Definition | Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome. |
---|---|
Accession | NC_008086 |
Length | 1,596,366 |
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The map label for this gene is vacA [H]
Identifier: 108563328
GI number: 108563328
Start: 945641
End: 952894
Strand: Direct
Name: vacA [H]
Synonym: HPAG1_0903
Alternate gene names: 108563328
Gene position: 945641-952894 (Clockwise)
Preceding gene: 108563327
Following gene: 108563329
Centisome position: 59.24
GC content: 38.57
Gene sequence:
>7254_bases ATGGCGTTTAAAAAGGCCAGATTGATTTCTAGGTTTATTTCAAAGGGATCTTTCAAATTGAGTAAGATCTCAAAGAAAAT TTTCACATTGAATCAAATCTTAAAATGTGAAAAGCCCTTAAAATGCCATAAAAAAACAAAATCCATTAAAAAGCTCTCTA ATCGCAACAAATCTTTTTTAAAAGCTTCGATTTTATTGATAGGAGCGTTAGGGGGATTATCTCACCTAAGGGCTAACGAG TGCCGTTATTGGTCATGGTCGTCTTGGGGTTATCAAGATAATATTGAAAGCGGCCCTAATTCACCCACGCACAACTCCTA TTGCCTTTTTAGCAGCACTCAAGGCTCTGGGACTTATTATTTGAACACCCTTACCACTTATAGTGCTGGTGGGGCTAGCT TCACGCAAAAATTCAATGGTGGCACGCTTAATGTGGGAGGGAATATCCGTTTTGGAGGCACAGGTATTAATGGGGGTGAT GTCGGCTATATCACAGGCACTTATGACGCTCAAACGATTAATTTTAATTCTAGCCATTTAACAACCGGAAACTCATACGC TGATGGTGGTGGGGCCACGCTCAATTTTAATGCGGCCAATAATATCACTATCAATCAAGCGAGTTTTGATAACAGCGATG CAGGGGCACAAAAATCTTACATGAATTTTAAAGGCTCTAATATCAAGGTCAGTGGCTCTAGCTTTAAAGATGATACTGAT GGGGGCTTTAGTTTCAGCGGTAATAGTAATAACAGCACCATCTCCTTCAATCAAACCAACTTCAATCAAGGCACTTATAA TTTTAGTAACAGCGCTAACTTAAGCTTCACTAACAGCGCTTTCAACCAAGGCACTTACAACTTTAATAGCGCTCAATCTG TTTTTGAAAACAGCAGTTTCAATCAAGGGACTTATAACTTTAATAGCGCTCAATCTGTTTTTGAAAACAGTGCTTTCAAT 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TTTAATGGCGGGACACTCAGTCTTAACGCTAGTAGCAAGCTCAACGCTTCTAGCGCTAGTTTTTCAAACAACACCACTAT CAATTTAGACGATAGCGTTTTATCGGCTAGTAACACAAGCTCTTTAAACGCTAATATCAATTTTCAAGGCGCAAGCCAGG CTGATTTTGGAGGCAACACGACTATTAATACAGCAAGCTTTAACTTTGACAGCGCAAGCTCATTGAGTTTTAATAACCTT ACGGCTAATGGGGCGTTGAATTTTAATGGTTATACGCCCTCTTTGACTAAGGCTTTAATGAGCGTTAGCGGGCAGTTTGT TTTAGGGAATAATGGGGATATTAATTTATCTGACATCAATATTTTTGACAACATTACAAAATCTGTAACCTACAACATCC TAAACGCTCAAAAAGGGATTACTGGCATTAGTGGGGCTAATGGCTATGAAAAAATCCTTTTTTATGGCATGAAAATCCAA AACGCTACCTATAGCGGCAATAATAACATTCAAACTTGGTCGTTTATAAACCCTCTCAATTCTTCTCAAATCATTCAAGA GAGCATTAAAAATGGGGATTTAACCATAGAAATTTTAAATAACCCCAACTCGGCTTCTAACACTATTTTTAATATCGCTC CTGAGCTTTATAATTACCAAGCTTCTAAGCAAAATCCTACCGGCTATAGCTATGATTATAGCGACAATCAAGCAGGCACT TATTACTTGACAAGCAACATTAAAGGTCTTTTCACCCCTAAAGGCTCTCAAACGCCTCAAACCCCAGGCACTTATAGCCC GTTTAACCAGCCTTTGAATAGTTTAAATATCTACAATAAGGGTTTTTCTAGTGAAAATTTAAAAACGCTTTTAGGGATCC TTTCTCAAAATTCCGCTACCTTAAAAGAAATGATTGAATCCAATCAATTAGACAATATCACTAACATCAATGAAGTGTTG 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AGTCAAGAATTAGTGAATAATATCATTAATAATATTATTTCTCAAGGCGGGTTGAGCGGCGTTTATAATCAAGGTTTAGG GAGCGTGTTGCCGCCCTCTTTACAAAACGCGCTCAAAGAAAACGATTTAGGCGCTCTTTTATCGCCTAGAGGCTTGCATG ATTTTTGGCAAAAAGGGTATTTTAACTTTTTAAGCAATGGCTATGTTTTTGTCAATAACAGCTCTTTTAGCAACGCTACA GGGGGCAGTTTGAATTTTGTCGCCAACAAGTCTATTATTTTTGATGGCGATAATACGATTGACTTTAGCAAGTATCAAGG CGCATTGATTTTTGCTTCCAATGATGTTTCTAACATCAATATCACAACCCTAAACGCTACTAATGGCTTAAGCCTTAATG CGGGTTTGAATAATGTGAGCGTTCAAAAAGGGGAAATTTGTGTCAATTTAGCCAATTGCCCCACAACCAAAAACAGCTCT TCTACAAACTCCAGCGTAACCCCCACTAACGAATCTTTAAGCGTGCACGCTAACAGCTTCACTTTCTTAGGCGTCATCGC TTCTAATGGGGCTATTGATTTGTCTCAAGTAAAAAATAATAGCGTTATAGGCACGCTCAATCTTAATGAAAATGCAACCT TGCAAGCCAATAATTTAACGATCGCTAACGCTTTTAACAACGCCTCTAACTCCACAGCTAACATTAATGGTGATTTCACC TTAAACCAACAAGCGACTCTAAGCACTAACGCTAGTGGCTTGAATGTCATGGGGAATTTTAATAGCTATGGCGATTTGGT GTTTAACCTCAGCCATTCAGTTAGCCATGCTATTATCAACGCTCAAGGCAGTGCGACAATCATGGCTAATAACAATAACC CCTTAATCCAATTCAACACTTCTTCAAAAGAAACAGGCACTTACACGCTTATTAATAGCGCTAAAGCCATTTATTACGGG TATAACGATCAAATCACAGGAGGCAGTAGCCTGGATAATTACCTTAAGCTTTATGCGCTCATTGATATTAATGGCAAACA TATGGTGATGACTGACAACGGCTTAACTTATAACGGGCAAGCCGTGAATATTAAAGATGGCGGTTTAGTTGTAGGCTTTA AGGACTCTCAAAATCAATACATTTACACTTCCATTCTTTATAATAAAGTGAAAATCGCTGTTTCTAATGATCCTATCAAT AACCTACAAGCCCCCACTTTAAAACAATATATCGCTCAAATTCAGGGCGTTCAAAGCGTGGATAGTATTGATCAAGTTGG AGGAAATCAAGCGATTAATTGGCTCAATAAAATCTTTGAAACTAAAGGAAGTCCTTTATTCGCTCCCTATTACTTAGAAA GCCATTCCACAAAAGATTTAACCACGATCGCTGGAGACATTGCTAACACTTTAGAAGTCATCGCTAACCCTAATTTTAAA AATGATGCCACCAATATTTTACAGATCAACACCTACACGCAACAAATGAGCCGTTTAGCCAAGCTCTCTGACACTTCAAC CTTTGCTAGTGCTGATTTTCACGAGCGATTAGAAGCCCTTAAAAACAAGCGATTCGCTGATGCGATCCCTAACGCTATGG ATGTGATTTTAAAATACTCTCAAAGAAACAGAGTCAAAAATAATGTGTGGGCGACAGGAGTTGGAGGGGCTAGTTTCATT AATGGAGGCACTGGAACTTTATATGGTATCAATGTAGGGTATGACCGATTCATTAAGGGCGTGATTGTGGGGGGTTATGC CGCTTATGGATATAGCGGGTTTCATGGAAATATCACTCAATCAGGCTCTAGCAATGTCAATATGGGCGTTTATAGCCGAG CGTTTATCAAAAGAAGCGAATTAACCATGAGCTTGAATGAGACTTGGGGATACAATAAGACTTTCATCAACTCCTATGAC CCCCTACTCTCAATCATCAATCAGTCTTACAGATACGACACTTGGACGACTAACGCTAAAATCAATTATGGCTATGATTT CATGTTTAAAGATAAAAGCGTTATTTTTAAACCCCAAGTAGGCTTAGCCTATTATTACATTGGTTTGTCTGGTTTAAGGG GTATTATGGATGATCCTATTTATAATCAATTCAGAGCCAATGCTGACCCTAATAAAAAATCCGTTCTAACGATCAATTTT GCCCTAGAAAGTCGGCATTACTTCAATAAAAACTCTTATTATTTTGTGATTGCGGATGTGGGCAGAGATTTATTCATTAA TTCTATGGGGGATAAAATGGTGCGTTTTATTGGTAATAACACCCTAAGCTATAGAGATGGCGGCAGATACAACACTTTTG CCAGCATTATCACAGGCGGGGAGATAAGATTGTTCAAAACCTTTTATGTGAATGCGGGCATTGGGGCTAGGTTTGGGCTT GATTATAAAGATATTAATATTACCGGAAATATTGGTATGCGCTATGCTTTTTAA
Upstream 100 bases:
>100_bases AGTTTATGTATCATTATTAAGTCATTTTGCGAATCTTTTTGAGTTTGTTTAACATCAAATTGTATAATGTGGGATTTAAT AAAAACGATTGGAGTTTTAA
Downstream 100 bases:
>100_bases TGGTATCATTAAACTTGTTTTTAACAAGCCTAACATAGCAGGATCAACCCATGCAAAAAGCCTTATTACATTCATCATTC TTTTTACCCTTATTATTTTT
Product: vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein
Products: NA
Alternate protein names: NA
Number of amino acids: Translated: 2417; Mature: 2416
Protein sequence:
>2417_residues MAFKKARLISRFISKGSFKLSKISKKIFTLNQILKCEKPLKCHKKTKSIKKLSNRNKSFLKASILLIGALGGLSHLRANE CRYWSWSSWGYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSTQGSGTYYLNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGD VGYITGTYDAQTINFNSSHLTTGNSYADGGGATLNFNAANNITINQASFDNSDAGAQKSYMNFKGSNIKVSGSSFKDDTD GGFSFSGNSNNSTISFNQTNFNQGTYNFSNSANLSFTNSAFNQGTYNFNSAQSVFENSSFNQGTYNFNSAQSVFENSAFN QGTYNFNGNASFDNDIFNQGTYNFNTSKVSFSGANTLNSSSPFASLKGSVSFGSDAVFNLNQTLNSNQTYDILTTNGTIQ YGVYQSYLWDLINYKGDKAISHVEVGNNTYDVTFDINGQDETLQETFNKQSIITQFLGDDLQQQAQKTYQQDLSNSQSAL NNAASDSKVANNDTGYTQSKNATVAKDAQGLENTNQKIQQDEQALEKDLAQIKQLANSTTGFNQQAFNQAQSTEQQDEQT LQNEENTFNIEQESLDKAIANAKHTSPTPSPTPTPTKHTAQNTPPNKVSPTPTPPTQNLPTTNVWNGVYWLQNQTYSKQG VYYIDPNLSGQSGQSANTLSTYTANLFGRSFGVNIQNGTLIIGNNTESVNDNGLIWIGHGGFGYITGTFSAANIYLTNNF KTGEGVSNSDGGGANITFKASDNITMDGLNYNDAETVTKMIQTGASQHSYAAFDALNNISVTNSSFSDMTWGKFSFSAKN ISFSNASFSGFTNPGGSSVISANASNSLSFINSRLNGGAVYNLWANSLIFNNTQAVFNVLHSRGTSNFNATTQLLGNTNF TLSSQSLLNFNGDTTLQNNANITLGNKSQAAFKNSLTLDNDSNLSLDNQSVLNANGASAFNNQASLNIYNGSQATFKSLF FNGGTLSLNASSKLNASSASFSNNTTINLDDSVLSASNTSSLNANINFQGASQADFGGNTTINTASFNFDSASSLSFNNL TANGALNFNGYTPSLTKALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFDNITKSVTYNILNAQKGITGISGANGYEKILFYGMKIQ NATYSGNNNIQTWSFINPLNSSQIIQESIKNGDLTIEILNNPNSASNTIFNIAPELYNYQASKQNPTGYSYDYSDNQAGT YYLTSNIKGLFTPKGSQTPQTPGTYSPFNQPLNSLNIYNKGFSSENLKTLLGILSQNSATLKEMIESNQLDNITNINEVL QLLDKIKITQTQKQALLETINHLTDNINQTFNNGNLIIGATQDNVTNSTSSIWFGGNGYSSPCALDSATCSSFRNTYLGQ LLGSTSPYLGYINADFKAKSIYITGTIGSGNAFESGGSADVTFQSTNNLVLNKANIEAQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQG NLANVLSQMAMEKIKQAGGLGNFIENALSPLSKELPASLQDETLGQLIGQNNLDDLLNNSGVMNAIQNIISKKLSIFGNF VTPSIIENYLAKQSLKSMLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSVILKDITNPPTSLQKDIGVVANDLLNEFLGQDVIKKLE SQELVNNIINNIISQGGLSGVYNQGLGSVLPPSLQNALKENDLGALLSPRGLHDFWQKGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNAT GGSLNFVANKSIIFDGDNTIDFSKYQGALIFASNDVSNINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQKGEICVNLANCPTTKNSS STNSSVTPTNESLSVHANSFTFLGVIASNGAIDLSQVKNNSVIGTLNLNENATLQANNLTIANAFNNASNSTANINGDFT LNQQATLSTNASGLNVMGNFNSYGDLVFNLSHSVSHAIINAQGSATIMANNNNPLIQFNTSSKETGTYTLINSAKAIYYG YNDQITGGSSLDNYLKLYALIDINGKHMVMTDNGLTYNGQAVNIKDGGLVVGFKDSQNQYIYTSILYNKVKIAVSNDPIN NLQAPTLKQYIAQIQGVQSVDSIDQVGGNQAINWLNKIFETKGSPLFAPYYLESHSTKDLTTIAGDIANTLEVIANPNFK NDATNILQINTYTQQMSRLAKLSDTSTFASADFHERLEALKNKRFADAIPNAMDVILKYSQRNRVKNNVWATGVGGASFI NGGTGTLYGINVGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFHGNITQSGSSNVNMGVYSRAFIKRSELTMSLNETWGYNKTFINSYD PLLSIINQSYRYDTWTTNAKINYGYDFMFKDKSVIFKPQVGLAYYYIGLSGLRGIMDDPIYNQFRANADPNKKSVLTINF ALESRHYFNKNSYYFVIADVGRDLFINSMGDKMVRFIGNNTLSYRDGGRYNTFASIITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGL DYKDINITGNIGMRYAF
Sequences:
>Translated_2417_residues MAFKKARLISRFISKGSFKLSKISKKIFTLNQILKCEKPLKCHKKTKSIKKLSNRNKSFLKASILLIGALGGLSHLRANE CRYWSWSSWGYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSTQGSGTYYLNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGD VGYITGTYDAQTINFNSSHLTTGNSYADGGGATLNFNAANNITINQASFDNSDAGAQKSYMNFKGSNIKVSGSSFKDDTD GGFSFSGNSNNSTISFNQTNFNQGTYNFSNSANLSFTNSAFNQGTYNFNSAQSVFENSSFNQGTYNFNSAQSVFENSAFN QGTYNFNGNASFDNDIFNQGTYNFNTSKVSFSGANTLNSSSPFASLKGSVSFGSDAVFNLNQTLNSNQTYDILTTNGTIQ YGVYQSYLWDLINYKGDKAISHVEVGNNTYDVTFDINGQDETLQETFNKQSIITQFLGDDLQQQAQKTYQQDLSNSQSAL NNAASDSKVANNDTGYTQSKNATVAKDAQGLENTNQKIQQDEQALEKDLAQIKQLANSTTGFNQQAFNQAQSTEQQDEQT LQNEENTFNIEQESLDKAIANAKHTSPTPSPTPTPTKHTAQNTPPNKVSPTPTPPTQNLPTTNVWNGVYWLQNQTYSKQG VYYIDPNLSGQSGQSANTLSTYTANLFGRSFGVNIQNGTLIIGNNTESVNDNGLIWIGHGGFGYITGTFSAANIYLTNNF KTGEGVSNSDGGGANITFKASDNITMDGLNYNDAETVTKMIQTGASQHSYAAFDALNNISVTNSSFSDMTWGKFSFSAKN ISFSNASFSGFTNPGGSSVISANASNSLSFINSRLNGGAVYNLWANSLIFNNTQAVFNVLHSRGTSNFNATTQLLGNTNF TLSSQSLLNFNGDTTLQNNANITLGNKSQAAFKNSLTLDNDSNLSLDNQSVLNANGASAFNNQASLNIYNGSQATFKSLF FNGGTLSLNASSKLNASSASFSNNTTINLDDSVLSASNTSSLNANINFQGASQADFGGNTTINTASFNFDSASSLSFNNL TANGALNFNGYTPSLTKALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFDNITKSVTYNILNAQKGITGISGANGYEKILFYGMKIQ NATYSGNNNIQTWSFINPLNSSQIIQESIKNGDLTIEILNNPNSASNTIFNIAPELYNYQASKQNPTGYSYDYSDNQAGT YYLTSNIKGLFTPKGSQTPQTPGTYSPFNQPLNSLNIYNKGFSSENLKTLLGILSQNSATLKEMIESNQLDNITNINEVL QLLDKIKITQTQKQALLETINHLTDNINQTFNNGNLIIGATQDNVTNSTSSIWFGGNGYSSPCALDSATCSSFRNTYLGQ LLGSTSPYLGYINADFKAKSIYITGTIGSGNAFESGGSADVTFQSTNNLVLNKANIEAQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQG NLANVLSQMAMEKIKQAGGLGNFIENALSPLSKELPASLQDETLGQLIGQNNLDDLLNNSGVMNAIQNIISKKLSIFGNF VTPSIIENYLAKQSLKSMLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSVILKDITNPPTSLQKDIGVVANDLLNEFLGQDVIKKLE SQELVNNIINNIISQGGLSGVYNQGLGSVLPPSLQNALKENDLGALLSPRGLHDFWQKGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNAT GGSLNFVANKSIIFDGDNTIDFSKYQGALIFASNDVSNINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQKGEICVNLANCPTTKNSS STNSSVTPTNESLSVHANSFTFLGVIASNGAIDLSQVKNNSVIGTLNLNENATLQANNLTIANAFNNASNSTANINGDFT LNQQATLSTNASGLNVMGNFNSYGDLVFNLSHSVSHAIINAQGSATIMANNNNPLIQFNTSSKETGTYTLINSAKAIYYG YNDQITGGSSLDNYLKLYALIDINGKHMVMTDNGLTYNGQAVNIKDGGLVVGFKDSQNQYIYTSILYNKVKIAVSNDPIN NLQAPTLKQYIAQIQGVQSVDSIDQVGGNQAINWLNKIFETKGSPLFAPYYLESHSTKDLTTIAGDIANTLEVIANPNFK NDATNILQINTYTQQMSRLAKLSDTSTFASADFHERLEALKNKRFADAIPNAMDVILKYSQRNRVKNNVWATGVGGASFI NGGTGTLYGINVGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFHGNITQSGSSNVNMGVYSRAFIKRSELTMSLNETWGYNKTFINSYD PLLSIINQSYRYDTWTTNAKINYGYDFMFKDKSVIFKPQVGLAYYYIGLSGLRGIMDDPIYNQFRANADPNKKSVLTINF ALESRHYFNKNSYYFVIADVGRDLFINSMGDKMVRFIGNNTLSYRDGGRYNTFASIITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGL DYKDINITGNIGMRYAF >Mature_2416_residues AFKKARLISRFISKGSFKLSKISKKIFTLNQILKCEKPLKCHKKTKSIKKLSNRNKSFLKASILLIGALGGLSHLRANEC RYWSWSSWGYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSTQGSGTYYLNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGDV GYITGTYDAQTINFNSSHLTTGNSYADGGGATLNFNAANNITINQASFDNSDAGAQKSYMNFKGSNIKVSGSSFKDDTDG GFSFSGNSNNSTISFNQTNFNQGTYNFSNSANLSFTNSAFNQGTYNFNSAQSVFENSSFNQGTYNFNSAQSVFENSAFNQ GTYNFNGNASFDNDIFNQGTYNFNTSKVSFSGANTLNSSSPFASLKGSVSFGSDAVFNLNQTLNSNQTYDILTTNGTIQY GVYQSYLWDLINYKGDKAISHVEVGNNTYDVTFDINGQDETLQETFNKQSIITQFLGDDLQQQAQKTYQQDLSNSQSALN NAASDSKVANNDTGYTQSKNATVAKDAQGLENTNQKIQQDEQALEKDLAQIKQLANSTTGFNQQAFNQAQSTEQQDEQTL QNEENTFNIEQESLDKAIANAKHTSPTPSPTPTPTKHTAQNTPPNKVSPTPTPPTQNLPTTNVWNGVYWLQNQTYSKQGV YYIDPNLSGQSGQSANTLSTYTANLFGRSFGVNIQNGTLIIGNNTESVNDNGLIWIGHGGFGYITGTFSAANIYLTNNFK TGEGVSNSDGGGANITFKASDNITMDGLNYNDAETVTKMIQTGASQHSYAAFDALNNISVTNSSFSDMTWGKFSFSAKNI SFSNASFSGFTNPGGSSVISANASNSLSFINSRLNGGAVYNLWANSLIFNNTQAVFNVLHSRGTSNFNATTQLLGNTNFT LSSQSLLNFNGDTTLQNNANITLGNKSQAAFKNSLTLDNDSNLSLDNQSVLNANGASAFNNQASLNIYNGSQATFKSLFF NGGTLSLNASSKLNASSASFSNNTTINLDDSVLSASNTSSLNANINFQGASQADFGGNTTINTASFNFDSASSLSFNNLT ANGALNFNGYTPSLTKALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFDNITKSVTYNILNAQKGITGISGANGYEKILFYGMKIQN ATYSGNNNIQTWSFINPLNSSQIIQESIKNGDLTIEILNNPNSASNTIFNIAPELYNYQASKQNPTGYSYDYSDNQAGTY YLTSNIKGLFTPKGSQTPQTPGTYSPFNQPLNSLNIYNKGFSSENLKTLLGILSQNSATLKEMIESNQLDNITNINEVLQ LLDKIKITQTQKQALLETINHLTDNINQTFNNGNLIIGATQDNVTNSTSSIWFGGNGYSSPCALDSATCSSFRNTYLGQL LGSTSPYLGYINADFKAKSIYITGTIGSGNAFESGGSADVTFQSTNNLVLNKANIEAQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQGN LANVLSQMAMEKIKQAGGLGNFIENALSPLSKELPASLQDETLGQLIGQNNLDDLLNNSGVMNAIQNIISKKLSIFGNFV TPSIIENYLAKQSLKSMLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSVILKDITNPPTSLQKDIGVVANDLLNEFLGQDVIKKLES QELVNNIINNIISQGGLSGVYNQGLGSVLPPSLQNALKENDLGALLSPRGLHDFWQKGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNATG GSLNFVANKSIIFDGDNTIDFSKYQGALIFASNDVSNINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQKGEICVNLANCPTTKNSSS TNSSVTPTNESLSVHANSFTFLGVIASNGAIDLSQVKNNSVIGTLNLNENATLQANNLTIANAFNNASNSTANINGDFTL NQQATLSTNASGLNVMGNFNSYGDLVFNLSHSVSHAIINAQGSATIMANNNNPLIQFNTSSKETGTYTLINSAKAIYYGY NDQITGGSSLDNYLKLYALIDINGKHMVMTDNGLTYNGQAVNIKDGGLVVGFKDSQNQYIYTSILYNKVKIAVSNDPINN LQAPTLKQYIAQIQGVQSVDSIDQVGGNQAINWLNKIFETKGSPLFAPYYLESHSTKDLTTIAGDIANTLEVIANPNFKN DATNILQINTYTQQMSRLAKLSDTSTFASADFHERLEALKNKRFADAIPNAMDVILKYSQRNRVKNNVWATGVGGASFIN GGTGTLYGINVGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFHGNITQSGSSNVNMGVYSRAFIKRSELTMSLNETWGYNKTFINSYDP LLSIINQSYRYDTWTTNAKINYGYDFMFKDKSVIFKPQVGLAYYYIGLSGLRGIMDDPIYNQFRANADPNKKSVLTINFA LESRHYFNKNSYYFVIADVGRDLFINSMGDKMVRFIGNNTLSYRDGGRYNTFASIITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGLD YKDINITGNIGMRYAF
Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]
COG id: COG5651
COG function: function code N; PPE-repeat proteins
Gene ontology:
Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]
Metaboloic importance: NA
Operon status: Not Known
Operon components: None
Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]
Homologues:
None
Paralogues:
None
Copy number: NA
Swissprot (AC and ID): NA
Other databases:
- InterPro: IPR005546 - InterPro: IPR006315 - InterPro: IPR003842 [H]
Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]
EC number: NA
Molecular weight: Translated: 261560; Mature: 261429
Theoretical pI: Translated: 6.06; Mature: 6.06
Prosite motif: NA
Important sites: NA
Signals:
None
Transmembrane regions:
None
Cys/Met content:
0.3 %Cys (Translated Protein) 1.0 %Met (Translated Protein) 1.4 %Cys+Met (Translated Protein) 0.3 %Cys (Mature Protein) 1.0 %Met (Mature Protein) 1.3 %Cys+Met (Mature Protein)
Secondary structure:
>Translated Secondary Structure MAFKKARLISRFISKGSFKLSKISKKIFTLNQILKCEKPLKCHKKTKSIKKLSNRNKSFL CCCHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH KASILLIGALGGLSHLRANECRYWSWSSWGYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSTQGSGTYY HHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCEEE LNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGDVGYITGTYDAQTINFNSSHL EEEEEEECCCCCHHHEECCCCEEEECCEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEECCCCEE TTGNSYADGGGATLNFNAANNITINQASFDNSDAGAQKSYMNFKGSNIKVSGSSFKDDTD ECCCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCC GGFSFSGNSNNSTISFNQTNFNQGTYNFSNSANLSFTNSAFNQGTYNFNSAQSVFENSSF CCEEECCCCCCCEEEEECCCCCCCEEECCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCC NQGTYNFNSAQSVFENSAFNQGTYNFNGNASFDNDIFNQGTYNFNTSKVSFSGANTLNSS CCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCEECCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCC SPFASLKGSVSFGSDAVFNLNQTLNSNQTYDILTTNGTIQYGVYQSYLWDLINYKGDKAI CCCHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCCE SHVEVGNNTYDVTFDINGQDETLQETFNKQSIITQFLGDDLQQQAQKTYQQDLSNSQSAL 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