATFLYPAVWSDIEHLIKSKNFSLWWKVIGSAFFLFLSQVLIYISIGNIPTGIAMTIFFIYPIITVLLSWGLF GDSPSVLRICAMVIIGLGGILVIPGGVGNYQPGVMAGVAASITFSGYILLTQMSAGKLHPIPFSLINFAGIFVFSALGMM MPKPVEWSANFDPSLWSNLIVISIILGVLTISSYVLNSFAIKFAGAARASIMGTLGPPLTALIALFTIGEALGVKEIFGI ILVIIGVAAMSFERMFGVKRKPS >Mature_583_residues MERKMDTQPSNQGASTPHTAEEVLKLVIQDLDNFRQDLTHQLGQDVSRLRAEKEQLNEDVNKLRKQYEQLQVQQLESLSQ RQIAQQQLWLKQLAQVLANNLQKQLGHKIKELKESVDPGLQQGVSSGGGLPMTNSPDNYYESANELGSSLSATLSRTFDT LKKELDSYESDLCVQLNNMRGMEQQSEVILETLLSRLQGQLEGNNVVLSRNFQTFQSDPRNSLNNASSEISTPIESPEIA QISKPESTAKSQKSPSQVQIGLILALLSAAVLSLFNVCVKIVFNTPPQPYQVFGGLFSVSGLINPDVWNSLLILLLRQGV VMLLMPLVATFLYPAVWSDIEHLIKSKNFSLWWKVIGSAFFLFLSQVLIYISIGNIPTGIAMTIFFIYPIITVLLSWGLF GDSPSVLRICAMVIIGLGGILVIPGGVGNYQPGVMAGVAASITFSGYILLTQMSAGKLHPIPFSLINFAGIFVFSALGMM MPKPVEWSANFDPSLWSNLIVISIILGVLTISSYVLNSFAIKFAGAARASIMGTLGPPLTALIALFTIGEALGVKEIFGI ILVIIGVAAMSFERMFGVKRKPS
Specific function: Unknown
COG id: COG0697
COG function: function code GER; Permeases of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily
Gene ontology:
Cell location: Cell membrane; Multi-pass membrane protein (Probable) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 2 DUF6 domains [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR000620 [H]
Pfam domain/function: PF00892 DUF6 [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 63827; Mature: 63827
Theoretical pI: Translated: 6.69; Mature: 6.69
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.5 %Cys (Translated Protein) 2.9 %Met (Translated Protein) 3.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.5 %Cys (Mature Protein) 2.9 %Met (Mature Protein) 3.4 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MERKMDTQPSNQGASTPHTAEEVLKLVIQDLDNFRQDLTHQLGQDVSRLRAEKEQLNEDV CCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NKLRKQYEQLQVQQLESLSQRQIAQQQLWLKQLAQVLANNLQKQLGHKIKELKESVDPGL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH QQGVSSGGGLPMTNSPDNYYESANELGSSLSATLSRTFDTLKKELDSYESDLCVQLNNMR HHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCC GMEQQSEVILETLLSRLQGQLEGNNVVLSRNFQTFQSDPRNSLNNASSEISTPIESPEIA CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHCCCCHHHHCCHHHHCCCCCCCCCC QISKPESTAKSQKSPSQVQIGLILALLSAAVLSLFNVCVKIVFNTPPQPYQVFGGLFSVS CCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHC GLINPDVWNSLLILLLRQGVVMLLMPLVATFLYPAVWSDIEHLIKSKNFSLWWKVIGSAF CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH FLFLSQVLIYISIGNIPTGIAMTIFFIYPIITVLLSWGLFGDSPSVLRICAMVIIGLGGI HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCE LVIPGGVGNYQPGVMAGVAASITFSGYILLTQMSAGKLHPIPFSLINFAGIFVFSALGMM EEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH MPKPVEWSANFDPSLWSNLIVISIILGVLTISSYVLNSFAIKFAGAARASIMGTLGPPLT CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH ALIALFTIGEALGVKEIFGIILVIIGVAAMSFERMFGVKRKPS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC >Mature Secondary Structure MERKMDTQPSNQGASTPHTAEEVLKLVIQDLDNFRQDLTHQLGQDVSRLRAEKEQLNEDV CCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH NKLRKQYEQLQVQQLESLSQRQIAQQQLWLKQLAQVLANNLQKQLGHKIKELKESVDPGL HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH QQGVSSGGGLPMTNSPDNYYESANELGSSLSATLSRTFDTLKKELDSYESDLCVQLNNMR HHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCC GMEQQSEVILETLLSRLQGQLEGNNVVLSRNFQTFQSDPRNSLNNASSEISTPIESPEIA CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHCCCCHHHHCCHHHHCCCCCCCCCC QISKPESTAKSQKSPSQVQIGLILALLSAAVLSLFNVCVKIVFNTPPQPYQVFGGLFSVS CCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHC GLINPDVWNSLLILLLRQGVVMLLMPLVATFLYPAVWSDIEHLIKSKNFSLWWKVIGSAF CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH FLFLSQVLIYISIGNIPTGIAMTIFFIYPIITVLLSWGLFGDSPSVLRICAMVIIGLGGI HHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCE LVIPGGVGNYQPGVMAGVAASITFSGYILLTQMSAGKLHPIPFSLINFAGIFVFSALGMM EEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH MPKPVEWSANFDPSLWSNLIVISIILGVLTISSYVLNSFAIKFAGAARASIMGTLGPPLT CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH ALIALFTIGEALGVKEIFGIILVIIGVAAMSFERMFGVKRKPS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC
PDB accession: NA
Resolution: NA
Structure class: Alpha
Cofactors: NA
Metal ions: NA
Kcat value (1/min): NA
Specific activity: NA
Km value (mM): NA
Substrates: NA
Specific reaction: NA
General reaction: NA
Inhibitor: NA
Structure determination priority: 6.0
TargetDB status: NA
Availability: NA
References: 8905231 [H]