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The map label for this gene is polA [H]

Identifier: 229587139

GI number: 229587139

Start: 1110473

End: 1113100

Strand: Direct

Name: polA [H]

Synonym: RAF_ORF1097

Alternate gene names: 229587139

Gene position: 1110473-1113100 (Clockwise)

Preceding gene: 229587138

Following gene: 229587142

Centisome position: 86.85

GC content: 32.38

Gene sequence:

>2628_bases
ATGACTCAAAAAAATACCTTATTGCTCATAGACGGATACGGATTTGTTTTTAGAGCCTATTATGCACAACAGCCTTTAAC
TTCACCAAAAGGCGAGCCTGTCGGTGCTCTTTACGGTTTTACTTCAATGCTGCTAAAATTACTGAGCGACTTTAAGCCTA
AACATGTCGCTGTAGTATTTGACAGCGGCGGGAAAAATTTTCGCCATCAGATTTATCCCGACTATAAAGCTAACCGCCCT
CCACCCCCTGAAGATTTAATTATACAATTACCTTTAGTTCGTGATGTTGCAAGTAACTTAAATTTTCCTATTCTAGAGAA
GAACGGTTATGAAGCCGATGACATTATCGCAACCTTTGCTACTAAAACTGCTGCACTTGGCGCACATGTAGTCATTATCT
CTTCCGATAAAGATTTATTACAGCTAATGACTGAAAACATCAAGATATATGATCCGTTAAAAGGGAAATATATTACGGAA
GATGATGTGGTTAAAAAATTTGGTACTACTTCTGATAAATTACGTGAAGTAATGGCTTTAATCGGCGATAGATCGGATAA
TATTCCGGGTGTACCATCTATTGGACCAAAAACTGCAAGTAGTCTTATAACACAATTTGGTTCTGTAGAAAATATATTTA
ACTCTTTAGACCAAGTCTCAAGCGTAAAACAACGTGAAACTTTACAAAATTCAAGAGAAGCGGCGTTAATTTCATGGCAG
TTAATAGGGCTTAATTCTAATGTTGATTTAGATTTTCAGCTAAATAATTTAGAATGGTCACCTCCAAATAGCGATAAATT
AACAGGATTTTTACAGGAATACGGTTTTAGATCTTTATATAAAAGAGTAGAAAATTTATTGGATATTAAAATTAACGACC
ACAAAGAGATAGCAGATAATAAAGTAACGGAAATAAAAGAAATTAATAATGCTAATGAGTTAGCAGACTTTGCTAAAGAA
GCCACGAAAATAGGAATATTCGGGATATATTTATTACAGCATAAAGGAGCTAATCTTGCTTTTATTTTATCACTGCAAAA
CCAAAGCTATATTATTAAAATTTCAAACACTTCTCATGATCTATTTTCTTATAATACTAAAAGTAATAACAACTGGTTTT
CGGATATAATCTTCAATTTACTAACCGATAAATCCATAAAAAAAATTACTTACTCTCTTAAACCTCTACTTAAATTTTAT
GCAAACCAATCTCATGACATTACGGCTATAGAAGATTTAGAATTAATGCAGTATGCATTATCTGCTGGTTTATCACAGAA
AAATTTATTTAAAGAAGTTTTGAAAGAACCTTGGATAGAAAATATAATTATCGAATCAGCAAAAATAGTAATAAACTTTA
TCGCACTTTATAAGCAAACTATATGGGAACTTAAAGACAACAAAACCTTTAGACTTTATAGCAACATTGATTTACCTATT
TGTTTTATTTTAGATAAAATGGAGAAAGTGGGTATTACAGTAGATGCTAATTACCTAAAACAATTATCCGCTGAATTTGG
AACAGAAATTCTAAAACTTGAAGAAGAAATTTTTGCTCTTAGCGGAACTAAATTTAATATTGGTTCGCCAAAACAATTAG
GCGAAATCTTGTTCGAAAAAATGCAATTACCTTTCGGTAAAGCTTCAGCTAAAGCAAGCTCTTACTCAACGGGAGCGGAA
ATACTAGAAAAACTTAGTGAGCATGGATATAATATTGCAGATTTGTTATTAAGATGGAGGCAACTAACAAAATTAAAGAA
TACCTACACCGATAGTTTGCCGAAACAGATAGATAATATAACACATAAAGTACATACGACATTTTTACAAACTTCTACCA
CTACAGGAAGACTTAGCTCACAGGAACCTAATCTACAAAATGTACCTATTCGCTCTAGTGAGGGGAATCAAATCAGAAAA
GCTTTTATTGCTGAAGAAGGTTATAAATTAATATCTGCCGATTATTCTCAAATTGAGCTTAGAATATTAAGCCATATCGC
AAATATAGATGCACTAAAACAAGCATTTATCAATAAAGACGATATCCATACTCAAACTGCTTGTCAGATCTTTAACTTAC
AAAAACACGAACTAACTAGCGAACATAGGCGTAAAGCAAAAGCTATAAATTTTGGTATCATTTACGGTATAAGCGCTTTT
GGGCTTGCTAAGCAATTAAACGTTACTAACGGCGAAGCATCCGAATATATCAAGAAATATTTTGCTGAATATAAAGGAGT
GCAAAAATATATGGAGCAAACAAAAGCTTTTGCAAGTAGCAACGGCTATGTCACAAATTGCTTTGGCAGAAAATGTTTTG
TACCTCTAATTCATGATAAAAAGCTTAAACAATTCGCAGAACGTGCGGCTATTAATGCTCCGATTCAAGGAACTAATGCC
GATATAATTAAAATTGCTATGATCAATCTAGATCAAGAAATAGAAAAACGTAAACTTAAAACAAGATTAGTACTGCAAAT
TCATGATGAATTACTATTTGAAGCACCGATTGATGAAGTAGAAATTATAACACCTATTATTAAAAAAATCATGGAAAATT
CTACTAATATGGCTGTACCGATTATAACCGAAATTAGAGCAGGTAATAACTGGATGGAAATTCATTGA

Upstream 100 bases:

>100_bases
GTAATCTCATGAAGTAATAATAAACTCCTGAGATTGCTTCGTCAATTACTTACGTAATTTCCTCGCAATATGACGATCTA
ATTAAAAATAAAATCATAAA

Downstream 100 bases:

>100_bases
AGGTGTATCATTCCTAGCTAAAGGCGGCGTTATTGCATGACTTGCTGTCATTCCCACAAAAGCAGGAATCCAGAAAAATA
ACTTCAACATATAATACAGC

Product: DNA polymerase I

Products: NA

Alternate protein names: POL I [H]

Number of amino acids: Translated: 875; Mature: 874

Protein sequence:

>875_residues
MTQKNTLLLIDGYGFVFRAYYAQQPLTSPKGEPVGALYGFTSMLLKLLSDFKPKHVAVVFDSGGKNFRHQIYPDYKANRP
PPPEDLIIQLPLVRDVASNLNFPILEKNGYEADDIIATFATKTAALGAHVVIISSDKDLLQLMTENIKIYDPLKGKYITE
DDVVKKFGTTSDKLREVMALIGDRSDNIPGVPSIGPKTASSLITQFGSVENIFNSLDQVSSVKQRETLQNSREAALISWQ
LIGLNSNVDLDFQLNNLEWSPPNSDKLTGFLQEYGFRSLYKRVENLLDIKINDHKEIADNKVTEIKEINNANELADFAKE
ATKIGIFGIYLLQHKGANLAFILSLQNQSYIIKISNTSHDLFSYNTKSNNNWFSDIIFNLLTDKSIKKITYSLKPLLKFY
ANQSHDITAIEDLELMQYALSAGLSQKNLFKEVLKEPWIENIIIESAKIVINFIALYKQTIWELKDNKTFRLYSNIDLPI
CFILDKMEKVGITVDANYLKQLSAEFGTEILKLEEEIFALSGTKFNIGSPKQLGEILFEKMQLPFGKASAKASSYSTGAE
ILEKLSEHGYNIADLLLRWRQLTKLKNTYTDSLPKQIDNITHKVHTTFLQTSTTTGRLSSQEPNLQNVPIRSSEGNQIRK
AFIAEEGYKLISADYSQIELRILSHIANIDALKQAFINKDDIHTQTACQIFNLQKHELTSEHRRKAKAINFGIIYGISAF
GLAKQLNVTNGEASEYIKKYFAEYKGVQKYMEQTKAFASSNGYVTNCFGRKCFVPLIHDKKLKQFAERAAINAPIQGTNA
DIIKIAMINLDQEIEKRKLKTRLVLQIHDELLFEAPIDEVEIITPIIKKIMENSTNMAVPIITEIRAGNNWMEIH

Sequences:

>Translated_875_residues
MTQKNTLLLIDGYGFVFRAYYAQQPLTSPKGEPVGALYGFTSMLLKLLSDFKPKHVAVVFDSGGKNFRHQIYPDYKANRP
PPPEDLIIQLPLVRDVASNLNFPILEKNGYEADDIIATFATKTAALGAHVVIISSDKDLLQLMTENIKIYDPLKGKYITE
DDVVKKFGTTSDKLREVMALIGDRSDNIPGVPSIGPKTASSLITQFGSVENIFNSLDQVSSVKQRETLQNSREAALISWQ
LIGLNSNVDLDFQLNNLEWSPPNSDKLTGFLQEYGFRSLYKRVENLLDIKINDHKEIADNKVTEIKEINNANELADFAKE
ATKIGIFGIYLLQHKGANLAFILSLQNQSYIIKISNTSHDLFSYNTKSNNNWFSDIIFNLLTDKSIKKITYSLKPLLKFY
ANQSHDITAIEDLELMQYALSAGLSQKNLFKEVLKEPWIENIIIESAKIVINFIALYKQTIWELKDNKTFRLYSNIDLPI
CFILDKMEKVGITVDANYLKQLSAEFGTEILKLEEEIFALSGTKFNIGSPKQLGEILFEKMQLPFGKASAKASSYSTGAE
ILEKLSEHGYNIADLLLRWRQLTKLKNTYTDSLPKQIDNITHKVHTTFLQTSTTTGRLSSQEPNLQNVPIRSSEGNQIRK
AFIAEEGYKLISADYSQIELRILSHIANIDALKQAFINKDDIHTQTACQIFNLQKHELTSEHRRKAKAINFGIIYGISAF
GLAKQLNVTNGEASEYIKKYFAEYKGVQKYMEQTKAFASSNGYVTNCFGRKCFVPLIHDKKLKQFAERAAINAPIQGTNA
DIIKIAMINLDQEIEKRKLKTRLVLQIHDELLFEAPIDEVEIITPIIKKIMENSTNMAVPIITEIRAGNNWMEIH
>Mature_874_residues
TQKNTLLLIDGYGFVFRAYYAQQPLTSPKGEPVGALYGFTSMLLKLLSDFKPKHVAVVFDSGGKNFRHQIYPDYKANRPP
PPEDLIIQLPLVRDVASNLNFPILEKNGYEADDIIATFATKTAALGAHVVIISSDKDLLQLMTENIKIYDPLKGKYITED
DVVKKFGTTSDKLREVMALIGDRSDNIPGVPSIGPKTASSLITQFGSVENIFNSLDQVSSVKQRETLQNSREAALISWQL
IGLNSNVDLDFQLNNLEWSPPNSDKLTGFLQEYGFRSLYKRVENLLDIKINDHKEIADNKVTEIKEINNANELADFAKEA
TKIGIFGIYLLQHKGANLAFILSLQNQSYIIKISNTSHDLFSYNTKSNNNWFSDIIFNLLTDKSIKKITYSLKPLLKFYA
NQSHDITAIEDLELMQYALSAGLSQKNLFKEVLKEPWIENIIIESAKIVINFIALYKQTIWELKDNKTFRLYSNIDLPIC
FILDKMEKVGITVDANYLKQLSAEFGTEILKLEEEIFALSGTKFNIGSPKQLGEILFEKMQLPFGKASAKASSYSTGAEI
LEKLSEHGYNIADLLLRWRQLTKLKNTYTDSLPKQIDNITHKVHTTFLQTSTTTGRLSSQEPNLQNVPIRSSEGNQIRKA
FIAEEGYKLISADYSQIELRILSHIANIDALKQAFINKDDIHTQTACQIFNLQKHELTSEHRRKAKAINFGIIYGISAFG
LAKQLNVTNGEASEYIKKYFAEYKGVQKYMEQTKAFASSNGYVTNCFGRKCFVPLIHDKKLKQFAERAAINAPIQGTNAD
IIKIAMINLDQEIEKRKLKTRLVLQIHDELLFEAPIDEVEIITPIIKKIMENSTNMAVPIITEIRAGNNWMEIH

Specific function: In addition to polymerase activity, this DNA polymerase 5' to 3' exonuclease activity [H]

COG id: COG0749

COG function: function code L; DNA polymerase I - 3'-5' exonuclease and polymerase domains

Gene ontology:

Cell location: Cytoplasm [C]

Metaboloic importance: Essential [C]

Operon status: Not Known

Operon components: None

Similarity: Contains 1 5'-3' exonuclease domain [H]

Homologues:

Organism=Homo sapiens, GI112420958, Length=457, Percent_Identity=30.1969365426696, Blast_Score=204, Evalue=3e-52,
Organism=Homo sapiens, GI139394648, Length=272, Percent_Identity=30.5147058823529, Blast_Score=147, Evalue=6e-35,
Organism=Escherichia coli, GI1790294, Length=929, Percent_Identity=35.5220667384284, Blast_Score=555, Evalue=1e-159,
Organism=Escherichia coli, GI226510970, Length=253, Percent_Identity=32.0158102766798, Blast_Score=140, Evalue=2e-34,
Organism=Caenorhabditis elegans, GI86563272, Length=390, Percent_Identity=29.2307692307692, Blast_Score=164, Evalue=2e-40,
Organism=Drosophila melanogaster, GI17933644, Length=449, Percent_Identity=30.0668151447661, Blast_Score=199, Evalue=9e-51,

Paralogues:

None

Copy number: 400 Molecules/Cell In: Glucose minimal media [C]

Swissprot (AC and ID): NA

Other databases:

- InterPro:   IPR020046
- InterPro:   IPR020045
- InterPro:   IPR002421
- InterPro:   IPR020047
- InterPro:   IPR019760
- InterPro:   IPR001098
- InterPro:   IPR018320
- InterPro:   IPR002298
- InterPro:   IPR008918
- InterPro:   IPR012337 [H]

Pfam domain/function: PF01367 5_3_exonuc; PF02739 5_3_exonuc_N; PF00476 DNA_pol_A [H]

EC number: =2.7.7.7 [H]

Molecular weight: Translated: 98995; Mature: 98864

Theoretical pI: Translated: 7.75; Mature: 7.75

Prosite motif: PS00447 DNA_POLYMERASE_A ; PS00449 ATPASE_A ; PS00307 LECTIN_LEGUME_BETA

Important sites: NA

Signals:

None

Transmembrane regions:

None

Cys/Met content:

0.5 %Cys     (Translated Protein)
1.4 %Met     (Translated Protein)
1.8 %Cys+Met (Translated Protein)
0.5 %Cys     (Mature Protein)
1.3 %Met     (Mature Protein)
1.7 %Cys+Met (Mature Protein)

Secondary structure:

>Translated Secondary Structure
MTQKNTLLLIDGYGFVFRAYYAQQPLTSPKGEPVGALYGFTSMLLKLLSDFKPKHVAVVF
CCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEE
DSGGKNFRHQIYPDYKANRPPPPEDLIIQLPLVRDVASNLNFPILEKNGYEADDIIATFA
ECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHH
TKTAALGAHVVIISSDKDLLQLMTENIKIYDPLKGKYITEDDVVKKFGTTSDKLREVMAL
HHHHHCCEEEEEEECCHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH
IGDRSDNIPGVPSIGPKTASSLITQFGSVENIFNSLDQVSSVKQRETLQNSREAALISWQ
HCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEE
LIGLNSNVDLDFQLNNLEWSPPNSDKLTGFLQEYGFRSLYKRVENLLDIKINDHKEIADN
EEECCCCCEEEEEECCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCHHHHCC
KVTEIKEINNANELADFAKEATKIGIFGIYLLQHKGANLAFILSLQNQSYIIKISNTSHD
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCEEEEEEECCCCC
LFSYNTKSNNNWFSDIIFNLLTDKSIKKITYSLKPLLKFYANQSHDITAIEDLELMQYAL
CEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH
SAGLSQKNLFKEVLKEPWIENIIIESAKIVINFIALYKQTIWELKDNKTFRLYSNIDLPI
HCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHH
CFILDKMEKVGITVDANYLKQLSAEFGTEILKLEEEIFALSGTKFNIGSPKQLGEILFEK
HHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCHHHHHHHHHHH
MQLPFGKASAKASSYSTGAEILEKLSEHGYNIADLLLRWRQLTKLKNTYTDSLPKQIDNI
HCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
THKVHTTFLQTSTTTGRLSSQEPNLQNVPIRSSEGNQIRKAFIAEEGYKLISADYSQIEL
HHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHHHH
RILSHIANIDALKQAFINKDDIHTQTACQIFNLQKHELTSEHRRKAKAINFGIIYGISAF
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEHHHHH
GLAKQLNVTNGEASEYIKKYFAEYKGVQKYMEQTKAFASSNGYVTNCFGRKCFVPLIHDK
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCEEEEEHHCHH
KLKQFAERAAINAPIQGTNADIIKIAMINLDQEIEKRKLKTRLVLQIHDELLFEAPIDEV
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH
EIITPIIKKIMENSTNMAVPIITEIRAGNNWMEIH
HHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEEC
>Mature Secondary Structure 
TQKNTLLLIDGYGFVFRAYYAQQPLTSPKGEPVGALYGFTSMLLKLLSDFKPKHVAVVF
CCCCEEEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEE
DSGGKNFRHQIYPDYKANRPPPPEDLIIQLPLVRDVASNLNFPILEKNGYEADDIIATFA
ECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHH
TKTAALGAHVVIISSDKDLLQLMTENIKIYDPLKGKYITEDDVVKKFGTTSDKLREVMAL
HHHHHCCEEEEEEECCHHHHHHHHCCCEEECCCCCCCCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH
IGDRSDNIPGVPSIGPKTASSLITQFGSVENIFNSLDQVSSVKQRETLQNSREAALISWQ
HCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEE
LIGLNSNVDLDFQLNNLEWSPPNSDKLTGFLQEYGFRSLYKRVENLLDIKINDHKEIADN
EEECCCCCEEEEEECCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECCCHHHHCC
KVTEIKEINNANELADFAKEATKIGIFGIYLLQHKGANLAFILSLQNQSYIIKISNTSHD
HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCEEEEEEECCCCC
LFSYNTKSNNNWFSDIIFNLLTDKSIKKITYSLKPLLKFYANQSHDITAIEDLELMQYAL
CEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH
SAGLSQKNLFKEVLKEPWIENIIIESAKIVINFIALYKQTIWELKDNKTFRLYSNIDLPI
HCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHH
CFILDKMEKVGITVDANYLKQLSAEFGTEILKLEEEIFALSGTKFNIGSPKQLGEILFEK
HHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCHHHHHHHHHHH
MQLPFGKASAKASSYSTGAEILEKLSEHGYNIADLLLRWRQLTKLKNTYTDSLPKQIDNI
HCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
THKVHTTFLQTSTTTGRLSSQEPNLQNVPIRSSEGNQIRKAFIAEEGYKLISADYSQIEL
HHHHHHHHEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHHHH
RILSHIANIDALKQAFINKDDIHTQTACQIFNLQKHELTSEHRRKAKAINFGIIYGISAF
HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHEEHHHHH
GLAKQLNVTNGEASEYIKKYFAEYKGVQKYMEQTKAFASSNGYVTNCFGRKCFVPLIHDK
HHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCEEEEEHHCHH
KLKQFAERAAINAPIQGTNADIIKIAMINLDQEIEKRKLKTRLVLQIHDELLFEAPIDEV
HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH
EIITPIIKKIMENSTNMAVPIITEIRAGNNWMEIH
HHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEEC

PDB accession: NA

Resolution: NA

Structure class: Unstructured

Cofactors: NA

Metal ions: NA

Kcat value (1/min): NA

Specific activity: NA

Km value (mM): NA

Substrates: NA

Specific reaction: NA

General reaction: NA

Inhibitor: NA

Structure determination priority: 9.0

TargetDB status: NA

Availability: NA

References: 11557893 [H]