Definition Helicobacter pylori HPAG1 chromosome, complete genome.
Accession NC_008086
Length 1,596,366

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The map label for this gene is vacA [H]

Identifier: 108563328

GI number: 108563328

Start: 945641

End: 952894

Strand: Direct

Name: vacA [H]

Synonym: HPAG1_0903

Alternate gene names: 108563328

Gene position: 945641-952894 (Clockwise)

Preceding gene: 108563327

Following gene: 108563329

Centisome position: 59.24

GC content: 38.57

Gene sequence:

>7254_bases
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TTTCACATTGAATCAAATCTTAAAATGTGAAAAGCCCTTAAAATGCCATAAAAAAACAAAATCCATTAAAAAGCTCTCTA
ATCGCAACAAATCTTTTTTAAAAGCTTCGATTTTATTGATAGGAGCGTTAGGGGGATTATCTCACCTAAGGGCTAACGAG
TGCCGTTATTGGTCATGGTCGTCTTGGGGTTATCAAGATAATATTGAAAGCGGCCCTAATTCACCCACGCACAACTCCTA
TTGCCTTTTTAGCAGCACTCAAGGCTCTGGGACTTATTATTTGAACACCCTTACCACTTATAGTGCTGGTGGGGCTAGCT
TCACGCAAAAATTCAATGGTGGCACGCTTAATGTGGGAGGGAATATCCGTTTTGGAGGCACAGGTATTAATGGGGGTGAT
GTCGGCTATATCACAGGCACTTATGACGCTCAAACGATTAATTTTAATTCTAGCCATTTAACAACCGGAAACTCATACGC
TGATGGTGGTGGGGCCACGCTCAATTTTAATGCGGCCAATAATATCACTATCAATCAAGCGAGTTTTGATAACAGCGATG
CAGGGGCACAAAAATCTTACATGAATTTTAAAGGCTCTAATATCAAGGTCAGTGGCTCTAGCTTTAAAGATGATACTGAT
GGGGGCTTTAGTTTCAGCGGTAATAGTAATAACAGCACCATCTCCTTCAATCAAACCAACTTCAATCAAGGCACTTATAA
TTTTAGTAACAGCGCTAACTTAAGCTTCACTAACAGCGCTTTCAACCAAGGCACTTACAACTTTAATAGCGCTCAATCTG
TTTTTGAAAACAGCAGTTTCAATCAAGGGACTTATAACTTTAATAGCGCTCAATCTGTTTTTGAAAACAGTGCTTTCAAT
CAAGGGACTTATAATTTTAATGGCAACGCCAGCTTTGATAACGACATCTTCAATCAAGGGACTTATAACTTTAATACCAG
CAAGGTGAGTTTTTCAGGTGCTAACACTTTAAATTCAAGCTCGCCTTTTGCTAGCCTTAAAGGCAGCGTGTCTTTTGGTT
CTGATGCGGTTTTTAACCTCAATCAAACCCTTAATAGCAACCAAACCTATGACATCCTCACCACAAATGGGACCATTCAG
TATGGGGTTTATCAAAGCTATTTGTGGGATTTGATCAACTATAAGGGCGATAAAGCTATTAGCCATGTTGAAGTGGGTAA
TAACACTTATGATGTAACCTTTGATATTAATGGGCAAGATGAAACCTTACAAGAAACCTTTAACAAACAATCCATCATTA
CCCAATTTTTAGGAGACGATTTACAACAACAAGCCCAAAAAACCTACCAACAAGACTTGAGCAACTCCCAAAGCGCTTTA
AATAACGCTGCTAGTGATAGTAAGGTCGCAAATAACGATACAGGCTACACTCAAAGCAAAAATGCTACTGTCGCTAAAGA
CGCTCAAGGTTTAGAAAACACCAACCAAAAAATCCAACAAGATGAGCAAGCCTTAGAAAAAGATTTAGCCCAAATCAAAC
AATTAGCCAACTCCACCACAGGCTTTAACCAACAAGCTTTCAATCAAGCCCAAAGCACAGAACAACAAGATGAACAAACC
TTACAAAACGAAGAAAATACTTTTAATATCGAGCAAGAGAGTTTGGATAAAGCGATAGCTAACGCTAAGCACACAAGCCC
TACACCAAGCCCTACACCCACTCCTACAAAACACACCGCGCAAAACACTCCCCCTAATAAAGTTTCACCAACGCCCACAC
CCCCTACTCAAAATTTACCCACAACAAATGTGTGGAATGGGGTTTATTGGCTTCAAAATCAAACTTACTCAAAACAAGGC
GTTTATTATATTGATCCCAATCTTTCAGGACAGAGCGGTCAAAGCGCTAACACGCTTAGCACTTATACAGCCAATTTGTT
TGGAAGAAGTTTTGGCGTCAATATCCAAAATGGCACTTTGATCATAGGGAATAATACAGAGAGCGTGAATGATAATGGGT
TGATTTGGATAGGGCATGGAGGTTTTGGTTATATAACCGGGACTTTTAGTGCGGCTAACATTTACTTGACCAATAATTTT
AAAACCGGTGAAGGCGTTTCAAATTCAGATGGCGGAGGAGCGAACATCACCTTTAAAGCAAGCGATAATATCACTATGGA
TGGCTTGAATTACAATGACGCTGAAACCGTTACTAAAATGATTCAAACAGGGGCTAGTCAGCATTCCTATGCCGCTTTTG
ACGCTCTAAATAATATCAGCGTAACCAATTCCAGTTTTAGCGATATGACTTGGGGGAAATTCAGTTTTAGCGCTAAGAAC
ATTTCGTTTTCTAACGCTTCGTTTAGCGGCTTTACAAACCCTGGAGGATCAAGTGTTATCAGTGCGAATGCTTCTAATTC
TTTAAGCTTTATCAATTCTCGTTTGAATGGTGGAGCGGTTTATAATTTGTGGGCTAATAGCCTTATTTTCAATAACACGC
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ACGCTCAGCTCTCAAAGTTTACTGAACTTTAATGGCGATACAACCTTGCAAAACAACGCTAATATCACGCTTGGTAATAA
AAGTCAAGCCGCTTTTAAAAATTCTTTAACGCTTGATAATGATTCTAATTTGAGTTTAGACAATCAAAGCGTTTTGAATG
CGAATGGTGCGAGTGCTTTTAACAATCAAGCGAGTCTCAATATTTATAATGGGAGTCAAGCGACCTTTAAAAGTCTCTTT
TTTAATGGCGGGACACTCAGTCTTAACGCTAGTAGCAAGCTCAACGCTTCTAGCGCTAGTTTTTCAAACAACACCACTAT
CAATTTAGACGATAGCGTTTTATCGGCTAGTAACACAAGCTCTTTAAACGCTAATATCAATTTTCAAGGCGCAAGCCAGG
CTGATTTTGGAGGCAACACGACTATTAATACAGCAAGCTTTAACTTTGACAGCGCAAGCTCATTGAGTTTTAATAACCTT
ACGGCTAATGGGGCGTTGAATTTTAATGGTTATACGCCCTCTTTGACTAAGGCTTTAATGAGCGTTAGCGGGCAGTTTGT
TTTAGGGAATAATGGGGATATTAATTTATCTGACATCAATATTTTTGACAACATTACAAAATCTGTAACCTACAACATCC
TAAACGCTCAAAAAGGGATTACTGGCATTAGTGGGGCTAATGGCTATGAAAAAATCCTTTTTTATGGCATGAAAATCCAA
AACGCTACCTATAGCGGCAATAATAACATTCAAACTTGGTCGTTTATAAACCCTCTCAATTCTTCTCAAATCATTCAAGA
GAGCATTAAAAATGGGGATTTAACCATAGAAATTTTAAATAACCCCAACTCGGCTTCTAACACTATTTTTAATATCGCTC
CTGAGCTTTATAATTACCAAGCTTCTAAGCAAAATCCTACCGGCTATAGCTATGATTATAGCGACAATCAAGCAGGCACT
TATTACTTGACAAGCAACATTAAAGGTCTTTTCACCCCTAAAGGCTCTCAAACGCCTCAAACCCCAGGCACTTATAGCCC
GTTTAACCAGCCTTTGAATAGTTTAAATATCTACAATAAGGGTTTTTCTAGTGAAAATTTAAAAACGCTTTTAGGGATCC
TTTCTCAAAATTCCGCTACCTTAAAAGAAATGATTGAATCCAATCAATTAGACAATATCACTAACATCAATGAAGTGTTG
CAACTCTTAGACAAGATTAAGATCACCCAAACGCAAAAGCAAGCGCTCCTAGAAACGATCAACCATTTGACTGACAACAT
CAATCAAACCTTTAATAATGGAAATCTAATTATAGGCGCTACTCAAGATAATGTTACAAACTCTACTAGCTCTATATGGT
TTGGGGGCAATGGCTATAGCAGTCCTTGCGCGCTAGATAGCGCCACTTGTTCTTCTTTTAGAAACACTTACTTGGGGCAA
TTATTAGGCTCAACTTCCCCCTATTTAGGCTACATTAACGCTGATTTTAAAGCTAAAAGCATTTATATTACCGGAACAAT
TGGAAGTGGTAACGCCTTTGAAAGCGGAGGGAGCGCGGATGTAACCTTTCAAAGCACTAATAACTTAGTGTTGAATAAGG
CTAATATAGAAGCTCAGGCTACAGACAATATCTTTAATCTTTTGGGCCAAGAAGGGATTGATAAAATCTTTAATCAAGGG
AATTTAGCGAATGTTCTCAGTCAAATGGCTATGGAAAAAATCAAGCAAGCCGGCGGTCTAGGAAACTTCATAGAAAACGC
TCTAAGCCCTTTGAGTAAGGAATTACCCGCTAGCTTGCAAGATGAAACCTTGGGCCAACTTATAGGTCAAAATAATTTAG
ATGATTTATTGAATAATAGTGGGGTCATGAATGCAATCCAAAATATTATCAGTAAAAAACTAAGCATTTTTGGTAATTTT
GTTACCCCATCCATCATAGAAAACTACCTTGCTAAGCAGTCTTTAAAAAGCATGCTAGACGATAAAGGGCTTTTGAATTT
CATCGGTGGGTATATAGACGCTTCTGAATTAAGCTCTATTTTAAGCGTGATTTTAAAAGATATTACTAACCCCCCTACAA
GCCTGCAAAAAGACATCGGTGTGGTAGCGAACGACTTATTGAACGAGTTTTTAGGACAAGATGTTATCAAAAAGCTAGAA
AGTCAAGAATTAGTGAATAATATCATTAATAATATTATTTCTCAAGGCGGGTTGAGCGGCGTTTATAATCAAGGTTTAGG
GAGCGTGTTGCCGCCCTCTTTACAAAACGCGCTCAAAGAAAACGATTTAGGCGCTCTTTTATCGCCTAGAGGCTTGCATG
ATTTTTGGCAAAAAGGGTATTTTAACTTTTTAAGCAATGGCTATGTTTTTGTCAATAACAGCTCTTTTAGCAACGCTACA
GGGGGCAGTTTGAATTTTGTCGCCAACAAGTCTATTATTTTTGATGGCGATAATACGATTGACTTTAGCAAGTATCAAGG
CGCATTGATTTTTGCTTCCAATGATGTTTCTAACATCAATATCACAACCCTAAACGCTACTAATGGCTTAAGCCTTAATG
CGGGTTTGAATAATGTGAGCGTTCAAAAAGGGGAAATTTGTGTCAATTTAGCCAATTGCCCCACAACCAAAAACAGCTCT
TCTACAAACTCCAGCGTAACCCCCACTAACGAATCTTTAAGCGTGCACGCTAACAGCTTCACTTTCTTAGGCGTCATCGC
TTCTAATGGGGCTATTGATTTGTCTCAAGTAAAAAATAATAGCGTTATAGGCACGCTCAATCTTAATGAAAATGCAACCT
TGCAAGCCAATAATTTAACGATCGCTAACGCTTTTAACAACGCCTCTAACTCCACAGCTAACATTAATGGTGATTTCACC
TTAAACCAACAAGCGACTCTAAGCACTAACGCTAGTGGCTTGAATGTCATGGGGAATTTTAATAGCTATGGCGATTTGGT
GTTTAACCTCAGCCATTCAGTTAGCCATGCTATTATCAACGCTCAAGGCAGTGCGACAATCATGGCTAATAACAATAACC
CCTTAATCCAATTCAACACTTCTTCAAAAGAAACAGGCACTTACACGCTTATTAATAGCGCTAAAGCCATTTATTACGGG
TATAACGATCAAATCACAGGAGGCAGTAGCCTGGATAATTACCTTAAGCTTTATGCGCTCATTGATATTAATGGCAAACA
TATGGTGATGACTGACAACGGCTTAACTTATAACGGGCAAGCCGTGAATATTAAAGATGGCGGTTTAGTTGTAGGCTTTA
AGGACTCTCAAAATCAATACATTTACACTTCCATTCTTTATAATAAAGTGAAAATCGCTGTTTCTAATGATCCTATCAAT
AACCTACAAGCCCCCACTTTAAAACAATATATCGCTCAAATTCAGGGCGTTCAAAGCGTGGATAGTATTGATCAAGTTGG
AGGAAATCAAGCGATTAATTGGCTCAATAAAATCTTTGAAACTAAAGGAAGTCCTTTATTCGCTCCCTATTACTTAGAAA
GCCATTCCACAAAAGATTTAACCACGATCGCTGGAGACATTGCTAACACTTTAGAAGTCATCGCTAACCCTAATTTTAAA
AATGATGCCACCAATATTTTACAGATCAACACCTACACGCAACAAATGAGCCGTTTAGCCAAGCTCTCTGACACTTCAAC
CTTTGCTAGTGCTGATTTTCACGAGCGATTAGAAGCCCTTAAAAACAAGCGATTCGCTGATGCGATCCCTAACGCTATGG
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AATGGAGGCACTGGAACTTTATATGGTATCAATGTAGGGTATGACCGATTCATTAAGGGCGTGATTGTGGGGGGTTATGC
CGCTTATGGATATAGCGGGTTTCATGGAAATATCACTCAATCAGGCTCTAGCAATGTCAATATGGGCGTTTATAGCCGAG
CGTTTATCAAAAGAAGCGAATTAACCATGAGCTTGAATGAGACTTGGGGATACAATAAGACTTTCATCAACTCCTATGAC
CCCCTACTCTCAATCATCAATCAGTCTTACAGATACGACACTTGGACGACTAACGCTAAAATCAATTATGGCTATGATTT
CATGTTTAAAGATAAAAGCGTTATTTTTAAACCCCAAGTAGGCTTAGCCTATTATTACATTGGTTTGTCTGGTTTAAGGG
GTATTATGGATGATCCTATTTATAATCAATTCAGAGCCAATGCTGACCCTAATAAAAAATCCGTTCTAACGATCAATTTT
GCCCTAGAAAGTCGGCATTACTTCAATAAAAACTCTTATTATTTTGTGATTGCGGATGTGGGCAGAGATTTATTCATTAA
TTCTATGGGGGATAAAATGGTGCGTTTTATTGGTAATAACACCCTAAGCTATAGAGATGGCGGCAGATACAACACTTTTG
CCAGCATTATCACAGGCGGGGAGATAAGATTGTTCAAAACCTTTTATGTGAATGCGGGCATTGGGGCTAGGTTTGGGCTT
GATTATAAAGATATTAATATTACCGGAAATATTGGTATGCGCTATGCTTTTTAA

Upstream 100 bases:

>100_bases
AGTTTATGTATCATTATTAAGTCATTTTGCGAATCTTTTTGAGTTTGTTTAACATCAAATTGTATAATGTGGGATTTAAT
AAAAACGATTGGAGTTTTAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
TGGTATCATTAAACTTGTTTTTAACAAGCCTAACATAGCAGGATCAACCCATGCAAAAAGCCTTATTACATTCATCATTC
TTTTTACCCTTATTATTTTT

Product: vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein

Products: NA

Alternate protein names: NA

Number of amino acids: Translated: 2417; Mature: 2416

Protein sequence:

>2417_residues
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DYKDINITGNIGMRYAF

Sequences:

>Translated_2417_residues
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DYKDINITGNIGMRYAF
>Mature_2416_residues
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YKDINITGNIGMRYAF

Specific function: Induces vacuolation of eukaryotic cells. Causes ulceration and gastric lesions [H]

COG id: COG5651

COG function: function code N; PPE-repeat proteins

Gene ontology:

Cell location: Vacuolating cytotoxin translocator:Cell outer membrane; Multi-pass membrane protein. Note=The cleaved C-terminal fragment (autotransporter domain) is localized in the outer membrane (By similarity) [H]

Metaboloic importance: NA

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 autotransporter (TC 1.B.12) domain [H]

Homologues:

None

Paralogues:

None

Copy number: NA

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR005546
- InterPro:   IPR006315
- InterPro:   IPR003842 [H]

Pfam domain/function: PF03797 Autotransporter; PF02691 VacA [H]

EC number: NA

Molecular weight: Translated: 261560; Mature: 261429

Theoretical pI: Translated: 6.06; Mature: 6.06

Prosite motif: NA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.3 %Cys     (Translated Protein)
1.0 %Met     (Translated Protein)
1.4 %Cys+Met (Translated Protein)
0.3 %Cys     (Mature Protein)
1.0 %Met     (Mature Protein)
1.3 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MAFKKARLISRFISKGSFKLSKISKKIFTLNQILKCEKPLKCHKKTKSIKKLSNRNKSFL
CCCHHHHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH
KASILLIGALGGLSHLRANECRYWSWSSWGYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSTQGSGTYY
HHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCEEE
LNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGDVGYITGTYDAQTINFNSSHL
EEEEEEECCCCCHHHEECCCCEEEECCEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEECCCCEE
TTGNSYADGGGATLNFNAANNITINQASFDNSDAGAQKSYMNFKGSNIKVSGSSFKDDTD
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>Mature Secondary Structure 
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General reaction: NA

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Structure determination priority: 6.0

TargetDB status: NA

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References: 7629077 [H]