| Definition | Helicobacter acinonychis str. Sheeba chromosome, complete genome. |
|---|---|
| Accession | NC_008229 |
| Length | 1,553,927 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 109947140
GI number: 109947140
Start: 473155
End: 481887
Strand: Direct
Name: vacA [H]
Synonym: Hac_0549
Alternate gene names: 109947140
Gene position: 473155-481887 (Clockwise)
Preceding gene: 109947139
Following gene: 109947141
Centisome position: 30.45
GC content: 40.23
Gene sequence:
>8733_bases ATGAAAAGGTTTAAAAAGAAACCAAAAAATACAAAACGATCGCATCAAAAAATCATCTTAAAGCGTTCTTTATGGCTTGC ACCTTTACTCATCAGTGGGTTTGCTAGTGGGGTGTATGCGAATGGAACAGATATTTTGGGGCTTAGTTGGGGGGAAAAAA GCCAAAGGGTATGCGTGCATCATCCATGGTATGCTATGTGGGAATGCAATAAATGGGAGGAAAAAACACAACAATACACA GGAAACCAGCTCATTACACAAACTTGGTCATGGGGTAATGCGGCTCATTACTACCACACTCAAAACAACCAAAATATTAC AGCTAATTTAAAAAATGATAACGGCACTTATTTTTTAAGCGGTCTGGATAACTACACTGGAGGGGAAGATAATGGGGGGA ATTTAGACATTGAATTAGGCAGTAATGCTACTTTTAATCTGGGTGCGAATAGCGGGAATAGCTTCACTTCTTGGTATTCT AATGGGCATACTGATGTTACTTTTAGCGCTGGGACTATCAATGTGGATAACACCGTAGAAGTGGGCAATCGTGTGGGATC TGGAGCAGGCACACACACAGGTACAGCCACTTTAAACTTGAACGCTAATAAGGTCAATATCAATTCTAGTATCAGTGCGT ATAAAACTTCGCAAGTGAATGTGGGCAATACTAACAGTGCTATTACCATCGGTTCGGTTTCTTTAAGTGGTAATGTGTGC AGTTCTTTGGCAACTTGGGGTTCAGGGTCTAATTGTTCTACTTCTGGGCCTGGCTATTCTTTTGAAGGGAATGTAAACGC TACTAACACGACTTTTAGCAATTCAAAGGGTAGTTTCACTTTTGGAGAGAACGCCACTTTTAGTGGGGCGAAATTGGATG GGGGGACATTCACTTTCAATAAAGAAGTTAGCGCCACCAATAACACAGCCTTTAATAGCGGTAATTTCACTTTTGAAGGT 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Upstream 100 bases:
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Downstream 100 bases:
>100_bases CTTTTTTGCTACAATGCTTCGTTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCTATGTTCAATTATGAAGAGCTGTTTCAAACTTAC AAAACCCCTTTTTATTTCTA
Product: vacuolating cytotoxin (VacA) paralog
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 2910; Mature: 2910
Protein sequence:
>2910_residues MKRFKKKPKNTKRSHQKIILKRSLWLAPLLISGFASGVYANGTDILGLSWGEKSQRVCVHHPWYAMWECNKWEEKTQQYT GNQLITQTWSWGNAAHYYHTQNNQNITANLKNDNGTYFLSGLDNYTGGEDNGGNLDIELGSNATFNLGANSGNSFTSWYS NGHTDVTFSAGTINVDNTVEVGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSSISAYKTSQVNVGNTNSAITIGSVSLSGNVC SSLATWGSGSNCSTSGPGYSFEGNVNATNTTFSNSKGSFTFGENATFSGAKLDGGTFTFNKEVSATNNTAFNSGNFTFEG ASSFNGASFNNASYDFDNQATFQNSSFNGGTFTFNNQNNQTNSTQPPQIAFENSSFSGNATTLKGSVDFQQAFNNSNHQL TIQNASFNNATFNNTGKITINENASFNGTTFNTSIDTNNMTITGGVTLSGNNDLKNGATLDFGSSKVTLTQGTIFNLTGL GSKNSVTILNSSGGITYNELLNHALNSLTNALKTSKSSSLPQSFAQGLWDMITYDGVIGQLLSENTTTSKSTDTPPNSTQ IYQVGYKIGDKIYKLQETFSHNSITIQALASGTYTPPPIISGSQFNLSTSNYMDSDIHWYNHEHYIPKSQNFTESGTYYL PSIQIWGSSNNSFKQTFSANNSNLVIGYNSTWTGNSVSSSDTVSFGDTSGILLSGHCGPWPYYQCTGTTDGTYSAYHLYI TANLRSGNRIGTGGAANLVFNGINSVNIANANIEQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSQQGLNGLNSNGKLSVYGTTFTDQAKD GKFTFNAGQATFENTNFNGGTYQFSGDSLNFLNNDQFNSGSFEISTKNASFNNANFNNNASFNFNNSSATTSFIGNFTNA NSNLQIAGNAVFGNSTNSNGSQNNANFNNTGSMTISGNATFNNVTFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNTPLSFGDGTIS FGTHSVINVDQAITNGNPITLLNSSKEIDYNNAFAKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSVGDGVYDVMYSFNNQTYNFQETF SPNSISIRRLGVGMVFDYMDMEESDHLYFKNAVGFMTYMPNSYNNNLGNANNTIYYYDNSIDFYASGKTSFTKADFSQIF TGQNSAIVFGAKNIWTSASDVPQSNTIIRFGDNKGAGSNGASGHCWNLQCIGFIIGNYEAQKIYITGSIESGNRISSGGG ASLNFNGLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFISNGANIQAQNSYFIDDTAQNGGKPNFSFNALNLDFSNSSFRGYVGKT QSVFKFNATNAINFTNSTNLSSGLYQISANSVSFDNSNLSVSVGTSSIKANAINLSQNASINTSNHSTLELQGDLNLNDT SSLNLNQSTINVSNNATISDFASLIVNNGSHLNFNGAVNFNSSNITTSLNDSSIVFKGAVSLGGQFNFSNNSSLDFQNSS AIISNTAFNFYDNAFSQSPITFHKSLDLKASLSLGGNLLSPNNSSVLNLENSQLVFSDQGSLNIANIDLLSGVSGNKSRV YNIIQADMSNNWYQYINFFGMHINNGVYDAANQTYSFTDPLNNALKITESFKDNQLSVTLSQILGVTNTLYNISSEIFNY QKVYNNANGVYSYSDDAQGVFYLTSNVKGYYNPNKSYQASGTNNTTLNNNISSDSSVISQTYNAQGNPIQALHIYNKGYN FNNIKALGQMVLKLYPEIKKILGNDFSLSNVSALNSSALSQLAKLITPSDWENINEFIDNADNSVVQNFNNGTLIVGATQ IGQTNTNSTIVFGGLGYQKPCDQTDIVCQEFRGTYLGQLLESSSADLGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVT FNSKTSLILNQANIVSSQTDGIFSMLGQEGINKVFNQAGLANILGEVAVQSIDKAGGLGNLIAGMLGSDGVIGGHLTPEQ KNQTLSQLLGANNFDNLMNDSGLNTAIEGLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQDPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNEITG FISASDIGQVISVMLQDIVKPSDALENDVAALGKQMIGEFLGQNTLNSLESLLQNQQIKSILDKVLAAKGLGPIYEQGLG DLIPGLGKNGLFAPYGLSQLWQKGDFNFNAQGNVFVQNSNFSNANGGTLSFNAGDTLIFAGNNDISFTNHTGTLNLLSNQ VSNIDITELNASNGLKMNAVNNNVSVSQGDLFINASCVKQSDPTTQNGINPCALNATQNTNNTSNNASNNTQIALNNNDE SLSVTANNFNFLGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQANNLTVFNQALLEKNASFVTNNLNIQGAFNNNATRK IEALQNLTIASNASLSTGVYGIEVGGAFNNFGAINFNLENPQTPATPLIQAGGVIDLNATQTPFMNVNNGMANNTAYTLL ESSRYINYNINPNSLQSYLKLYTLININGNHIEENNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVVLPNSSQNNASENNILSLSVLYN QIKMSYGNKIMGFIPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEATGGNNAVKWLSALMMETKENPLFAPIYLENHSLNEILGVTKDLQ NTASLISSPNFRDNATSLLEMASYTQQTSRLTKLSDFRSKEGEFSFSDRLLELKNKRFSDSNPSALEVFVKYSQISKHPN NLWVQGVGGASFIAGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYDYSNFNGYIIHSLANNVDMGMYARAFLKRNEFTLSANE TYGGNVTNINSSNPLLSVLNQRYNYNTWTTSVNENYGYDFMFKNKSVVLKPQVSVSYYFIGLSAMKGKMNDAAYQQFVMH SNPSNESVLTLNMGLEGRKYFGKNSYYFVTARLGRDLLIKSKGDNIVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRL MYVNAGVGLNIGLQYQDINITGNVGMRVVF
Sequences:
>Translated_2910_residues MKRFKKKPKNTKRSHQKIILKRSLWLAPLLISGFASGVYANGTDILGLSWGEKSQRVCVHHPWYAMWECNKWEEKTQQYT GNQLITQTWSWGNAAHYYHTQNNQNITANLKNDNGTYFLSGLDNYTGGEDNGGNLDIELGSNATFNLGANSGNSFTSWYS NGHTDVTFSAGTINVDNTVEVGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSSISAYKTSQVNVGNTNSAITIGSVSLSGNVC SSLATWGSGSNCSTSGPGYSFEGNVNATNTTFSNSKGSFTFGENATFSGAKLDGGTFTFNKEVSATNNTAFNSGNFTFEG ASSFNGASFNNASYDFDNQATFQNSSFNGGTFTFNNQNNQTNSTQPPQIAFENSSFSGNATTLKGSVDFQQAFNNSNHQL TIQNASFNNATFNNTGKITINENASFNGTTFNTSIDTNNMTITGGVTLSGNNDLKNGATLDFGSSKVTLTQGTIFNLTGL GSKNSVTILNSSGGITYNELLNHALNSLTNALKTSKSSSLPQSFAQGLWDMITYDGVIGQLLSENTTTSKSTDTPPNSTQ IYQVGYKIGDKIYKLQETFSHNSITIQALASGTYTPPPIISGSQFNLSTSNYMDSDIHWYNHEHYIPKSQNFTESGTYYL PSIQIWGSSNNSFKQTFSANNSNLVIGYNSTWTGNSVSSSDTVSFGDTSGILLSGHCGPWPYYQCTGTTDGTYSAYHLYI TANLRSGNRIGTGGAANLVFNGINSVNIANANIEQHNAGIYSSSMTFSTQNMDSQQGLNGLNSNGKLSVYGTTFTDQAKD GKFTFNAGQATFENTNFNGGTYQFSGDSLNFLNNDQFNSGSFEISTKNASFNNANFNNNASFNFNNSSATTSFIGNFTNA NSNLQIAGNAVFGNSTNSNGSQNNANFNNTGSMTISGNATFNNVTFNSPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNTPLSFGDGTIS 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FNSKTSLILNQANIVSSQTDGIFSMLGQEGINKVFNQAGLANILGEVAVQSIDKAGGLGNLIAGMLGSDGVIGGHLTPEQ KNQTLSQLLGANNFDNLMNDSGLNTAIEGLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQDPEKLIGSMSINDLLSKKGLFNEITG FISASDIGQVISVMLQDIVKPSDALENDVAALGKQMIGEFLGQNTLNSLESLLQNQQIKSILDKVLAAKGLGPIYEQGLG DLIPGLGKNGLFAPYGLSQLWQKGDFNFNAQGNVFVQNSNFSNANGGTLSFNAGDTLIFAGNNDISFTNHTGTLNLLSNQ VSNIDITELNASNGLKMNAVNNNVSVSQGDLFINASCVKQSDPTTQNGINPCALNATQNTNNTSNNASNNTQIALNNNDE SLSVTANNFNFLGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQANNLTVFNQALLEKNASFVTNNLNIQGAFNNNATRK IEALQNLTIASNASLSTGVYGIEVGGAFNNFGAINFNLENPQTPATPLIQAGGVIDLNATQTPFMNVNNGMANNTAYTLL ESSRYINYNINPNSLQSYLKLYTLININGNHIEENNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVVLPNSSQNNASENNILSLSVLYN QIKMSYGNKIMGFIPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEATGGNNAVKWLSALMMETKENPLFAPIYLENHSLNEILGVTKDLQ NTASLISSPNFRDNATSLLEMASYTQQTSRLTKLSDFRSKEGEFSFSDRLLELKNKRFSDSNPSALEVFVKYSQISKHPN NLWVQGVGGASFIAGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYDYSNFNGYIIHSLANNVDMGMYARAFLKRNEFTLSANE TYGGNVTNINSSNPLLSVLNQRYNYNTWTTSVNENYGYDFMFKNKSVVLKPQVSVSYYFIGLSAMKGKMNDAAYQQFVMH SNPSNESVLTLNMGLEGRKYFGKNSYYFVTARLGRDLLIKSKGDNIVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRL MYVNAGVGLNIGLQYQDINITGNVGMRVVF
Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: COG5651
COG function: function code N; PPE-repeat proteins
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 314026; Mature: 314026
Theoretical pI: Translated: 5.53; Mature: 5.53
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.4 %Cys (Translated Protein) 1.4 %Met (Translated Protein) 1.9 %Cys+Met (Translated Protein) 0.4 %Cys (Mature Protein) 1.4 %Met (Mature Protein) 1.9 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MKRFKKKPKNTKRSHQKIILKRSLWLAPLLISGFASGVYANGTDILGLSWGEKSQRVCVH CCCHHCCCCCCHHHHHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCEEEEEECCCCCCCEEEE HPWYAMWECNKWEEKTQQYTGNQLITQTWSWGNAAHYYHTQNNQNITANLKNDNGTYFLS CCEEEEEECCCHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCEEEEE GLDNYTGGEDNGGNLDIELGSNATFNLGANSGNSFTSWYSNGHTDVTFSAGTINVDNTVE CCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCEEEEECCCCCCCCHHHHCCCCCEEEEECCEEECCCHHH VGNRVGSGAGTHTGTATLNLNANKVNINSSISAYKTSQVNVGNTNSAITIGSVSLSGNVC HCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCEEEECCCCCEEEECEEECCCCCCEEEEEEEEECCHHH SSLATWGSGSNCSTSGPGYSFEGNVNATNTTFSNSKGSFTFGENATFSGAKLDGGTFTFN HHHHHCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCEECCCCCCEECCCCCCCCCEEECCCEEEEC KEVSATNNTAFNSGNFTFEGASSFNGASFNNASYDFDNQATFQNSSFNGGTFTFNNQNNQ CEECCCCCCEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCEEEECCCCCC TNSTQPPQIAFENSSFSGNATTLKGSVDFQQAFNNSNHQLTIQNASFNNATFNNTGKITI CCCCCCCEEEECCCCCCCCCEEEECCCCHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCEEEEE NENASFNGTTFNTSIDTNNMTITGGVTLSGNNDLKNGATLDFGSSKVTLTQGTIFNLTGL 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EEECCCCEEEEEEECCCCCEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCHHH FASLIVNNGSHLNFNGAVNFNSSNITTSLNDSSIVFKGAVSLGGQFNFSNNSSLDFQNSS HHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEECCCCEEEEEEEEECCCEEECCCCCCCCCCCCC AIISNTAFNFYDNAFSQSPITFHKSLDLKASLSLGGNLLSPNNSSVLNLENSQLVFSDQG EEEECCCEEHHCCCCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCEEECCCCCCEEEECCCEEEEECCC SLNIANIDLLSGVSGNKSRVYNIIQADMSNNWYQYINFFGMHINNGVYDAANQTYSFTDP CEEEEEEEEECCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEEECCCEECCCCCCEEECCC LNNALKITESFKDNQLSVTLSQILGVTNTLYNISSEIFNYQKVYNNANGVYSYSDDAQGV CCCCEEEECCCCCCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCEE FYLTSNVKGYYNPNKSYQASGTNNTTLNNNISSDSSVISQTYNAQGNPIQALHIYNKGYN EEEEECCCEEECCCCCEECCCCCCCEECCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEECCCC FNNIKALGQMVLKLYPEIKKILGNDFSLSNVSALNSSALSQLAKLITPSDWENINEFIDN CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCC ADNSVVQNFNNGTLIVGATQIGQTNTNSTIVFGGLGYQKPCDQTDIVCQEFRGTYLGQLL CCCHHHHCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH ESSSADLGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSKTSLILNQANIVSSQTD HCCCCCCCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEECCHHCCCCCC GIFSMLGQEGINKVFNQAGLANILGEVAVQSIDKAGGLGNLIAGMLGSDGVIGGHLTPEQ HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCEECCCCCCHH KNQTLSQLLGANNFDNLMNDSGLNTAIEGLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQDPEKLI HHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHH GSMSINDLLSKKGLFNEITGFISASDIGQVISVMLQDIVKPSDALENDVAALGKQMIGEF HCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH LGQNTLNSLESLLQNQQIKSILDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLIPGLGKNGLFAPYGLSQL HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHH WQKGDFNFNAQGNVFVQNSNFSNANGGTLSFNAGDTLIFAGNNDISFTNHTGTLNLLSNQ HHCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCEEEECCCCEEEEECCCCEEEECCCCEEEEHHCC VSNIDITELNASNGLKMNAVNNNVSVSQGDLFINASCVKQSDPTTQNGINPCALNATQNT CCCCEEEEECCCCCEEEEEECCCCEEECCCEEEEEEEECCCCCCHHCCCCEEEEECCCCC NNTSNNASNNTQIALNNNDESLSVTANNFNFLGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNN CCCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEECCCEEEEEEEECCEEEHHHCCCCCCEEEEEEEEC AQFQANNLTVFNQALLEKNASFVTNNLNIQGAFNNNATRKIEALQNLTIASNASLSTGVY 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EECCCCEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCCE FGKNSYYFVTARLGRDLLIKSKGDNIVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRL ECCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCCEEEEECCCEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEE MYVNAGVGLNIGLQYQDINITGNVGMRVVF EEEECCCCEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEC
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